间日疟原虫红内期SSUrRNA基因片段的扩增、测序及诊断应用

目的：体外扩增间日疟原虫（深圳株）红内期小亚单位核糖体核糖核酸编码基因（SSUrDNA）片段，克隆测序分析，并探讨其诊断应用。方法：设计1对特异性引物，采用聚合酶链反应（PCR）从间日疟患者血样中扩增出间日疟原虫SSUrDNA片段；用PUC19质粒T载体构建重组子导入大肠杆菌JM109；阳性克隆双酶切鉴定后，双脱氧末端终止法测定序列；以SSUrDNA为靶基因，PCR诊断间日疟，双盲法检测40份血样（28份镜检阳性的血样，12份健康血）。结果：间日疟原虫SSUrDNA扩增片段大小约为341bp；阳性克隆双酶切及PCR扩增均得到预期大小的片段；序列测定插入片段为341bp，与SalI株顺序相比，仅在第151位处缺失1个碱基C；以SSUrDNA为靶基因，双盲法检测镜检阳性及健康人血样，结果完全正确。结论：所克隆的间日疟原虫SSUrDNA片段序列在间日疟原虫虫株间高度保守，以其为靶基因建立的PCR检测方法适用于间日疟的诊断。

人MAGE-3基因片段的克隆与测序

目的克隆表达人MAGE-3基因片段(210～623位碱基),以便研究其对MAGE-3阳性恶性肿瘤的生物学作用。方法为选择靶基因,采用分子生物学软件分析MAGE-3基因抗原表位;并设计MAGE-3靶区域引物。从人肺癌组织标本中提取mRNA,用RT-PCR法从中扩增出MAGE-3片段,对其进行XhoⅠⅡ酶切鉴定;将扩增片段克隆于pGEM-TEasy载体中,转化JM109,进行阳性筛选后,运用pGEM-TEasy质粒的T7/SP6作为引物对重组子鉴定,并进行DNA测序。结果抗原表位分析表明MAGE-3基因片段(210～623位碱基)为抗原决定簇丰富区段。RNA体外扩增得到的片段为414bp,并经XhoⅠⅡ酶切鉴定得到证实;pGEM-TEasy-MAGE-3经筛选鉴定正确,DNA测序结果与Genebank比较完全相同,表明靶基因成功插入pGEM-TEasy。结论该片段可用于真核及原核表达。

犬Elovl2基因片段的克隆和测序分析

利用比较基因组的方法获得犬elongationofverylongchainfattyacids(FEN1/Elo2,SUR4/Elo3,yeast)-like2基因(Elovl2)序列,为后续研究奠定基础。根据人ELOVL2和小鼠的Elovl2基因序列设计PCR引物,对比格犬和本地犬的DNA进行PCR扩增,回收纯化扩增片段,克隆、测序。对本地犬和比格犬的三次克隆测序分别得到长为672bp、671bp和675bp的基因片段,三个基因片段有11个碱基差异。测序结果表明,犬的Elovl2基因与人的ELOVL2基因和小鼠的Elovl2基因无显著相似性。扩增得到的基因片段还需进一步分析。

2a/Ⅲ型丙型肝炎病毒基因组非结构4区全长序列的扩增、克隆及分析

目的 获得 2a/Ⅲ型丙型肝炎病毒 (HCV)基因组全长非结构 (NS) 4区克隆并作序列分析。方法 用限制性片段长度多态性分析 (RFLP)基因分型方法筛选出 2a/Ⅲ型HCV一株。为了获得该毒株全长NS4区基因序列 ,依据代表株序列的NS3区之 3′末端及NS5区之 5′末端相对保守区域合成引物 ,以RT -nested -PCR方法扩增一段 1.3kb的片段cDNA ;将此片段插入pUC19质粒载体。结果 克隆了丙型肝炎基因组非结构NS4区全长基因 ,构建了pUC -NS4重组体 ,对重组体进行酶切鉴定 ,克隆的cDNA与预计的片段大小相符 ,并作序列测定。结论 获得全长NS4区基因克隆 ,经序列分析表明 ,与日本HC -J6有较高的同源性 (92 .1%)。

基于全基因组重测序技术鉴定转基因大豆插入位点的方法

明确的插入位点及其旁侧序列是转基因材料进入生物安全评价更高阶段的必要条件。传统的插入位点鉴定方法以基于已知外源序列的PCR扩增技术为基础,主要有TAIL-PCR和Genome walk ing等。大豆是一个古四倍体农作物,近75%的基因以多拷贝或复杂拷贝的形式存在,因此,传统的以PCR为基础的插入位点鉴定方法在转基因大豆中工作效率并不高。

简化基因组测序技术研究进展

随着高通量测序技术的快速发展,简化基因组测序技术作为一种高效标记开发技术得到了广泛应用.现代简化基因组测序技术主要划分成简化代表库、特异性位点扩增片段测序技术以及基于限制性酶切的简化基因组测序技术,针对此3种类型的技术,综述其在群体遗传学、遗传图谱构建及数量性状位点定位等方面的研究进展.

