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基于路径积分分子动力学与热力学积分方法的高压氢自由能计算 被引量:2
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作者 陈基 冯页新 +1 位作者 李新征 王恩哥 《物理学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2015年第18期14-20,共7页
在相图研究中,严格计算一个真实系统在特定温度、压强下的自由能是近年来该领域理论方法发展的前沿.自Mermin提出有限温度密度泛函理论后,在电子结构层面,弱关联系统中人们就其在对自由能贡献的描述己相对完善,但在原子核运动的描述上,... 在相图研究中,严格计算一个真实系统在特定温度、压强下的自由能是近年来该领域理论方法发展的前沿.自Mermin提出有限温度密度泛函理论后,在电子结构层面,弱关联系统中人们就其在对自由能贡献的描述己相对完善,但在原子核运动的描述上,热运动与量子运动的非简谐项却总被忽视.本文将路径积分分子动力学与热力学积分结合,对300 GPa下氢晶体Cmca结构中原子核热涨落与量子涨落对自由能的影响进行了分析.发现在100 K核量子涨落非简谐项的贡献约为15 meV每原子,远大于不同结构间静态焓的差别.该研究提醒人们简谐近似在核量子效应描述中可能存在的不准确性(即使在低温下).同时,我们采取的方法也为人们进行自由能的准确计算提供了一个简单有效的手段. 展开更多
关键词 路径积分 分子动力学 热力学积分 高压氢
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蛋白质与极性配体复合物的绝对结合自由能计算
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作者 王存新 宋伟 陈慰祖 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2003年第1期143-146,共4页
介绍了用分子动力学模拟与热力学积分法相结合 ,模拟蛋白质与配体的绝对结合自由能的方法 .通过分子转换法 ,使蛋白质分子 (包括水分子 )与配体小分子之间的相互作用逐渐减弱 (或增强 )至完全消失 (或完全出现 ) .运用体约束方法 ,计算... 介绍了用分子动力学模拟与热力学积分法相结合 ,模拟蛋白质与配体的绝对结合自由能的方法 .通过分子转换法 ,使蛋白质分子 (包括水分子 )与配体小分子之间的相互作用逐渐减弱 (或增强 )至完全消失 (或完全出现 ) .运用体约束方法 ,计算了配体与受体结合后平动、转动自由度的丧失即熵效应所引起的自由能变化 .以胰蛋白酶双突变体 (D189G/G2 2 6D)与极性配体苯甲脒为例 ,研究了蛋白质活性部位与极性配体的相互作用对结合自由能的影响 ,该复合物绝对结合自由能的模拟结果 (- 15 5kJ/mol)与实验值 (- 10 5kJ/mol)相近 . 展开更多
关键词 蛋白质 极性配体复合物 绝对结合自由能 热力学积分 分子转换法 计算
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鸟嘌呤核糖开关识别配体小分子
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作者 马爱静 扈国栋 王吉华 《德州学院学报》 2016年第4期15-21,共7页
鸟嘌呤核糖开关是一类位于mRNA的非翻译区,可直接结合有机代谢物,通过调整自身构象变化从而调控基因表达的mRNA元件.鸟嘌呤核糖开关识别配体具有高度特异性和选择性.用动力学模拟的方法,研究鸟嘌呤核糖开关特异识别配体小分子的本质和... 鸟嘌呤核糖开关是一类位于mRNA的非翻译区,可直接结合有机代谢物,通过调整自身构象变化从而调控基因表达的mRNA元件.鸟嘌呤核糖开关识别配体具有高度特异性和选择性.用动力学模拟的方法,研究鸟嘌呤核糖开关特异识别配体小分子的本质和用热力学积分算法计算核糖开关与配体分子的相对结合自由能.研究发现,核糖开关的结合口袋与配体通过氢键形式相互作用,不同配体与核糖开关结合的亲和力不同.嘌呤配体2-号位对核糖开关的结合必不可少,6-号位对核糖开关的结合关系复杂. 展开更多
关键词 鸟嘌呤核糖开关 配体 分子动力学模拟 热力学积分
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Integrability of N-Component Bariev Model Under Open Boundary Conditions 被引量:2
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作者 KESan-Min YUERui-Hong 《Communications in Theoretical Physics》 SCIE CAS CSCD 2005年第6期1133-1136,共4页
N-component Bariev model for correlated hopping under open boundary conditions in one dimension is studied in the framework of Bethe ansatz method. The energy spectrum and the related Bethe ansatz equations are obtained.
