网上免费医学生物学数据库指南的建立

目的 :建立一个网上免费的医学、生物学数据库的查询指南 (directoryofbiomedicaldatabases,DBD) ,方便研究者查询相关数据库。改变目前医学、生物学数据库查询不便的现状 ,推动医学、生物学的发展。方法 :以PubMed和Google作为主要检索工具 ,制定检索策略 ,根据收录的标准筛选找到的数据库 ,入选项管理平台采用MicrosoftSQL -Server 2 0 0 0 ,利用MacromediaDreamwaverMX设计DBD的Web发布页面 ,ASP(activeserverpages)技术处理用户提交的关键词和评分值。结果 :目前收集到医学、生物学数据库 6 6类 12 5 8个 ,中英文版同时发布 (http :/ /cmbi.bjmu .edu .cn/DBList/index .htm ,http :/ /cmbi.bjmu .edu .cn/DBList/index_en .htm) ,用户可以通过分类、关键词和入选项名称字顺查询相关数据库 ,并建立基于内容的数据库评分系统和数据库点击记录。使页面简洁易用。结论 :DBD为建立网上核心医学、生物学数据库的评价体系奠定了基础 ,DBD将有助于数据库在未来医学、生物学研究中发挥强大的作用。

绒山羊分子生物学数据库的设计与构建

结合国内外对绒山羊的分子生物学研究,利用已有的遗传多态、基因序列和结构、功能等方 面的数据,以计算机网络为载体,参考国际通用数据库的格式,建立一个简洁、友好、通用而且专用 性强的绒山羊分子生物学数据库。该数据库主要由文献索引库,基因组学库及绒山羊知识库组成。 数据库的建立为绒山羊的分子生物学研究提供一个良好的数据平台,为从事绒山羊遗传多态、遗传 进化、分子育种、绒毛生长机理等方面的理论和应用研究的工作者提供方便和帮助,并为探索其他 草食家畜分子生物学数据库的构建积累经验。

国外医学、药学、生物学数据库综述

与生命科学密切相关的医学、药学、生物学的研究日新月异,这方面的文献也与日俱增,为了从浩如烟海的文献中快速准确地查到所需情报,数据库的建设是解决这一需求的根本途径,本文试对国外医学、药学、生物学领域数据库建设的现状作一综述,以期为国内医药学科技人员有所帮助。 (一)

基于Linux+Apache+MySQL+PHP的棉花分子生物学数据库系统构建

利用课题组积累的数据信息和网上公用数据库中有关棉花分子生物学数据,采用MySQL为后台数据库,以Apache+PHP为环境,在Linux操作系统下实现了棉花分子生物学数据库系统的构建和wwwBLAST的本地化服务。在脱机状态下使用blast进行同源性比对,使得数据查询和序列比对更加方便、快捷、稳定和安全,而且增强了针对性。数据库最终以局域网的形式发布,通过授予权限可向同行提供利用。本课题组在棉纤维品质、黄萎病抗性等相关基因的克隆研究中使该数据库得到初步应用。

猪专门化分子生物学数据库的建立及其初步应用

以公共数据库为基础,利用自编过滤程序初步建立了以核酸序列为主的猪专门化分子生物学数据库。在此基础上初步实现了数据库应用,包括核酸电子自动延伸系统、BLAST同源序列检索程序、参照数据库、siRNA序列设计等。本数据库为猪生物信息学研究平台的建立打下了基础。

Internet上生物学数据库和软件资源的利用

着重介绍了 Internet上一些常用的生物学数据库和生物学软件 ,并就其站点、获取方式、功能和使用技巧作了简要的阐述。

生物学信息数据库简介

生物学信息数据库是生物信息学教学和学习最重要的资料和数据来源。本文介绍以GenBank为代表的核酸数据库、以SWISS-PROT为代表的蛋白质数据库和以PBD为代表的蛋白质结构数据库。

面向对象的分子生物学二次数据库平台建模分析

在生物信息学中,建立生物二次数据库可以针对特定物种进行深入研究。为方便研究人员对生物分子学数据进行存储、检索、查询,在分子生物学二次数据库基础上,通过基于UML的面向对象技术进行建模和开发,实现B/S方式的可视化平台。利用StarUML可视化建模工具,快速高效完成软件分析。