甲醛溶液保存的中华哲水蚤基因组DNA提取和PCR扩增

提取了保存于5%甲醛溶液中的单只中华哲水蚤基因组DNA.经凝胶电泳后虽无清晰条带,但PCR扩增后可得线粒体DNA细胞色素氧化酶I亚基基因(mtCOI)片段.测序分析,该片段长度为710bp,与GenBank中的序列(索引号AF332769)比对后确定为中华哲水蚤mtCOI序列的一部分.利用本实验方法所提取的基因组DNA可适用于系统发生、种群遗传结构等领域的分子水平研究,为保存在甲醛溶液中的小型海洋浮游动物的基因信息利用提供实用技术.

鳜胰蛋白酶基因外显子3上SNP G169A位点鉴定和四种不同检测方法的比较

采用PCR产物直接测序法(DS)对鳜(Siniperca chuatsi)胰蛋白酶基因(TRY)进行单核苷酸多态性(SNPs)分析,发现外显子3上的G169A多态性。对312个样品进行分析,共发现三种基因型GG、GA、AA,其基因型频率分别为0.26、0.54、0.20,两个等位基因G和A的基因频率分别为0.53和0.47。用创造限制性酶切位点法PCR(CRS-PCR)、单管双向等位基因专一性扩增(SB-ASA)和单链构象多态性分析(PCR-SSCP)对该SNP位点进行验证。结果表明,CRS-PCR法不能对该SNP位点分型,PCR-SSCP和SB-ASA法可以且准确度分别为100%和96.67%。

新疆盐生植物的钙调蛋白基因克隆与序列分析

采用RT-PCR扩增的方法,从新疆盐生植物花花柴(Karelinia caspica)、盐爪爪(Kalidium foliadum)和盐桦(Betulahalophila)中分别克隆获得了450bp的cDNA片段。基因测序和序列同源性分析的结果表明,所克隆的基因片段均包含了钙调蛋白基因完整的读码框架。新疆花花柴钙调蛋白基因与盐爪爪钙调蛋白基因同源性达86%,盐爪爪与盐桦同源性达86.77%,花花柴与盐桦同源性达85.11%。新疆盐生植物钙调蛋白基因与其它已发表的植物钙调蛋白基因同源性均在80%以上,显示植物钙调蛋白基因具有高度保守性。

胃肠道间质瘤60例中c-kit和PDGFRA基因突变的检测

目的: 探讨c kit基因和PDGFRA基因在我国胃肠道间质瘤(GIST)中的突变状况。方法: 用PCR扩增和直接测序的方法,检测60例GISTc kit基因9号、11号、13号和17号外显子突变以及PDGFRA基因12号和18外显子突变。结果: 60例GIST中kit基因突变率为63. 3%,绝大多数为杂合性突变,少数为纯合性突变。其中以编码近膜区的11号外显子突变最为常见(58. 3% );其次为编码胞外区的9号外显子突变(3. 3% );偶见编码胞内酪氨酸激酶结构域的13号外显子突变(1. 7% ),是一个新的突变位点L641P;未检出17号外显子突变。11号外显子的突变位点多集中在5′端的经典热点(42. 9% ),表现为密码子第557 -560的点突变和框内缺失。第二个热点位于11号外显子的3′端,为框内串联重复。后者主要发生在胃部,女性患者多见。60例GIST中PDGFRA基因突变率为5%,表现为编码胞内酪氨酸激酶结构域的18号外显子D842V点突变,且均为CD117阴性。未见编码近膜区的12号外显子突变。结论:CD117阳性GIST主要表现为c kit突变,分布在11号外显子经典热点和3′端热点,后者与老年女性胃GIST相关。PDGFRA基因突变主要见于CD117阴性GIST,多发生在后腹膜,具高度侵袭危险性。

