我国棉花枯萎菌生理小种特异性DNA扩增片段的筛选及序列测定

利用 RAPD技术 ,以随机引物对我国棉花枯萎菌的 3个生理小种 (3、7、8号小种 )共 2 6个菌株进行 PCR扩增 ,从产生的 140个 RAPD分子标记中寻找到了不同小种的特征性条带 ,OPF- 10 513 (3号小种 )、OPF- 0 83 71(7号小种 )及 OPF- 12 70 3 (8号小种 )。将其纯化后克隆到 p GEM- T Easy质粒载体上 ,并获得了 DNA特异性片段的核酸序列。

一种随机引物联合多特异性DNA片段检测结核分支杆菌的新方法

目的:针对目前结核性疾病实验室诊断的局限性,探索一种更为敏感和特异的结核分枝杆菌DNA检测新方法。方法:选取10株江苏地区流行的结核分支杆菌(MTB)菌株,选取临床其他常见菌株及分枝杆菌菌株作为对照组,分别提取DNA作为随机引物的模板。参考国内、外文献设计12条随机引物,并分别对MTB及对照菌株进行单个引物随机扩增,2%的琼脂糖凝胶电泳对扩增产物进行分离并切胶纯化,通过TA克隆将纯化片段连接到质粒pEASYTM-T5 Zero并进行测序,通过BLAST-nr比对验证是否为MTB DNA片段。按照所确定的MTB片段序列,在其内部设计、合成一对特异性引物。用此特异性引物扩增对应的随机引物扩增产物,获得MTB特异性条带图谱。并将该方法检测的敏感性和特异性与临床上常用的real-time PCR进行比较。结果:经BLAST-nr比对,随机引物IS986F,S535及IS986R扩增的条带与MTB DNA有高度同源性(均为99%)。随机引物IS986F、S535和IS986R分别联合其特异性引物可以检测稀释105倍、105倍和103倍的MTB DNA,其特异性分别为100%、90%和80%。常规real-time PCR可检测出稀释104倍的MTB DNA。结论:随机引物IS986F联合其特异性引物检测结核分枝杆菌的灵敏度和特异性优于S535、IS986R两组,特异性为100%,且灵敏度优于常规real-time PCR法。

人α-卫星DNA特异性片段的体外扩增

本研究依据α-卫星DNA序列,经计算机辅助PCR引物分析和设计软件处理,10对引物,从中优选出5对,进行引物内聚体、二聚体分析,选出最优引物1对,用DNA合成仪合成:引物Ⅰ:5′-ATTAGCCAACTGTTTCC-CTGC-3′,合成浓度2.145/μg/μl;引物Ⅱ:5′-GTCTTGCTTCTTTCAAAGCGC-3′,合成浓度3.135μg/μl;设计扩增长度157 bp。

簇毛麦基因组特异DNA序列标记的建立和应用

为建立簇毛麦基因组特异DNA序列的分子标记,以普通小麦中国春、绵阳11、川农17和R111以及多年生簇毛麦、硬粒小麦-多年生簇毛麦双二倍体TDB-3为材料,用120条随机引物进行RAPD分析,筛选出一个多年生簇毛麦的特异性RAPD片段,克隆测序表明该片段全长为937 bp(记为OPM2937)。以OPM2937的DNA序列为基础设计了一对特异引物,并用该特异引物对多年生簇毛麦、二倍体簇毛麦以及中国春-二倍体簇毛麦附加系CSDA1V^CSDA7V与小麦-多年生簇毛麦衍生后代进行了扩增,结果表明,凡具有簇毛麦染色体的材料均可扩增出目标DNA片段,而不具簇毛麦染色体的材料均未能得到扩增。将OPM2937在NCBI中进行序列比对,发现它是一个新的序列,说明OPM2937为簇毛麦基因组的一个特异序列,该DNA序列标记可用于快速跟踪检测小麦背景中的簇毛麦染色体。

DNA分析在法医鉴定中的应用

随着分子生物学的迅速发展,人们对生物体基因组的认识不断深化,各种新兴的DNA分析技术已经能够从分子水平上研究和检验基因的结构与功能。个体差异的本质在于细胞核染色体所含的DNA分子的结构和功能状况的不同,因而,现代DNA分析技术使长期以来一直滞留于遗传表型(如血型)检验的法医物证鉴定,一下子飞跃到直接对生命的遗传物质DNA进行检验的水平。

ISSR分子标记快速预测远志中sibiricose A5和sibiricose A6的含量

目的:优化远志简单重复序列区间(ISSR)扩增多态性反应体系,设计一对聚合酶链式反应(PCR)引物用于快速预测远志药材中sibiricoseA5和sibiricoseA6的含量高低。方法:采用UPLC测定远志药材中sibiricoseA5与sibiricoseA6的含量,通过单因素试验优化远志ISSR反应体系,利用ISSR分子标记技术筛选出与sibiricoseA5和sibiricoseA6含量相关的特异性DNA片段,针对此片段设计特异性PCR引物。结果:7批远志药材中sibiricoseA5和sibiricoseA6的含量差异较大,变化范围分别为0.8954~3.2276,0.6442—2.0578mg·g^-1。对筛选出的与sibiricoseA5和sibiricoseA6含量相关片段(890—8)进行克隆测序后,设计出了1对特异性引物(YZ—SA),可用于快速预测远志药材中sibiricoseA5和sibiricoseA6的含量高低。结论:优化后的远志ISSR反应体系具有标记位点清晰、检测多态性能力强等特点,设计出的特异性引物可用于快速预测远志药材中sibiricoseA5和sibiricoseA6的含量高低。