簇毛麦基因组特异性PCR标记的建立和应用

以普通小麦中国春、簇毛麦、中国春 簇毛麦二体附加系和代换系为材料进行RAPD分析 ,筛选出一个簇毛麦基因组特异性RAPD片段OPF0 2 757,该片段分布于簇毛麦所有染色体上。在对OPF0 2 757进行克隆、测序的基础上 ,设计一对PCR引物 ,建立了簇毛麦基因组特异性PCR标记。用这对PCR引物对不同普通小麦品种、不同硬粒小麦品种、不同居群的簇毛麦、中国春 簇毛麦二体附加系、中国春 簇毛麦二体代换系、普通小麦 簇毛麦双二倍体、硬粒小麦 簇毛麦双二倍体等材料进行扩增 ,凡具有簇毛麦染色体的材料都能扩增出一条长为 6 77bp的DNA片段 ,而不具簇毛麦染色体的材料包括大麦、黑麦、长穗偃麦草、中间偃麦草等不能扩增出该片段。所以 ,该特异性PCR标记可用于快速跟踪检测小麦背景中的簇毛麦染色体。

簇毛麦基因组特异DNA序列标记的建立和应用

为建立簇毛麦基因组特异DNA序列的分子标记,以普通小麦中国春、绵阳11、川农17和R111以及多年生簇毛麦、硬粒小麦-多年生簇毛麦双二倍体TDB-3为材料,用120条随机引物进行RAPD分析,筛选出一个多年生簇毛麦的特异性RAPD片段,克隆测序表明该片段全长为937 bp(记为OPM2937)。以OPM2937的DNA序列为基础设计了一对特异引物,并用该特异引物对多年生簇毛麦、二倍体簇毛麦以及中国春-二倍体簇毛麦附加系CSDA1V^CSDA7V与小麦-多年生簇毛麦衍生后代进行了扩增,结果表明,凡具有簇毛麦染色体的材料均可扩增出目标DNA片段,而不具簇毛麦染色体的材料均未能得到扩增。将OPM2937在NCBI中进行序列比对,发现它是一个新的序列,说明OPM2937为簇毛麦基因组的一个特异序列,该DNA序列标记可用于快速跟踪检测小麦背景中的簇毛麦染色体。

人α-卫星DNA特异性片段的体外扩增

本研究依据α-卫星DNA序列,经计算机辅助PCR引物分析和设计软件处理,10对引物,从中优选出5对,进行引物内聚体、二聚体分析,选出最优引物1对,用DNA合成仪合成:引物Ⅰ:5′-ATTAGCCAACTGTTTCC-CTGC-3′,合成浓度2.145/μg/μl;引物Ⅱ:5′-GTCTTGCTTCTTTCAAAGCGC-3′,合成浓度3.135μg/μl;设计扩增长度157 bp。

视网膜特异性Rho启动子的基因克隆与序列分析

目的:获取视网膜特异性表达Rho启动子基因,为实现外源基因在视网膜组织中特异性表达做准备。方法:用酚氯仿异戊醇抽提BLAB/c鼠全基因组DNA;设计引物,从基因组中通过PCR扩增获得视网膜特异性表达的Rho启动子基因;克隆入PcDNA3.1+载体,酶切、PCR鉴定,上海博亚生物技术公司测序;序列分析。结果:从BLAB/c鼠全基因组DNA中PCR扩增得到预期大小的启动子片段;构建重组PcDNA3.1+-Rho载体具有与目标片段长度相符的插入片段,插入方向正确;测序结果分析显示,视网膜特异性Rho启动子高度保守,所获得的BLAB/c鼠Rho启动子与Genebank报道的序列一致。结论:成功获得BLAB/c鼠Rho视网膜特异性启动子,为下一步研究视网膜疾病的发病机制和基因治疗奠定了一定的工作基础。

基于竞争性杂交方法的猪-肠道微生物特异性互作靶点发掘

动物肠道中存在着一些参与猪肠道微生物互作的基因,这些基因具有一定的宿主特异性,利用其设计分子标记能准确识别粪便污染来源。该文共采集6个物种(猪、牛、羊、鸡、鸭、鹅)的145个粪便样品,提取其DNA后利用竞争性杂交的基因片段富集方法(genome fragment enrichment,GFE),靶向筛选参与猪肠道微生物互作的特异性基因。经BLASTX分析发现,82%的猪特异性非冗余DNA片段存在相似序列,以拟杆菌纲(Bacteroidetes)(43.2%)、梭菌纲(Clostridia)(19.5%)、芽孢杆菌纲(Bacilli)(8.6%)相似序列为主。从蛋白质功能方面分析,61.5%的非冗余序列功能明确,有7.6%的序列与信息贮存及加工有关,12.8%的序列与细胞加工及信息传导有关,22%的序列与代谢有关,其中,碳水化合物和氨基酸的转移代谢相关序列含量最为丰富,均占总特异性序列的6.3%。研究发现,能够编码拟杆菌纲(Bacteroidetes)和梭菌纲(Clostridials)等表面蛋白、膜分泌蛋白及碳水化合物代谢蛋白的相关基因可作为猪特异性分子标记筛选的靶点。