3种检测乙型肝炎病毒YMDD变异方法比较及结果分析

目的对检测乙型肝炎病毒（HBV）YMDD变异的3种方法进行比较并分析结果。方法对101例用拉米夫定治疗的HBV感染者，测定其治疗前HBV DNA水平，定期随访，分别以通用模板信号扩增（UT-PCR）、限制性片段长度多态性分析（PCR—RFLP）和DNA测序法检测病毒YMDD变异。结果UT—PCR和PCR-RFLP的检测结果与DNA测序结果的符合率均为98．11％。按治疗前HBV DNA水平分为5×10^2～5×10^4拷贝／mL，5×10^4～5×10^6拷贝／mL，5×10^6～5×10^8拷贝／mL，〉5×10^8拷贝／mL4个组，YMDD变异率分别为10％，12．90％，32．43％和53．85％。YMDD突变后，HBV DNA水平显著降低，其中WDD突变株的HBV DNA水平高于YIDD突变株（P〈0．01）。结论UT-PCR法适合临床检测HBV YMDD变异。乙型肝炎患者用拉米夫定治疗时，病毒DNA水平越高，发生YMDD变异的几率越大。突变株的复制能力低于野生株，YVDD突变株复制能力强于YIDD突变株。

AMSS-PCR在肺癌突变基因检测中的价值研究

背景与目的肺癌驱动基因检测具有重要意义,目前检测方法多样,临床适用性有差异。本研究旨在比较基于扩增阻碍突变系统-聚合酶链反应(Amplification Refractory Mutation System-polymerase chain reaction,ARMS-PCR)技术的试剂盒与一代测序及ARMS-qPCR检测肺癌突变基因的敏感性和特异性,探究突变位点特异扩增法(Amplification Mutation Specific System, AMSS)-PCR技术在肺癌突变基因检测中的应用价值。方法对前期已行ARMS-PCR检测的肿瘤标本进行一代测序及试剂盒检测,比较各种方法的检测结果,并对检测结果进行统计学分析。结果本研究共收集了309例肺癌标本。试剂盒与一代测序符合率97.41%,ARMS-PCR的符合率97.73%。试剂盒与一代测序、试剂盒与实时定量聚合酶链反应(quantitative real-time polymerase chain reaction, qPCR)、qPCR与一代测序一致性检验的Kappa值分别为0.946、0.953、0.913。试剂盒以一代测序为参照的受试者工作特征曲线(receiver operatingcharacteristiccurve,ROC)曲线下面积为0.976,以qPCR为参照的ROC曲线下面积为0.975。结论 AMSSqPCR技术能够有效检测肺癌突变基因,具有较好的临床应用价值。

NGAL基因不同长度片段的克隆及其顺式作用元件定位分析

NGAL(neutrophilgelatinase-associatedlipocalin)是lipocalin家族的一个新成员,可能是人类的一种新癌基因,但其在肿瘤中的表达调控机制尚不清楚。应用生物信息学手段对NGAL(X99133,包括外显子和内含子)进行分析发现,此区域内含有许多潜在的顺式作用元件,其中主要为增强子元件。对此设计了以下实验:应用PCR技术从食管癌细胞SHEEC基因组DNA中扩增不同长度的NGAL基因片段,将其连接到PGEMT-eacy载体中进行扩增,并测序。NCBI/BLAST分析确认扩增片段为NGAL基因所有,与实验所设计相吻合。在此基础上并应用KEGG/MOTIF检索分析系统对NGAL基因的上述区段进行了顺式作用元件定位分析,结果共鉴定出5个Score值=100分的顺式作用元件位点。这为NGAL基因增强子的鉴定提供了新线索。

大肠杆菌DNA片段对HBsAg的免疫刺激作用

目的研究大肠杆菌DNA片段对HBsAg的免疫刺激作用。方法将大肠杆菌DNA片段,通过PCR补齐、加尾后,连于pGEMT载体,再进行PCR扩增后得到100～250bp的dsDNA片段,将扩增出的片段(100μg)与HBsAg混合免疫ICR小鼠。于免后8周检测其抗体水平,选择抗体水平最高的组进行重复实验,对其中最高的一组测序,并分析其序列特征。结果在235个DNA片段中,有的片段免疫刺激作用显著高于铝佐剂和CpGODN1826对照组。该DNA片段除含有1个符合免疫刺激模式的基序外,其余12个CpG二核苷酸均为非回文结构。结论大肠杆菌DNA中含CpGODN的片段对HBsAg具有免疫刺激作用。

