稳定表达猪德尔塔冠状病毒N蛋白的Vero细胞系的建立及鉴定

为获得稳定表达猪德尔塔冠状病毒(PDCoV)核衣壳(N)蛋白的非洲绿猴肾(Vero)细胞系,本研究将PDCoV-N基因克隆入慢病毒载体中,获得重组质粒pLVX-PDCoV-N,利用慢病毒包装系统转染293T细胞,包装成表达N蛋白的慢病毒颗粒,慢病毒感染Vero细胞,嘌呤霉素加压筛选目的细胞。RT-PCR扩增N基因和测序表明细胞系基因组中存在N蛋白编码序列,Western blot和IFA试验表明N蛋白可在细胞系中稳定表达。应用制备的细胞系对临床PDCoV阳性血清样品进行检测,与ELISA检测结果符合率达到100%。本研究成功建立了稳定表达PDCoV N蛋白的Vero细胞系,为PDCoV N蛋白生物学特性研究和PDCoV的临床检测、流行病学调查奠定了基础。

基于转录组测序技术分析猪德尔塔冠状病毒感染ST细胞机制的初步研究

猪德尔塔冠状病毒(PDCoV)感染可导致仔猪出现水样腹泻和死亡,严重危害猪的健康。为研究PDCo V感染引起宿主细胞基因转录水平的变化及初步研究其感染机制,本研究提取PDCo V感染组和不感染该病毒的阴性对照组ST细胞样品总RNA,构建二者的cDNA文库后采用Illumina HiSeq 6000高通量测序平台进行转录组测序(RNA-Seq)。结果显示,所有样品的测序错误率均≤0.03%;Q20/%和Q30/%分别达98%和94%以上;GC含量在51.09%~55.15%;相关性分析结果显示,阴性对照组及感染组细胞样品各组内的R值均>0.9,上述结果表明测序数据可靠,可用于后续转录组学数据分析。采用ggplot2软件分析两组细胞组内测序结果的相关性,并以相关系数R>0.9判定各组内测序数据的准确性;采用DESeq2软件并以P<0.05和log2(Fold change)>1为条件筛选两组细胞中转录显著差异基因;采用ClusterProfiler R软件对转录显著差异基因进行GO功能和KEGG信号通路的富集分析;采用Pheatmap软件对各组ST细胞中与免疫反应相关的转录显著差异基因进行聚类分析;随机选择9个转录显著差异基因经RT-q PCR验证RNA-Seq的结果。筛选结果显示,与阴性对照组细胞相比,共筛选出5719个转录显著差异基因,其中3573个转录显著上调基因,2146个转录显著下调基因。GO功能和KEGG信号通路富集分析结果显示,转录显著上调的基因与ST细胞的免疫应答、防御反应等功能有关;转录显著下调的基因与细胞的氧化还原和新陈代谢等功能有关;转录显著上调的基因参与细胞因子受体互作、天然免疫反应相关、肿瘤坏死因子等的信号通路;转录显著下调的基因与细胞物质代谢信号通路有关,包括氨基酸代谢、脂代谢、乙醛酸和二羧酸代谢等信号通路。与免疫反应相关的转录显著差异基因的聚类分析结果显示,与阴性对照组细胞相比,PDCo V感染的ST细胞中白细胞介素基因(IL-1R1、1L-6、IL-10RB、IL-15和IL-12A等)、抗病毒基因(MX1、OAS)和干扰素基因(INFAR1、IFN-ALPHAOMEGA)的转录水平均显著上调。上述结果表明PDCo V感染后,ST细胞的天然免疫反应被激活,但细胞的代谢反应降低,这更有利于减弱病毒在ST细胞中的复制,起到一定的抗病毒效果。9个转录显著差异基因的RT-q PCR结果与RNA-seq结果基本一致,表明转录组测序数据可靠。本研究为进一步解析PDCo V的感染机制提供参考依据。

基于重组核衣壳蛋白的猪德尔塔冠状病毒间接ELISA检测方法的建立

目的:建立一种关于猪德尔塔冠状病毒(Porcine Deltacoronavirus, PDCoV)抗体的检测方法。方法:对猪德尔塔冠状病毒的核衣壳蛋白(N)进行原核表达,通过Western Blot、SDS-PAGE等方法,对重组蛋白进行鉴定;在获得正确表达的重组蛋白后,以此为抗原,对ELISA反应条件进行优化,并对其特异性、敏感性、重复性进行测试,最终建立ELISA检测方法,并对临床样品进行检测。结果:优化后的抗原包被浓度为2μg/孔,37℃孵育1 h;1%BSA 37℃封闭1 h;一抗稀释最佳浓度为1∶1 600,孵育时间为1 h;酶标二抗最佳孵育时间为60 min。重组蛋白能与猪德尔塔冠状病毒血清发生特异性反应,所建立的检测方法具有优良的敏感性、特异性、重复性。结论:本研究建立了一种针对猪德尔塔冠状病毒的间接ELISA检测方法,为猪德尔塔冠状病毒的抗体水平检测及疾病的防控提供了一种有效的方法。

