环介导等温扩增实时荧光检测玉米内州萎蔫病菌

选择玉米内州萎蔫病菌基因组DNA高度特异保守区域设计环介导等温扩增技术(LAMP)引物,通过对其反应条件优化,建立玉米内州萎蔫病菌的LAMP检测体系。实验得出内引物与外引物最佳比例为6∶1,反应最佳温度为64℃。运用玉米内州萎蔫病菌克隆质粒梯度稀释液对LAMP检测体系的灵敏度进行了验证。LAMP检测体系的检测限达到100 fg,与常规PCR相比,该方法的检测限提高了100倍。以多种参比菌DNA为模板对LAMP检测体系的特异性进行了验证,结果表明LAMP检测体系仅对玉米内州萎蔫病菌有扩增,对非靶标菌没有扩增。为玉米内州萎蔫病菌快速高效检测提供了一种新型的检测方法。

实时荧光环介导等温扩增快速分型致泻大肠埃希氏菌方法的建立

致泻大肠埃希氏菌(diarrheagenic Escherichia coli,DEC)是一种重要的食源性致病菌,该研究立足DEC目前流行率高、基层分型困难的现状,建立了快速分型5种DEC的实时荧光环介导等温扩增(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)方法。针对DEC的8段特征性毒力基因pic、aggR、lt、st、stx 1、stx2、escV、invE及大肠埃希氏菌属特异性基因uidA设计LAMP引物,优化反应体系,并对方法的分析性能及临床菌株分型效果进行了评价。结果显示,所建立的方法对pic和escV的检出限是1 ng/μL,对aggR、stx 1、invE和uidA的检出限是100 pg/μL,对lt、st和stx 2的检出限是10 pg/μL,该方法灵敏度与特异度均为100%,DEC型别间无交叉反应,对临床菌株的分型与实际结果完全一致。方法快速简便、设备要求低,借助恒温荧光读取设备可在40 min内迅速判定待检菌株是否为DEC及其致病类型,可满足各机构现场快速检测的需求。

FTA-环介导等温扩增技术直接提取变异链球菌DNA的效果评价

背景:变异链球菌是龋病的重要病原菌,及时检测变异链球菌水平对龋病的早发现、早治疗有重要意义。目的:建立并评价FTA-环介导等温扩增(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)技术直接提取变异链球菌DNA的应用效果。方法:①制备含有ATCC标准菌株变异链球菌的菌悬液,接种于脑心浸出液培养基,充分混匀后按10倍梯度稀释成7种浓度(4.2×10^(7),4.2×10^(6),4.2×10^(5),4.2×10^(4),4.2×10^(3),4.2×10^(2),4.2×10 CFU/mL),每个稀释级做2个平行对照,并增加无菌水作为空白对照;②分别采用FTA卡、常规煮沸法、试剂盒提取及裂解液提取4种方法直接提取菌株DNA,通过LAMP技术进行扩增,并进行特异性试验,比较4种提取方法的差异。结果与结论:①4种方法提取的DNA均满足LAMP扩增的要求;②特异性试验结果显示,只有变异链球菌才可特异扩增出靶基因;③裂解液提取法最低检测限为4.2×10^(3) CFU/mL,FTA卡提取法最低检测限为4.2×10^(4) CFU/mL,试剂盒提取法和常规煮沸法最低检测限分别为4.2×10^(6) CFU/mL和4.2×10^(7) CFU/mL;④4种提取方法其他方面的比较显示,试剂盒提取法的实验成本、步骤数和时间都是最高;其他3种方法步骤数一致,其中FTA卡所需仪器设备最少,常规煮沸法单次成本最低,裂解液提取法所需时间最少;FTA卡和裂解液提取法仅需少量菌即可提取成功,后者在时间方面优于FTA卡,但相较于FTA卡其单次成本高,所需设备多;⑤结果说明,该研究建立的FTA-LAMP技术具有操作简便、特异性强、灵敏度高、结果可视化等优势,有望为高效提取检测变异链球菌提供新途径。

