极小种群馨香玉兰特异性单核苷酸多态性位点开发

在馨香玉兰全基因组范围内进行特异性单核苷酸多态性(SNP)位点开发,为馨香玉兰濒危保护以及资源利用提供理论依据。利用以云南省5个野生居群和2个栽培居群共70个个体为材料,进行简化基因组测序技术(SLAF-seq),成功开发了843082个用于馨香玉兰SLAF建库的标签,其中多态性SLAF标记有287843个,通过数据质控,共获得了180650个高度一致性的群体SNP位点,利用SNP位点对馨香玉兰居群进行遗传多样性分析,结果显示:馨香玉兰的观测杂合度H_(o)为0.2697,期望杂合度H_(e)为0.3355,Shannon指数为0.5069,Nei多样性指数为0.3553。结果表明,利用SLAF-seq技术能够实现全基因组范围内的大量SNP标记位点开发,利用大量的SNP位点解析物种的遗传多样性更具准确性和先进性。

利用等位基因特异性PCR检测水稻可溶性淀粉合酶基因的单核苷酸多态性

单核苷酸多态性(SNP)广泛分布于水稻基因组中,SNP分型已成为水稻遗传作图、关联分析、资源鉴定和分子标记辅助选择等研究的重要技术。本文选择水稻可溶性淀粉合酶基因SSIIIa的12个SNP位点,研究了利用等位基因特异性PCR法检测SNP的可行性。按照等位基因特异性PCR原理设计引物3'末端碱基,并根据每个SNP位点引物3'端的错配类型,在上游引物3'末端第3位引入不同的错配碱基,结果均获得了很好的扩增特异性,PCR检测结果与测序结果吻合。表明,等位基因特异性PCR是一种简便、快捷、可靠和低成本的SNP分型方法,可有效应用于水稻可溶性淀粉合酶基因的种质资源鉴定和分子标记辅助选择育种等相关研究。

表面活性蛋白A单核苷酸基因多态性与过敏性鼻炎皮下特异性免疫治疗疗效相关性分析

目的:探讨表面活性蛋白A基因单核苷酸多态性与过敏性鼻炎皮下特异性免疫治疗疗效相关性分析。方法:前瞻性募集接受皮下特异性免疫治疗的过敏性鼻炎患者160例,随访1年,记录治疗前、治疗后5个月、治疗后1年过敏性鼻炎症状评分,根据治疗疗效分为好转组和未好转组。提取外周血基因组DNA。采用TaqMan MGB探针技术对表面活性蛋白A基因上的9个标签(rs1059047、rs1136450、rs1136451、rs1059057、rs4253527、rs1059046、rs17886395、rs1965407、rs1965708)进行基因分型。比较两组之间基因型和等位基因分布差异的显著性。结果:共119例患者完成随访,好转组81例,未好转组38例,好转率68%。-50C>G位点(rs1136450)CC基因型患者免疫治疗有效率明显高于GG基因型患者(P<0.05);-223A>C位点(rs1965708)AC基因型患者免疫治疗有效率显著高于AA型患者(P<0.05),其余位点基因型(rs1059047、rs1136451、rs1059057、rs4253527、rs1059046、rs17886395、rs1965407)与免疫治疗有效率无显著相关性。结论:表面活性蛋白A可能是与SCIT治疗效果有关联的易感基因,-50C>G位点(rs1136450),-223A>C位点(rs1965708)多态性可能与过敏性鼻炎皮下特异性免疫治疗疗效有关。

单核苷酸多态性敏感分子开关在基因组单核苷酸多态性检测中的特异性分析

目的探讨硫化修饰的碱基特异性引物与高保真DNA聚合酶所构成的对单核苷酸多态性敏感的分子开关系统在基因组单核苷酸多态性检测中的特异性。方法以人类基因组DNA为模板,采用3’末端配对及不配对的3’末端硫化修饰引物,进行不同保真度DNA聚合酶介导的引物延伸反应。结果Taq酶介导的碱基特异引物延伸反应扩增产物出现非特异性带,而单核苷酸多态性敏感分子开关介导的引物延伸反应未出现非特异性带。结论单核苷酸多态性敏感分子开关是一种特异性强,可靠性高的可用于基因组单核苷酸多态性分析的新方法,可在单碱基水平对遗传病相关基因进行特异性检测。

