寒喘祖帕颗粒治疗毛细支气管炎的活性成分、靶基因筛选和生物学功能分析

目的筛选寒喘祖帕颗粒治疗毛细支气管炎的活性成分、活性成分靶基因,探讨寒喘祖帕颗粒治疗毛细支气管炎靶基因的生物学功能及相关信息通路。方法通过TCMSP数据库收集寒喘祖帕颗粒包含9味共有靶基因药材的成分,通过ADME参数(OB≥30、BBB≥0.3、Caco-2≥-0.4)筛选其可能的活性成分及其靶基因。利用Cytoscape软件构建药材-活性成分-靶基因网络,利用CTD、TTD、DiSGeNET和DrugBank等数据库获取毛细支气管炎发病相关的靶基因,并通过STRING数据库筛选(Score≥0.9)其相关靶基因之间相互作用强大的靶基因作为毛细支气管炎发病相关主要靶基因。将寒喘祖帕颗粒活性成分靶基因与毛细支气管炎发病相关特异性靶基因进行交集,得到寒喘祖帕颗粒及毛细支气管炎共有的潜在靶基因。利用Cytoscape软件构建药材-潜在活性成分-潜在共有靶基因网络,最后对潜在共有靶基因通过DAVID数据库进行基因本体功能(GO)和KEGG信号通路分析。结果寒喘祖帕颗粒9味药材共收集到240个成分,ADME筛选得到β-谷甾醇、槲皮素、木犀草素、柠檬烯、咖啡酸、β-胡萝卜素、山奈酚、茴脑、HEX、Heptan、(L)-alpha-Terpineol、3-methylhexane和齐墩果酸等14个活性成分及197个活性成分靶基因。筛选得到419个毛细支气管炎发病相关靶基因,214个毛细支气管炎发病相关主要靶基因,50个寒喘祖帕颗粒-毛细支气管炎共有的潜在靶基因。50个潜在靶基因相关生物学功能主要参与炎症反应、免疫反应、凋亡过程等10个和主要信号通路有JAK/STAT信号通路、NOD样受体信号通路和TNF信号通路等21条。结论寒喘祖帕颗粒9味药材共收集到14个活性成分β-谷甾醇、槲皮素等及其197个靶基因,寒喘祖帕颗粒-毛细支气管炎共有潜在靶基因50个。药物疾病共有潜在靶基因主要参与炎症反应、免疫反应、凋亡过程等生物学功能,主要信号通路有JAK/STAT信号通路、NOD样受体信号通路和TNF信号通路等。

基于数据库数据分析脑胶质瘤组织中FN1基因的表达变化及其预后预测效能

目的 观察纤维连接蛋白1(FN1)基因在胶质瘤组织中的表达变化,并探讨其与患者临床病理特征和预后的相关性。方法 基于TCGA数据库和GTEx数据库中胶质瘤及正常脑组织转录组数据,分析FN1基因在胶质瘤与正常脑组织中的表达差异及与患者临床病理特征的相关性。用Kaplan-Meier生存分析及ROC分析FN1基因在胶质瘤患者预后中的价值。使用ssGSEA算法及TIMER数据库进行肿瘤免疫细胞浸润分析。利用clusterProfiler包进行KEGG通路及GO功能富集分析。通过STRING数据库得到FN1蛋白互作网络。利用cancerSEA数据库进行FN1基因表达与肿瘤细胞功能状态的相关性分析。结果 FN1基因在胶质瘤组织中表达明显上调(P<0.01),并与肿瘤分级增加、IDH分型、1p19q缺失、年龄以及胶质瘤的组织病理学分型有关(P均<0.001)。FN1基因高表达是胶质瘤患者的不良预后因素。FN1基因表达与肿瘤微环境中B细胞、CD4^(+)T细胞、CD8^(+)T细胞、树突状细胞、中性粒细胞、巨噬细胞等免疫细胞免疫浸润有关(P均<0.001)。FN1基因表达与肿瘤血管内皮细胞增生、肿瘤细胞分化呈正相关(r分别为0.58、0.47,P均<0.001),与肿瘤细胞DNA损伤、细胞周期呈负相关(r分别为-0.52、-0.45,P均<0.01)。FN1基因有关的生物过程共有351条,包括补体激活等;细胞组分共有28条,包括免疫球蛋白复合物等;分子功能共有94条,包括抗原结合等。KEGG分子信号通路29条,主要包括细胞因子-细胞因子受体相互作用等。FN1的互作蛋白主要有ITGB1、ITGB3、ITGA3等。结论 FN1基因在胶质瘤组织中的表达上调,是预后不良的指标;与肿瘤免疫细胞浸润及胶质瘤细胞功能状态相关;FN1基因有关的生物功能与补体激活、免疫球蛋白复合物、抗原结合等有关,参与的信号通路要包括细胞因子-细胞因子受体相互作用等,互作蛋白主要有ITGB等。