稳定表达猪德尔塔冠状病毒N蛋白的Vero细胞系的建立及鉴定

为获得稳定表达猪德尔塔冠状病毒(PDCoV)核衣壳(N)蛋白的非洲绿猴肾(Vero)细胞系,本研究将PDCoV-N基因克隆入慢病毒载体中,获得重组质粒pLVX-PDCoV-N,利用慢病毒包装系统转染293T细胞,包装成表达N蛋白的慢病毒颗粒,慢病毒感染Vero细胞,嘌呤霉素加压筛选目的细胞。RT-PCR扩增N基因和测序表明细胞系基因组中存在N蛋白编码序列,Western blot和IFA试验表明N蛋白可在细胞系中稳定表达。应用制备的细胞系对临床PDCoV阳性血清样品进行检测,与ELISA检测结果符合率达到100%。本研究成功建立了稳定表达PDCoV N蛋白的Vero细胞系,为PDCoV N蛋白生物学特性研究和PDCoV的临床检测、流行病学调查奠定了基础。

基于转录组测序技术分析猪德尔塔冠状病毒感染ST细胞机制的初步研究

猪德尔塔冠状病毒(PDCoV)感染可导致仔猪出现水样腹泻和死亡,严重危害猪的健康。为研究PDCo V感染引起宿主细胞基因转录水平的变化及初步研究其感染机制,本研究提取PDCo V感染组和不感染该病毒的阴性对照组ST细胞样品总RNA,构建二者的cDNA文库后采用Illumina HiSeq 6000高通量测序平台进行转录组测序(RNA-Seq)。结果显示,所有样品的测序错误率均≤0.03%;Q20/%和Q30/%分别达98%和94%以上;GC含量在51.09%~55.15%;相关性分析结果显示,阴性对照组及感染组细胞样品各组内的R值均>0.9,上述结果表明测序数据可靠,可用于后续转录组学数据分析。采用ggplot2软件分析两组细胞组内测序结果的相关性,并以相关系数R>0.9判定各组内测序数据的准确性;采用DESeq2软件并以P<0.05和log2(Fold change)>1为条件筛选两组细胞中转录显著差异基因;采用ClusterProfiler R软件对转录显著差异基因进行GO功能和KEGG信号通路的富集分析;采用Pheatmap软件对各组ST细胞中与免疫反应相关的转录显著差异基因进行聚类分析;随机选择9个转录显著差异基因经RT-q PCR验证RNA-Seq的结果。筛选结果显示,与阴性对照组细胞相比,共筛选出5719个转录显著差异基因,其中3573个转录显著上调基因,2146个转录显著下调基因。GO功能和KEGG信号通路富集分析结果显示,转录显著上调的基因与ST细胞的免疫应答、防御反应等功能有关;转录显著下调的基因与细胞的氧化还原和新陈代谢等功能有关;转录显著上调的基因参与细胞因子受体互作、天然免疫反应相关、肿瘤坏死因子等的信号通路;转录显著下调的基因与细胞物质代谢信号通路有关,包括氨基酸代谢、脂代谢、乙醛酸和二羧酸代谢等信号通路。与免疫反应相关的转录显著差异基因的聚类分析结果显示,与阴性对照组细胞相比,PDCo V感染的ST细胞中白细胞介素基因(IL-1R1、1L-6、IL-10RB、IL-15和IL-12A等)、抗病毒基因(MX1、OAS)和干扰素基因(INFAR1、IFN-ALPHAOMEGA)的转录水平均显著上调。上述结果表明PDCo V感染后,ST细胞的天然免疫反应被激活,但细胞的代谢反应降低,这更有利于减弱病毒在ST细胞中的复制,起到一定的抗病毒效果。9个转录显著差异基因的RT-q PCR结果与RNA-seq结果基本一致,表明转录组测序数据可靠。本研究为进一步解析PDCo V的感染机制提供参考依据。

枯草芽孢杆菌4种环脂肽抗猪δ冠状病毒的研究

为探究从枯草芽孢杆菌Bs 916中提取的表面活性素、罗克霉素、泛革素及杆菌霉素L 4种抗菌肽对猪δ冠状病毒(PDCoV)的抗病毒作用。首先采用CCK-8法确定抗菌肽对细胞无毒性的最佳浓度范围,随后分别采用RT-qPCR、Western blot及IFA 3种方法检测Bs 916中4种环脂肽对PDCoV的抗病毒效果。结果显示,4种环脂肽在浓度≤50μg/mL时对细胞无毒性,同时具有良好的抗病毒效果。相同条件下,罗克霉素抗病毒效果最佳,其次为表面活性素。本研究从枯草芽孢杆菌Bs 916中提取的表面活性素、罗克霉素、泛革素及杆菌霉素L可抑制PDCoV在细胞中的增殖,具有良好的抗病毒作用,其中以罗克霉素和表面活性素的抗病毒效果最佳,可为抗PDCoV药物研发提供理论支持。