多重等位基因特异性扩增--微流控芯片电泳法同时测定多个单核苷酸多态性位点

文章以微流控芯片电泳为检测平台,建立了一种基于DNA适配器连接介导的多重等位基因特异性扩增同时测定多个单核苷酸多态性(SNP)位点的方法。以白细胞介素1β(IL1B)基因中的7个SNP位点(794C>T、1274C>T、2143T>C、2766T>del、3298G>A、5200G>A和5277C>T)为检测对象,通过PCR预扩增得一段含该7个待测SNP位点的长片段;用限制性内切酶MboⅠ将其消化成短片段,再与DNA适配器(adapter)相连;以连接产物为模板,在两管中分别用7条等位基因特异性引物和一条公用引物进行7重等位基因特异性扩增;最后用微流控芯片电泳法分离等位基因特异性扩增产物,根据两管扩增产物的芯片电泳图谱中扩增片段的大小判断SNP的类型。采用本法成功测定了48名健康中国人的IL1B基因上的7个SNP位点,与聚合酶链反应-限制性片段长度多态性法(PCR-RFLP)和测序法测定结果完全一致。本法结果准确,可用于同时测定多个SNP位点;以微流控芯片电泳作为检测平台,分析速度快,样品需要量少;借助于自制筛分凝胶和重复使用芯片,使得SNP分析成本大大降低。

血清生长停滞特异性蛋白6c.834+7G>A单核苷酸多态性与重度子痫前期风险增加的相关性

目的检测重度子痫前期患者血清生长停滞特异性蛋白6(GAS6)基因位点c.834+7G>A多态性,评价其与疾病风险增加的相关性及作为生物标志物预警重度子痫前期(SPE)患者的意义。方法563例育龄妇女纳入本研究,SPE组为213例重度子痫前期患者,对照组为350例正常妊娠妇女。采用常规检测收集普通风险指标并比较其在SPE组及对照组之间的差异。采用限制性片段长度多态性聚合酶链反应(PCR⁃RFLP)检测GAS6 c.834+7G>A的基因型,对GAS6单核苷酸多态性资料进行卡方检验,Logistic回归分析计算不同等位基因及基因型的优势比(odds ratio,OR)及95%置信区间(95%CI)。结果SPE组与对照组普通风险指标(如孕周、血小板计数、收缩压、舒张压、血肌酐、尿蛋白和D⁃Dimer等)均存在差异。SPE组GAS6 c.834+7G>A位点等位基因G频率(0.651)高于对照组(0.463),差异有统计学意义(P<0.05);同时与等位基因A相比,等位基因G患病的风险提高2.2倍(OR=2.157,95%CI:1.683~2.766)。SPE组GAS6 c.834+7G>A位点基因型GG频率(0.512)明显高于对照组(0.200),差异有统计学意义(P<0.05);且与等位基因AA相比,基因型GG患病的风险提高3.4倍(OR=3.397,95%CI:2.131~5.416),与等位基因AG相比提高4.8倍(OR=4.775,95%CI:3.143~7.256)。结论SPE组GAS6 c.834+7G>A等位基因及基因型频率与对照组存在差异。等位基因G及基因型GG与重度子痫前期风险增加具有相关性,该位点的基因分型可为重度子痫前期的发病机理研究奠定基础。

单管等位基因特异性扩增法同时测定多重单核苷酸多态性

目的:建立了一种单管等位基因特异性扩增法同时测定多重单核苷酸多态性(SNP)。方法:以TYR基因外显子1上的3个SNP位点(71G>A、425A>T和758G>A)为例,首先采用PCR预扩增得一段含所有待测SNP位点的长片段;然后用限制性内切酶将其消化成短片段,在连接酶的作用下与设计的DNA适配器相连;以此连接产物为模板,在单个PCR管中加入一种适配器特异性通用引物和所有等位基因特异性引物进行PCR扩增;最后用琼脂糖凝胶电泳法分离检测PCR扩增产物,并根据扩增片段的大小判断SNP的类型。结果:采用该法成功测定了30名健康中国人的TYR基因中的3个SNP位点,与限制性片段长度多态性法(RFLP)测定结果完全一致。结论:该方法特异性高、结果准确、检测成本低,可用于同时测定多个SNP位点。

