聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性和芯片生物分析技术用于台湾海峡常见石斑鱼和鲷鱼的品种鉴定

应用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性分析(PCR-RFLP)和芯片生物分析系统建立了台湾海峡常见石斑鱼和鲷鱼的分子生物学品种鉴定新方法。首先提取鱼的基因组脱氧核糖核酸(DNA)进行细胞色素b基因特定片段的PCR扩增,然后用DdeⅠ、HaeⅢ和NlaⅢ3种限制性内切酶进行酶切,在Agilent DNA1000芯片上对酶切片段进行分离。该方法成功鉴定了台湾海峡常见的8种石斑鱼品种和5种鲷鱼品种,是一种快速、简便、有效的鱼类品种鉴定分析手段。

用PCR-限制性片段长度多态性分析法检测游泳池肉芽肿中海分枝杆菌

目的:探讨用PCR-限制性片段长度多态性(RFLP)分析法快速检测游泳池肉芽肿组织中海分枝杆菌。方法:对疑诊为游泳池肉芽肿患者5份皮损组织DNA进行PCR扩增,扩增产物分别用BstEⅡ和HaeⅢ两种限制性内切酶进行酶切,再用琼脂糖凝胶电泳进行RFLP分析,并与培养结果进行比较。结果:5份标本中均检测出海分枝杆菌,与培养结果一致。经过3～7个月治疗,4例患者治愈,1例患者好转。结论:用PCR-RFLP可以快速鉴定海分枝杆菌,有利于该类疾病的早期诊断和及时治疗。

限制性片段长度多态性分析(ARDRA)方法对重金属污染土壤中细菌群落多样性的研究

限制性片段长度多态性分析(ARDRA)是用限制性内切酶消化扩增后的细菌16SrDNA,通过凝胶电泳分析微生物种群多样性的分子标记技术,该技术在微生物生态学领域有着广泛的应用.实验采用2种途径评价了这种方法应用于研究土壤中细菌种群多样性的可行性.通过对未污染土壤细菌16SrDNA的克隆,获得了经内切酶HaeⅢ消化的不同16SrDNA的ARDRA类型,并对测序的19个克隆子建立了系统发育树.此外,还对不同Cd和Pb污染水平的土壤微生物进行了群落水平上的ARDRA分析.结果表明,5mg·kg-1Cd和500mg·kg-1Pb污染对微生物群落组成有一定影响,但此范围内的重金属含量对微生物群落多样性没有相关性影响.

末端限制性酶切片段长度多态性分析技术进展

末端限制性酶切片段长度多态性分析(Terminal Restriction Fragment LengthPolymorphism,T-RFLP)是近年来发展起来的、不依赖于培养的微生物群落分析方法之一.由于其在微生物群落结构分析方面的特点,包括分辨率高、易于实现自动化及互联网海量数据共享等优势,自1997年最先被报道以来得到了广泛的应用,成为环境微生物群落分析的最强有力的工具之一.类似于其他的分子微生物生态学技术,T-RFLP也有自身的缺陷,本文详细介绍了T-RFLP技术的原理及其解析环境微生物群落的基本流程,简述了近年来T-RFLP技术在群落分析中的研究进展,重点讨论了该技术的局限性及相应的解决办法.

扩增片段长度多态性分析及其在微生物学中的应用

目前建立了多种对原核和真核生物鉴定分型的DNA分析技术 ,其中最新的、最有前途的DNA技术之一为扩增片段多态性 (AFLP)分析 ,AFLP分析把广泛的适用性与高分辨力和高重复性有机地相结合 ,已在动植物遗传学、医学诊断、微生物分型和种系发育研究中广泛应用。本文介绍AFLP分析原理。

现代生物技术在环境微生物学中的应用:Ⅲ.限制性片段长度多态性分析、变性/温度梯度凝胶电泳和报道基因

这是现代生物技术在环境微生物学中的应用系列综述文章的第三篇 ,讨论限制性片段长度多态性 (RFLP)分析、变性梯度凝胶电泳 (DGGE)和温度梯度凝胶电泳 (TGGE)以及报道基因。

