基于Contig的单面基因组片段填充问题研究

近些年来,随着基因测序技术的继续发展与应用,大量不完整基因组片段的处理问题有待研究。同时由于目前大部分的生物学研究是基于基因组序列可以提供完整信息的假设,但通过生物测序技术获得一个完整的基因组序列仍是困难的。因此基因组重组问题在计算生物学领域愈发受到关注和研究,研究如何填充缺失基因组使其完整,具有重要意义。针对单面基因组片段填充算法,目前常采用最大化公共邻接数目的度量依据,是将缺失基因填充至不完整基因序列中得到填充后的重排列基因序列,使之与参照基因序列之间的新公共邻接数目最大。主要研究了基于contig(片段重叠群)的单面重复基因组填充问题,重点对该问题的现有算法在近似比、核心技术以及时间复杂度等多方面进行了对比分析与总结,并分别提出了各类算法的改进思路,有助于进一步研究基于contig的单面序列填充问题。

基于邻接的单面基因组片段填充问题研究进展

伴随生物测序技术的不断发展,大量基因组片段的后续处理问题亟待解决。基因组片段填充是有效解决方法之一,受到广泛关注。基于普通序列的单面基因组片段填充问题是将缺失的基因序列填充到一个不完整基因组片段B中,得到B′,与完整的参考基因组A对比,使得A和B′之间的邻接数最大化。基于片段重叠群的该问题区别在于基因组片段通常由一组连续的片段重叠群(contig)构成,缺失基因只能在contig两端进行插入。针对这两个领域的相关问题进行深入研究,对已有算法及算法复杂性进行详细的分析与比较,为未来基因组片段填充问题的研究及生物测序技术的发展提供有价值的参考。