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焦磷酸测序法在HBV阿德福韦酯耐药检测中的应用 被引量:5
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作者 郑金梅 赵龙凤 +4 位作者 杨松 王琦 邢卉春 谢雯 成军 《解放军医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2010年第10期1199-1200,1204,共3页
目的评价焦磷酸测序法在慢性乙型肝炎(CHB)患者阿德福韦酯(ADV)耐药检测中的应用。方法选取ADV治疗失败的CHB患者,采用PCR产物焦磷酸测序法检测ADV耐药相关的rtA181V/T和rtN236T变异,并与PCR产物双脱氧测序法进行比较。计算两种方法的... 目的评价焦磷酸测序法在慢性乙型肝炎(CHB)患者阿德福韦酯(ADV)耐药检测中的应用。方法选取ADV治疗失败的CHB患者,采用PCR产物焦磷酸测序法检测ADV耐药相关的rtA181V/T和rtN236T变异,并与PCR产物双脱氧测序法进行比较。计算两种方法的耐药检出率及采用焦磷酸测序法检出的变异株在病毒群中所占的比例。结果共入选患者210例,经双脱氧测序法与焦磷酸测序法检测共确认耐药变异患者67例,耐药变异位点92个,其中焦磷酸测序法检出耐药患者64例(95.52%)、变异位点86个(93.48%),双脱氧测序法检出耐药患者52例(77.61%)、变异位点71个(77.17%),两种方法结果符合率为83.8%。焦磷酸测序法检出44例发生单位点变异的患者,其中变异株比例<50%的患者26例,最低耐药株比例为6.5%。rtA181T、rtA181V、rtN236T变异的平均变异株比例分别为34.12%、61.23%、59.69%,其中rtA181V与rtN236T的变异株比例无明显差异(P=0.909),但均高于rtA181T的变异株比例(P<0.01,P<0.05)。结论焦磷酸测序法的ADV耐药检出率优于双脱氧测序法,前者可进一步计算患者体内变异株的比例;在大部分患者中检出耐药时变异株不一定是优势株。 展开更多
关键词 肝炎 乙型 慢性 阿德福韦酯 抗药性 病毒 焦磷酸测序法
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焦磷酸测序法检测ALDH2*2和MTHFR 677基因多态性的性能验证
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作者 张婕妤 封利颖 +1 位作者 吴燕子 初亚男 《检验医学与临床》 CAS 2019年第20期2948-2951,共4页
目的对实验室自建焦磷酸测序法检测乙醛脱氢酶2(ALDH2)*2和亚甲基四氢叶酸还原酶(MTHFR)677基因多态性的方法进行性能评价。方法对不同浓度(10.0、2.0、0.4、0.0ng/μL)的杂合型DNA标本进行检测,评价方法的检出限;采用经焦磷酸测序法验... 目的对实验室自建焦磷酸测序法检测乙醛脱氢酶2(ALDH2)*2和亚甲基四氢叶酸还原酶(MTHFR)677基因多态性的方法进行性能评价。方法对不同浓度(10.0、2.0、0.4、0.0ng/μL)的杂合型DNA标本进行检测,评价方法的检出限;采用经焦磷酸测序法验证的DNA标本的PCR产物各20例,与Sanger测序法进行比较,评价方法的准确度;对3种(野生、杂合和突变型)基因型标本重复检测4次,评价方法的重复性。结果焦磷酸测序法检测ALDH2*2和MTHFR 677多态性的检出限为2ng/μL基因组DNA;焦磷酸测序法的分型结果与Sanger测序法一致,准确度为100%;批内重复4次检测结果完全一致。结论焦磷酸测序法检测ALDH2*2和MTHFR 677基因多态性稳定可靠,满足江苏省临床检验中心的要求,可用于临床检测。 展开更多
关键词 性能验证 焦磷酸测序法 基因多态性 乙醛脱氢酶2*2 亚甲基四氢叶酸还原酶677
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沙门菌PCR-焦磷酸测序法检测 被引量:4
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作者 李秀娟 徐保红 +2 位作者 宋红梅 李丽婕 田会芳 《中国公共卫生》 CAS CSCD 北大核心 2009年第8期997-998,共2页
关键词 沙门菌 PCR-焦磷酸测序法 免疫学检技术
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异柠檬酸脱氢酶1基因突变焦磷酸测序检测方法的建立 被引量:2
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作者 王丹慧 蔡彦宁 +2 位作者 张燕莉 高杰 杨彩侠 《首都医科大学学报》 CAS 2014年第2期219-224,共6页