限制性片段长度多态性分析酶切条件的优化

目的：对结核分枝杆菌RFLP—DNA分型技术的各个环节进行优化，以提高DNA指纹的清晰度和稳定性。方法：提取结核分枝杆菌DNA，经PvuII酶切后进行琼脂糖凝胶电泳、southern转印，并用经地高辛随机引物标记试剂盒标记IS6110的245bp探针进行杂交。结果：用于结核分枝杆菌DNARFLP分析的最佳DNA浓度是2μg，内切酶浓度为2u／μgDNA，酶切反应时间为4h。结论：RFLP的酶切条件经过合理优化，可以在消耗最低的情况下取得最佳的实验效果。

用M13噬菌体作探针进行人的DNA限制性片段长度多态性分析

用M13噬菌体作为探针,可以检测人和动物基因组DNA中高度可变的小卫星区域,其有效顺序是该噬菌体基因Ⅲ中的两组15bp的串联重复。本文介绍的是采用随机引物与PCR过程相结合的方法标记M13噬菌体,得到高比活性的探针,与经HinfⅠ消化的人DNA杂交,产生具有高度多态性的DNA图谱,并与33.15探针杂交的DNA图谱进行了比较,证明M13噬菌体是进行DNA多态性分析的一种非常有用的探针。

逆转录—聚合酶链反应结合限制性片段长度多态性分析对我国肾综合征出血热病毒分型的研究

建立准确、快速、灵敏的汉坦病毒基因分型方法，可弥补传统血清学方法的不足，对防治该病毒所致的肾综合征出血热（HFRS）具有重要意义。本试验采用逆转录－聚合酶反应（RT－PCR）和限制性片段长度多态性（RFLP）和限制性片段长度多态性（RFLP）方法，对流行于我国的两型汉坦病毒代表株－汉滩型（HTNV）76－118 和汉城型（SEOV）R22株进行基因分析。根据病毒DNA序列的电脑软件分析。不同HFRSV囊膜糖蛋白编码基因M节段1199－1497间核苷酸序列上RsaI,TaqI和HindⅢ的酶切位点存在差异（Fig.I),可用于进行限制性内切酶基因多态性分析，以确定HFRV的型别。首先，以一对引物扩增该片段（Fig.2)。然后，分析用这三种内切酶（Fig.3,4,5)进行酶切分型，共分析了从我国不同地区，不同宿主分离的毒株18株，及国际标准毒株2株，酶切图谱显示，这些毒株可以被分为三组（Table.a)：9株可定为HTNV型，8株可定为SEOV型，3株无法确定其型别（X型），该法分型结构与血清学经典的空斑减数中和试验分型结构基本一致，说明该酶切分型方法具有一定的可行性。

限制性片段长度多态性聚合酶链反应法检测人细胞色素氧化酶2D6药物代谢相关基因位点多态性

目的建立测定人细胞色素氧化酶2D6(CYP2D6)基因多态性的限制性片段长度多态性聚合酶链反应(polymerase chain reaction restriction fragment length polymorphism,PCR RFLP)检测方法。方法通过增加PCR扩增体系中DNA模板上样体积、降低引物浓度以及减少限制性内切酶的用量等方法改进、优化实验条件,建立以PCR RFLP法为基础的肝药酶CYP2D6基因型检测方法。结果采用PCR RFLP法能够检测CYP2D6?2、CYP2D6?10和CYP2D6?14基因型,且过程简便,经济实用。结论该方法检测CYP2D6药物代谢相关基因位点基因型具有简便、高效、准确和经济的特点,可在临床及实验室推广使用。