一例猪德尔塔冠状病毒感染的诊治

猪德尔塔冠状病毒是在养猪生产中不常见的流行病,临床上常常以严重呕吐、腹泻、病死率高为特征,养殖场(户)很容易把此病误诊为猪流行性腹泻病毒、猪传染性胃肠炎病毒、猪轮状病毒引起的传染性疾病,导致治疗措施与防治措施一系列错误,耽误了最佳治疗时间,引起大量猪只死亡,特别是仔猪死亡率更高,因为不常发生,此病防疫工作往往也被忽视,若造成地方性流行,会给当地养殖业造成不可估量的经济损失。

猪德尔塔冠状病毒病的诊断与防治

猪德尔塔冠状病毒属于较为严重的猪类传染病,可感染不同生长阶段的猪群,其中以5~15日龄哺乳仔猪最易感,主要症状包括高热、咳嗽、打喷嚏、流涕、呼吸困难、腹泻等,且哺乳仔猪感染后死亡率高达30%~40%,而成年猪、生长猪及生产母猪症状表现轻微,一般可不治而愈,猪德尔塔冠状病毒的出现给世界养猪业造成了巨大的经济损失。研究显示,猪德尔塔冠状病毒与α-冠状病毒具有相似的临床症状和病理变化,感染后可引起猪只的水样腹泻、脱水和死亡。据此,本文结合猪德尔塔冠状病毒病诊断进行探讨,并结合实际提出相应的防治措施,旨在为生猪养殖产业安全发展提供参考。

猪德尔塔冠状病毒RT-nPCR检测方法的建立与N基因变异分析

建立一种基于猪德尔塔冠状病毒(PDCo V)N基因的RT-n PCR检测方法,对陕西省猪群PDCo V感染情况进行流行病学调查,分析PDCo V流行毒株N基因变异情况。通过病毒分离、检测引物设计、反应体系与条件优化、灵敏性试验和特异性试验,建立了PDCo V RT-nPCR检测方法,并对N基因片段进行序列分析。结果表明:建立的RT-n PCR方法能够扩增出303 bp的N基因目的片段,检测单链c DNA的极限为2.0194×10^(-3)ng·μL^(-1),该方法检测PEDV、TGEV、PRo V、CSFV与PRRSV均无交叉反应,特异性良好;陕西省猪场184份样品检测结果显示,PDCo V阳性率为6.52%(12/184);N基因序列分析发现,获得的HY2019、QLS2020的N基因片段同源性为99.0%,提示可能为同一来源;进化树分析发现,HY2019、QLS2020与我国四川株SCNC201705、Sichuan2017、Sichuan2019同处于一个小的进化分支上,且均存在168~179位“TGTCTGTCTCTA”共12个核苷酸缺失,推测陕西株与四川株高度同源,可能起源于早期四川毒株。

猪德尔塔冠状病毒CHN/20GXNN-1/2020分离鉴定及遗传进化分析

为了解广西地区猪德尔塔冠状病毒(PDCoV)的流行特点,对该地区PDCoV进行分离鉴定及遗传进化分析。将20份检测为PDCoV阳性的样品接种于LLC-PK细胞,经RT-PCR及IFA鉴定,获得1株PDCoV,命名为CHN/20GXNN-1/2020。通过TCID50和RT-qPCR测定,该毒株的病毒滴度及病毒载量在连续传代过程中逐步增高。其S基因核苷酸在153 bp-155 bp位置存在3 bp的缺失,氨基酸有23个位点发生突变。S基因同源性分析结果表明,PDCoV毒株CHN/20GXNN-1/2020与中国多数流行毒株的亲缘关系更近。结果表明,分离鉴定出1株新的PDCoV毒株,为冠状病毒生物学特性研究提供了材料,也为进一步开展病毒致病性研究及疫苗研制奠定了基础。