利用动态等位基因特异性杂交技术进行单核苷酸多态高通量分型

动态等位基因特异性杂交 (dynamicallele specifichybridization ,DASH)是新发展起来的一种单核苷酸多态(singlenucleotidepolymorphisms,SNP)等位基因分型技术 ,具有快速、经济、准确、高通量、重复性好等优点 .利用DASH技术 ,对 96份正常人外周血DNA样品成功地进行了两个SNP位点的基因分型 ,并摸索实验条件 。

IL-33和IL1RL1基因单核苷酸多态性与特应性皮炎相关性研究

目的:分析IL-33和IL1RL1基因单核苷酸多态性(SNPs)与特应性皮炎(AD)的相关性。方法:PCR-SSP方法检测89例AD患者和138名正常对照组受试者IL-33和IL1RL1编码基因的等位基因和基因型频率。结果:AD患者的IL-33 rs1800925 C等位基因的频率高于对照组,而T等位基因和rs764706552等位基因G低于对照组(均P<0.001)。IL-33 rs1800925基因型CC和rs764706552基因型CG与AD显著正相关(均P<0.001)。两组患者的IL1RL1基因的等位基因和基因型频率无明显差异(均P>0.05)。结论:IL-33基因可能与AD的发病相关。

延边朝鲜族和汉族IL-13基因单核苷酸多态性与特应性皮炎的相关性

目的探讨延边朝鲜族和汉族白介素(interleukin,IL)-13基因单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)与特应性皮炎(atopic dermatitis,AD)发生的相关性。方法应用SnaPshot单碱基延伸方法检测延边朝鲜族294例(患者84例和正常对照210例)和汉族360例(患者159例和正常对照201例)IL-13基因2个SNPs(rs1800925,rs140828306)基因型,进行病例-对照关联分析。结果 rs1800925位点的等位基因、基因型频率均符合Hardy-Weinberg平衡定律(P>0.05),朝鲜族人群rs1800925-T等位基因频率高于汉族人群(P=0.047),携带TT基因型的朝鲜族频率高于汉族,但无统计学意义(P=0.094)。朝鲜族和汉族AD患者与对照组之间IL-13基因rs1800925位点的等位基因、基因型频率差异均无统计学意义(P>0.05)。研究的全部样本中仅发现rs140828306(C/T)位点CC基因型。结论 IL-13基因rs1800925多态可能与中国延边地区人群AD易感性不相关;rs1800925多态存在民族差异;rs140828306不属于延边地区朝鲜族和汉族多态性。

小叶杨GA20氧化酶基因的克隆、表达及单核苷酸多态性分析

利用RT-PCR方法,首次从小叶杨未成熟木质部cDNA中分离出PsGA20OxcDNA全长及其基因组DNA,并进行测序和序列分析。结果表明:克隆的小叶杨PsGA20OxcDNA片段总长为1403bp,基因内部含有完整的开放阅读框架,大小为1155bp,编码区可编码长度为385个AA残基,所推导的蛋白质氨基酸序列与拟南芥和水稻GA20Ox蛋白的同源性分别为66.0%和57.0%。组织特异性RT-PCR结果显示,PsGA20Ox基因在杨树茎、叶片和顶端分生组织中均有表达,但其表达模式却不同:PsGA20Ox在成熟木质部中表达丰度最高,在未成熟木质部和嫩叶中表达丰度较高,在顶端分生组织中有少量表达,在形成层组织中表达丰度极低。在此基础上,组合利用MEGA4.0和DnaSP4.50.4软件对小叶杨36株基因型个体的PsGA20Ox基因组DNA序列进行比对和分析,检测到49个单核苷酸多态性(SNP)位点,频率为1/35bp。其中,15个是常见SNPs,34个为罕见SNPs。在这些SNPs中,37个属于转换,12个属于颠换。在外显子区域,共检测到26个SNP位点,其中23个为同义突变,3个为错义突变。对PsGA20Ox基因内SNPs进行的连锁不平衡分析表明,随着核苷酸序列长度的增加,SNPs的连锁不平衡在基因内部就迅速衰退,因此,在小叶杨中,基于候选基因的连锁不平衡作图是可行的,而基于整个杨树基因组的连锁不平衡作图是不可行的,也是不必要的。