人恶性黑色素瘤A375细胞黑素刺激素受体(MC1R)的检测

目的检测人恶性黑色素瘤A375细胞膜上MC1R蛋白及其cDNA,为研究黑色素瘤细胞表面受体及靶向配体奠定基础。方法利用放射配体分析法检测人恶性黑色素瘤A375细胞膜上的MC1R蛋白;用RTPCR方法扩增人恶性黑色素瘤A375细胞MC1R的cDNA,并克隆至pMD18T质粒,进行酶切分析鉴定及扩增片段DNA序列测定。结果放射配体分析结果表明,125IαMSH可与人恶性黑色素瘤A375细胞膜特异结合。RTPCR结果显示,扩增产物的大小与MC1R的cDNA相符。测序结果证实扩增片段为MC1R基因的特异片段。结论证实人恶性黑色素瘤A375细胞膜上表达MC1R蛋白。MC1R基因的成功克隆为其进一步研究提供了必要条件。

华支睾吸虫卵黄前体蛋白B基因的识别、序列分析和克隆表达

为识别和克隆华支睾吸虫新基因 ,对华支睾cDNA质粒文库进行随机筛选并测序 ,并利用在线生物信息学工具进行序列分析 ,识别华支睾吸虫未知基因 ,同时根据PGEX -4T- 1多克隆位点及未知基因的序列设计引物 ,PCR扩增目的基因 ,并构建原核重组质粒。结果发现了CsvpB基因 ,其完整阅读框含 76 2个碱基 ,编码 2 5 4个氨基酸 ,理论分子量为 2 7. 7kDa。序列分析表明 ,CsvpB蛋白与其它物种的卵黄前体蛋白有较高的同源性 ,所构建的重组原核表达质粒PGEX- 4T- 1 vpB经PCR、双酶切及测序证实与目标基因相符。

BRCA1基因全长mRNA序列分析技术

目的:建立BRCA1基因全长mRNA序列测定方法。方法:根据文献和GenBank(U14680)报道的BRCA1基本序列设计6对特异性引物,建立6个特异性逆转录PCR(RT-PCR)技术,分段且扩增BRCA1全长mRNA,然后采用毛细管电泳进行cDNA测序,方法建立后用于3名健康女性样本。结果:6个特异性RT-PCR反应扩增片段相互覆盖,使序列分析结果包括全长BRCA1mRNA,共5000多bp。3名经PCR技术检测确定携带正常BRCA1基因的样本的mRNA分析结果显示,其BRCA1mRNA序列均与过往报道的正常mRNA序列完全一致。结论:所建立的RT-PCR特异性结合BRCA1基因,能用于其mRNA全长序列分析。

HBV DNA PreC／C和BCP片段基因多态性研究

目的：研究乙肝患者HBV DNA核苷酸（nt）1735～1965片段突变及其临床意义。方法：PCR扩增HBV DNA nt1735～1965片段，将产物进行HBV DNA测序。结果：在68例乙肝患者中。nt1735～1965突变阳性率为48．5％，检出点突变总数168个，频率前10位的是nt1764（58．8％）、1762（44．1％）、1799（20．6％）、1766（14．7％）、1896（13．2％）、1754（8．8％）、1899（8．8％）、1768（7．4％）、1814（7．4％）及1913（7．4％）。同时，首次检出nt1907、1922、1923位点突变。

视网膜特异性Rho启动子的基因克隆与序列分析

目的:获取视网膜特异性表达Rho启动子基因,为实现外源基因在视网膜组织中特异性表达做准备。方法:用酚氯仿异戊醇抽提BLAB/c鼠全基因组DNA;设计引物,从基因组中通过PCR扩增获得视网膜特异性表达的Rho启动子基因;克隆入PcDNA3.1+载体,酶切、PCR鉴定,上海博亚生物技术公司测序;序列分析。结果:从BLAB/c鼠全基因组DNA中PCR扩增得到预期大小的启动子片段;构建重组PcDNA3.1+-Rho载体具有与目标片段长度相符的插入片段,插入方向正确;测序结果分析显示,视网膜特异性Rho启动子高度保守,所获得的BLAB/c鼠Rho启动子与Genebank报道的序列一致。结论:成功获得BLAB/c鼠Rho视网膜特异性启动子,为下一步研究视网膜疾病的发病机制和基因治疗奠定了一定的工作基础。