基于实时荧光定量环介导等温扩增技术快速检测发酵乳中嗜热链球菌和保加利亚乳杆菌

基于实时荧光定量环介导等温扩增(quantitative loop-mediated isothermal amplification,qLAMP)技术建立发酵乳中嗜热链球菌和保加利亚乳杆菌活菌数快速定量方法。通过优化嗜热链球菌和保加利亚乳杆菌叠氮溴化丙锭(propidium monoazide,PMA)处理条件,对菌浓度对数与相应的循环阈值进行线性拟合,构建标准曲线,建立PMA-qLAMP检测方法。结果表明,该方法对嗜热链球菌的最低定量限为7.2×10^(3) CFU/g,对保加利亚乳杆菌的最低定量限为5.6×10^(4) CFU/g,将该方法应用于市售发酵乳产品活菌数定量检测,显示出良好的灵敏度和实用性。

实时荧光环介导等温扩增快速检测鸡肉中沙门氏菌

根据沙门氏菌inv A基因序列设计特异性引物,利用Midori Green新型核酸荧光染料,建立了沙门氏菌实时荧光定量环介导等温扩增检测方法。结果表明,检测过程仅需45 min,灵敏度达6 CFU/管,而且细菌数量对数值(lg(CFU/管))与扩增荧光指数增加时间(Tp值)具有良好正相关线性关系,R2为0.985 1。通过模拟沙门氏菌人工污染25 g鸡肉样品,经37℃保温4 h,提取样品制备DNA模板用于实时荧光定量环介导等温扩增检测,结果表明灵敏度达450 CFU/g,共需时约7 h。随机从市场购买冷冻鸡肉样品21份,采用国标沙门氏菌检测方法和鸡肉样品实时荧光定量环介导等温扩增检测进行对比检测,结果两种方法均检测出同一份样品为沙门氏菌阳性,其余20份样品均为沙门氏菌阴性,表明本研究建立的鸡肉沙门氏菌实时荧光定量环介导等温扩增检测,其灵敏性和准确性与国标检测方法相当,但检测时间可缩短至7 h。

实时荧光环介导等温扩增技术检测乳粉中的肺炎克雷伯氏菌

为了建立食品中肺炎克雷伯氏菌灵敏快速的检测方法,根据GenBank中已公布的肺炎克雷伯氏菌phoE基因设计引物,利用实时荧光监测仪,建立实时荧光环介导等温扩增(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)技术检测食品中肺炎克雷伯氏菌的方法,可直观判定检测结果,仪器亦可自动显示检测结果。对该检测方法的特异性、灵敏度等方面进行研究,并与聚合酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)检测方法进行比较。结果表明,实时荧光LAMP检测方法特异性强、灵敏度高。用于特异性实验的21株实验菌株中,4株肺炎克雷伯氏菌,呈现阳性结果,而其他17株非肺炎克雷伯氏菌,均呈阴性结果;检测纯菌的灵敏度和检测人工污染乳粉的检出限分别为79 CFU/mL和79 CFU/g,是常规PCR检测方法的100倍。总之,本研究建立的实时荧光LAMP检测方法灵敏度高、特异性强、耗时短、结果判定直观,实现了对肺炎克雷伯氏菌的快速检测。