猪δ冠状病毒重庆流行株的诊断与N基因序列分析

2023年重庆市某规模化养猪场猪群发生腹泻疫情,通过临床观察、RT-PCR检测、N基因克隆测序及序列分析对采集的腹泻仔猪肠道组织进行鉴定。结果显示,发病猪水样腹泻,小肠壁变薄、黏膜充血;成功检测到1株猪δ冠状病毒(porcine deltacoronavirus,PDCoV),命名为CQ2023株。该毒株N基因序列全长1029 bp,与30株GenBank中登录的参考毒株N基因序列比对显示,核苷酸序列相似性为96.7%~99.4%,其中PDCoV CQ2023株与CHN-HeN06-2022株的相似性最高,为99.4%。遗传进化分析显示PDCoV CQ2023株属于国内流行株,与国内PDCoV毒株CHN-HeN06-2022等处于同一进化分支,亲缘关系最近。该次研究成功鉴定出该猪场腹泻疫情由PDCoV感染引起,并进行了N基因序列分析,为PDCoV的流行病学研究、遗传进化、预防及诊断试剂的研究提供数据支持。

基于重组核衣壳蛋白的猪德尔塔冠状病毒间接ELISA检测方法的建立

目的:建立一种关于猪德尔塔冠状病毒(Porcine Deltacoronavirus, PDCoV)抗体的检测方法。方法:对猪德尔塔冠状病毒的核衣壳蛋白(N)进行原核表达,通过Western Blot、SDS-PAGE等方法,对重组蛋白进行鉴定;在获得正确表达的重组蛋白后,以此为抗原,对ELISA反应条件进行优化,并对其特异性、敏感性、重复性进行测试,最终建立ELISA检测方法,并对临床样品进行检测。结果:优化后的抗原包被浓度为2μg/孔,37℃孵育1 h;1%BSA 37℃封闭1 h;一抗稀释最佳浓度为1∶1 600,孵育时间为1 h;酶标二抗最佳孵育时间为60 min。重组蛋白能与猪德尔塔冠状病毒血清发生特异性反应,所建立的检测方法具有优良的敏感性、特异性、重复性。结论:本研究建立了一种针对猪德尔塔冠状病毒的间接ELISA检测方法,为猪德尔塔冠状病毒的抗体水平检测及疾病的防控提供了一种有效的方法。

一例猪德尔塔冠状病毒感染的诊治

猪德尔塔冠状病毒是在养猪生产中不常见的流行病,临床上常常以严重呕吐、腹泻、病死率高为特征,养殖场(户)很容易把此病误诊为猪流行性腹泻病毒、猪传染性胃肠炎病毒、猪轮状病毒引起的传染性疾病,导致治疗措施与防治措施一系列错误,耽误了最佳治疗时间,引起大量猪只死亡,特别是仔猪死亡率更高,因为不常发生,此病防疫工作往往也被忽视,若造成地方性流行,会给当地养殖业造成不可估量的经济损失。

猪德尔塔冠状病毒病的诊断与防治

猪德尔塔冠状病毒属于较为严重的猪类传染病,可感染不同生长阶段的猪群,其中以5~15日龄哺乳仔猪最易感,主要症状包括高热、咳嗽、打喷嚏、流涕、呼吸困难、腹泻等,且哺乳仔猪感染后死亡率高达30%~40%,而成年猪、生长猪及生产母猪症状表现轻微,一般可不治而愈,猪德尔塔冠状病毒的出现给世界养猪业造成了巨大的经济损失。研究显示,猪德尔塔冠状病毒与α-冠状病毒具有相似的临床症状和病理变化,感染后可引起猪只的水样腹泻、脱水和死亡。据此,本文结合猪德尔塔冠状病毒病诊断进行探讨,并结合实际提出相应的防治措施,旨在为生猪养殖产业安全发展提供参考。

