DNA片段拼接中基于定长特征子串的重复序列信息屏蔽方法

包含重复序列(repeats)的DNA序列的重构是大规模DNA片段拼接所面临的实际困难之一。在考虑片段数据所隐含的位置信息的基础上,提出了一种基于定长特征子串的屏蔽片段数据中重复序列信息的方法,即在进行序列相互比对前利用独特子串标识大多数片段,从而减少可能的错误重叠,讨论了方法中几个参数的确定问题并用计算结果说明了方法的有效性。

DNA片段拼接中的预归并重复序列屏蔽方法

针对DNA片段拼接中的重复序列识别及屏蔽问题,提出一种预归并重复序列屏蔽方法。在片段拼接前通过扫描子串标识出可能存在重叠关系的shotgun片段,利用子串归并该相关片段,标识出重复序列的位置信息,达到屏蔽的目的。计算机模拟分析表明,该方法识别重复序列的错误率低,通过预归并有效缩减了shotgun集合的规模,降低了拼接时的计算复杂度。

DNA片段拼接中重复序列算法研究

本文主要研究DNA片断拼接中重复序列信息识别算法。包含大量重复信息的DNA序列,其重构是大规模DNA片段拼接所面临的实际困难之一。针对目前大多数拼接算法对于重复段的处理采用效率较低的反复迭代算法的特点,提出了基于k-mer子串的重复段分析方法,充分考虑了拼接中可能的分割点,设计与分析了识别重复序列并提高序列一致性的高效算法。

ChemCloser:一个基于路径与片段匹配的药物设计软件

根据先导化合物设计“me-too”药物可以显著降低新药开发的难度,提高开发效率和成功率。如何确切把握先导化合物的空间结构,设计结构新颖、价键合理、空间结构与先导化合物相同或相似的骨架是设计“me-too”药物的关键问题。设计并编写了一个可以提取结构式的长链,用已知的简单片段对长链进行匹配,最后进行拼接的全新药物骨架设计软件:ChemCloser。该软件能为研究人员提供结构合理、与先导化合物具有相同或相似的空间结构的所有核心骨架。

“罕见的第一幕”:从场景、叙事到人物、主旨--浅谈《茶馆》(节选)的教学内容选择

老舍的《茶馆》是当代戏剧文学的经典,统编高中语文教材中的节选部分,更是被剧作家曹禺誉为“古今中外罕见的第一幕”。阅读教学须依体定教,从文体特质入手。面对这“罕见的第一幕”,以“教什么”的教学内容追问,聚焦《茶馆》中场景、叙事、人物的精心创设,透视主旨的别样深沉,可行而且必需。

基于自适应压缩感知的复杂弹道群目标跟踪技术

复杂弹道群目标空间密集程度高,群内目标相互遮挡,在给定雷达工作带宽前提下如何对复杂群目标进行有效分辨、实现航迹的连续稳定跟踪已成为亟待解决的难题。针对该问题,首先通过二体运动预测获得航迹群预测中心,根据预测偏差与分辨阈值关系,自适应开启局部压缩感知群目标分辨算法,提高群目标遮蔽分辨能力。其次,引入航迹片段拼接思想,利用已有航迹档案构建假设检验,对航迹片段进行关联、平滑处理和批号管理,有效减少换批和非线性估计误差。仿真结果表明,所提算法大大增加了可分辨时间,分辨能力可达80%,平均跟踪时长提高一倍,中断期间跟踪均方根误差显著降低,且航迹稳定跟踪并全程未换批,为弹道群目标精确稳定跟踪提供了一种新的思路。