东方田鼠特异DNA片段的克隆及核苷酸序列分析

目的 获得东方田鼠的特异DNA序列。方法 Aβ基因使用PCR ,基因克隆 ,斑点杂交 ,DNA序列分析 ,生物信息学技术。结果 根据小鼠MHCⅡ外显子 2及其两侧序列 ,合成引物并扩增东方田鼠基因组DNA ,将PCR产物回收、测序后 ,分别设计内引物扩增东方田鼠基因组DNA ,其中一对引物可得到特异性扩增带 ,将得到的DNA片段插入PGEM Teasy载体 ,进行序列分析。用这对引物扩增人、昆明小鼠、BALB c小鼠及C57BL 6J小鼠基因组DNA ,均无扩增产物。以东方田鼠特异性扩增产物为探针进行斑点杂交 ,除东方田鼠基因组DNA外 ,其他几种动物基因组DNA均为阴性结果。进一步对该DNA片段进行了BLAST同源性搜索和外显子预测 ,在Genbank中没有发现高度同源序列 ,并且找到一个可能的外显子 ,该外显子由 69个氨基酸组成。结论 获得的DNA片段为东方田鼠的特异片段 ,这将为从分子水平深入研究东方田鼠的遗传背景、生物进化规律以及东方田鼠抗日本血吸虫的机理奠定基础。

简化基因组测序技术研究进展

随着高通量测序技术的快速发展,简化基因组测序技术作为一种高效标记开发技术得到了广泛应用.现代简化基因组测序技术主要划分成简化代表库、特异性位点扩增片段测序技术以及基于限制性酶切的简化基因组测序技术,针对此3种类型的技术,综述其在群体遗传学、遗传图谱构建及数量性状位点定位等方面的研究进展.

马铃薯品种和组织对基因组测序深度分布模式的影响

【目的】探讨品种和组织对马铃薯基因组测序深度分布的影响.【方法】对‘布尔班克’和‘云薯107’2个品种的薯块芽端和茎端进行了深测序,建立了在参照基因组上的测序深度分布图.【结果】发现这些分布在品种间有明显差别(例如在三号染色体中部和尾部),在同一品种的DNA样本间很类似,但芽端和茎端在二号染色体有明显差别.这些结果说明测序深度的分布主要受品种基因组本身所影响,也受薯块上部位影响,而且在很大程度上可以重复.【结论】这些结果能帮助设计试验和合适利用测序深度.

两个地区东方田鼠基因组RAPD分析比较研究

目的 从DNA的水平分析比较两个地区东方田鼠的分子遗传特征 ,探讨以RAPD标记鉴别两个地区的东方田鼠。方法 筛选 6条 1 0bp的随机引物对洞庭湖和青铜峡地区的东方田鼠基因组进行了随机扩增多态DNA (RAPD)分析 ,并对这两个地区的东方田鼠的基因组DNA进行了比较。结果 ①两个地区东方田鼠的所有受试个体中共有的片段数为 2 0条 ,这是两个地区东方田鼠的共性所在 ;②两个地区东方田鼠各有其特异性扩增片段 ;③引物S1 7和S80可作为鉴别两个地区东方田鼠的特异性引物 ;④不同地区的东方田鼠其不同个体之间的共享度较低 ,且存在较大差异 ;两个地区东方田鼠的遗传背景均呈非均一性。

DNA指纹的个体特异性和细胞稳定性研究

人类基因组的许多高度可变区域能够与小卫星探针杂交，而同时被检测出来，小卫星探针由串联重复的“核心”顺序构成。采用Southern印迹杂交获得的DNA指纹图包含多条高度可变的DNA片段杂交带，这些带在体细胞和生殖细胞中都表现出稳定性，而且安全具有个体特异性。本文用小卫星探针33．15，调查了北京地区的60名无关个体。

新方法突破复杂基因组装配瓶颈

尽管DNA测序技术取得了巨大进步,但复杂基因组的装配仍然面临巨大挑战,特别是在使用短片段测序的情况下,会产大量的短DNA片段。美国麻省大学医学院(UMMS)的研究人员利用DNA相互作用的频率数据,开发了更快更准确的基因组装配方法,并成功将其应用于复杂基因组。研究者利用这一技术给人类基因组的未完成区域补上了65个DNA片段。相关研究成果2013年11月发表于《Nature Biotechnology》。

新城疫病毒F基因重组噬菌体的构建及其免疫原性

用PCR方法扩增不含信号序列、长度为1566bp、编码522个氨基酸的新城疫病毒(NDV)F基因片段,将其克隆至pR质粒获得重组质粒pR-F,以此转化大肠杆菌E2,用溶菌酶缺陷噬菌体T4-Z1感染重组E2菌,F基因经同源重组整合到噬菌体基因组中,用PCR方法筛选重组噬菌体并命名为T4-Z1-F。将T4-Z1-F制备成油乳剂疫苗免疫10日龄SPF鸡,25日龄加强免疫1次。结果表明,表达F蛋白的重组噬菌体具有良好的免疫原性,可诱导免疫鸡产生特异性抗体并对NDV强毒攻击提供部分免疫保护。