猪德尔塔冠状病毒的流行、传播及防控策略

猪德尔塔冠状病毒(Porcine deltacoronavirus,PDCoV)是德尔塔冠状病毒属的成员,是一种猪肠道致病性冠状病毒,可引起新生仔猪急性腹泻、呕吐和脱水。PDCoV最初于2012年在香港地区进行的一项分子监测研究中被发现,后来于2014年在美国俄亥俄州腹泻猪群中出现。随后,疫情在全球蔓延,目前,已在韩国、中国内地、泰国、越南和老挝等多国的仔猪粪便样本中检测到该病毒。

猪德尔塔冠状病毒病的诊断与防控

一、流行现状猪德尔塔冠状病毒病是由猪德尔塔冠状病毒引起的一种以水样腹泻、呕吐、脱水、食欲不振为临床症状的肠道传染性疾病。临床上猪德尔塔冠状病毒常与其他病毒混合感染,给肠道病毒的防控带来了更大的挑战。

猪德尔塔冠状病毒病原学特征与致病机制研究进展

猪德尔塔冠状病毒(PDCoV)作为最近几年新暴发的冠状病毒之一,虽然检出率和致死率低于猪流行性腹泻病毒(PEDV),但感染PDCoV的猪场越来越多,对养殖业造成了严重的经济损失。PDCoV的结构蛋白可能起到免疫调节功能,但目前针对PDCoV病毒蛋白如何调控宿主功能,利用宿主机制逃避免疫反应利于自身存活和增殖的研究较少,对PDCoV各结构蛋白在病毒复制和转录中的具体功能尚无深入研究。文章对PDCoV及其致病机制的研究进展进行综述,以期为基于免疫调节病毒蛋白开发疫苗、通过病毒蛋白直接防控疾病提供参考。

猪德尔塔冠状病毒的诊断与防治措施

猪德尔塔冠状病毒(porcine deltacoronavirus,PDCoV)是一种新型肠道病毒,该病毒原属于冠状病毒科重要成员,可引起仔猪腹泻,造成高死亡率,给养猪业造成巨大的经济损失。目前暂无针对该病的有效疫苗或药物,对于该病的防控主要以提高生物安全措施为主。本文主要综述PDCoV的流行病学特征、临床症状、诊断方法及防控措施等,旨在为该病的防控提供科学参考。

猪德尔塔冠状病毒TJ_1株的分离鉴定及生物学特性分析

本研究旨在获得猪德尔塔冠状病毒(porcine deltacoronavirus,PDCoV)分离株,并对其生物学特性进行探讨。将RT-PCR检测PDCoV阳性样品无菌处理后接种猪肾(PK-15)细胞并连续传代培养,通过细胞病变、M基因序列分析及耐热、耐酸等试验对细胞培养物进行鉴定,采用Reed-Muench法测定PDCoV的TCID50,应用5×104.0TCID50/mL的病毒悬液接种11日龄仔猪并观察临床症状。结果显示,试验成功分离到1株PDCoV,将其命名为TJ1株,该病毒的第5代病毒效价为104.5 TCID50/mL;TJ1株对脂溶剂氯仿和乙醚不敏感,耐酸,在pH 3.0的环境下稳定,对热较敏感,在50℃条件下1h便可将其灭活;其M基因和GenBank中已发表的PDCoV M基因核苷酸序列同源性为94%~99%;致病力试验结果显示,该病毒可引起仔猪发生腹泻,发病率100%。本研究成功分离了1株PDCoV毒株TJ1株,对该分离株生物学特性进行初步研究,为进一步开展PDCoV相关研究奠定了基础。

国内首株猪德尔塔冠状病毒(Porcine deltacoronavirus)的分离鉴定

猪德尔塔冠状病毒(Porcine deltacoronavirus,PDCoV)是一种新出现的猪冠状病毒,于2012年首次在香港的猪群中发现。2014年2月美国在腹泻仔猪和母猪的粪便中首次检测到PDCoV,随后,韩国和我国大陆也从腹泻猪的临床样品中检测到PDCoV。目前,只有美国成功分离到2株PDCoV。为分离鉴定PDCoV,本研究将PDCoV阳性样品无菌处理后接种猪肾细胞(LLC-PK)并连续传代培养。通过细胞病变、RT-PCR、间接免疫荧光和基因序列测定对细胞培养物进行鉴定。结果表明我们成功分离到国内首株PDCoV并将其命名为NH株。M基因的系统发育分析表明NH株与中国、美国及韩国的PDCoV亲源关系较近。本研究为进一步研究PDCoV的致病性和致病机制奠定了基础。

