最优搜索机制下寻找最优插入-删除种子

空位种子极大地提高了生物分子序列比对的灵敏度,但不适合大量存在插入和删除字符的序列。在空位种子的基础上,提出了带插入-删除的生物序列比对种子,进一步提高了生物序列比对的效率。实验表明,采用最优搜索算法可以有效地在给定约束条件下寻找到最优的插入-删除种子,并且插入-删除种子比同长度的最优空位种子具有更高的生物序列比对敏感度。