瑞氏红鲂鮄(Satyrichthys rieffeli)基因组survey分析及线粒体基因组注释

为了解瑞氏红鲂鮄(Satyrichthys rieffeli)的基因组特征及线粒体基因组结构,采用二代高通量测序技术对瑞氏红鲂鮄进行基因组survey分析,为研究其分子学内容提供基础信息。利用Illumina nova测序平台进行测序,组装得到的基因组大小为813Mb,杂合率为0.92%,重复序列比例为45.97%,Contigs的N50大小为712 bp。瑞氏红鲂鮄线粒体基因组长度为16527 bp,共38个基因(22个tRNA、12SrRNA、16SrRNA、ND1~ND6、COⅪ~COXXIII、Cytb、ATP8、ATP6、ND4L和1个D-loop区),基因之间未发生重排,GC含量45.70%;蛋白质编码基因中出现不完整的密码子T--和TA-;tRNA中只有tRNA-Ser(GCT)缺失了二氢尿苷臂(DHU臂)的简单环,其他都是正常二级结构。此外,联合NCBI中18个鲉形目鱼类的线粒体基因组,利用最大似然法和贝叶斯法构建了鲉形目鱼类的分子系统发育关系。结果表明,瑞氏红鲂鮄与同为黄鲂鮄科的须叉吻鲂鮄(Scalicus amiscus)为姐妹分支,支持瑞氏红鲂鮄是黄鲂鮄科鱼类的形态学分类结果,为开展黄鲂鮄科鱼类系统发育深入研究奠定了基础。