目的建立异柠檬酸脱氢酶1(isocitrate dehydrogenase 1,IDH1)基因突变的焦磷酸测序检测方法,确定该方法的检测灵敏度。分析焦磷酸测序法与直接测序法对于鉴定IDH1突变的差异。方法构建携带野生型和突变型IDH1基因的质粒,使用质粒优化焦... 目的建立异柠檬酸脱氢酶1(isocitrate dehydrogenase 1,IDH1)基因突变的焦磷酸测序检测方法,确定该方法的检测灵敏度。分析焦磷酸测序法与直接测序法对于鉴定IDH1突变的差异。方法构建携带野生型和突变型IDH1基因的质粒,使用质粒优化焦磷酸测序方法。使用已知比例的野生型和突变型质粒作为模版,确定突变的检测灵敏度。针对96例胶质瘤患者手术切除标本的基因组DNA,分别使用直接测序法和焦磷酸测序法,鉴定IDH1基因突变类型,并比较。结果使用焦磷酸测序能够检测到低至2%的IDH1突变。直接测序检出突变阳性率为32.3%、焦磷酸测序检出突变阳性率为74.0%。结论焦磷酸测序法检测IDH1基因突变灵敏可靠,适合临床分子诊断。 展开更多
关键词 异柠檬酸脱氢酶1 焦磷酸测序法 突变
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焦磷酸测序法快速检测胰腺癌K-ras基因点突变 被引量:1
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作者 林勇 关明 +1 位作者 王蓓 吕元 《中华检验医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2008年第3期297-300,共4页
目的建立基于焦磷酸测序技术的胰腺癌K-ras基因点突变的检测方法,并与Sanger测序法作一比较。方法用焦磷酸测序法(Pyrosequencing)和Sanger测序法(Sanger sequencing)分别在10名正常胰腺组织、49例胰腺癌、11例慢性胰腺炎、18例胰... 目的建立基于焦磷酸测序技术的胰腺癌K-ras基因点突变的检测方法,并与Sanger测序法作一比较。方法用焦磷酸测序法(Pyrosequencing)和Sanger测序法(Sanger sequencing)分别在10名正常胰腺组织、49例胰腺癌、11例慢性胰腺炎、18例胰腺良性囊肿、7例胰岛素癌、9例壶腹癌、7例胆管癌及7例十二指肠乳头癌石蜡包埋组织的DNA中检测K-ras基因12密码子点突变。结果采用上述两种方法在所有正常胰腺组织、慢性胰腺炎、胰腺良性囊肿、胰岛素癌、壶腹癌、胆管癌及十二指肠乳头癌均未见K-ras基因点突变,而采用焦磷酸测序法发现胰腺癌石蜡包埋组织K-ras基因点突变率为71.4%(35/49),显著高于采用Sanger测序法发现胰腺癌石蜡包埋组织K-ras基因点突变率(61.2%,30/49)。结论焦磷酸测序法较Sanger测序法更为敏感,且焦磷酸测序法准确、快速、高通量,适合临床标本的批量测定。 展开更多
关键词 胰腺肿瘤 基因 ras 点突变 磷酸 列分析 DNA 焦磷酸测序法
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荷斯坦牛瓜氨酸血症焦磷酸测序检测方法的建立与应用 被引量:1
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作者 王群 孙涛 +3 位作者 张晓文 郑小龙 姜帆 赵玉然 《中国奶牛》 2014年第10期1-4,共4页
为建立一种快速高通量的荷斯坦牛瓜氨酸血症(Citrullinemia,CN)分子检测方法,依据CN是由于精氨酸琥珀酸(ASS)合成酶基因编码第86位精氨酸的密码子突变为终止密码子的遗传学基础,利用Assay Design SW软件设计了1对引物和1条测序引物对三... 为建立一种快速高通量的荷斯坦牛瓜氨酸血症(Citrullinemia,CN)分子检测方法,依据CN是由于精氨酸琥珀酸(ASS)合成酶基因编码第86位精氨酸的密码子突变为终止密码子的遗传学基础,利用Assay Design SW软件设计了1对引物和1条测序引物对三种不同基因型的基因材料进行测序分析。用建立的方法对55份进境荷斯坦牛血样进行检测,发现有1例为隐性基因携带者,将PCR产物进行常规测序,结果与焦磷酸测序检测结果一致。研究表明该方法可用于荷斯坦牛瓜氨酸血症的检测,是一种有效的新方法。 展开更多
关键词 瓜氨酸血症 焦磷酸测序法 荷斯坦牛
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焦磷酸测序技术快速测定肾移植受体人群CYP3A5~*3基因多态性方法的建立 被引量:5
