PSO+:基于粒子群结合其他迭代算法非线性拟合热对流聚合酶连锁反应的荧光数据

热对流聚合酶连锁反应(CCPCR)利用热对流的原理,让试剂在试管内流动,通过试管上下部分的温度差来达到扩增目的。为了实时检测扩增效果,我们在试剂体系中加入了荧光基团,通过荧光的强弱实时反映扩增的情况。实验结果显示荧光变化曲线符合扩增曲线的S型趋势,但是由于热对流的不稳定性而存在一定的抖动情况,不利于扩增循环阈值(CT值)的计算。为了解决这个问题,本文采用动力学方法,利用双S型函数模型来拟合曲线,使荧光曲线平滑,从而能更好地根据曲线来推断核酸初始浓度,达到定量的目的。同时采用PSO+算法求解双S型函数参数,即用粒子群优化(PSO)算法结合Levenberg-Marquardt、Newton-CG等算法进行曲线拟合,有效克服PSO随机性太强和传统算法Levenberg-Marquardt、Newton-CG等容易陷入局部最优解的缺点,数据拟合结果的R2能够达到0.999 8。此研究对以后的实时荧光热对流扩增的定量检测研究有指导性意义。

内蒙古蒙古族人群血管紧张素Ⅰ转换酶(ACE)基因多态性分析

目的 :观察血管紧张素 转换酶 (ACE)基因第 16内含子插入 /缺失多态性在内蒙古地区蒙古族人群中的分布。方法 :采用聚合酶连锁反应 (PCR)检测 15 0例内蒙古地区蒙古族标本 ACE基因 16内含子插入 /缺失多态标记 ,得到三种基因型 :缺失纯合子 (DD)、插入纯合子 ( 型 )及插入 /缺失杂合子 (DI型 )。并对所有普通 PCR定为 DD型的样本进行插入特异性 PCR检测 ,以减少误分型率。统计各基因型频率 ,计算等位基因频率。结果 :内蒙古地区蒙古族 ACE基因三种基因型频率分别为 :DD型 2 0 .0 % ,DI型 4 1.3% , 型 38.7% ;D、I两等位基因频率为 4 0 .7%和 5 9.3%。结论 :蒙古族与汉族资料比较 ,等位基因频率差异均无显著性 ,基因型频率与多数资料差异无显著性 ;蒙古族等位基因频率及基因型频率与鄂温克族、达斡尔族、白种人及黑种人差异均存在显著性。ACE基因多态性存在人种的差别 ,而是否不同民族。

PCR、RAPD技术在植物研究中的应用

ＰＣＲ、ＲＡＰＤ技术在植物研究中的应用石太渊，张华，冯立军（辽宁省农科院高粱所１１０１６１）ＰＣＲ，即英文聚合酶连锁反应（ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅｃｈａｉｍｒｅａｃｔｉｏｎ）的缩写字母，又称无细胞分子克隆法。这一技术是８０年代发展起来的，能有选择地、重复...

尿道下裂相关miRNA差异表达分析的初步探讨

目的通过筛选尿道下裂、术前经HCG治疗的尿道下裂以及正常包皮组织中miRNA差异表达,探究其与尿道下裂的发生以及术前HCG治疗影响预后的可能途径,为探究尿道下裂病因提供新思路。方法选取9例尿道下裂(其中3例术前进行HCG治疗)以及3例包茎患儿(对照组)为研究对象,分别取包皮组织抽提总RNA,利用芯片技术筛选各组差异性表达的miRNAs,并用RT-PCR技术对筛选结果进行验证。结果芯片筛选结果:与对照组比较,尿道下裂患儿的包皮组织里差异性表达的miRNAs中上调的19个,下调的15个。与术前行HCG治疗组的患儿相比,术前未行HCG治疗的尿道下裂患儿包皮组织里差异性表达的miRNA中上调的19个,下调的25个;RT-PCR验证结果:在差异性表达的miRNA中选择10个miRNA进行验证,其中5个miRNA与芯片结果相符,分别是let-7b-3p、miR-145-5p、miR-376a-3p、miR-377-3p和miR-1-3p。其中let-7b-3p、miR-145-5p、miR-376a-3p、miR-377-3p在尿道下裂组中低表达,在对照组和术前HCG治疗的尿道下裂组中高表达;miR-1-3p在术前HCG治疗的尿道下裂患儿中较未用药组中高表达。结论首次建立尿道下裂患儿miRNAs的基因表达谱,并筛选出在术前行HCG治疗尿道下裂、术前未行HCG治疗尿道下裂与包茎之间存在差异表达的miRNAs。根据筛选出的差异性表达的miRNAs,推测其与尿道下裂的关系,为今后疾病的预防以及提高治疗效果提供新的线索。