荧光定量核酸扩增检测技术与环介导等温扩增技术在呼吸道感染病原体检测中的对比研究

目的对比荧光定量核酸扩增检测技术与环介导等温扩增技术在呼吸道感染病原体检测中的应用价值。方法随机在2020年1月~2023年1月天津市河东区疾病预防控制中心接收的呼吸道感染的患者中选取120例作为研究对象,分别采用荧光定量核酸扩增(PCR)检测技术与环介导等温扩增技术(LAMP)检测呼吸道病原体,并对检测结果进行比较分析。结果120例患者中使用LAMP检出细菌感染85例(阳性率为70.83%)。荧光定量PCR检出细菌感染72例(阳性率60.00%),差异无统计学意义(P>0.05);其中LAMP法对耐甲氧西林葡萄球菌、肺炎链球菌、流感嗜血杆菌的检出率高于荧光定量PCR法,差异有统计学意义(P<0.05);采用荧光定量PCR与LAMP法对呼吸道感染10种病原体进行检测,结果表明,除LAMP法对耐甲氧西林葡萄球菌、流感嗜血杆菌的检测一致性极好,荧光定量PCR对耐甲氧西林葡萄球菌的检测一致性极好(Kappa≥0.75),其余病原体采用荧光定量PCR与LAMP法检测一致性均中等(0.4≤Kappa<0.75)。结论荧光定量PCR与LAMP两种检测方法对呼吸道感染病原体检出率均较高,其中LAMP法对耐甲氧西林葡萄球菌、肺炎链球菌、流感嗜血杆菌的检出率高于荧光定量PCR法。

基于实时荧光环介导等温扩增技术同时检测副溶血弧菌与金黄色葡萄球菌

分别针对副溶血弧菌及金黄色葡萄球菌的特异性基因bla_(CARB-17)、nuc设计引物,通过优化反应条件,建立一种能够同时检测副溶血弧菌和金黄色葡萄球菌的实时荧光环介导等温扩增(real-time loop-mediated isothermal amplification,RT-LAMP)的检测方法,对其特异性、灵敏度和适用性进行了研究。结果表明该方法特异性好、灵敏度高,对副溶血弧菌和金黄色葡萄球菌的检出限分别为3.62×10^(2)、1.45×10^(4) copies/mL,灵敏度是普通PCR方法的10倍。实现了一次LAMP反应中同时检测2种食源性致病菌,既缩短检测时间,也提高了检测效率,为多重LAMP检测食源性致病菌的研究提供参考。

病毒性出血性败血症病毒(VHSV)实时荧光环介导等温扩增检测方法的建立

根据VHSV的较为保守的glyG基因,设计了三套LAMP引物,筛选出扩增效率最优的第二套引物VHSV-2,引入其环引物以加快其反应。采用ESE-Quant tube scanner(德国QIAGEN公司)恒温实时荧光反应及检测平台,反应温度为63℃,恒温下30min内可得出结果。同时评价VHSV引物的灵敏度和特异性,灵敏度结果显示其检测限可达到4.5pg每反应,与几种重要的病原RNA均无交叉反应。本文建立的检测VHSV的RT-LAMP检测方法简单、易操作,同时具有较高的灵敏度和特异性。本研究建立的实时荧光RT-LAMP检测方法可作为VHSV的快速诊断工具,适合VHSV的现场快速检测和大规模监控。

实时荧光环介导等温扩增技术检测土壤中的类鼻疽伯克霍尔德菌

目的结合荧光染料EvaGreen与环介导等温扩增技术(Loop-mediated isothermal amplification,LAMP)探索快速检测类鼻疽伯克霍尔德菌的可行性。方法根据类鼻疽伯克霍尔德菌filc基因片段设计了LAMP引物,利用荧光染料EvaGreen建立实时荧光环介导等温扩增技术(real-time fluorescence loop-mediated isothermal amplification,RealAmp),优化反应条件,扩增产物经电泳鉴定。通过类鼻疽伯克霍尔德菌和其他致病菌验证特异性,比较RealAmp与普通LAMP技术的敏感度,并测定人工污染土壤模拟样本的检出限。结果恒温63℃条件下,20～60 min即可完成RealAmp检测;利用该方法检测类鼻疽伯克霍尔德菌为阳性,其余致病菌如鼠疫杆菌、布鲁氏杆菌、大肠杆菌等13株参考菌株及蜱虫的DNA(含大量假单胞菌属细菌)呈扩增阴性;RealAmp技术检测类鼻疽伯克霍尔德菌核酸的灵敏度为10~2 CFU/mL,检测克隆株质粒的灵敏度可达10~1 copies/μL,比普通LAMP技术的灵敏度高10倍;人工污染土壤模拟样本RealAmp的检出限为4.4×10~1 CFU/g,且20 min左右即可判定结果;直接检测24份浓度为4.4×10~1 CFU/g～4.4×10~8 CFU/g的类鼻疽伯克霍尔德菌人工污染土壤样本,在检出限以上,检出率同荧光定量PCR一致。结论该方法特异性强、灵敏度高,且可实时监测类鼻疽伯克霍尔德菌,有望成为快速检测类鼻疽伯克霍尔德菌的有效方法,增强抵御生物恐怖战争的能力。

