三疣梭子蟹线粒体DNA 16S rRNA和COI基因片段序列的比较研究

本文采用 PCR扩增和序列测定等技术 ,对三疣梭子蟹 (Portunustrituberculatus)线粒体DNA1 6Sr RNA和 COI基因片段进行了初步研究。经 PCR扩增和序列测定 ,分别得到 1 6Sr RNA和 COI2个基因片段的碱基序列 ,其中 1 6Sr RNA基因片段的大小为 566bp,碱基 A,T,G,C的含量分别为 35.1 6% ,34.45% ,1 2 .37%和 1 8.0 2 % ;COI基因片段的大小为 658bp,碱基 A,T,G,C的含量分别为 36.63% ,2 6.44% ,2 0 .52 %和 1 6.41 %。在 2种基因片段中 ,AT含量均明显高于 GC含量 ,这与果蝇、虾类、蟹类等无脊椎动物的 1 6Sr RNA和 COI基因片段研究结果相似。通过对三疣梭子蟹 1 6S r RNA和 COI2个基因片段遗传特征的研究 ,发现其种内变异较低 ,在 3个样本中 1 6Sr RNA基因片段序列完全一样 ,COI基因片段中也只有 2个 T/ C位点转换。另外 ,比较本研究所得序列与 Gen Bank中梭子蟹科 5个属的 1 6Sr RNA基因片段序列后 ,发现其聚类结果与传统分类相一致。

荞麦属植物MAPK基因片段序列比较与进化关系研究

丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)是植物MAPK级联途径中的重要信号分子。为了研究荞麦属MAPK基因序列变异以及种间进化关系,对荞麦属8个野生种共25份材料的MAPK基因进行特征引物PCR扩增、测序和序列比较分析。结果发现,荞麦属植物种间MAPK基因PCR扩增片段序列较为保守,8个野生种共25份材料中多态位点为125个,不变位点为680个。其中,12份野生苦荞MAPK基因片段序列多态位点S仅为32个,说明荞麦属植物种内MAPK基因序列高度保守。聚类分析发现野生甜荞与左贡野荞被聚为一类。野生苦荞、毛野荞、大野荞、金荞麦、细柄野荞和硬枝万年荞被聚为一大类;其中,细柄野荞和硬枝万年荞被聚在一起,其次与金荞麦聚在一起;毛野荞与大野荞被聚在一起。研究结果可为荞麦属植物MAPK基因功能以及种间遗传多样性与进化关系研究提供理论依据。

基于叶绿体片段序列的杨属系统发育关系分析

以旱柳为外类群,对杨属5个派32个种及杂种63份个体叶绿体DNA(cpDNA)的rbc L-a、psb I-psb K、psb A-trn H、trn L-F序列片段进行系统发育分析。结果表明,4个片段联合后的序列长为2·416 bp,G+C含量为34.1%,含32个信息位点数。最大简约法(MP)和最大似然法(ML)构建的系统进化树的树形一致,白杨派和大叶杨派能各自聚类为单独分支,而青杨派树种被聚分为2组,显示出多系起源的特征。其中,三脉青杨、青杨、大青杨、辽杨为第1组,位于系统树的基部,与胡杨形成姐妹种关系,其余青杨派树种为第2组,与大叶杨亲缘关系较近。黑杨派中的钻天杨和北京杨与同派其他树种差异明显,但与白杨派树种具有同源性,MP和ML的支持率分别为95%和91%,其余黑杨派树种高度同源,以100%的MP和ML支持率呈姐妹群。该研究结果为杨属树种的起源与系统进化关系提供了分子水平的证据。

人DAO氨基酸序列片段B-细胞表位的多参数预测

目的预测人二氨氧化酶 ( DAO)氨基酸序列片段 ( aa No.5 2 4- 6 18)的 B-细胞表位。方法应用 6种参数和方法进行综合分析 ,包括 Hopp & Woods亲水性参数、抗原性参数、可及性参数、β-转角、万氏及吴氏综合预测方法。结果显示 B-细胞识别的表位可能在 5 43- 5 5 3和 5 6 9- 5 95残基或其附近 ,5 6 9- 5 95残基 4种参数和方法的预测值均高于 5 43- 5 5 3残基 ,这两个被预测的表位均含有β-转角和不规则卷曲结构。结论本研究为应用合成肽抗原制备抗人