藻类rDNA特异性片段长度多态性在溺死鉴定中的应用

目的通过检验水体和人体器官中硅藻核糖体DNA(rDNA) 5.8S部分序列、第二内转录间隔区(second internal transcribed spacer,ITS2)序列(5.8S+ITS2)的长度多态性差异,判断溺水死亡案件中受害人的落水地点以及受害人系生前落水还是死后被抛尸入水。方法以南京市公安局法医中心受理的2例硅藻检验鉴定案例为对象,利用5.8S+ITS2分子标记的长度多态性,分析藻类生物在水体、人体组织中种群结构的差异。结果案例1中,在受害人肺、肝组织和水体样本中均检出种类相近的硅藻,利用5.8S+ITS2分子标记在死者肺组织和水体样本中均检出330 bp和376 bp两种DNA片段,确定受害人系生前溺水。案例2中,在死者肺、肝组织中均未检出硅藻,利用5.8S+ITS2分子标记在死者肺组织中仅获得1条DNA片段,长度为331 bp,相对荧光单位值非常低,确定受害人系死后抛尸入水。结论本方法检验两案例的实验结果符合实际案情和硅藻镜检的结论,利用5.8S+ITS2分子标记研究水体和人体组织中特定微生物的种群结构差异,从而判断溺水死亡的落水地点以及受害人系生前落水还是死后被抛尸入水等问题具有可行性。

延吉市土壤中分离的棘阿米巴CJY/S3线粒体DNA限制性片段长度多态性

[目的]观察棘阿米巴土壤分离株CJY/S3的线粒体DNA限制性片段长度多态性.[方法]从棘阿米巴CJY/S3提取线粒体DNA,用EcoRI进行酶切,与广东地区土壤分离株CG/S1进行比较观察限制性片段长度多态性.[结果]延吉市土壤分离株CJY/S3与广东地区土壤分离株CG/S1具有相同的片段模式.[结论]延吉市棘阿米巴土壤分离株CJY/S3与CG/S1具有密切的亲缘关系,而线粒体DNA限制性片段长度多态性分析是棘阿米巴分类简便且有效的方法.

黄河三角洲湿地土壤微生物群落结构分析

采用末端限制性片段长度多态性分析(T-RFLP)技术和16S rDNA克隆文库的方法,分析了黄河三角洲滨海湿地土壤不同深度细菌和古菌的群落结构.研究表明,随着深度的增加,细菌群落的多样性下降,而古菌群落多样性则有上升的趋势,且土壤的细菌和古菌群落结构都呈现出规律的层状分布.该土壤包括各种硫酸盐还原菌、产甲烷古菌、光合细菌等丰富的细菌和古菌资源.

军曹鱼群体遗传结构的AFLP分析

筛选出10对扩增片段长度多态分析技术(Amplified fragment length polymorphism,AFLP)的选择性扩增引物(E-aga/M-cgt、E-aga/M-cga、E-agc/M-cga、E-agg/M-cga、E-act/M-cgc、E-aag/M-cgc、E-aca/M-cga、E-aac/M-cgc、E-aac/M-cac和E-aac/M-cat),分析了4个军曹鱼(Rachycentron canadum)全人工繁育群体海南1(HN1)、海南2(HN2)、湛江(ZJ)和流沙湾(LS)的遗传结构。结果表明:总体多态位点比例(83.9%)、分化指数(0.427 8)和Shannon信息指数(0.614 9)均处于较高水平,遗传多样性丰富;主坐标分析和邻位连接树中LS-HN2支与ZJ-HN1支明显分离,各群体内多样性水平存在差异(遗传多样性大小依次为HN1、HN2、LS、ZJ),但总体基因流仍然较大(Nm=10.327),分子方差分析(AMOVA)获得的群内方差(53%)也略大于群间(47%)。