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作者 朱利军 李定云 +7 位作者 李智 叶启发 王果 明英姿 成柯 赵于军 佘兴国 周宏灏 《中国现代医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2010年第15期2302-2306,共5页
目的建立基于焦磷酸测序技术(Pyrosequencing)的肾移植受体CYP3A5*3基因多态性的简单、快速、准确、高通量的检测方法。方法提取221例肾移植受体和200例健康人外周血基因组DNA,应用Pyro-MarkID焦磷酸测序仪进行焦磷酸测序,采用Sanger法... 目的建立基于焦磷酸测序技术(Pyrosequencing)的肾移植受体CYP3A5*3基因多态性的简单、快速、准确、高通量的检测方法。方法提取221例肾移植受体和200例健康人外周血基因组DNA,应用Pyro-MarkID焦磷酸测序仪进行焦磷酸测序,采用Sanger法DNA测序作为标准对照,观察分析焦磷酸测序法的可靠性,并分析肾移植受体人群CYP3A5*3多态性的分布。结果建立了基于焦磷酸测序技术的CYP3A5*3基因多态性检测新方法,实现了DNA标本的快速、可靠、高通量检测,经重复性检测和Sanger标准法DNA测序可靠性检测,用焦磷酸测序技术检测CYP3A5*3多态性的突变检出率及重复率均达100%。221例肾移植受体CYP3A5*3基因型分布:*1/*1型为23例(10.4%),*1/*3型为89例(40.3%),*3/*3型为109例(49.3%),与正常人群比较等位基因分布符合Hardy-Weinberg平衡。结论与传统的测序方法相比,焦磷酸测序法能够简单、快速、准确地测定肾移植受体CYP3A5*3基因型,适合临床推广应用。 展开更多
关键词 焦磷酸 CYP3A5*3多态性 肾移植
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无牙颌患者口腔菌群组成的焦磷酸测序分析
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作者 张松梅 田菲 +2 位作者 张富强 郭晓奎 邱憬 《口腔医学》 CAS 2018年第5期389-393,共5页
目的研究无牙颌患者的口腔菌群组成。方法收集11例无牙颌患者口底/舌腹、舌背、唇颊前庭、硬腭/牙槽嵴顶、唾液中的菌斑样本,构建细菌16S rRNA基因文库,采用焦磷酸测序法对16S rRNA基因的V2-V3可变区进行序列分析,完成无牙颌患者口腔菌... 目的研究无牙颌患者的口腔菌群组成。方法收集11例无牙颌患者口底/舌腹、舌背、唇颊前庭、硬腭/牙槽嵴顶、唾液中的菌斑样本,构建细菌16S rRNA基因文库,采用焦磷酸测序法对16S rRNA基因的V2-V3可变区进行序列分析,完成无牙颌患者口腔菌群的物种鉴定。结果 11例无牙颌患者共测得51 091条16S rRNA基因序列,主要分布于厚壁菌门、变形菌门、拟杆菌门、放线菌门,多为链球菌属、奈瑟菌属、卟啉单胞菌属、罗氏菌属等,优势菌种为缓症链球菌、毗邻颗粒链菌、殊异韦荣菌、香茅醇假单胞菌、副猪嗜血杆菌、动物口腔奈瑟氏球菌、卟啉单胞菌、黏液罗氏菌。结论牙列缺失对无牙颌患者的口腔菌群组成有一定影响。 展开更多
关键词 无牙颌 口腔菌群 焦磷酸测序法
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焦磷酸定量化检测配对盒家族基因1甲基化在宫颈癌诊断中的应用 被引量:2
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作者 徐灵 杨宝华 +3 位作者 王立峰 屠红 徐军 朱昊平 《上海医学》 CAS CSCD 北大核心 2015年第1期36-39,I0001,共5页
目的检测配对盒家族基因1(PAX1基因)在不同程度宫颈病变组织中的甲基化表达水平,评估其作为宫颈上皮细胞癌变的分子标志物的诊断价值。方法 2011年1月—2013年4月在上海市闵行区中心医院妇科宫颈专科门诊就诊的121例患者的宫颈组织,以... 目的检测配对盒家族基因1(PAX1基因)在不同程度宫颈病变组织中的甲基化表达水平,评估其作为宫颈上皮细胞癌变的分子标志物的诊断价值。方法 2011年1月—2013年4月在上海市闵行区中心医院妇科宫颈专科门诊就诊的121例患者的宫颈组织,以组织病理学诊断作为金标准,分为正常宫颈组(28例)、低级别病变组[病理诊断为宫颈上皮内瘤变(CIN)Ⅰ级,32例]、高级别病变组(病理诊断为CINⅡ或Ⅲ级,34例)和宫颈鳞癌组(27例)。采用焦磷酸测序法检测抑癌基因不同位置的甲基化情况。采用受试者ROC曲线确定宫颈组织PAX1基因甲基化表达水平对宫颈病变的诊断阈值。结果正常宫颈组、低级别病变组、高级别病变组和宫颈鳞癌组间年龄(F=4.31,P<0.01)和高危人乳头瘤毒阳性构成比(χ2=79.43,P<0.01)的差异有统计学意义。