猪流行性腹泻病毒和猪Delta冠状病毒二重RT-PCR检测方法的建立及应用

为快速、便捷地检测猪流行性腹泻病毒(PEDV)和猪Delta冠状病毒(PDCoV)混合感染病原,试验根据Genbank收录的2种病毒的M基因序列,分别设计2对引物,通过对RT-PCR反应优化,最终建立了PEDV和PDCoV二重RT-PCR扩增检测方法,验证其特异性和敏感性,将该方法应用于临床病料的检测。结果显示,利用建立的二重RT-PCR方法对PEDV和PDCoV进行扩增,分别获得750 bp和372 bp的特异性目的条带,最佳退火温度为56℃。扩增未见CSFV、PRV、PPV病毒基因片段,而能够同时扩增出PEDV和PDCoV目的基因片段。PEDV/PDCoV 2种病毒混合核酸最小检测量为0.1 ng。对临床疑似病料检测结果符合率为100%。表明建立的PEDV/PDCoV二重RT-PCR方法具有较好的特异性、灵敏性和临床适用性,为PEDV、PDCoV的快速、准确临床诊断和有效防控提供了检测技术手段。

猪德尔塔冠状病毒RT-nPCR检测方法的建立与N基因变异分析

建立一种基于猪德尔塔冠状病毒(PDCo V)N基因的RT-n PCR检测方法,对陕西省猪群PDCo V感染情况进行流行病学调查,分析PDCo V流行毒株N基因变异情况。通过病毒分离、检测引物设计、反应体系与条件优化、灵敏性试验和特异性试验,建立了PDCo V RT-nPCR检测方法,并对N基因片段进行序列分析。结果表明:建立的RT-n PCR方法能够扩增出303 bp的N基因目的片段,检测单链c DNA的极限为2.0194×10^(-3)ng·μL^(-1),该方法检测PEDV、TGEV、PRo V、CSFV与PRRSV均无交叉反应,特异性良好;陕西省猪场184份样品检测结果显示,PDCo V阳性率为6.52%(12/184);N基因序列分析发现,获得的HY2019、QLS2020的N基因片段同源性为99.0%,提示可能为同一来源;进化树分析发现,HY2019、QLS2020与我国四川株SCNC201705、Sichuan2017、Sichuan2019同处于一个小的进化分支上,且均存在168~179位“TGTCTGTCTCTA”共12个核苷酸缺失,推测陕西株与四川株高度同源,可能起源于早期四川毒株。

猪δ冠状病毒荧光定量RT-PCR检测方法的建立

建立一种快速检测猪δ冠状病毒(PDCoV)的方法。根据GeneBank收录的PDCoV M基因序列,设计两对特异性引物和TaqMan探针,对PDCoV TaqMan荧光定量RT-PCR反应条件进行优化。Ct值与质粒模板之间呈现良好的线性关系,标准方程为y=-3.6421x+34.194,相关系数R 2=0.9992。荧光定量RT-PCR方法仅对PDCoV呈现特异性扩增,无交叉反应。敏感度试验结果显示,最低检出量为1.25×10^(1)copies/μL,灵敏度高。重复性试验结果显示,批内和批间测定均具有良好的重复性。TaqMan荧光定量RT-PCR检测方法是一种可靠的快速检测PDCoV的方法。

猪德尔塔冠状病毒CHN/20GXNN-1/2020分离鉴定及遗传进化分析

为了解广西地区猪德尔塔冠状病毒(PDCoV)的流行特点,对该地区PDCoV进行分离鉴定及遗传进化分析。将20份检测为PDCoV阳性的样品接种于LLC-PK细胞,经RT-PCR及IFA鉴定,获得1株PDCoV,命名为CHN/20GXNN-1/2020。通过TCID50和RT-qPCR测定,该毒株的病毒滴度及病毒载量在连续传代过程中逐步增高。其S基因核苷酸在153 bp-155 bp位置存在3 bp的缺失,氨基酸有23个位点发生突变。S基因同源性分析结果表明,PDCoV毒株CHN/20GXNN-1/2020与中国多数流行毒株的亲缘关系更近。结果表明,分离鉴定出1株新的PDCoV毒株,为冠状病毒生物学特性研究提供了材料,也为进一步开展病毒致病性研究及疫苗研制奠定了基础。