传染性造血器官坏死病毒(IHNV)实时荧光环介导等温扩增快速检测方法的建立

建立了一套基于环介导等温扩增技术(LAMP)的实时荧光检测方法,用于IHNV的检测。根据IHNV的保守基因glyG,设计合成3套LAMP引物,LAMP反应在63℃下进行,引入环引物后,第3套LAMP引物显示出良好的扩增效率。以ESE-Quant tube scanner为恒温反应及检测平台,对IHNV进行实时荧光检测,反应在40 min内可得出结果。本研究建立的IHNV实时荧光LAMP法检测限达到3.6 pg。特异性试验表明仅IHNV发生特异性扩增,而SVCV、VHSV、HRV、PFRV以及IPNV均不发生反应。所建立的恒温实时荧光检测法操作简单、反应迅速,同时具有较高的灵敏度和特异性。引入的ESE-Quant tube scanner平台设备要求低,同时使扩增过程数字化和自动化,适合IHNV的现场检测和大规模疫病的监控。

实时荧光环介导等温扩增在快速检测结核分枝杆菌中的应用

【摘要】目的建立实时荧光环介导等温扩增快速检测结核分枝杆菌的方法。方法针对结核分枝杆菌特异序列建立实时荧光环介导等温扩增技术；对其特异性和敏感性进行评估；通过敏感性和特异性等指标验证其稳定性。结果建立的实时荧光环介导等温扩增法对结核和非结核分枝杆菌标准菌株检测的敏感性和特异性均为100％，灵敏度可达102个菌／mL；痰标本结核分歧杆菌检测的敏感性为94．64％（53，56），荧光定量聚合酶链式反应方法检测的敏感性为92．86％（52／56）；检测的特异性为96．55％（28，29），荧光定量聚合酶链式反应方法检测的特异性为96．55％（28／29）。结论建立实时荧光环介导等温扩增检测结核分枝杆菌的方法，敏感性和特异性强，灵敏度高，稳定性好，可用于痰液中结核分枝杆菌的快速检测。

猴免疫缺陷病毒实时荧光环介导等温扩增快速检测方法的建立

以猴免疫缺陷病毒(Simian immunodeficiency virus,SIV)的核心蛋白Gag区域的部分保守基因序列为检测靶标,通过软件设计内、外引物和环引物,借助恒温荧光扩增仪建立SIV实时荧光环介导等温扩增快速检测方法(real-time loop-mediated isothermal amplification,Realamp),根据有无"S"型扩增曲线判断检测结果。Realamp方法对含有猴免疫缺陷病毒目标片段的质粒标准品的检测灵敏度为300 copies/μL,对猴类的其他常见病原如猴D型逆转录病毒、猴T淋巴细胞趋向性病毒、猴B病毒等无非特异性扩增。通过33份临床样本的检测,Realamp检出的阳性2例,qPCR检出的阳性率为1例,两种检测方法的符合率为97%。本研究建立的Realamp检测技术所需设备简单、反应效率快、检测灵敏度高和特异性强,可用于偏远地区猴养殖单位相关病原的检测。