正常宫颈组宫颈组织PAX1基因甲基化定量水平为(4.92±4.45)%,低级别病变组为(5.55±5.05)%,高级别病变组为(10.21±14.39)%,宫颈鳞癌组为(41.97±23.02)%,差异有统计学意义(F=46.43,P<0.001);两两比较发现,除正常宫颈组与低级别病变组之间差异无统计学意义外(P>0.05),其他各组之间差异均有统计学意义(P值均<0.01)。宫颈组织PAX1基因甲基化定量检测诊断宫颈鳞癌的ROC曲线AUC为0.883,敏感度为81%,特异度为93%,最佳界值为20.55%。宫颈组织PAX1基因甲基化定量检测诊断宫颈鳞癌和高级别病变的AUC为0.680,敏感度为57%,特异度为90%,最佳界值为8.97%。结论焦磷酸测序法PAX1基因甲基化水平定量检测较以往的定性分析有较大优势,对于宫颈癌临床诊断具有潜在应用价值。 展开更多
关键词 配对盒家族基因1 DNA甲基化 宫颈癌 焦磷酸测序法
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乙型肝炎病毒耐药突变的焦磷酸测序与Sanger双脱氧链终止法检测试剂的比对及临床应用
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作者 叶佩燕 夏前林 张建良 《诊断学理论与实践》 2016年第3期322-325,共4页
目的:将检测乙型肝炎病毒(hepatitis B virus,HBV)耐药突变位点的焦磷酸测序检测试剂与Sanger双脱氧链终止法(Sanger测序法,简称Sanger法)检测试剂进行临床比对,为临床诊断和个体化治疗提供参考。方法:分别用研制的焦磷酸测序检测试剂与... 目的:将检测乙型肝炎病毒(hepatitis B virus,HBV)耐药突变位点的焦磷酸测序检测试剂与Sanger双脱氧链终止法(Sanger测序法,简称Sanger法)检测试剂进行临床比对,为临床诊断和个体化治疗提供参考。方法:分别用研制的焦磷酸测序检测试剂与Sanger法检测试剂检测415份临床慢性乙型肝炎(乙肝)患者的血清样本及30例对照血清样本,并与Sanger法检测试剂比对,计算焦磷酸测序检测试剂的特异度、灵敏度及总符合率,计算Kappa值,比较2种试剂检测结果的一致性。结果:与经典的Sanger法检测试剂比对,焦磷酸测序检测试剂的特异度为100%,灵敏度为99.82%,一致率为99.86%,受试者工作特征曲线下面积为0.999 4,两者间具有较强的一致性。结论:焦磷酸测序检测试剂适合于临床对HBV样本进行耐药性诊断,其特异度、灵敏度与Sanger测序法一致性较强,且具有检测速度快、操作方便、测序成本低等优点,能更快地对临床乙肝患者提供用药指导建议,具有良好的临床应用前景。 展开更多
关键词 焦磷酸测序法 Sanger双脱氧链终止 乙型肝炎病者耐药突变位点
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PAX1检测对宫颈上皮内瘤变和宫颈癌HPV感染的临床诊断价值 被引量:8
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作者 朱昀恒 徐军 李华萍 《中国医学前沿杂志(电子版)》 2017年第9期63-67,共5页
目的探讨配对盒家族基因1(paired boxed gene 1,PAX1)的甲基化定量检测以及免疫组化法等对高级别宫颈癌前病变的临床诊断价值。方法选取2014年1月至2016年10月在上海交通大学附属第六人民医院就诊的135例高危亚型人乳头瘤病毒(human pap... 目的探讨配对盒家族基因1(paired boxed gene 1,PAX1)的甲基化定量检测以及免疫组化法等对高级别宫颈癌前病变的临床诊断价值。方法选取2014年1月至2016年10月在上海交通大学附属第六人民医院就诊的135例高危亚型人乳头瘤病毒(human papilloma virus,HPV)感染者为研究对象,根据病理诊断结果将其分为正常宫颈组(组Ⅰ,40例)、低级别宫颈癌前病变组[宫颈上皮内瘤变(cervical intraepi-thelial neoplasia,CIN)Ⅰ,组Ⅱ,44例]及高级别宫颈癌前病变组(CINⅡ~Ⅲ,组Ⅲ,51例)。采集各组患者宫颈组织标本,分别采用免疫组织化学法、免疫印记法、聚合酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)、PAX1定量甲基化聚合酶链反应及焦磷酸测序法检测各组样本中的PAX1甲基化水平及表达情况,绘制患者PAX1甲基化水平接受者操作特征曲线(receiver operating characteristic curve,ROC曲线)。结果组Ⅰ的PAX1甲基化水平为(4.53±2.62)%,组Ⅱ为(3.24±2.28)%,组Ⅲ为(13.67±5.38)%,三组比较差异具有显著性(F=22.35,P<0.001)。ROC曲线下面积为0.9216。PAX1甲基化水平对高级别宫颈癌前病变的诊断阈值为8.74%,灵敏度为86.27%,特异度为98.81%。结论采用焦磷酸测序法定量检测宫颈组织中PAX1甲基化水平能够有效诊断高级别宫颈癌前病变。 展开更多