利用液相芯片技术研究DAZL基因单核苷酸多态性与男性不育关系

目的建立液相芯片检测DAZL基因单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)的方法,并探讨该基因SNP与男性不育的相关性。方法实验分为由无精症和严重少精症组成的病例组与健康自愿者组成的对照组,基于Luminex技术平台,应用等位基因特异性延伸反应(allele specific pri mer extension,ASPE),研究DAZL基因SNP260A→G和SNP386A→G的突变情况。结果196例病例中SNP260A→G和SNP386A→G突变分别为6例(3.06%)和4例(2.04%),40例对照组中只有1例(2.5%)SNP260A→G突变,没有发现SNP386A→G突变。所有突变均为突变纯合体,且没有发现同时存在两个突变的标本。两个位点的突变频率在病例组和对照组间差异均无统计学意义(P>0.05)。结论成功建立并应用液相芯片检测单核苷酸多态性的方法;DAZL基因SNP260A→G和SNP386A→G突变与成都地区男性不育没有明显相关性。

一种单核苷酸多态性的单倍型分析技术

运用多步PCR和测序技术,完成基因组中相距较远的单核苷酸多态位点的单倍型构建。通过设计2条等 位基因特异性引物,扩增大片段DNA(10kb左右),以此大片段DNA作为下一轮PCR反应的模板,再在该片段 中设计待检测区域的PCR引物,进行第2轮PCR。对PCR产物进行测序分析,确定其多态位点处的等位基因。 结合第1轮PCR中的等位基因特异性引物,即可确定该大片段DNA中不同单核苷酸多态性构成的单倍型。以脂 蛋白脂酶基因为例,应用其启动子区以及第4外显子区的等位基因特异性引物扩增约16kb的DNA片段,然后检 测位于该片段中第2、3外显子的多态性。在LPL基因第2内含子中发现了+13557G→A多态性。经分析确定 出-421G/+13557G/+15222A、-421A/+13557G/+15222A、-421G/+13557G/+15222G、-421G/+ 13557A/+15222A等4种单倍型。等位基因特异性PCR结合小片段测序是一种快捷高效的对相距较远的多个 SNP进行单倍型构建的新策略。

炎症性肠病的MIF-173位点单核苷酸多态性研究

目的探讨中国浙江地区汉族人群中巨噬细胞移动抑制因子(MIF)基因单核苷酸多态性(SNP)分布,分析其与炎症性肠病(IBD)的相关性。方法分别应用四引物突变特异性扩增系统(ARMS)法和限制性片段长度多态性(RFLP)-PCR方法对142名健康个体和99例IBD患者MIF基因-173位点SNP多态性进行分型,并将PCR产物克隆及测序鉴定。结果MIF基因-173位点检测到3种基因型,其基因型分布皆符合Hardy-Weinberg平衡定律。四引物ARMS法和RFLP-PCR两种方法结果完全一致。统计分析显示,溃疡性结肠炎(UC)患者MIF-173位点CC基因型频率15.5%显著高于正常人中的5.6%(P<0.05)。MIF-173位点等位基因和基因型频率在IBD患者和正常人群中差异无统计学意义(P>0.05)。进一步分析发现CC基因型与UC患者的临床特征无关。结论四引物ARMS是一种准确、快速和经济的SNP测定方法。MIF-173位点CC基因型可能与UC的发生相关。

Fas基因A-670G单核苷酸多态性与阿尔茨海默病的相关性分析

目的探讨中国汉族人群中Fas基因A-670G单核苷酸多态性(SNP)与阿尔茨海默病(AD)的相互关系。方法采用等位基因特异性PCR(A-S PCR)技术检测509例AD患者和561名健康对照者Fas基因A-670G位点SNP的分布,并分析各基因型与发病年龄和疾病严重程度的关系。结果AD组和对照组基因型频率(χ2=0.66,P>0.05)及等位基因频率(χ2=0.70,P>0.05)差异均无统计学意义。进一步将样本按发病年龄和性别分层其差异也未发现统计学意义(P>0.05)。而且,各基因型与发病年龄、疾病严重程度也不相关。结论中国汉族人群中Fas基因A-670G位点SNP与AD无关联。