RBM8A在人结肠癌细胞株中的表达及其意义

目的检测RBM8A在不同结肠癌细胞株中的表达,为进一步体外实验筛选靶细胞。方法采用实时定量反转录聚合酶连锁反应(q RT-PCR)法以及蛋白免疫印迹(Western-blot)法检测RBM8A在结肠癌细胞株SW480、SW620、HT29、LOVO、COLO320DM、T84及人正常结肠上皮细胞株NCM460中的表达。结果 RBM8A在7株细胞株中均有表达,其中在结肠癌细胞株SW620和COLO320DM中的表达高于正常细胞株,差异有统计学意义(P<0.05),而其余细胞株中RBM8A的表达与正常细胞株差异无统计学意义(P>0.05)。结论 RBM8A在结肠癌细胞株SW620和COLO320DM中高表达,SW620和COLO320DM细胞株或可作为靶细胞。

不同毛色巴什拜羊皮肤组织中LEF1、YWHAZ及WNT2基因差异表达

【目的】研究LEF1、YWHAZ及WNT2基因表达量与毛色之间的关系,为分析LEF1、YWHAZ及WNT2基因在Wnt/β-actenin信号通路中的分子机制奠定基础。【方法】采用随机选取黑色和白色被毛的巴什拜羊各8只,采集皮肤组织,通过定量反转录聚合酶连锁反应(qRT-PCR)方法测定LEF1、WNT2及YWHAZ基因在不同毛色巴什拜羊皮肤中的表达量,并与LEF1、YWHAZ及WNT2基因转录组测序结果的FPKM值进行双向验证。【结果】LEF1基因在黑色巴什拜羊皮肤组织相对表达量是(4.66±0.59),在白色巴什拜羊皮肤组织是(0.43±0.15);WNT2基因在黑色巴什拜羊组织相对表达量是(7.35±0.77),在白色巴什拜羊皮肤组织是(0.36±0.11);YWHAZ基因在黑色巴什拜羊组织相对表达量是(4.44±0.57),在白色巴什拜羊皮肤组织是(1.02±0.23)。LEF1、YWHAZ及WNT2基因的转录组数据的FPKM值与qRT-PCR结果趋势一致。【结论】LEF1、WNT2及YWHAZ基因在不同毛色的巴什拜羊皮肤组织中均有表达。且LEF1、WNT2及YWHAZ基因在黑色绵羊皮肤中的表达量极显著高于白色绵羊皮肤(P<0.01),LEF1、WNT2及YWHAZ参与毛色的形成过程,可作为绵羊毛色潜在基因研究与毛色之间的相关性。

手足口病病毒、核酸扩增实验室的环境污染监测及分析

对PCR环境进入检测,手足口病病毒在PCR实验室台面,水箱,门把手,加样器,离心机内壁均有检测。对实验结果也会造成影响,加强PCR实验室质量控测,规范操作,消毒彻底,清除干扰至关重要。

正在试用的DNA指纹图

正在试用的ＤＮＡ指纹图蓝彧祥编译历史上谈论最多的谋杀案审判将取决于引起争论的生物技术成果。试管底部的浑浊沉淀物是从桑塔莫尼卡公寓外的人行道上擦吸到的全部遗留血清。用１，６００转／分的离心机旋转试管，把从红细胞抛出的白细胞浸在能消化白细胞壁和分裂细胞核...

幼儿急性视网膜坏死之病例报告

目的:报告一个5岁女童罹患急性视网膜坏死之少见病例。方法:病例报告。结果:一名5岁女童因多日前突发性右眼红痛及视力模糊而求诊,病患于1岁时曾有疱疹病毒性脑炎之病史。眼科理学检查发现右眼视力为0.1,左眼为1.0。裂隙灯检查发现右眼前房及玻璃体皆有中度炎症反应,视网膜周边则出现坏死性区域。由于其典型之眼底病灶,故诊断为急性视网膜坏死,并开始给予静脉注射Acyclovir及类固醇眼药水治疗。儿科检查和实验室测试,包括免疫测试,都是正常的。十天后改为口服Valaciclovir并加上口服类固醇治疗。药效初期反应良好,三星期后视网膜坏死区域已减少,患眼视力也进步至0.3;口服类固醇逐步减量,原先之病灶于4星期后皆已消失,仅留下视网膜色素层变化,但于治疗7星期后倂发裂孔性视网膜剥离。结论:我们报告一例急性视网膜坏死发生于5岁女童之少见病例,病患经全身性抗病毒药物合倂口服类固醇治疗后一度恢复良好,但于治疗7星期后倂发裂孔性视网膜剥离。

亚慢性氟中毒对大鼠骨组织Runx2 mRNA表达的影响

目的观察亚慢性氟中毒对大鼠骨组织中转录因子Runx2 mRNA表达的影响,探讨Runx2在氟骨症发生中的可能作用。方法 40只Wistar大鼠按体重随机分成4组,染氟组大鼠饮用含氟50、100、150 mg/L的自来水,对照组大鼠饮用自来水;3个月后测定大鼠血清及骨组织氟含量,并采用SYBR Green Real-time RT-PCR法检测骨组织中Runx2 mRNA表达情况,同时观察骨组织病理学改变。结果 HE染色显示染氟组大鼠呈现骨皮质增厚、骨小梁增多等骨硬化表现;染氟组大鼠骨组织中Runx2 mRNA表达显著高于对照组,且随染毒剂量升高,表达亦逐渐升高。结论过量的氟可能通过增加骨组织Runx2基因表达水平来促进间充质干细胞向成骨细胞系分化,使骨形成增加。