汉滩病毒西安分离84FLi的M片段全基因序列测定及分析

目的 测定我国肾综合征出血热患者流产胎儿肝脏分离病毒 84 FL i株的全 M片段基因序列 ,了解其分子基础 .方法 采用反转录 -聚合酶链反应 (RT- PCR) ,分节段扩增 M基因片段的 c DNA,直接用 PCR产物或克隆入 p MD18- T载体后进行测序 .结果 84 FL i株的全 M基因序列组成为 :M片段基因共由 36 16个核苷酸组成 ,四种核苷酸的比例分别为A 30 .92 % ,C 18.0 3% ,G 2 1.18% ,T 2 9.87% . GC含量为39.2 1% ,AT含量为 6 0 .79% .最大开放读码框为 4 1～ 344 8,共编码 1135个氨基酸 .核苷酸序列同源性分析表明 84 FL i株与 HTN型同源性高于与其他型汉坦病毒的同源性 ,其中与中国株的同源性较高 ,与 HV114株的同源性为 85 .5 % .与HTNV的国际标准毒株 76 - 118的核苷酸同源性分别为84 .0 % ,氨基酸的同源性为 96 .0 % .结论 84 FL i株属于汉滩型病毒 。

浙江新分离汉坦病毒ZT71株S基因片段的克隆及序列分析

目的为了获得浙江省汉坦病毒基因组更为详尽的资料,研究汉坦病毒的进化状况及变异程度,为疫苗病毒株的选择使用提供科学依据。方法本实验室利用RT-PCR方法扩增ZT71株S基因片段并克隆入质粒载体,进行核苷酸序列测定及分析。结果ZT71株S基因由1754个核苷酸组成,只有一个开放读码框架,共编码429个氨基酸。与HTN型病毒(76-118)的核苷酸和氨基酸同源性分别为72.0%和82.6%,与SEO型病毒(SR-11、R22、Guo3、8610)核苷酸和氨基酸同源性分别为88.4%—96.5%和98.1%—99.0%,与其它型汉坦病毒的同源都很低。结论表明此分离的病毒为SEO型汉坦病毒,为进一步研究其进化和变异提供了有利条件。

目的Ribozyme两侧长片段附加序列（LAS）的去除及其转录载体构建

选择小鼠腺苷脱氨酶ｍＲＮＡ特异Ｒｉｂｏｚｙｍｅ做为目的Ｒｉｂｏｚｙｍｅ（Ｒｚ），在目的Ｒｉｂｏｚｙｍｅ两侧分别设计５＇－顺式Ｒｚ和３＇－顺式Ｒｚ，在目的Ｒｉｂｏｚｙｍｅ上设计ＢａｍＨＩ酶切位点，并构建了上述Ｒｉｂｏｚｙｍｅ转录载体ｐＳＣＲｚ２６２，采用该质粒进行体外转录，并对转录靶ＲＮＡ分子进行了切割反应。结果显示ｐＳＣＲｚ２６２在转录过程中发生了自身切割，并释放出目的Ｒｉｂｏｚｙｍｅ－Ｒｚ２６２，该目的Ｒｉｂｏｚｙｍｅ不但去除了两侧长片段附加序列，而且保持了正确的生物学活性，通过ＢａｍＨＩ切点的设计简化了该质粒的筛选。