新现猪Delta冠状病毒RT-PCR检测方法的建立及其应用

【目的】猪Delta冠状病毒(Porcine Deltacoronavirus,PDCoV)是近年来新发现的可引起猪只,特别是新生仔猪腹泻的冠状病毒,其引发的腹泻具有较高的发病率和死亡率,是造成新生仔猪死亡的重要原因之一。试验拟建立新现PDCoV RT-PCR检测方法,并调查当前江西腹泻猪群中PDCoV的感染情况。【方法】通过对Gen Bank数据库中PDCoV全基因组序列的比对分析,找出保守序列,用Primer 3.0在线软件设计1对扩增PDCoV核衣壳(N)蛋白基因片段的特异性引物,基于该引物建立PDCoV RT-PCR检测方法;用建立的方法检测腹泻猪粪便及肠道样品,挑选阳性扩增产物进行克隆、测序;用本试验获得的PDCoV序列与其他国家或地区的PDCoV序列以及猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)共同构建进化树,分析PDCoV各毒株及其与PEDV和TGEV之间的进化关系;以PEDV、TGEV、猪库布病毒(PKoV)、猪星状病毒(PAstV)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)及猪瘟病毒(CSFV)RNA为模板验证引物的特异性;构建PDCoV核衣壳蛋白基因片段重组质粒,并以系列稀释的重组质粒为模板确定所建立的PDCoV RT-PCR方法的敏感性;应用建立的RT-PCR方法调查249份2012—2015年江西省猪群腹泻样品中PDCoV的存在情况,随机抽取一定数量的RT-PCR阳性扩增产物进行克隆、测序进一步验证反应的特异性。【结果】1以腹泻猪粪便样品RNA为模板,应用所设计的特异性引物扩增出了329 bp的单一条带,与预期目的片段大小一致,扩增产物经克隆后测序,将获得的序列与NCBI Gen Bank数据库序列进行比对,比对结果表明试验所获得的序列与数据库中PDCoV序列的同源性高达99.1%,证明所扩增的序列属于PDCoV;2将8条本试验获得的PDCoV N基因片段序列与18株其他国家或地区的PDCoV毒株以及PEDV、TGEV的相应N基因片段序列构建进化树,结果表明26条PDCo V序列属于同一个分支,而PEDV和TGEV则分别属于不同的分支。试验获得的PDCoV序列与韩国PDCoV毒株KNU14-04亲缘关系最近,同源性高达99.1%;与两株香港毒株HKU 15-44和HKU 15-155亲缘关系相对较远;3本试验建立的RT-PCR方法特异性强,仅能扩增出PDCoV,而对PEDV、TGEV、PKoV、PAstV、PRRSV及CSFV核酸无交叉扩增现象;4所建立的RT-PCR方法灵敏度高,将含扩增片段的重组质粒以1.0×106拷贝/μL为起始浓度依次10倍稀释至1.0×101拷贝/μL作为模板验证方法的灵敏度,结果表明所建立的方法对PDCoV最低可检出量为1.0×103拷贝/μL;5应用建立的RT-PCR方法检测了249份2012—2015年采集自江西省各地区的腹泻母猪粪便及腹泻仔猪粪便/肠道样本,结果显示腹泻样本中PDCoV的检出率为31.33%(78/249),母猪粪便中PDCoV的检出率(27.78%)稍低于仔猪粪便及肠道样品PDCoV的检出率(31.92%),最早可从2012年的样品中检测出PDCoV。【结论】试验成功建立了检测新现PDCoV的RT-PCR方法;应用所建立的RT-PCR方法检测了249份2012—2015年江西地区猪群临床腹泻样品中PDCoV存在情况,结果表明PDCoV是一种普遍存在于腹泻猪群中的病毒;研究建立的RT-PCR方法对猪群PDCoV的临床诊断和流行病学调查等具有应用价值。

国内首株猪德尔塔冠状病毒(Porcine deltacoronavirus)的分离鉴定

猪德尔塔冠状病毒(Porcine deltacoronavirus,PDCoV)是一种新出现的猪冠状病毒,于2012年首次在香港的猪群中发现。2014年2月美国在腹泻仔猪和母猪的粪便中首次检测到PDCoV,随后,韩国和我国大陆也从腹泻猪的临床样品中检测到PDCoV。目前,只有美国成功分离到2株PDCoV。为分离鉴定PDCoV,本研究将PDCoV阳性样品无菌处理后接种猪肾细胞(LLC-PK)并连续传代培养。通过细胞病变、RT-PCR、间接免疫荧光和基因序列测定对细胞培养物进行鉴定。结果表明我们成功分离到国内首株PDCoV并将其命名为NH株。M基因的系统发育分析表明NH株与中国、美国及韩国的PDCoV亲源关系较近。本研究为进一步研究PDCoV的致病性和致病机制奠定了基础。

