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cDNA微阵列制作的优化
被引量:
3
1
作者
黄宝俊
赵雨杰
+4 位作者
徐惠绵
何群
张玉魁
徐莹莹
马佳明
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2003年第5期591-595,共5页
为了优化筛检cDNA微阵列中靶基因的最适长度、浓度及点样溶液的种类,设计持家基因betaactin和GAPDHRT PCR3对引物,产物长度在189~1078bp之间,以乙肝病毒DNA片段为阴性对照,扩增纯化后分别溶于3×SSC、50%DMSO及0.5mol/L碳酸盐缓冲...
为了优化筛检cDNA微阵列中靶基因的最适长度、浓度及点样溶液的种类,设计持家基因betaactin和GAPDHRT PCR3对引物,产物长度在189~1078bp之间,以乙肝病毒DNA片段为阴性对照,扩增纯化后分别溶于3×SSC、50%DMSO及0.5mol/L碳酸盐缓冲液(pH=9.0)中,调整浓度分别为0.5μg/μL、1.0μg/μL和1.5μg/μL,比较上述不同条件的杂交结果。结果表明,杂交具有较好的特异性,阴性对照(乙肝病毒)和空白对照(点样溶液)均未见杂交信号;3种长度的同一靶基因杂交信号强度无明显差别(betaactinP=0.378;GAPDHP=0.866);3种点样溶液中以50%DMSO杂交信号最好,较强且均匀一致(P=0.0001),其余2种差异不显著(P=0.142);3种浓度靶基因杂交信号差异不显著(P=0.648),浓度高者信号略强。短片段靶基因(200bp左右)可获得与长片段靶基因(1000bp以上)一样较好的杂交信号,点样溶液以50%DMSO效果最好,靶基因浓度为0.5μg/μL时即可得到较好的杂交结果。
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关键词
CDNA微阵列
靶基因
点样溶液
杂交
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职称材料
低密度cDNA芯片技术的优化
被引量:
2
2
作者
赵雨杰
黄宝俊
+1 位作者
徐惠绵
何群
《生命科学研究》
CAS
CSCD
2004年第4期322-328,共7页
为了建立稳定的低密度cDNA芯片技术平台,研究靶基因的最适长度、浓度、点样溶液种类及杂交反应动力学,并了解该芯片的重复性与可靠性.结果表明,杂交具有较好的特异性,不同长度(189~1078bp)、浓度(0.5g/L、1.0g/L、1.5g/L)的同一靶基因...
为了建立稳定的低密度cDNA芯片技术平台,研究靶基因的最适长度、浓度、点样溶液种类及杂交反应动力学,并了解该芯片的重复性与可靠性.结果表明,杂交具有较好的特异性,不同长度(189~1078bp)、浓度(0.5g/L、1.0g/L、1.5g/L)的同一靶基因杂交信号强度无明显差别;以50%DMSO为点样溶液者杂交信号最好(P=0.0001).60℃杂交18h信号最佳(P<0.001).重复2次检测结果差异无显著性(P=0.348),重复性较好,其相关系数为0.588.与RT-PCR结果相比,相关系数为-0.778(P<0.0001),特异性为100%,灵敏度为80%(16/20),可靠性较好.
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关键词
CDNA芯片
靶基因长度和浓度
点样溶液
杂交动力学
可靠性
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职称材料
题名
cDNA微阵列制作的优化
被引量:
3
1
作者
黄宝俊
赵雨杰
徐惠绵
何群
张玉魁
徐莹莹
马佳明
机构
中国医科大学附属第一医院肿瘤外科
中国医科大学生物芯片中心
出处
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2003年第5期591-595,共5页
基金
辽宁省自然科学基金(2001101001)~~
文摘
为了优化筛检cDNA微阵列中靶基因的最适长度、浓度及点样溶液的种类,设计持家基因betaactin和GAPDHRT PCR3对引物,产物长度在189~1078bp之间,以乙肝病毒DNA片段为阴性对照,扩增纯化后分别溶于3×SSC、50%DMSO及0.5mol/L碳酸盐缓冲液(pH=9.0)中,调整浓度分别为0.5μg/μL、1.0μg/μL和1.5μg/μL,比较上述不同条件的杂交结果。结果表明,杂交具有较好的特异性,阴性对照(乙肝病毒)和空白对照(点样溶液)均未见杂交信号;3种长度的同一靶基因杂交信号强度无明显差别(betaactinP=0.378;GAPDHP=0.866);3种点样溶液中以50%DMSO杂交信号最好,较强且均匀一致(P=0.0001),其余2种差异不显著(P=0.142);3种浓度靶基因杂交信号差异不显著(P=0.648),浓度高者信号略强。短片段靶基因(200bp左右)可获得与长片段靶基因(1000bp以上)一样较好的杂交信号,点样溶液以50%DMSO效果最好,靶基因浓度为0.5μg/μL时即可得到较好的杂交结果。
关键词
CDNA微阵列
靶基因
点样溶液
杂交
Keywords
cDNA microarray
target gene
printing buffer
分类号
Q75 [生物学—分子生物学]
下载PDF
职称材料
题名
低密度cDNA芯片技术的优化
被引量:
2
2
作者
赵雨杰
黄宝俊
徐惠绵
何群
机构
中国医科大学生物芯片中心
中国医科大学附属第一医院肿瘤外科
出处
《生命科学研究》
CAS
CSCD
2004年第4期322-328,共7页
基金
辽宁省自然科学基金"基因工程关键技术研究"资助项目(2001101001)
文摘
为了建立稳定的低密度cDNA芯片技术平台,研究靶基因的最适长度、浓度、点样溶液种类及杂交反应动力学,并了解该芯片的重复性与可靠性.结果表明,杂交具有较好的特异性,不同长度(189~1078bp)、浓度(0.5g/L、1.0g/L、1.5g/L)的同一靶基因杂交信号强度无明显差别;以50%DMSO为点样溶液者杂交信号最好(P=0.0001).60℃杂交18h信号最佳(P<0.001).重复2次检测结果差异无显著性(P=0.348),重复性较好,其相关系数为0.588.与RT-PCR结果相比,相关系数为-0.778(P<0.0001),特异性为100%,灵敏度为80%(16/20),可靠性较好.
关键词
CDNA芯片
靶基因长度和浓度
点样溶液
杂交动力学
可靠性
Keywords
cDNA microarray
target gene length and concentration
spotting solution
hybridizing dynamics
reliability
分类号
Q7 [生物学—分子生物学]
下载PDF
职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
cDNA微阵列制作的优化
黄宝俊
赵雨杰
徐惠绵
何群
张玉魁
徐莹莹
马佳明
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2003
3
下载PDF
职称材料
2
低密度cDNA芯片技术的优化
赵雨杰
黄宝俊
徐惠绵
何群
《生命科学研究》
CAS
CSCD
2004
2
下载PDF
职称材料
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