本刊被《中国生物医学文献数据库》收录

[本刊讯]近日本刊接到通知,《四川动物》杂志被中国生物医学文献服务系统（SinoMed）中的《中国生物医学文献数据库》（CBM）收录。中国生物医学文献数据库（CBM）是由中国医学科学院医学信息研究所于1994年研制开发的综合性中文医学文献数据库,是国内最专业、权威的医学、生物学数据库之一,作为国家查新必备库,已在国内各医学领域得到了广泛的应用和认可。

蛋白质的糖基化作用分类及相关数据库

真核细胞中的许多蛋白质是糖蛋白,其寡糖链以共价键连接到特定的氨基酸残基上。糖蛋白糖链的生物学功能是通过糖链对蛋白质功能的修饰、糖缀合物糖链与蛋白质的识别来实现的,糖基化是生物体最常见最主要的蛋白质修饰作用之一。糖链结构及其功能和调控的复杂性制约了其研究的速度,随着生物信息学的快速发展,糖生物学领域的数据库和预测软件也脱颖而出,该文介绍糖基化作用和糖生物学领域的数据库与预测软件。

中华民族基因组多态性数据库的构建(英文)

为配合总体的实验研究构建了中华民族基因组多态性 (GenomicPolymorphismofChineseEthnicGroups ,简称GPCEG)数据库 ,现已初步建成包括民族名称、基本情况介绍、体态特征、基因多态性数据、永生细胞株系、参考文献、国际相关数据库连接等内容的数据库 ,并完成了其可视化浏览及查询系统的建立 ,为建成具有中国特色的国家自有数据库奠定了基础 。

BIOSIS PREVIEWS数据库的检索特色

主要介绍BIOSIS Previews数据库的检索特点和方法,重点介绍其不同于其它数据库的特色检索,为广大医务人员使用该数据库进行快速、准确的信息检索提供帮助。

基于后缀树思想构造Web生物数据搜索的数据模型

针对Web上的公共生物学数据资源,提出一种适合于在线搜索生物学数据的数据模型.该模型基于后缀树思想,通过建立生物体的DNA、RNA、蛋白质序列数据的后缀树结构,并将之转化为更加空间有效的后缀数组,然后搜索数组以找到查询序列的近似匹配.结果表明,这种数据模型比常规的线性搜索模型在时间和空间开销上更加高效.

国际计算机互联网络上的分子生物学E-mail服务器

国际计算机互联网络(Internet)近年来发展迅猛,已成为现阶段事实上的信息高速公路。在这个庞大的网络上存在着各种各样的信息,也有许多有关分子生物学的信息,如果能够正确地加以利用,将会极大方便研究工作的开展。

数据挖掘在生物信息学中的应用

本文重点介绍了生物信息学和数据挖掘技术的基本概念,以及生物信息学的一些主要研究方向。同时也举例了一些数据挖掘技术在生物信息学领域的具体应用,强调了如今数据挖掘技术在生物信息学领域中存在部分不足以及未来广阔的应用前景。

支持向量机方法(SVM)在生物学中的应用

生物信息学的一个重要的任务是对生物数据的分类和预测。随着生物学数据库规模的大量增长，人们越来越多的利用计算机程序自动进行分类处理。目前，能给出最好的预测结果的计算机算法是支持向量机方法（SVM）。SVM方法的分类的原理是基于最大化各个分类结果之间的距离（margin），因此训练模型能够很好的适应未知数据。大部分其他的算法实现分类是基于在训练模型中最小化误差，这样的后果是算法的适应性不强。

生物信息学

生物信息学是采用计算机技术和信息论方法研究生命科学中各种生物信息的表达、采集、储存、传递、检索、分析和解读的科学 ,是现代生命科学与信息科学、计算机科学、数学、统计学、物理学、化学等学科相互渗透和高度交叉形成的学科。

生物信息学在药物设计中的应用

随着生物技术和国际互联网（Ｉｎｔｅｒｎｅｔ）的发展，生物信息学应运而生。它在基因疾病的诊断、蛋白质结构预测、基于结构的药物设计、药物合成和制药工业中都起着极其重要的作用。生物信息学的应用大大加快了药物的开发进程。