云南黑山羊性别决定基因体外扩增研究

对云南黑山羊 (10♂ ,2♀ )的基因组DNA性别决定基因 (SRY)进行了体外PCR扩增的研究 ,结果表明适当引物可特异性扩增出雄性个体的性别决定基因片段 (大小约为 185bp) ,而对雌性个体则不能扩增出任何片段 ;研究还利用已筛选出的性别决定基因特异性引物对少量的胚胎细胞进行了特异性扩增 ,检测了 2 0枚云南黑山羊的胚胎 ,其中有 5枚胚胎可扩增出约为 185bp的特异性片段。以上结果为山羊胚胎早期性别鉴定奠定了技术基础。

人DNA指纹的研究及其应用

1988年,作者根据DNA指纹是人基因组中重复序列的RFLP的原理和人与鼠的髓鞘碱性蛋白(MBP)基因同源序列高于90％的事实,选用鼠MBP CDNA3’-端的与人基因组中该类重复序列几乎完全同源的0.81kb片段作探针,检测用Hae Ⅲ酶解的人DNA限制性片段(RF),在人群中可检出22条谱带,受检的无血缘关系的个体之间没有两个人的谱带是完全相同的,显示这一方法的高度个体特异性。

聚合酶链反应检测肝硬化患者腹水中细菌DNA

目的:探讨PCR方法检测肝硬化患者腹水中细菌DNA的可行性。方法:在细菌16SrRNA基因保守区设计一对通用引物,对7种对照菌株、人基因组DNA、HBVDNA、3 7份肝硬化患者腹水进行聚合酶链反应扩增。结果:7种对照菌株均获得5 3 0bpDNA片段。而与人基因组DNA、HBVDNA无交叉阳性反应,敏感性试验可检测出1pg的细菌DNA。3 7份腹水中有9份获得5 3bpDNA片段,阳性率2 4 3 % (9/3 7) ,而腹水细菌培养阳性率为5 4%(2 /3 7) ,两者比较差异有显著性意义(P <0 0 5 )。结论:将通用引物通过PCR方法扩增细菌16SrRNA基因,具有高度敏感性、特异性,可应用于肝硬化患者腹水中细菌DNA的检测及细菌移位的研究。

pEGFP/MOMP真核表达重组体的构建及表达

目的:克隆沙眼衣原体主要外膜蛋白(MOMP)基因,构建pEGFP/MOMP真核表达重组质粒,为沙眼衣原体核酸疫苗的研制提供依据。方法:用PCR方法从D型Ct基因组中扩增MOMP全基因片段,克隆入真核表达载体pEGFP相应的酶切位点中,阳性重组子经BamHI、KpnI双酶切、PCR扩增及测序鉴定;并经脂质体介导转染HeLa细胞,36h后观察瞬时表达情况。结果:PCR扩增得到约1.2kb的特异性MOMP基因片段;序列测定证实与GenBank登录的D型沙眼衣原体一致;筛选鉴定出真核表达重组体pEGFP/MOMP。结论:成功地构建了pEGFP/MOMP真核表达重组体,并在HeLa细胞中表达了MOMP。

鰤鱼诺卡氏菌特异性PCR检测方法的建立

鱼类诺卡氏菌病(fish nocardiosis)是一种常见的严重危害全球水产养殖业的鱼类疾病。鰤鱼诺卡氏菌(Nocardia seriolae)是鱼类诺卡氏菌病的主要病原菌之一。本研究对已报道的鰤鱼诺卡氏菌17个不同菌株全基因组数据进行比对分析,筛选获得种内保守、种间变异的特异性基因组片段,并设计特异性引物,建立鰤鱼诺卡氏菌特异性PCR检测方法。设计的特异性引物仅能扩增获得鰤鱼诺卡氏菌的特异性片段,其他近缘菌和常见菌均无PCR扩增片段,且PCR检测灵敏度核酸浓度达80 pg/μL,菌液浓度达8.6 CFU/μL。用该PCR检测方法检测人工感染鰤鱼诺卡氏菌和阴性对照组杂交鳢各组织,结果显示,只能从感染鰤鱼诺卡氏菌的鱼组织中扩增出阳性片段。本研究基于鰤鱼诺卡氏菌不同菌株全基因组数据比对分析,所建立的PCR检测方法比之前的分子检测方法更具科学性、可靠性。该PCR检测方法可以提供一种快速、准确、灵敏的鰤鱼诺卡氏菌检测方式。

医学生物学名词解释

Receptor-受体:为细胞表面蛋白质,可与特异性分子(配体)结合并传送信号。Recombinant DNA-重组DNA:有不同来源的DNA片段参加所构成的DNA分子。应用在特殊碱基序列处切割DNA的限制性酶切割产生的DNA片段与载体如环形细菌性质粒相连,