关键词 宫颈癌前病变 焦磷酸测序法 免疫组织化学 配对盒家族基因1 甲基化
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定量检测PAX1甲基化对于高级别宫颈癌前病变的诊断价值 被引量:7
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作者 林晓 徐军 +2 位作者 徐灵 夏子茵 朱昊平 《中国临床医学》 2015年第3期381-383,共3页
目的:探讨配对盒家族基因1(paired boxed gene 1,PAX1)的甲基化定量检测对于高级别宫颈癌前病变的临床诊断价值。方法:以病理诊断为金标准,将122例高危亚型HPV病毒感染患者分为正常宫颈组(组I,n=39)、低级别宫颈癌前病变组(组II,n=40)... 目的:探讨配对盒家族基因1(paired boxed gene 1,PAX1)的甲基化定量检测对于高级别宫颈癌前病变的临床诊断价值。方法:以病理诊断为金标准,将122例高危亚型HPV病毒感染患者分为正常宫颈组(组I,n=39)、低级别宫颈癌前病变组(组II,n=40)和高级别宫颈癌前病变组(组III,n=43)。收集各组的宫颈组织标本,采用焦磷酸测序法检测各样本中PAX1基因的甲基化水平并进行统计学分析,绘制受试者工作特性(ROC)曲线,确定PAX1基因的甲基化水平对高级别宫颈癌前病变的诊断阈值。结果:组I的PAX1基因甲基化水平为(4.77±2.43)%,组II为(3.75±2.36)%,组III为(13.51±5.31)%,差异有统计学意义(F=23.13,P<0.001)。ROC曲线下面积为0.73。PAX1甲基化水平用于诊断高级别宫颈癌前病变的诊断阈值为4.15%,灵敏度为89.39%,特异度为79.15%。结论:采用焦磷酸测序法定量检测宫颈组织中PAX1基因的甲基化水平能够有效诊断高级别宫颈癌前病变。 展开更多
关键词 宫颈癌前病变 焦磷酸测序法 配对盒家族基因1 甲基化
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慢性乙型肝炎患者阿德福韦酯耐药变异的检测
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作者 钱小玉 刘奇 +2 位作者 王学才 周玉麟 丁伟良 《临床医学工程》 2011年第11期1748-1749,共2页
目的采用焦磷酸测序法检测有病毒学和生化学突破的慢性乙型肝炎(CHB)患者阿德福韦酯(ADV)耐药变异情况。方法选取ADV治疗出现病毒学和生化学突破的CHB患者,采用PCR产物焦磷酸测序法检测ADV耐药相关的rtA181V/T和rtN236T变异情况。结果 4... 目的采用焦磷酸测序法检测有病毒学和生化学突破的慢性乙型肝炎(CHB)患者阿德福韦酯(ADV)耐药变异情况。方法选取ADV治疗出现病毒学和生化学突破的CHB患者,采用PCR产物焦磷酸测序法检测ADV耐药相关的rtA181V/T和rtN236T变异情况。结果 48例患者焦磷酸测序法检测共确认耐药变异患者14例,变异比例为29.2%(14/48)。ADV耐药变异患者中单独rtA181T/V、rtN236T变异的比例分别为64.3%(9/14)、21.4%(3/14);rtA181T/V、rtN236T混合变异比例为14.3%(2/14)。结论宜兴地区有病毒学和生化学突破的慢性乙型肝炎(CHB)患者阿德福韦酯(ADV)耐药变异以rtA181T/V变异为主,部分为rtN236T变异和tA181T/V、rtN236T混合变异。 展开更多
关键词 慢性乙型肝炎 阿德福韦酯 耐药性 焦磷酸测序法
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徐州采煤塌陷区复垦土壤的细菌群落多样性 被引量:7
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作者 李媛媛 张怡康 《江苏农业科学》 北大核心 2014年第9期312-315,共4页