枯草芽孢杆菌4种环脂肽抗猪δ冠状病毒的研究

为探究从枯草芽孢杆菌Bs 916中提取的表面活性素、罗克霉素、泛革素及杆菌霉素L 4种抗菌肽对猪δ冠状病毒(PDCoV)的抗病毒作用。首先采用CCK-8法确定抗菌肽对细胞无毒性的最佳浓度范围,随后分别采用RT-qPCR、Western blot及IFA 3种方法检测Bs 916中4种环脂肽对PDCoV的抗病毒效果。结果显示,4种环脂肽在浓度≤50μg/mL时对细胞无毒性,同时具有良好的抗病毒效果。相同条件下,罗克霉素抗病毒效果最佳,其次为表面活性素。本研究从枯草芽孢杆菌Bs 916中提取的表面活性素、罗克霉素、泛革素及杆菌霉素L可抑制PDCoV在细胞中的增殖,具有良好的抗病毒作用,其中以罗克霉素和表面活性素的抗病毒效果最佳,可为抗PDCoV药物研发提供理论支持。

猪δ冠状病毒重庆流行株的诊断与N基因序列分析

2023年重庆市某规模化养猪场猪群发生腹泻疫情,通过临床观察、RT-PCR检测、N基因克隆测序及序列分析对采集的腹泻仔猪肠道组织进行鉴定。结果显示,发病猪水样腹泻,小肠壁变薄、黏膜充血;成功检测到1株猪δ冠状病毒(porcine deltacoronavirus,PDCoV),命名为CQ2023株。该毒株N基因序列全长1029 bp,与30株GenBank中登录的参考毒株N基因序列比对显示,核苷酸序列相似性为96.7%~99.4%,其中PDCoV CQ2023株与CHN-HeN06-2022株的相似性最高,为99.4%。遗传进化分析显示PDCoV CQ2023株属于国内流行株,与国内PDCoV毒株CHN-HeN06-2022等处于同一进化分支,亲缘关系最近。该次研究成功鉴定出该猪场腹泻疫情由PDCoV感染引起,并进行了N基因序列分析,为PDCoV的流行病学研究、遗传进化、预防及诊断试剂的研究提供数据支持。

猪氨基肽酶N不是猪德尔塔冠状病毒入侵宿主细胞的受体

猪德尔塔冠状病毒(PDCoV)是一种新出现的冠状病毒,能够引起猪只发生呕吐和水样腹泻,临床症状与猪流行性腹泻(PED)和猪传染性胃肠炎(TGE)相似。相关研究表明猪氨基肽酶N(pAPN)是PED病毒(PEDV)和TGE病毒(TGEV)入侵宿主细胞的功能性受体。为研究pAPN是否是PDCoV入侵宿主细胞的受体,本研究以TGEV为指示病毒,通过BHK-pAPN细胞感染试验、pAPNRNA干扰试验、ST细胞过表达pAPN试验、可溶性pAPN阻断试验,发现BHK-pAPN细胞是PDCoV非易感细胞,在易感细胞ST上沉默和过表达pAPN对PDCoV的增殖并无影响,可溶性pAPN不能阻止PDCoV感染ST细胞。这些研究结果表明pAPN不是PDCoV入侵宿主细胞的受体,而且对PDCoV的增殖无影响。

猪德尔塔冠状病毒TaqMan荧光定量PCR检测方法的建立及应用

为建立一种快速、灵敏、准确的猪德尔塔冠状病毒(PDCoV)分子检测方法,根据PDCoV M基因的保守序列设计并合成引物和探针,建立了PDCoV M基因Taq Man荧光定量PCR检测方法。结果表明,该方法标准曲线具有良好的线性关系,相关系数为0.998;敏感性好,最低可检测到10 copies/μL的PDCoV M基因标准品;特异性试验结果显示,该方法与猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)、猪轮状病毒(PoRV)、猪瘟病毒(CSFV)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、猪伪狂犬病病毒(PRV)、猪圆环病毒2型(PCV2)、猪细小病毒(PPV)及大肠埃希菌K88菌株均无交叉反应;重复性试验变异系数低于2%,表明重复性良好。对121份临床样本进行检测,阳性检出率为53.7%(65/121),随机选择10份阳性样品的扩增产物进行测序分析,进一步证实扩增产物中含有PDCoV。该方法具有敏感性高、特异性强、用时短和高通量等特点,适用于PDCoV的定量检测与分子流行病学调查,为PDCoV的准确定量及进一步研究奠定了基础。