猪Delta冠状病毒和猪流行性腹泻病毒双重RT-PCR诊断方法的建立

猪流行性腹泻病毒(PEDV)和猪Delta冠状病毒(PDCoV)已经成为养猪行业的主要疫病。建立能够同时检测且能区分这2种病毒感染的诊断方法,对于临床实践具有重要意义。根据GenBank中登录的PEDV和PDCoV基因序列,分别用PDCoV M基因和PEDV M基因设计了2对引物,并对PEDV的M基因片段和PDCoV的M基因片段进行扩增,通过对PCR反应条件的优化,建立了检测PDCoV和PEDV双重逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)检测方法。特异性和敏感度的试验表明,此方法对PDCoV和PEDV核酸的最低检测量分别为3.27×10~3拷贝/μL和3.63×10~4拷贝/μL,具有较高的敏感度;该方法可同时扩增出340 bp(PDCoV)和520 bp(PEDV),但不能扩增出猪传染性胃肠炎病毒、猪伪狂犬病病毒、猪博卡病毒和猪繁殖与呼吸综合征病毒。多重PCR与单一PCR符合率100%。表明此方法可以用于PDCoV和PEDV的检测。

猪δ冠状病毒RBD蛋白多肽抗体的制备与鉴定

【目的】设计合成猪δ冠状病毒(Porcine deltacoronavirus,PDCoV)受体结合结构域(receptor binding domain,RBD)的抗原表位,制备并鉴定多克隆抗体。【方法】为了特异性检测PDCoV RBD抗原,应用生物信息学技术预测其潜在抗原表位,将表位氨基酸序列与δ冠状病毒属中的其他15株病毒株以及14株其他猪冠状病毒株进行相似性比对,将筛选的优势抗原表位与载体蛋白血蓝蛋白(keyhole limpet hemocyanin,KLH)偶联,合成多肽并免疫小鼠,制备PDCoV RBD特异性抗体。通过Western blotting试验对不同系统表达的PDCoV RBD以及PDCoV、TGEV和PEDV感染ST细胞表达的S蛋白进行鉴定,通过间接ELISA方法测定抗体效价。【结果】经序列比对,利用生物信息学技术预测合成的表位抗原与δ冠状病毒属中的其他15株病毒株(0~14.28%)以及14株其他猪冠状病毒株(0~7.14%)序列相似性非常低,具有良好的保守性;Western blotting结果显示,制备的多肽抗体1∶500、1∶1000、1∶2000倍比稀释后均能特异性识别转染pcDNA3.1-PDR-Strep的Expi293F表达的PDCoV RBD蛋白、杆状病毒感染SF9细胞表达的PDCoV RBD蛋白,1∶1000稀释后能够检测到PDCoV感染ST细胞表达的PDCoV S蛋白,而在TGEV和PEDV感染的细胞中未检测到特异性蛋白的表达;ELISA检测抗血清中多肽特异性抗体的效价可以达到1∶12800。【结论】利用生物信息学技术成功预测PDCoV RBD蛋白抗原表位,免疫后获得的抗体具有较好的特异性。

猪δ冠状病毒辅助蛋白研究进展

猪δ冠状病毒(PDCoV)是一种新发现的猪肠道冠状病毒,可引起新生仔猪的腹泻、呕吐、脱水、死亡,而且具有跨种感染潜能,给养猪业和公共卫生构成了巨大威胁。冠状病毒的辅助蛋白(accessory protein)是一类功能特殊的蛋白,不同属甚至同属不同种的冠状病毒编码的辅助蛋白数量、同源性均存在较大差异,具有属或种特异性。虽然辅助蛋白是冠状病毒增殖非必需的,但在调控宿主天然免疫、病毒复制与致病性中发挥重要作用。目前,已证实PDCoV至少编码3个辅助蛋白,而且近年来在PDCoV辅助蛋白的功能研究方面取得了显著进展。本文简要介绍了PDCoV辅助蛋白的鉴定及其在免疫调控和致病性中的作用,并对今后的研究进行了展望。