为探讨江苏省徐州市采煤塌陷区土壤微生物群落多样性及优势种群在复垦前后的变化,利用454焦磷酸测序法,对比分析采煤塌陷地、复垦地以及非塌陷对照地这3个样地的细菌多样性及群落结构。结果表明,变形菌、放线菌、浮霉菌、酸杆菌、绿弯... 为探讨江苏省徐州市采煤塌陷区土壤微生物群落多样性及优势种群在复垦前后的变化,利用454焦磷酸测序法,对比分析采煤塌陷地、复垦地以及非塌陷对照地这3个样地的细菌多样性及群落结构。结果表明,变形菌、放线菌、浮霉菌、酸杆菌、绿弯菌、拟杆菌、厚壁菌和芽单胞菌为细菌的主要类群,但其在3个处理区的分布各不相同,即芽单胞菌和硝化螺旋菌在复垦区中分布最广,酸杆菌、放线菌、拟杆菌在对照区中最多,变形菌在塌陷区中分布最广。复垦地土壤的细菌群落多样性水平最高,对照地次之,塌陷地最低。细菌群落多样性指数与土壤有机质、全氮、速效钾的含量呈正相关关系,与土壤盐分呈负相关关系。开采沉陷导致土壤肥力退化和土壤盐渍化现象加重,抑制微生物的繁殖与生长。复垦与植被修复能够改善土壤理化特征,恢复微生物群落结构功能与多样性。 展开更多
关键词 采煤塌陷区 复垦土壤 微生物 454焦磷酸测序法 多样性
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大鼠Ins1基因启动子区域DNA甲基化状态的研究 被引量:3
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作者 王小莉 尹世学 +2 位作者 刘乔 江德巧 李东升 《湖北医药学院学报》 CAS 2012年第2期114-118,92,共6页
目的:研究大鼠Ins1(Insulin 1)基因启动子在各种组织中DNA甲基化的状态及在转化分化过程中甲基化的变化情况,为从表观遗传学方面研究Ins1基因表达调控的机制奠定基础。方法:通过RT-PCR检测大鼠胰岛、大鼠胰岛素瘤细胞(INS-1)及大鼠肝干... 目的:研究大鼠Ins1(Insulin 1)基因启动子在各种组织中DNA甲基化的状态及在转化分化过程中甲基化的变化情况,为从表观遗传学方面研究Ins1基因表达调控的机制奠定基础。方法:通过RT-PCR检测大鼠胰岛、大鼠胰岛素瘤细胞(INS-1)及大鼠肝干细胞(WB)中Ins1基因的表达情况。采用重亚硫酸盐测序法分析这三种细胞位于转录起始位点上游400 bp的Ins1基因启动子区域DNA甲基化的状态,并用焦磷酸测序法分析大鼠肺、脾、皮肤、小肠、脂肪和肝脏组织的甲基化状态及WB细胞转入PDX1慢病毒后甲基化的变化情况。结果:大鼠胰岛和INS-1细胞中Ins1基因高表达,启动子区域的甲基化程度非常低,而在大鼠肺、脾、皮肤、小肠、脂肪、肝脏组织和WB细胞中Ins1基因不表达,启动子区域的甲基化程度很高,当WB细胞转入PDX1慢病毒后可使Ins1基因启动子区域的甲基化程度降低。结论:Ins1基因的表达受甲基化调控,PDX1单个转录因子虽可降低Ins1基因甲基化程度但并不能使其完全去甲基化并表达Ins1基因。 展开更多
关键词 Ins1基因 重亚硫酸盐 焦磷酸测序法 DNA甲基化
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LINE-1甲基化水平与食管鳞状细胞癌免疫状态的关系
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作者 肖梅仙 赵金波 +1 位作者 王波 匡黎 《局解手术学杂志》 2022年第8期664-668,共5页
目的探讨食管鳞状细胞癌(ESCC)组织中长散布核元件-1(LINE-1)甲基化水平与免疫状态之间的关系。方法收集107例经术后病理证实为ESCC的肿瘤组织样本,采用亚硫酸氢盐焦磷酸测序法检测ESCC组织中LINE-1甲基化水平。根据HE染色法和免疫组织... 目的探讨食管鳞状细胞癌(ESCC)组织中长散布核元件-1(LINE-1)甲基化水平与免疫状态之间的关系。方法收集107例经术后病理证实为ESCC的肿瘤组织样本,采用亚硫酸氢盐焦磷酸测序法检测ESCC组织中LINE-1甲基化水平。根据HE染色法和免疫组织化学染色法检测4种组织学淋巴细胞反应[克罗恩样淋巴样反应、瘤周淋巴细胞反应、间质淋巴细胞反应、肿瘤浸润淋巴细胞(TILs)反应],并进一步分析ESCC组织中LINE-1甲基化水平与组织学淋巴细胞反应及患者临床病理特征的关系。结果ESCC组织中LINE-1平均甲基化率为(64.27±9.72)%,中位值为63.51%(43.81%~85.10%)。ESCC组织中LINE-1甲基化水平与患者年龄、淋巴结转移、TNM分期、瘤周淋巴细胞反应有关(P<0.05)。缺失/低瘤周淋巴细胞反应的肿瘤组织中LINE-1基因甲基化率低于中、高瘤周淋巴细胞反应的肿瘤组织(P<0.05)。经单因素和多因素Logistic回归模型分析,ESCC组织中LINE-1低甲基化水平是缺失/低瘤周淋巴细胞反应的独立危险因素(P trend<0.001)。结论ESCC组织中LINE-1甲基化水平与患者临床病理、分子特征有关,此外LINE-1低甲基化水平是ESCC组织中缺失/低瘤周淋巴细胞反应的独立危险因素。 展开更多
关键词 LINE-1甲基化 亚硫酸氢盐焦磷酸测序法 食管鳞状细胞癌 组织学淋巴细胞反应 瘤周淋巴细胞反应
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CHEK2基因与卵巢癌易感性关系的分析