单核苷酸多态性(SNP)分型的主要方法及研究进展

近年来,随着现代分子生物学的发展,遗传标记也在不断的发展与进步。目前,基因的单核苷酸多态性（SNP）已成为继RFLP,SSR之后的第三代分子遗传标记。SNP是指在基因组水平上单个核苷酸变异引起的DNA序列多态性,包括单碱基转换、颠换、插入及缺失等形式,具有数量丰富,分辨率高,覆盖基因组范围大,遗传稳定等主要优点。因此,SNP可广泛应用于农学、医学及生物进化等相关领域,作为稳定的分子遗传标记从而开展相关研究。

IL-18基因启动子单核苷酸多态性与SLE相关性研究

目的研究浙江地区汉族人群SLE患者和健康对照者白细胞介素18(interleukin-18,IL-18)基因启动子多态性分布,探讨其与SLE的相关性。方法用序列特异性引物聚合酶链反应(PCR-sequence specificprimer,PCR-SSP)方法检测46例SLE患者、198健康人群IL-18基因启动子区的–607C/A、-137G/C多态位点,并进行多态性分析。结果 SLE组与健康对照组-607C/A、-137G/C多态性位点的等位基因频率和基因型频率间差异未达到统计学显著的水准(P>0.05)。结论浙江地区汉族人群IL-18基因启动子多态性可能与SLE的易感性无关。

GNAS1基因T393C单核苷酸多态性与非瓣膜性房颤的相关性

目的分析中国汉族人群Gs蛋白α亚基基因(GNAS1)T393C单核苷酸多态性(SNP)与非瓣膜性房颤是否存在相关性。方法分别选取非瓣膜性房颤患者90例及正常对照90例,采用PCR-RFLP分析非瓣膜性房颤患者GNAS1基因T393C等位基因型及等位基因频率分布特点,并通过研究其与心率变异性(HRV)的关系,从而分析GNAS1基因T393C位点与非瓣膜性房颤患者自主神经活动规律的关系。结果 GNAS1基因T393C多态性等位基因型频率和等位基因频率在两组间比较具有显著性差异(P<0.01),CC基因型及T393C等位基因的频率在病例组中显著增高;pNN50、LF、LF/HF在不同基因型间差异有统计学意义(P<0.05)。结论 GNAS1基因T393C SNP可能与中国汉族人群非瓣膜性房颤的发生有明显的相关性。

溃疡性结肠炎基因单核苷酸多态性的研究进展

溃疡性结肠炎（ulcerative colitis,UC）属于炎症性肠病（inflammatory bowel disease,IBD）范畴,是一种主要侵及结肠黏膜的慢性非特异性炎症性疾病,常始自左半结肠,可向结肠近端乃至全结肠,以连续方式扩展,临床症状轻重不一,缓解与发作交替进行.患者可仅有结肠局部症状,如黏液脓血便、腹痛腹泻、里急后重等;也可伴发全身症状,如消瘦、贫血、低蛋白血症等;还会出现肠外表现,如结节性红斑、外周关节炎、口腔溃疡等.

DNA修复基因XRCC1单核苷酸多态性与SLE的相关性

目的分析中国汉族人群SLE患者与健康对照人群中DNA修复基因X线修复交叉互补基因1(XRCC1)的单核苷酸多态性(SNP)分布,探讨其对SLE易感性的影响及与临床表现、实验室指标的关联程度。方法用等位基因特异性PCR(AS-PCR)检测39例中国汉族SLE患者和40例中国汉族健康人的XRCC1基因多态位点Arg194Trp、Arg280His和Arg399G1n的SNP型别。结果 SLE组XRCC1多态位点Arg399G1n等位基因和基因型频率分布与健康人对照组比较具有显著性差异(P<0.05)。XRCC1多态位点Arg194Trp与SLE患者的血液系统损害及抗SS-A抗体的存在相关(P<0.05)。结论 XRCC1基因SNP与SLE发生及临床表现和自身抗体可能相关。