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一组和AMBER力场配合的普适波恩模型参数 被引量：2
1
作者 章威 侯廷军 +1 位作者 乔学斌 徐筱杰 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2003年第4期289-292,共4页
提出了一套和AMBER力场相匹配的普适波恩模型参数.新的参数集包含21种原子类型的初始半径和屏蔽因子.参数通过遗传算法拟合359个小分子水合自由能的实验值得到.采用新的参数,预测了44个小分子的水合自由能,预测值和实验值能很好地吻合,... 提出了一套和AMBER力场相匹配的普适波恩模型参数.新的参数集包含21种原子类型的初始半径和屏蔽因子.参数通过遗传算法拟合359个小分子水合自由能的实验值得到.采用新的参数,预测了44个小分子的水合自由能,预测值和实验值能很好地吻合,而且大大优于采用Jayaram参数得到的结果.此外,采用新的参数,还预测了15个蛋白质的水合自由能,预测值和PB/SA预测得到的结果能很好地吻合. 展开更多
关键词 AMBER力场 普适波恩模型参数 水合自由能 溶剂效应 泊松-玻尔兹曼方程 静电相互作用能 溶剂化自由能 生物大分子体系 模拟
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