江浙地区菱品种遗传多样性的SLAF-seq分析

利用SLAF-seq技术对江浙地区17个主要的栽培菱品种和1个野生菱种质进行高通量测序,获得445594个SLAF标签,鉴定到多态性SLAF标签95931个。通过序列分析,获得269338个SNP标记,并基于这些SNP构建18份菱样品的遗传发育树及进行群体结构分析。结果表明,SLAF-seq技术能高效地开发出大量可用于群体遗传分析的SNP标记,基于SNP标记构建的进化树能较好地区分不同类型的菱品种。该结果对开展菱种质资源鉴定和菱种质遗传演化研究具有重要参考价值。

简化基因组测序技术研究进展

随着高通量测序技术的快速发展,简化基因组测序技术作为一种高效标记开发技术得到了广泛应用.现代简化基因组测序技术主要划分成简化代表库、特异性位点扩增片段测序技术以及基于限制性酶切的简化基因组测序技术,针对此3种类型的技术,综述其在群体遗传学、遗传图谱构建及数量性状位点定位等方面的研究进展.

基于SLAF测序分析3个塔形马蹄螺群体的遗传结构和多样性

塔形马蹄螺(Tectus pyramis),海洋软体动物,广泛分布于中国深圳大鹏湾、海南岛、西沙和南沙群岛的珊瑚礁生态系统中。文章采用特异性位点扩增片段简化基因组测序技术(SLAF-seq)对来自深圳(SZ)、三亚(SY)和西沙(XS)的塔形马蹄螺群体的遗传多样性和结构进行分析。通过测序共获得115.74Mb读长数据,平均测序深度为337.87倍,测序质量值(Q30)平均为94.07%。研究获得118679个多态性SLAF标签,获得846502个高度一致的群体单核苷酸多态性位点(SNPs),其中有155个显著差异SNPs。3个群体的平均观察杂合度(Ho)和期望杂合度(He)值分别为0.1441~0.1611和0.2537~0.2695。平均多态性信息含量(PIC)为0.2048~0.2176。通过系统发育树分析、主成分分析和聚类分析,将45个个体大致分为3个类群,每个群体的所有个体都可以聚类成一个类群。SZ和SY群体的遗传结构相似,遗传距离最低(0.2510),遗传分化系数Fst值最低(0.0818)。但XS与其他两个群体间的遗传分化明显,尤其是XS和SZ群体(Fst=0.1868)。3个群体的遗传分化可能与海流和地理位置有关。