汉滩病毒西安分离株84FLi的L片段核苷酸序列测定以及分析

采用逆转录 聚合酶链式反应 (RT PCR) ,分节段扩增汉滩病毒 84FLi株的L基因片段cDNA ,纯化的PCR产物片段直接用于序列测定或克隆入 pND18 T载体中进行测序。结果表明 ,84FLi株的L片段cDNA由 6 5 33个核苷酸组成 ,四种核苷酸的比例分别为A33.39% ,C16 .4 3% ,G2 0 .74 % ,T2 9.4 4 %。GC含量为 37.17% ,AT含量为6 2 .83%。推导出的最大开放读码框架为从 38到 6 4 93,共编码 2 15 1个氨基酸。序列同源性分析表明 ,84FLi株核苷酸与HTN型国际标准毒株 76 118的同源性为 83.7% ,差异性为 18.8% ;而与中国株A9的同源性高达 97.6 % ,差异性仅为 2 .4 %。与SEO型代表Seoul80 39的同源性为 75 .2 % ,6 6 .1%～ 6 6 .5 %。L片段的氨基酸比较分析表明 ,L片段与HTN型间的同源性为 97.5 %～ 98.0 % ,而与SEO型的同源性为 83.5 %～ 85 .5 %。与PUC、TUL、SN和AND等其它型汉滩病毒的同源性仅为 6 8.6 %～ 6 9.6 %。结果表明 84FLi株属于HTN型 。

重复序列片段基因扩增用于阴沟肠杆菌的分型研究

目的 用重复序列片段基因扩增方法对阴沟肠杆菌进行分型研究。方法 选用肠杆菌科基因间的重复序列 (ERIC)进行扩增 ,对阴沟肠杆菌进行分型研究 ,并与其抗生素耐药特征进行比较。结果 阴沟肠杆菌分成 6种不同基因型 ,不同基因型有不同的耐药特征。结论 本法简便易行 ,重复性好 。

应用表达序列片段测定法初步筛选心血管病相关基因

本文介绍表达序列片段法在筛选心血管病相关基因中的应用。从人主动脉文库中挑取有目的基因片段插入的噬菌斑 ,选用双向通用引物做PCR扩增 ,以纯化后的产物做测序模板 ,用全自动DNA测序仪测定基因表达序列并与GenBank作同源性分析。PCR扩增阳性克隆产率大于 70 % ,新ESTs占 15%。结果表明利用正常人主动脉cDNA文库 。

非洲猪瘟病毒p30蛋白氨基酸序列分段表达及反应原性分析

为比较非洲猪瘟病毒(African swine fever virus,ASFV)p30蛋白氨基酸序列中不同片段的反应原性,探究p30蛋白氨基酸序列中可能的抗原优势片段。本研究通过PCR、克隆技术将p30蛋白氨基酸序列中不同片段的编码基因分别插入表达质粒pET32a,经IPTG诱导、Ni柱纯化、透析后,获得p30蛋白氨基酸序列中8~101 aa片段(P-1#)、58~101 aa片段(P-2#)、101~158 aa片段(P-3#)、8~194 aa片段(P-4#),用酶联免疫吸附试验(ELISA)分析p30蛋白氨基酸序列中不同片段与p30蛋白免疫兔血清和ASFV阳性猪血清的反应原性。结果显示,上述片段均获得诱导表达及纯化,表达形式有可溶性表达(P-1#、P-3#)和包涵体表达(P-2#、P-4#)。各片段以1.0 mg/L包被时,p30免疫兔血清与p30蛋白氨基酸序列中4种片段均能发生免疫反应,ASFV阳性猪血清与P-4#、P-1#反应较佳,与P-3#反应中等,与P-2#反应最弱。综上,p30蛋白氨基酸序列中不同片段反应原性的差异为认识p30抗原优势区域提供了数据,这将有助于非洲猪瘟血清学诊断抗原的科学筛选。

蛋白质二级结构序列片段的识别

识别蛋白质二级结构片段，实质上是从序列片段的水平上对二级结构进行预测，用离散量的方法，通过一系列的计算发现：选择氨基酸（20种氨基酸加一个空位）和其紧邻关联共同为参数，从N端截取固定长序列片段为6或7个连续氨基酸残基时，10交叉检验平均预测精度能达到75％～77％，jack—knife检验平均预测精度能达到72％；当固定长序列片段为9或10个连续氨基酸残基时，10交叉检验平均预测精度能达到82％～83％，jack—knife检验平均预测精度能达到74％～76％.