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作者 Baysal B.E. DeLoia J.A. +1 位作者 Willett-B rozick J.E. 张剑萍 《世界核心医学期刊文摘(妇产科学分册)》 2005年第2期46-47,共2页
A deletion variant in the CHEK2gene(del1100C)has been implicated as a low -penetrance risk factor for breastcancer.We sought to determine contr ibution of CHEK2mutations to the etiology of ovarian cancer(OvCa ).We use... A deletion variant in the CHEK2gene(del1100C)has been implicated as a low -penetrance risk factor for breastcancer.We sought to determine contr ibution of CHEK2mutations to the etiology of ovarian cancer(OvCa ).We used cases ascertained from the United States through Gy-necologic Oncology Group(GOG)protocols 172,182,and144,the University of Hawaii Cancer Research Center,and Creighton University.Control women were recruited fromPittsburgh and Hawaii.Denatur ing high -performance liquid chromatography,sequence an alysis,and single nu-cleotide polymorphism genotyping b y Pyrosequencingwere employed to analyze the CHEK2gene.Mutation screening of the CHEK2gene in 48cases who had a f irst -degree relative with OvCa uncovered only del1100C and A252G variants.Altogether,the del1100C variantwas detected in none of 751unselected cases,in 1of 52(1.9%)cases who had a firstdegree relative with OvCa,and in 3of 521(0.6%)unselected controls.The frequencies of del1100C and A252G variants did not show stati stically significant differences between the cases and th e controls.These re-sults suggest that variations in CHEK2do not make a sig-nificant contribution to the pathogenesis of OvCa in the U.S.population. 展开更多
关键词 癌易感性 CHEK2 缺失突变 妇科肿瘤 多态性基因型 外显率 诊断方案 变异体 一级亲属 焦磷酸测序法
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配对盒家族基因1甲基化检测在子宫颈癌诊断中的应用 被引量:1
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作者 冯冠男 陆维仙 +1 位作者 周冬梅 杨如 《中国妇产科临床杂志》 CSCD 北大核心 2015年第6期501-503,共3页
