为探究珊瑚菜(Glehnia littoralis F.Schmidt ex Miq.)叶绿体基因组密码子使用偏性及其影响因子,本研究基于珊瑚菜叶绿体基因组测序数据筛选到51个蛋白质编码基因,并对其密码子使用模式进行分析。结果显示:珊瑚菜叶绿体基因组密码子总G...为探究珊瑚菜(Glehnia littoralis F.Schmidt ex Miq.)叶绿体基因组密码子使用偏性及其影响因子,本研究基于珊瑚菜叶绿体基因组测序数据筛选到51个蛋白质编码基因,并对其密码子使用模式进行分析。结果显示:珊瑚菜叶绿体基因组密码子总GC含量(G_(Call))为38.8%,密码子第3位碱基的GC含量(GC3)最低,仅为29.2%,3个位置碱基的GC含量均小于50%,表明珊瑚菜叶绿体基因组密码子偏好使用A或U。珊瑚菜叶绿体基因组有效密码子数(ENC)为34.6~54.5,密码子适应指数(CAI)为0.100~0.270,密码子偏好指数(CBI)为-0.190~0.226,最优密码子使用频率(FOP)为0.276~0.550,表明珊瑚菜叶绿体基因组密码子使用偏性较弱;相关性分析结果表明珊瑚菜叶绿体基因组密码子第3位碱基的组成对基因表达有很大影响。中性绘图分析、PR2-plot分析、ENC-plot分析和对应性分析结果表明珊瑚菜叶绿体基因组密码子使用偏性受自然选择和突变的共同影响,以自然选择为主;基于相对同义密码子使用度(RSCU)和高、低表达组的RSCU差值(ΔRSCU)共获得16个最优密码子,且大部分以A或U结尾。综合分析结果表明:珊瑚菜叶绿体基因组密码子使用偏性较弱,且主要受自然选择的影响。展开更多
珊瑚菜(Glehnia littoralis Fr.Schmidt ex Miq.)又名北沙参,为伞形科珊瑚菜属的单种属植物,主要生长在沿海地区的海滨沙滩上,根可入药。由于城市的扩张、旅游景点的设立及港口的建设等原因,珊瑚菜的生存环境遭到破坏,加之人为的掠夺性...珊瑚菜(Glehnia littoralis Fr.Schmidt ex Miq.)又名北沙参,为伞形科珊瑚菜属的单种属植物,主要生长在沿海地区的海滨沙滩上,根可入药。由于城市的扩张、旅游景点的设立及港口的建设等原因,珊瑚菜的生存环境遭到破坏,加之人为的掠夺性采挖,其分布及资源逐渐减少,已被列为国家Ⅱ级重点保护野生植物。在辽宁省主要分布区内展开了对珊瑚菜野生资源的调查,结果显示:仅在大连长海一处面积约100 m^(2)的海滩发现一个珊瑚菜极小种群,该种群植株数量不足100株,呈聚集性分布,且以幼年植株为主,能开花结实的数量有限;在绥中的珊瑚菜原生境保护点中未发现珊瑚菜植株。根据调查结果得出结论:野生珊瑚菜目前在辽宁已经极度濒危,应加强保护。展开更多
The vitality and germination rate of Glehnia littoralis Fr. Schmidt ex Miq. seeds were investigated. The results indicated that the ratio of seeds having necrotic embryo and endosperm reached to 40%. The cold stratifi...The vitality and germination rate of Glehnia littoralis Fr. Schmidt ex Miq. seeds were investigated. The results indicated that the ratio of seeds having necrotic embryo and endosperm reached to 40%. The cold stratification could obviously enhance the seed vitality of G. littoralis. At 0℃ and -10℃,the seed vitality were 46.7% and 48.1% respectively. The germination rate of G. littoralis seeds was 12.1% after the cold stratification(0℃)展开更多
文摘为探究珊瑚菜(Glehnia littoralis F.Schmidt ex Miq.)叶绿体基因组密码子使用偏性及其影响因子,本研究基于珊瑚菜叶绿体基因组测序数据筛选到51个蛋白质编码基因,并对其密码子使用模式进行分析。结果显示:珊瑚菜叶绿体基因组密码子总GC含量(G_(Call))为38.8%,密码子第3位碱基的GC含量(GC3)最低,仅为29.2%,3个位置碱基的GC含量均小于50%,表明珊瑚菜叶绿体基因组密码子偏好使用A或U。珊瑚菜叶绿体基因组有效密码子数(ENC)为34.6~54.5,密码子适应指数(CAI)为0.100~0.270,密码子偏好指数(CBI)为-0.190~0.226,最优密码子使用频率(FOP)为0.276~0.550,表明珊瑚菜叶绿体基因组密码子使用偏性较弱;相关性分析结果表明珊瑚菜叶绿体基因组密码子第3位碱基的组成对基因表达有很大影响。中性绘图分析、PR2-plot分析、ENC-plot分析和对应性分析结果表明珊瑚菜叶绿体基因组密码子使用偏性受自然选择和突变的共同影响,以自然选择为主;基于相对同义密码子使用度(RSCU)和高、低表达组的RSCU差值(ΔRSCU)共获得16个最优密码子,且大部分以A或U结尾。综合分析结果表明:珊瑚菜叶绿体基因组密码子使用偏性较弱,且主要受自然选择的影响。
文摘The vitality and germination rate of Glehnia littoralis Fr. Schmidt ex Miq. seeds were investigated. The results indicated that the ratio of seeds having necrotic embryo and endosperm reached to 40%. The cold stratification could obviously enhance the seed vitality of G. littoralis. At 0℃ and -10℃,the seed vitality were 46.7% and 48.1% respectively. The germination rate of G. littoralis seeds was 12.1% after the cold stratification(0℃)