实时荧光环介导等温扩增技术检测牛乳中的蜡样芽孢杆菌

建立牛乳中蜡样芽孢杆菌便捷可靠的检测方法,根据已公布的蜡样芽孢杆菌hbl A基因序列设计内外引物,并向反应体系中加入荧光染料SYBRGreenⅠ,利用实时荧光监测仪,建立实时荧光环介导等温扩增技术(real-time fluorescence loop-mediated isothermal amplification,Real Amp)检测蜡样芽孢杆菌的方法,扩增产物经电泳和酶切鉴定。通过21株致病菌验证RealAmp特异性,并比较了Real Amp与普通环介导等温扩增技术的敏感性,对人工污染的检出限进行了测定。结果表明对21 株致病菌进行特异性实验,4株蜡样芽胞杆菌呈阳性结果,17株非蜡样芽胞杆菌均呈阴性结果。RealAmp检测纯菌的灵敏度为8.2 CFU/m L,比普通环介导等温扩增技术的灵敏度高10倍,人工污染牛乳RealAmp的检出限为8.2 CFU/m L。并且在20 min左右即可判定结果。该方法快速、准确、灵敏度高、操作便捷、可实时监控检测蜡样芽孢杆菌,有望成为快速检测蜡样芽孢杆菌的有效方法。

传染性鲑鱼贫血症病毒实时荧光环介导等温扩增检测方法的建立

根据ISAV的基因保守序列,利用LAMP Designer软件设计了6条引物,采用新型的环介导等温扩增设备进行扩增和检测,优化了反应条件,分析了所建立方法的特异性和灵敏度,并与RT-PCR和实时荧光RT-PCR进行比较。研究表明,该方法最适反应温度为64℃,反应10 min就可以观察到明显的扩增。该方法灵敏度高,检测限为78.4 fg RNA,比常规RT-PCR灵敏度高100倍,与实时荧光定量RT-PCR灵敏度相当;特异性好,与传染性胰腺坏死病毒(IPNV)、鲤春病毒血症病毒(SVCV)、出血性败血症病毒(VHSV)、鱼类病毒性神经坏死病病毒(VNNV)、鱼腹水病毒(YAV)等14种主要鱼类病毒没有交叉反应。结果表明,本研究建立了ISAV的实时荧光环介导等温扩增检测方法,实验能对整个扩增过程进行实时监测,提高检测灵敏度的同时,防止由于开盖跑电泳或加染料而导致的污染。

实时荧光环介导等温扩增技术检测猪肉中的假单胞菌

根据假单胞菌16S rDNA基因序列设计引物,并向反应体系中加入饱和型核酸染料Eva Green,利用实时荧光检测仪,建立假单胞菌属实时荧光环介导等温扩增技术(LAMP)。研究中对62株假单胞菌的16SrDNA基因通过DNAMAN软件进行序列比对后,针对共有片段设计扩增引物。对扩增体系进行了优化,优化结果经电泳鉴定。通过12株假单胞菌和23株非假单胞菌进行特异性验证,并比较了实时荧光LAMP与普通LAMP的灵敏度,对人工污染样品的检出限进行了测定。结果表明,特异性验证中12株假单胞菌为阳性,23株非假单胞菌为阴性。实时荧光LAMP检测纯菌的灵敏度为36 CFU/mL,是普通LAMP灵敏度的10倍。人工污染样品的检出限为1.73×10^3 CFU/g。本研究中建立了一种检测冷鲜猪肉中假单胞菌属的方法,实现了多个菌种的同时检测,避免了单一菌种检测的局限性,该方法快速、准确、灵敏度高,可在2h内完成冷鲜猪肉中假单胞菌的检测。

