片断分子的建立和正则轨道的定域化

为了研究共轭分子的芳香性,我们建立了新的作用能分解法。该方法的核心是为任何一个共轭分子提供一个π和σ体系彻底分离的轨道基组{Φ_m^(P-π),Φ_l^(P-σ),Φ_t^P}。为此,放射形环炔烃分子(D_(3h)对称的)必须分割成3个乙炔片断(A,C,E)和3个乙烯片断(B,D,F),它的{Φ_m^(P-π),Φ_l^(P-σ),Φ_t^P}是由6个片断的轨道基组{ψ_k^(P-π),ψ_n^(P-σ),φ_s^('P)}(P=A,B,…,F)叠加而成。FMP-L和FMP-R(P=A,B,…,F)是片断P的两个片断分子,设它们C-H_R键的键长分别是r_R(P)和r_L(P)。在定域化后,单占据轨道φ_s^('P)和参考氢原子H_R占据轨道φ_h^('H)的总电子数∑q_(?)(P)+∑q_h(P)总是正确的,与r_R(P)和r_L(P)的取值无关。但是,{φ_s^('P)的空间取向取决于r_L(P)和r_R(P)的值。在片断A和B中,R_V(A)=(-V/T)=1.95153+0.50869*r_R^V(A),R_V(B)=1.94556+0.54823*r_R^V(B),设R_V=2,则r_R^V(A)=0.09528nm,r_R^V(B)=0.09930nm。另外,有条件地优化FMP-R可算得:r_R^O(A)=0.10658nm,r_R^O(B)=0.10888nm。当r_R^V(P)和r_R^O(P)确定后,可得到;q_S^V(A)=6.05124-56.5228*r_L^V(A),q_S^V(B)=5.17915-47.0804*r_L^V(B);q_S^O(A)=5.81883-49.0924*r_L^O(A),q_S^O(B)=4.70043-39.0818*r_L^O(B)。然后设q_S(P)=q_h(P)=(1/4)(∑q_S(P)+∑q_h(P)),可得到:r_L^V(A)=0.08937nm,r_L^V(B)=0.08678nm;r_L^O(A)=0.09816nm,r_L^O(B)=0.09297nm,再由r_R^V(P)和r_L^V(P)计算的{Φ_m^(P-π),Φ_l^(P-σ),Φ_t^P}中,每一对成键单占据轨道Φ_t^P的电子占据数Q_t比较均匀合理,它的12个单占据轨道的电子总占据数为∑Q_t=12.3。另外,在由{Φ_m^(P-π),Φ_l^(P-σ),Φ_t^P}~V算得的FUL态中,轨道分布也是更好地满足FUL态的基本特征。所以r_R^V(P)和r_L^V(P)比r_R^O(P)和r_L^O(P)更为合理。

基于遗传算法寻找抗HBV活性分子的关键分子指纹片断

通过活性HBV DNA聚合酶抑制剂,采用二维定量构效关系方法寻找与活性关系相关的关键分子特征。模型采用遗传逼进算法,寻找关键的分子指纹片断,所得方程调整r2为0.911 9、预测r2为0.848 9。所获得的8个分子指纹片断药效特征与药效团模型相一致。这些分子指纹片断相较于片断库或随机片断更具有针对性,通过这些片断组装的分子库将极大地提高虚拟筛选和全新药物设计的效力。

乳腺肿瘤细胞周期蛋白E被钙离子依赖性蛋白酶剪切成低分子量片断

乳腺肿瘤富含高活性的低分子量细胞周期蛋白E,并导致细胞周期蛋白依赖性激酶2功能失调,但其低分子量片断的形成机制尚不清楚。对乳腺肿瘤低分子量细胞周期蛋白E通过翻译后水平的某种蛋白酶作用形成的这一假说进行了探讨。钙离子可诱发乳腺肿瘤培养细胞ZR75周期蛋白E剪切为分子量与乳腺肿瘤组织相似的小分子片断。纯化Calpeptin能抑制上述过程,提示剪切过程与钙离子依赖性蛋白酶(Calpain)活性有关。同样,钙离子+纯化Calpain也能引起乳腺肿瘤细胞和组织免疫沉淀周期蛋白E的剪切。钙离子还能引起肿瘤细胞和组织Calpain调节(小)亚基有限水解,表明Cal-

单占据片断轨道的组合式(Kost+Perkin)定域化

为了使开壳层片断轨道具有正确的集居数 ,正则轨道必须定域化 .但是 ,在确保目标轨道Φsdan单占据性的同时 ,Kost定域化也破坏了 Φs特定的对称性 .实际计算表明 ,Perkin定域化可以弥补 Kost程序的缺陷 ,将单占据的 Φs转化成高度定域的、对称的片断轨道 .在片断分子中 ,C—HR键长 r的选择和 Kost定域化的方式对 Perkin定域化的成败具有重大的影响 .当 Gaussian基组为 STO-3G,3-2 1 G和 4 -31 G时 ,r应为0 .1 nm;但在 6-31 G水平下 ,必须 r =0 .0

定域片断轨道基组的对称化

片断的 UHF运算不能保证每个片断轨道具有确切的电子占据数 ,故 Kost定域化是必需的 .当片断产生于多键断裂时 ,在确保目标轨道单占据性的同时 ,Kost定域破坏了轨道基组的对称性 .为此 ,在 Kost定域化后 ,必须对单占据轨道作 2× 2对称化旋转后 ,再作有条件的 RHF运算 .以乙烯基片断 CH CH(波二烯分子中的一个片断 )为例 ,详述了对称化的方法、原理和计算程序 .以 C— H片断为例 ,细述三单键片断轨道基组对称化的特殊性 .介绍 C— HR参考键长选择的判据 ,探讨键长与选择 Gaussian基组大小的关系 .

基于图论的化学分子数据挖掘研究

近年来,人们提出了很多频繁图模式挖掘的算法。首先分析了贪婪搜索策略,然后对各种不同的图数据挖掘的方法进行比较。受购物篮分析的影响,基于ILP方法引起了人们的重视。如何修改各种不同的图数据挖掘方法以适用化学分子数据的挖掘是人们研究的热点问题。因为化学分子不仅是标准的图结构,而且它有典型的频繁环和链结构,还有一些频繁出现的代表原子类型的结点,所以在这个领域有一些特殊问题需要考虑。

低分子肝素皮下注射局部压迫时间与皮下出血关系的探讨

1 绪论 1.1 研究背景及意义：低分子肝素是一种新型的抗血栓剂,是肝素经降解得到的低分子量片断,临床上应用广泛.在使用的过程中较为常见的副作用是注射部位的局部皮下出血、淤血,造成患者的心理紧张.在患者凝血功能正常的情况下并不多见,而在冠状动脉支架植入术的患者,术后注射低分子肝素,出现皮下出血的机率明显增多,可能与患者手术前后使用大剂量抗凝剂而未增加局部压迫时间有关.

LFMO和NBO的定域性和作用能解析

为分析苯并分子C12H6的垂直共振能(VRE),建立了定域片断分子轨道(LFMO)和自然键轨道(NBO)两种基组,并在两种基组之上进行NBO能量分析和Morokum a能量分解.在NBO能量分析中,两种基组的VRE都是稳定的;而在Morokum a能量分解中,VRE的稳定性取决于基组.在NBO能量分析中,Fock矩阵的一次性对角化忽视了σ体系和π体系之间的电子耦合作用.故NBO基组和NBO能量分析方法在计算VRE时似乎都不合理.