目的检测配对盒家族基因1(PAX1)在不同宫颈病变宫颈脱落细胞中的甲基化水平,评估其作为宫颈上皮细胞癌变分子标志物的价值。方法采用焦磷酸测序法检测PAX1基因的甲基化情况。比较正常组织与低级别宫颈鳞状上皮内病变(LSIL)、高级别宫颈... 目的检测配对盒家族基因1(PAX1)在不同宫颈病变宫颈脱落细胞中的甲基化水平,评估其作为宫颈上皮细胞癌变分子标志物的价值。方法采用焦磷酸测序法检测PAX1基因的甲基化情况。比较正常组织与低级别宫颈鳞状上皮内病变(LSIL)、高级别宫颈鳞状上皮内病变(HSIL)和宫颈癌组织(各组20例)甲基化水平的差异。并采用受试者工作特性曲线(ROC)确定癌变组与非癌变组之间的判别临界值。结果 1正常宫颈组PAX1基因甲基化水平为(4.57±2.43)%,LSIL组为(3.383±2.364)%,HSIL组为(13.64±13.35)%,宫颈癌组为(26.39±18.53)%,其中正常宫颈组与LSIL组PAX1基因甲基化水平比较,差异无统计学意义(P>0.05),其他各组间比较,差异均有统计学意义(P<0.05)。2 ROC曲线下面积(AUC)为0.893,提示有较高的诊断价值。取PAX1甲基化水平27%作为临界值,检测灵敏度为97.1%,特异度为85.2%。结论焦磷酸测序法PAX1基因甲基化水平定量检测对于宫颈癌早期临床诊断具有潜在的诊断价值。 展开更多
关键词 配对盒家族基因1 DNA甲基化 宫颈癌 焦磷酸测序法
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NPR1基因启动子区甲基化水平与中国北方汉族孤独症谱系障碍的相关性研究 被引量:2
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作者 李海欣 梁爽 +5 位作者 杨晓蕾 孙艺 韩盼盼 姜喜涛 孙彩虹 武丽杰 《中国儿童保健杂志》 CAS 2017年第7期652-655,共4页
目的检测北方汉族孤独症谱系障碍(ASD)患儿NPR1基因启动子区的甲基化水平,并探讨其与ASD的相关性。方法应用焦磷酸测序法检测9对同卵双生ASD样本、30例ASD患儿和30例正常儿童在NPR1基因启动子区2个位点(Chr.1:153652122,Chr.1:153652129... 目的检测北方汉族孤独症谱系障碍(ASD)患儿NPR1基因启动子区的甲基化水平,并探讨其与ASD的相关性。方法应用焦磷酸测序法检测9对同卵双生ASD样本、30例ASD患儿和30例正常儿童在NPR1基因启动子区2个位点(Chr.1:153652122,Chr.1:153652129)的甲基化水平,并分析其与ASD患儿社交反应量表(SRS)评分之间的相关性。结果 2对同卵双生非共患同胞间在2个检测位点的甲基化水平差异均高于界限值,且ASD病例和对照间比较,差异有统计学意义(P<0.05)。此外,ASD患儿的甲基化水平与SRS量表中"孤独症行为方式"评分呈正相关(P<0.05)。结论 ASD患儿在NPR1基因启动子区的甲基化水平存在异常,且这种异常的甲基化水平与ASD的行为方式相关。 展开更多
关键词 孤独症谱系障碍 NPR1基因 焦磷酸测序法 DNA甲基化 社交反应量表
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肾移植受者CYP3A5基因多态性对术后他克莫司药物代谢的影响 被引量:6
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作者 李定云 李智 +7 位作者 朱利军 叶启发 杜冰 王果 明英姿 成柯 余兴国 周宏灏 《中华器官移植杂志》 CAS CSCD 北大核心 2010年第5期280-283,共4页
目的研究肾移植受者细胞色素P4503A(CYP3A)酶系中的CYP3A5基因多态性对术后他克莫司(Tac)药物代谢的影响,并探讨测定CYP3A5基因型的方法。方法选取97例肾移植术后常规使用Tac+吗替麦考酚酯+泼尼松三联免疫抑制方案的受者。用焦... 目的研究肾移植受者细胞色素P4503A(CYP3A)酶系中的CYP3A5基因多态性对术后他克莫司(Tac)药物代谢的影响,并探讨测定CYP3A5基因型的方法。方法选取97例肾移植术后常规使用Tac+吗替麦考酚酯+泼尼松三联免疫抑制方案的受者。用焦磷酸测序法测定受者CYP3A5基因型;用均相酶扩大免疫分析法(EMIT)测定受者全血Tac浓度谷值(G0);比较不同基因型的受者肾移植术后第7天、第14天、1个月、3个月和6个月时的TacG与Tac校正剂量的比值(TacG0/Tac校正剂量)。结果焦磷酸测序法能够快速准确的测定肾移植受者CYP3A5基因型;97例肾移植受者CYP3A5基因型分别为:CYP3A5*1/*1型17例(17.5%),CYP3A5+1/+3型35例(36.1%),CYP3A5+3/+3型45例(46.4%)。CYP3A5+1/+1型和CYP3A5+5/+3型受者肾移植术后TacC0/Tac校正剂量均显著低于CYP3A5+3/+3型受者。结论肾移植受者CYP3A5基因型对Tac药物代谢具有显著的影响。采用焦磷酸法测定肾移植受者CYP3A5基因多态性,有助于确定不同个体移植术后理想的Tac起始剂量,实现Tac个体化用药。 展开更多
关键词 肾移植 他克莫司 细胞色素P450 CYP3A5 焦磷酸
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