RT-PCR检测健康猪扁桃体和流产死胎猪瘟病毒的应用及RFLP分析

本研究用反转录＿聚合酶链反应(RT＿PCR)技术对广西部分猪场的健康猪扁桃体材料以及流产胎儿和死胎中的猪瘟病毒(HCV)进行检测。70份健康猪扁桃体材料中阳性11份,阳性率达15 7%;52份流产胎儿及死胎材料中检出阳性9份,阳性率达17 3%。表明广西猪场中有比较严重的健康带毒情况。用限制性片段长度多态性分析法(RFLP)对25份阳性材料、HCLV和石门毒的引物A1/A2的PCR产物进行分析,发现HCLV、石门强毒和广西流行野毒的RT＿PCR扩增产物中均有RsaⅠ的一个识别序列,但HCLV上的识别序列所在位置不同。本研究表明,用引物A1/A2作RT＿PCR检测,并结合RFLP分析技术可把兔化弱毒和流行野毒区分开来,这将对预防猪瘟起到十分重要的作用。

环境微生物群落分析的T-RFLP技术及其优化措施

末端限制性酶切片段长度多态性分析(terminal restriction fragment length polymorphism, T-RFLP)是近年来发展起来的、不依赖于培养的微生物群落分析方法之一.由于其在微生物群落结构分析方面的特点,包括分辨率高、易于实现自动化及互联网海量数据共享等优势,自1997年最先被报道以来得到了广泛的应用,成为环境微生物群落分析的最强有力的工具之一.本文详细介绍了T-RFLP技术的原理,并从环境样品群落DNA的提取、引物设计和PCR扩增、限制性酶切、电泳分离检测和T-RFLP图谱解析等5个方面讨论了用该技术解析环境微生物群落的方法和技巧,简述了近8 a来国外T-RFLP技术在群落分析中的研究进展.类似于其他的分子微生物生态学技术, T-RFLP也有自身的缺陷,因此重点分析了该技术的局限性及相应的解决办法.

5种笛鲷mtDNA及Cytb基因片段的RFLP比较

采用线粒体DNA限制性片段长度多态性分析(mtDNARFLP)和线粒体DNA的细胞色素b基因(Cytb)的部分序列扩增限制性片段长度多态性分析(mtDNAPCRRFLP)两种方法,对笛鲷属5种鱼类进行种间系统发育的比较研究,结果显示:(1)画眉笛鲷依照其形态学上体侧条带颜色差异,可分为褐带画眉笛鲷和黄带画眉笛鲷两个种;(2)千年笛鲷和星点笛鲷、褐带画眉笛鲷和黄带画眉笛鲷、金带笛鲷和金焰笛鲷之间遗传距离相对较近;(3)两种分析方法都可以为种的区分提供方便有效的分子标记;(4)两种分析方法在构建发育系统树上不完全一致。本文从mtDNA角度深入研究了南海海域笛鲷的系统发生,表明了mtDNA作为一种广泛应用的分子标记的实用性,同时也有一些潜在问题需要进一步研究。

上海地区部分乙型肝炎患者乙型肝炎病毒基因型分析

目的研究上海地区乙型肝炎病毒(HBV)基因型分布情况。方法采用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性分析(PCR-RFLP)检测136例HBV DNA阳性的上海籍HBV感染者的基因型。结果136例HBV DNA阳性的HBV感染者中基因型B 43例,占31.6%,基因型C 92例,占67.6%,基因型D仅有1例,未发现基因型A、E、F。结论上海地区存在HBV基因B、C、D型,基因型A、E、F是否存在仍需扩大样本作进一步深入研究。

柑橘衰退病毒柚分离株的p25/Hinf1 RFLP分析

对123个柑橘衰退病毒柚分离株进行p25/Hinf1 RFLP分析明确:样品中,单一p25/Hinf1 RFLP组群样品占样品总量的82.9%,说明我国田间受侵染柚类中柑橘衰退病毒株系相对较为单一;RFLP组群6的样品占样品总量的79.7%,说明目前柚类生产上的优势流行株属于p25/Hinf1 RFLP组群6,初步认定为强毒株系;柑橘衰退病毒株柚分离株S102、S104、S106、S108属于p25/Hinf1 RFLP组群5,初步认定是弱毒株系。