关键词 nested Bethe ansatz open boundary conditions N-component Bariev model
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蛋白质相互作用界面中磷酸酪氨酸质子化状态的判定研究
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作者 陈芳进 刘涛 +3 位作者 王晓磊 赵东升 冯健男 刘少君 《化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2009年第13期1523-1527,共5页
蛋白质相互作用界面上磷酸酪氨酸的质子化状态对蛋白质相互作用具有重要影响,在进行相关结构的计算研究时,必须对其进行准确判定.采用AMBER/parm99力场和广义波恩(GBobc)隐式水模型,以SHC1(src homology2domain-containing transforming... 蛋白质相互作用界面上磷酸酪氨酸的质子化状态对蛋白质相互作用具有重要影响,在进行相关结构的计算研究时,必须对其进行准确判定.采用AMBER/parm99力场和广义波恩(GBobc)隐式水模型,以SHC1(src homology2domain-containing transforming proteinC1)的SH2(Src homology2)结构域与磷酸化激活的T细胞受体CD247链的相互作用核磁结构为例,首次以热力学积分方法对相互作用界面上磷酸酪氨酸的质子化状态进行判定研究,结果显示该方法计算精确,判定结果与实验结果一致.表明该方法不仅为涉及磷酸酪氨酸的蛋白质相互作用的计算结构研究奠定了基础,在其它具有可电离基团的氨基酸的质子化状态判定中也将具有潜在的推广应用价值. 展开更多
关键词 酪氨酸激酶受体 磷酸酪氨酸 质子化 广义波恩模型 热力学积分
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Thermodynamic analysis of liquid bridge for fixed volume in atomic force microscope 被引量:5
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作者 WEI Zheng HE MengFu +1 位作者 ZHAO WenBin LI Yang 《Science China(Physics,Mechanics & Astronomy)》 SCIE EI CAS 2013年第10期1962-1969,共8页
In ambient condition,capillary forces are the major contributors to the adhesive forces between the tip of an atomic force microscope(AFM) and the sample.In general,capillary forces are thought to be related to water ... In ambient condition,capillary forces are the major contributors to the adhesive forces between the tip of an atomic force microscope(AFM) and the sample.In general,capillary forces are thought to be related to water film thickness,contact time and relative humidity and so on.In this paper,an original analysis regarding the liquid bridge,based on the surface and interface thermodynamic theory,is proposed.The cases covered in the study include the capillary forces and temperature of liquid bridge for quickly drawn liquid bridge,and for nonvolatile liquid bridge.The study results show that variation in temperature may occur in the liquid bridge when it is stretched. 展开更多
关键词 liquid bridge atomic force microscope THERMODYNAMIC
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Breather Dynamics of the Sine-Gordon Equation 被引量:1
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作者 Stephen Johnson Anjan Biswas 《Communications in Theoretical Physics》 SCIE CAS CSCD 2013年第6期664-670,共7页
This paper studies the adiabatic dynamics of the breather soliton of the sine-Gordon equation. The integrals of motion are found and then used in soliton perturbation theory to derive the differential equation governi... This paper studies the adiabatic dynamics of the breather soliton of the sine-Gordon equation. The integrals of motion are found and then used in soliton perturbation theory to derive the differential equation governing the soliton velocity. Time-dependent functions arise and their properties are studied. These functions are found to be bounded and periodic and affect the soliton velocity. The soliton velocity is numerically plotted against time for different combinations of initial velocities and perturbation terms. 展开更多
关键词 SOLITONS PHONONS conservation laws PERTURBATIONS NUMERICS
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Chemical vapor infiltration of pyrocarbon from methane pyrolysis: kinetic modeling with texture formation 被引量:2
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作者 Chunxia Hu Hejun Li +2 位作者 Shouyang Zhang Wei Li Ni Li 《Science China Materials》 SCIE EI CSCD 2019年第6期840-852,共13页
A complete mechanism of methane pyrolysis is proposed for chemical vapor infiltration of pyrocarbon with different textures, which contains a detailed homogeneous mechanism for gas reactions and a lumped heterogeneous... A complete mechanism of methane pyrolysis is proposed for chemical vapor infiltration of pyrocarbon with different textures, which contains a detailed homogeneous mechanism for gas reactions and a lumped heterogeneous mechanism for pyrocarbon deposition. This model is easily applied to simulate gas compositions and pyrocarbon deposition in a vertical hot-wall flow reactor in the temperature range of 1,323–1,398 K without any adjusting parameters and presents better results than previous mechanisms. Results have shown that the consumption of methane and the production of hydrogen are well enhanced due to pyrocarbon deposition. Pyrocarbon deposition prevents the continuously increasing of acetylene composition and leads to the reduction in the mole fraction of benzene at long residence times in the gas phase. The carbon growth with active sites on the surface is the controlling mechanism of pyrocarbon deposition. C1 species is the precursor of pyrocarbon deposition at 1,323 K,and the primary source over the whole temperature range. As temperature increases, gas phase becomes more mature and depositions from acetylene, benzene and polyaromatic hydrocarbons become more prevalent. A general pyrocarbon formation mechanism is derived with the specific precursors and illustrates that the maturation of gas compositions is beneficial to forming planar structures with hexagonal rings or pentagon-heptagon pairs, namely, high textured pyrocarbon. The results are in well agreement with experiments. 展开更多
关键词 kinetic modeling pyrolytic carbon TEXTURE chemical vapor infiltration METHANE
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