牛丙型肝炎病毒核心蛋白结合蛋白6同源基因的克隆化研究

目的 利用不同种属动物之间重要基因序列高度同源的理论 ,应用生物信息学技术和方法 ,克隆牛丙型肝炎病毒 (HCV)核心蛋白结合蛋白 6 (HCBP6 )的同源基因。方法 首先应用酵母双杂交技术 ,以表达HCV核心蛋白的表达载体为诱饵 ,对于百万级的肝细胞cDNA文库酵母进行配合、筛选 ,首先获得人HCBP6的全长编码基因 ,然后应用美国国立生物信息学中心 (NCBI)建立的核苷酸序列数据库 (GenBank)的同源基因的检索 ,搜索与之同源的来源于牛的表达序列标签 (EST)。然后根据基因同源性的原则 ,确定牛HCBP6的同源基因。结果 获得了与HCV核心蛋白结合蛋白的 36个基因片段 ,其中之一命名为HCBP6。根据基因同源性搜索 ,获得了来源于牛的EST基因序列片段 ,最终确立了牛HCBP6的同源基因。结论 利用不同物种之间基因同源性的原理 ,NCBI数据库GenBank同源基因的搜索 ,获得了牛HCBP6同源基因。生物信息学技术在后基因组时代具有重要地位和作用。

蜱携带牛丙型肝炎病毒新亚型巢式PCR检测方法的建立

旨在提高新发现的牛丙型肝炎病毒毒株——广东湛江毒株(bovine hepacivirus-GDZJ,BovHepV-GDZJ)的检测及诊断能力,初步了解广东地区蜱携带BovHepV-GDZJ的情况,本研究结合宏转录组学、高通量测序及PCR技术,针对高通量测序结果中丰度高的基因区域,设计该病毒的巢式PCR特异性引物。通过优化巢式PCR方法的最佳退火温度,建立检测BovHepV-GDZJ的特异性巢式PCR检测方法。结果显示:本方法对该病毒标准质粒最低检测值为6.8 copies·μL^(-1);对沙粒病毒等蜱携带的常见病原均无反应;应用此方法对115份广东湛江的蜱样品进行了检测,测序结果显示,该批蜱携带BovHepV阳性率为46.08%(53/115)。本研究首次在蜱中检测到BovHepV,揭示了BovHepV可能的传播途径,并建立了一套针对BovHepV-GDZJ株的特异性巢式PCR检测方法,为广东地区检测和预防BovHepV提供技术帮助,也为控制BovHepV的流行提供参考。

牛丙型肝炎病毒研究进展

牛丙型肝炎病毒是丙型肝炎病毒属的最新成员,于2015年首次在德国牛血清中发现。目前已在7个国家发现了这种病毒,分为2个基因型和8个亚型,仅中国就存在至少4种牛丙型肝炎病毒亚型。牛丙型肝炎病毒宿主为牛科动物,具有嗜肝性,可引起牛的急性或持续性感染,给畜牧业的发展及相关从业人员的健康构成潜在威胁。牛丙型肝炎病毒基因组全长约8.8 kb,包含5′-端和3′-端非编码区及1个编码2779个氨基酸的长开放阅读框(ORF),其中5′-端非编码区中存在核糖体进入位点。牛丙型肝炎病毒在牛群中呈高度流行趋势,已知检测方法主要为分子生物学诊断中的巢式PCR及免疫学诊断方法中的荧光素酶免疫沉淀反应系统(LIPS);随着新发病毒的不断发现,巢式PCR方法无法满足高度变异的牛丙型肝炎病毒,而已有的免疫学诊断方法也存在交叉反应现象。目前尚无有效的疫苗及其他治疗药物,养殖场缺乏对牛丙型肝炎病毒的重视及防控措施。因此,笔者从牛丙型肝炎病毒的病原学、流行病学、检测方法及防控等方面对国内外取得的最新研究进展进行综述,旨在提高国内对牛丙型肝炎病毒及其致病性的认知,为该病毒的研究和防控提供参考。