基于ITS2序列片段的药用植物栝楼及混淆品分子鉴定研究

应用ITS2条形码序列片段对我国市场药用植物栝楼与其混淆品共8份材料进行分子鉴定.对所有材料根部进行DNA提取纯化、PCR扩增并双向测序得到ITS2序列,将所得8条序列与Genbank中7条序列用Clustal X软件进行比对,BioEdit软件人工校正;利用MEGA5.0软件计算种内、种间遗传距离,并采用K2P距离法构建NJ和ML树,评价序列的鉴定效果.中药材植物各物种内遗传距离变异区间为0~0.077 9,平均为0.019,物种间遗传距离变异区间为0.004~0.594,平均0.436,种间距离明显大于种内距离;构建药用植物栝楼各物种NJ和ML系统进化树,二者结果一致,各物种均聚为一支,形成单系类群,支持率均在50%以上.ITS2条形码序列能够快速准确地从种的水平鉴定药用植物栝楼真伪.

扩增未知序列DNA片段的PCR技术研究进展

198 5年 ,Mullis等人发明了PCR技术 ,短短十余年间 ,这一技术得到迅速发展和应用 ,已由扩增已知基因发展到扩增未知基因。本文旨在介绍利用PCR技术扩增未知序列DNA片段的最新进展及这些技术在基因克隆研究中的应用。

基因表达序列分析技术(SAGE)在家蚕研究中的应用现状与前景

家蚕是鳞翅目模式昆虫,家蚕组数据库和基因表达差异分析数据库的建设为鳞翅目害虫功能基因的研究提供了一个便利的技术平台。基因表达序列分析技术(SAGE)以及在此基础上发展起来的结合标签的基因序列延伸(GLGI)、长片段基因表达序列分析(LongSAGE)等在家蚕获取基因表达谱、发现组织特异表达以及发现新基因中应用获得了很多重要的结果;众多通用SAGE数据库以及家蚕数据库为SAGE数据的生物信息学分析提供条件;以SAGR为核心的一系列技术通过定性与定量研究将把家蚕基因研究引入基因网络研究中,进行靶向定位以及辐射研究,加快家蚕后基因组时代步伐,为快速有效地发掘和研究鳞翅目害虫的功能基因提供模式价值。

Ⅱ型内含子序列统计规律分析及二级结构预测

选取20条线粒体和10条叶绿体intron RNA domain(内含子RNA区域)为I1的Ⅱ型内含子一级序列进行序列比对和统计规律分析,结果表明:线粒体和叶绿体Ⅱ型内含子一级序列的长度总体来说基本一致,两者嘌呤的含量明显高于嘧啶的含量。统计两者的Ⅱ型内含子一级序列的保守序列片段的规律,并预测出Ⅱ型内含子的二级结构。

重复引物PCR技术在超大片段动态突变疾病基因检测中的应用

动态突变疾病是指基因编码区或非编码区发生核苷酸重复序列异常扩增所导致的一类遗传性疾病。发生于非翻译区的动态突变常常伴有超大片段重复序列,应用普通PCR法无法对该片段进行扩增,而传统的Southern blot等技术费时费力,无法应用于临床基因诊断。在此背景下,重复引物PCR技术应运而生,并随着应用范围的扩大而逐渐改进,适用于强直性肌营养不良症、Friedreich共济失调、脊髓小脑性共济失调10型及C9orf72基因突变引起的额颞叶痴呆或肌萎缩侧索硬化等遗传性动态突变疾病的临床基因检测。文章简要介绍了重复引物PCR技术的原理,着重阐述了重复引物PCR技术在相关超大片段动态突变疾病临床基因检测中的应用进展。