猪δ冠状病毒N蛋白单克隆抗体的制备及初步应用

为制备猪δ冠状病毒(PDCoV)N蛋白的特异性单克隆抗体,并初步应用于临床样品中PDCoV抗原的免疫组织化学(IHC)检测,本研究以原核表达的PDCo V N蛋白免疫BALB/c小鼠,取其脾细胞与骨髓瘤细胞进行融合,基于纯化的N蛋白建立的间接ELISA方法筛选获得稳定分泌N蛋白特异性单克隆抗体的杂交瘤细胞,并对单克隆抗体的免疫反应特异性、亚类进行系统鉴定。结果显示:通过3次亚克隆筛选获得8株可分泌PDCo V N蛋白单克隆抗体的杂交瘤细胞株。经IFA和Western blot分析,证实制备的单克隆抗体均与猪δ冠状病毒反应,且不与猪流行性腹泻病毒(PEDV)和猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)反应,特异性良好。单克隆抗体亚类鉴定结果表明,1A11、3C6、1E7、1E12株单克隆抗体属Ig G1型,4F3、2A3株单克隆抗体为Ig G2a型,3E4单克隆抗体为Ig M型,8株单克隆抗体的轻链均为κ链。利用1A11单克隆抗体对PDCo V、PDEV、TGEV感染猪的空肠、回肠组织进行IHC检测,结果表明1A11能与感染PDCo V的组织发生特异性免疫反应,而不与感染PDEV和TGEV的组织发生反应,特异性良好。本研究制备的PDCo V N蛋白单克隆抗体可为PDCo V诊断方法的建立以及N蛋白的功能研究奠定基础。

猪δ冠状病毒蛋白功能研究进展

猪δ冠状病毒(PDCoV)是一种猪肠道致病性冠状病毒(CoV),可致仔猪腹泻、呕吐和脱水,严重病例出现死亡,该病毒在全球广泛分布,给公共卫生和经济带来巨大压力。对PDCoV蛋白的系统了解将有助于揭示PDCoV的致病机理,为研制有效干预PDCoV感染的药物和疫苗提供科学依据。本文首先概述PDCoV基因组,然后从病毒吸附、内化、复制、释放等生命周期和免疫抑制等角度对PDCoV蛋白的结构和功能进行总结,同时对其他种属冠状病毒的相关蛋白的结构和功能进行对比,以期为PDCoV蛋白的深入研究提供参考依据。

稳定表达猪δ冠状病毒S1蛋白CHO细胞系的构建与鉴定

为构建稳定表达猪δ冠状病毒(PDCoV)S1蛋白的CHO细胞系,利用电转染技术将重组质粒pCGS3-S1转染至CHO细胞,通过有限稀释法筛选稳定表达重组S1蛋白的单克隆细胞系。利用阴离子交换层析和凝胶过滤层析方法对重组S1蛋白进行纯化,采用间接ELISA方法检测重组S1蛋白活性。将纯化的重组S1蛋白免疫BALB/c小鼠,通过间接ELISA、间接免疫荧光试验(IFA)及病毒中和试验对重组S1蛋白免疫原性进行检测。结果显示,稳定表达PDCoV S1蛋白的CHO细胞系成功建立,并获得了纯度高于90%、产量为28.5 mg/L的重组S1蛋白;且重组S1蛋白与PDCoV阳性血清反应性良好,具有良好的免疫原性,中和效价为1∶128。综上,成功建立了稳定表达PDCoV S1蛋白的CHO细胞系,且纯化获得的重组S1蛋白具有良好的生物学活性。

猪Delta冠状病毒的流行病学调查及M基因序列分析

为了解猪Delta冠状病毒(Porcine Deltacoronavirus,PDCoV)在发生腹泻疫情猪群中的感染情况,根据PDCoV M基因的保守序列设计了一对RT-PCR检测引物,建立了猪Delta冠状病毒的RT-PCR的检测方法,其最低核酸检测限量为3.92×10^3 copies/μL,特异性和灵敏度均较好。利用该方法对2015—2017年上海周边猪场的518份猪腹泻粪便样品进行检测,检测出25份PDCoV阳性样品,感染阳性率达4.8%。在所检出的阳性样本中,PDCoV与猪嵴病毒(porcine kobuvirus,PKV)和猪星状病毒(porcine astrovirus,PAstV)的混合感染率较高,分别为40%和48%;PDCoV与猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)混合感染率为8.0%,未检测到PDCoV与猪传染性胃肠炎病毒(transmissible gastroenteritis virus,TEGV)混合感染的样本。随机选取10份PDCoV阳性样本,对扩增的M基因片段同源性进行分析,结果,10份样品中核苷酸同源性达95.0%—99.6%,与GenBank登录的PDCoV毒株的同源性为96.1%—100%,说明目前流行的PDCoV毒株的遗传差异不大,该研究为了解PDCoV流行情况提供了参考依据。