不同益生菌对猪流行性腹泻病毒-德尔塔冠状病毒二联灭活疫苗小鼠免疫及肠道微生物的影响

【目的】旨在探究日粮中添加益生菌对猪流行性腹泻病毒(PEDV)—德尔塔冠状病毒(PDCoV)二联灭活疫苗免疫效果及宿主肠道微生物的作用。【方法】以42 d SPF级雌性昆明鼠为试验材料,以基础日粮为对照组(NC组),分别在基础日粮中添加EM益生菌(EM组)、枯草芽孢杆菌(Bac组)、乳酸杆菌(Lac组),在试验1和14 d,分别对小鼠免疫PEDV—PDCoV二联灭活疫苗,检测分析7,14,21,28 d小鼠血液中PEDV和PDCoV的中和抗体与血清免疫因子水平,16S rRNA高通量测序分析肠道菌群差异,以及肠上皮细胞绒毛、隐窝变化。【结果】(1)与对照组(NC组)相比,饲喂不同益生菌小鼠血清中PEDV和PDCoV的中和抗体水平均有不同程度提高,其中EM组小鼠血清中PEDV和PDCoV的中和抗体水平要明显高于其他组(P<0.01);(2)血清免疫因子表达量分析发现,EM组小鼠血清中TNF-α、IFN-γ、IL-1β、IL-5、IL-6、IL-10、CXCL1表达量均极显著高于NC组(P<0.01);(3)肠道形态结果显示,益生菌试验组回肠绒毛长度均显著大于NC组(P<0.05),EM组空肠绒毛长度显著长于其他3组(P<0.05),NC组空肠隐窝深度显著大于试验组(P<0.05);(4)细菌16S rRNA高通量测序分析发现,添加益生菌小鼠肠道菌群可操作分类单元(OTU)数量比NC组呈增加的趋势,其中EM组的OTU数量平均最高;试验小鼠肠道80%以上的菌群属于厚壁杆菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes)。饲喂益生菌组14 d小鼠肠道菌群组成和丰度均发生了改变,EM组28 d小鼠肠道内乳酸菌属(Lactobacillus)和普雷沃氏菌属(Prevotella)细菌丰度显著高于其他3组,EM组和Lac组的Akkermansia菌属丰度显著高于其他2组(P<0.05)。【结论】研究表明益生菌可提高PEDV、PDCoV灭活疫苗免疫小鼠的抗体水平,宿主免疫因子水平,保护肠上皮细胞形态,以及调节肠道微生物群落结构,增加肠道有益菌的丰度。研究结果为益生菌在PEDV、PDCoV灭活疫苗中的应用及提高靶动物的抗体水平提供试验基础。

猪德尔塔冠状病毒重组聚合酶扩增检测方法的建立与应用

为了快速检测猪德尔塔冠状病毒(PDCoV),针对PDCoV N基因设计特异的引物,建立了猪德尔塔冠状病毒重组聚合酶扩增(RPA)方法。特异性试验中以PPRSV、PEDV、PKV、TGEV和FMDV为模板时均未产生任何条带,特异性较好。该检测方法的灵敏度为103 copies/μL,敏感性较好。用该方法检测194份仔猪腹泻样品,PDCoV阳性率为14.4%,较常规RT-PCR阳性率为11.9%更高。研究所建立的猪德尔塔冠状病毒RPA检测方法具有反应快速、操作简单、结果可靠、设备要求低等优点,可为基层简易实验室提供一种方便适用的快速检测方法。

猪德尔塔冠状病毒S蛋白单克隆抗体的制备与鉴定

为制备猪德尔塔冠状病毒(PDCoV)S蛋白的单克隆抗体,本研究首先优化、合成了PDCoV NH株的S基因,利用PCR方法从中扩增S基因片段,克隆至pAAV-IRES-hrGFP真核表达载体,构建真核表达质粒pAAV-NH-S-Flag,转染至HEK293T细胞中进行表达。采用EZview Red ANTI-FLAG M2亲和凝胶蛋白纯化试剂盒进行纯化重组蛋白。将纯化后的重组蛋白免疫BALB/c小鼠,取小鼠脾脏B淋巴细胞与SP2/0骨髓瘤细胞融合,采用间接ELISA方法筛选阳性杂交瘤细胞株,利用Western blot和IFA鉴定单克隆抗体的特异性。结果显示:筛选获得两株稳定分泌单克隆抗体的杂交瘤细胞株17C7和23F3,单克隆抗体的亚型均为IgM,腹水效价均为1∶6400;两株单克隆抗体都与S蛋白有良好的反应性,且能够与PDCoV发生特异性反应,而与其他常见的猪腹泻冠状病毒不发生反应。本研究为PDCoV诊断及病毒入侵、感染机制的研究奠定了基础。