膀胱癌组织某一特异性EST片段全长扩增及生物信息学分析

目的对膀胱癌组织某一特异性表达序列标签(EST)片段进行全长扩增及生物信息学分析。方法收集1例进行手术的膀胱癌患者(病理证实为膀胱移行细胞癌)的癌组织,从新鲜的膀胱癌组织中提取RNA,利用RACE方法获取前期研究发现的某一特异性EST片段5'端和3'端DNA序列,通过Gene Tool软件合成RACE测序结果。对全长序列及其相应蛋白进行生物信息学分析,利用sequin软件编辑分析结果,并向NCBI提交获取基因号及蛋白号。结果成功获得该特异性EST片段的5'端和3'端,利用Gene Tool软件合成一个1 839 bp的全长序列,初步分析其含有完整的开放阅读框(ORF),染色体定位于17p13.3。该序列在Gene Bank获得基因号为KR780251,ORF翻译的多肽序列获得蛋白ID为AKO62675。结论该膀胱癌组织特异性EST片段基因号为KR780251,全长序列为1 839 bp,含有完整的ORF,其编码蛋白AKO62675可能是正常膀胱组织的基因突变体。

血液高RDW和高N-MID OC/β-CTX比值在老年女性椎体骨折中的诊断价值

目的 探讨血液红细胞分布宽度(RDW)及骨钙素N段中分子片段(N-MID OC)/Ⅰ型胶原羧基端肽β特殊序列(β-CTX)比值联合检测对老年女性骨质疏松椎体骨折(OPVF)的诊断价值。方法 纳入2021年1月—2021年12月我院≥60岁女性骨质疏松住院患者786例,分为无骨折组(A组,378例)和OPVF组(B组,388例)。N-MID OC、β-CTX、NMID-OC/β-CTX比值、红细胞计数(RBC)、红细胞压积(HCT)、血红蛋白(Hb)、红细胞平均体积(MCV)、平均血红蛋白浓度(MCHC)、平均血红蛋白量(MCH)、红细胞分布宽度(RDW-CV)、钙(Ca)、磷(P)及镁(Mg)。结果 与A组相比,B组Ca、P、Hb、HCT、MCV、MCH、MCHC含量降低,RDW-CV、N-MID OC/β-CTX含量增加,差异有统计学意义(均P<0.05)。OPVF与β-CTX、Ca、P呈负相关,与RDW-CV、N-MID OC/β-CTX呈正相关(均P<0.05)。骨折患者RDW与N-MID OC、β-CTX、Ca、P、Mg呈负相关(均P<0.05)。RDW、N-MID-OC/β-CTX为OPVF的风险因素(均P<0.05),OR分别为1.38、1.005。二者含量越高,椎体骨折风险越高,最高层是最低层的约3倍和2倍,OR为2.818,1.734。二者联合检测可提高对OPVF的诊断性能,其AUC敏感性、特异性、阳性预示值、阴性预示值分别为0.64、42.78%、82.01%、70.9%、58.3%。结论 血液高RDW和高N-MID OC/β-CTX比值与老年女性骨质疏松性椎体骨折明显相关,是其危险因素,可用于辅助诊断及预测其发生。

中药材龟甲的分子鉴定研究

用ＰＣＲ产物直接测序法对中药材龟甲（板）进行鉴别。从乌龟Ｃｈｉｎｅｍｙｓｒｅｖｅｓｉ和其他２０种产地为中国或东南亚国家的龟类的组织材料中提取ＤＮＡ，扩增约１１０ｂｐ的线粒体１２ＳｒＲＮＡ基因片段并进行序列分析，构建了２１种龟类的１２ＳｒＲＮＡ基因片段序列数据库。序列比较的结果表明乌龟与其它２０种龟类的这段序列均有差别，序列差异在３７～１５７％之间。从江苏省药品检验所提供的１９块龟甲检品上各取样０１～０５ｇ提取ＤＮＡ，扩增与上述相同的基因片段，与构建的数据库进行比较，结果表明１９块龟甲中只有３块的原动物为乌龟，其余的龟甲均为混淆品。本文的结果为药材龟甲的鉴定找到了有效、可靠的分子遗传标记方法。