实时荧光环介导等温扩增技术检测婴儿配方奶粉中阪崎克罗诺杆菌的研究

目的建立实时荧光环介导等温扩增法(real-time fluorescence loop-mediated isothermal amplification,RT-LAMP)检测阪崎克罗诺杆菌。方法以阪崎克罗诺杆菌(基因号AY702093)16S^23S rRNA的保守序列进行引物设计,对dNTPs、Mg^(2+)及模板浓度等反应条件进行优化,并考察该方法的特异性和灵敏度。结果实时荧光LAMP法检测的最佳反应体系为:内引物1.6μL FIP和1.6μL BIP,外引物:0.5μL F3和0.5μL B3,2.5μL2.5mmol/L d NTP,2μL 4 mmol/L MgSO_4,3μL Buffer,1.6μL 10×Bst DNA聚合酶,3μL DNA模板,0.5μL 100×荧光染料,用灭菌双蒸水补足25μL体系,在63℃下反应60 min。除阪崎克罗诺杆菌之外其他菌株均没有产生特异性荧光扩增曲线。实时荧光LAMP检测克罗诺杆菌的灵敏度可达到8×10-2 CFU/mL。结论本方法检测克罗诺杆菌具有耗时短、特异性强及灵敏度高等优点,可为快速检测婴儿配方奶粉中的克罗诺杆菌提供参考。

环介导等温扩增技术在病原微生物临床检测中的应用

病原微生物是威胁人类健康的重要因素之一,快速、准确的检测方法对于感染性疾病的诊断具有重要意义。环介导等温扩增(LAMP)是一种恒温扩增方法,具有反应时间短、操作简便、灵敏度高、特异度高、检测成本低等优点,因此被广泛应用于感染性疾病的快速诊断。基于这种情况,该文主要阐述了LAMP的原理、特点及其在临床常见病原微生物检测方面的应用与研究进展。LAMP技术现在已经被应用于病原微生物的检测,且具有较高的灵敏度及特异度,但该技术仍有易产生假阳性、引物设计复杂等不足之处。该文综述了近年来LAMP技术在病原微生物感染中的应用与进展,并对其未来的发展前景进行了展望,以期在资源有限的环境中为病原微生物感染的快速诊断提供合理的研究方向。

实时荧光环介导等温扩增技术快速检测牛肉中的大肠杆菌O157

目的建立实时荧光环介导等温扩增技术(real-time fluorescence loop-mediated isothermal amplification,RF-LAMP)快速检测大肠杆菌(Escherichia coli,EHEC)O157的分析斱法。方法针对大肠杆菌O157编码O抗原的rfbE基因设计引物。对该斱法迚行特异性验证,同时对大肠杆菌O157:H7纯培养物的灵敏度和人工污染牛肉的检出限迚行测定,对61份牛肉样品迚行RF-LAMP检测,幵与GB4789.36-2016斱法迚行比较,评价RF-LAMP斱法的敏感性、特异性和准确度。结果 10株大肠杆菌O157呈阳性结果, 21株非大肠杆菌O157呈阴性结果,该斱法特异性良好。纯培养物检测的灵敏度为5.1CFU/mL,人工污染的牛肉样品的检出限为5.1 CFU/g。结论本研究建立的RF-LAMP技术特异性好、灵敏度高、操作简单,可实时监测扩增反应,避克了繁琐的电泳过程,实现了对大肠杆菌O157的快速检测,对大肠杆菌O157引起的食源性疾病的预防和控制具有重要意义。

非洲猪瘟病毒实时荧光环介导等温扩增方法的建立

本文采用实时荧光环介导等温扩增方法建立一种快速检测非洲猪瘟病毒(ASFV)的方法。根据GenBank中公布的非洲猪瘟病毒编码主要衣壳蛋白p72的B 646 L基因序列,针对其6个保守区段设计3对引物和1条环介导等温扩增(LAMP)TaqMan探针,对其特异性、灵敏性进行评估,进行临床样本检测试验,并与OIE推荐的实时荧光定量PCR检测结果进行比较分析。结果显示,该检测方法能够特异性地检出ASFV的存在,具有良好的特异性;灵敏度达到1 pg/μL。本方法的特异性、灵敏性及临床样品检测结果与OIE推荐的实时荧光定量PCR检测结果高度一致。