BLAST序列比对与生物医学文献检索

生物信息学的急速发展及其数据库的急剧增长给文献检索提出了新课题。利用生物信息相关数据库需要结合生物信息学知识。本研究从新基因的名词与序列入手 ,介绍NCBI的ENTREZ、BLAST检索 ,阐明与基因相关的文献检索的方法与技巧 ,着重介绍了BLAST序列比对在信息检索中的步骤和作用。

基于PubMed数据源的生物医学文献检索工具应用特点

从检索方式和检索结果处理两个方面比较12种基于PubMed数据源的医学文献检索工具的应用特点,并从改变检索界面、相关性排序和检索结果聚类3个方面总结这类检索工具的创新之处,指出Entrez/PubMed自身新的改进。

生物医学文献检索方法与问答系统

如何有效的进行生物医学文献检索和信息挖掘,是计算机技术和生物信息技术研究领域中的一个经典课题。本文对生物医学文献中自然语言问题文档,片段,概念和RDF三元组,构建了高效的检索和问答系统。特别的,在文档检索中,我们搭建了基于顺序依赖模型,词向量,和伪相关反馈相结合的通用检索模型;同时,前k个文档被分离为句子和片段,并以此建立检索索引,并基于文档检索模型,完成片段检索;在概念挖掘中,提取生物医学的概念,列出相关的概念属于网络服务的五个数据库链接,通过得分排名得到最终的概念。在CLEF Bio ASQ几年的评测数据上,我们构造的检索系统都取得了不错的性能。

国外生物医学文献获取的技术工具:述评与启示

大数据时代生物医学文献资源呈现海量增长和交叉聚合的特点,精准靶向检索、挖掘潜隐关联和全面知识发现成为生物医学文献获取的"新常态"。技术工具的科学运用能够有效改进生物医学文献获取的质效,国外相关技术工具在文本相似性搜索、语义搜索、查询支持、相关性排序、结果聚类等方面的功能和应用,为我国业界从信息用户、信息服务主体角度优化和提升生物医学文献获取等工作提供了成功经验。

一种融合语义资源的生物医学查询理解方法

近年来,随着生物医学相关研究的快速发展,生物医学文献的数量与日俱增,相关人员从海量文献中获取所需信息变得越来越困难,信息检索技术能够为用户提供所需信息,但由于领域专业度高,术语庞杂,传统通用领域的检索技术往往很难胜任这项任务,而生物医学领域存在丰富的语义资源,这些资源涵盖该领域专业术语,可以对文献检索起到辅助和提升作用.因此,为进一步提升生物医学文献检索的性能,该文尝试基于词共现查询扩展模型,结合生物医学领域特征,利用医学主题词表衡量扩展词的重要性,综合权衡扩展词与查询词的共现关系和扩展词在医学主题词表中的分布情况,选择优质扩展词;并在此基础上提出一种基于组排序学习的监督式查询扩展方法,该方法根据候选扩展词对检索性能的影响和候选扩展词能否反映查询的主题信息两个方面对扩展词进行相关性标注,提取与扩展词相关的上下文特征和领域语义特征对扩展词进行向量化表示,最后采用组排序学习方法训练扩展词选择模型,完成查询扩展.在TREC基因任务数据集上的实验结果表明,该方法能够有效提升查询扩展性能,与基于排序学习方法ListMLE的监督式查询扩展方法相比,在文档平均准确率方面分别提升4.41%和11.35%,有效提升了生物医学文献检索的综合性能.

二医大论文被MEDLINE光盘数据库收录情况统计分析

通过对二医大及各附属医院发表论文被MEDLINE光盘数据库收录情况的统计与分析,了解该校目前的学术研究状况及各专业的学科特色和发展趋势。