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生物序列搜索算法hmmsearch的加速技术
被引量:
2
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作者
李荣春
窦勇
夏飞
《计算机工程》
CAS
CSCD
北大核心
2010年第20期265-267,共3页
在FPGA平台实现细粒度并行的hmmsearch加速技术。采用数据预取、滑动窗口和数据传递等策略实现子处理单元的数据重用。在计算矩阵块内部实现流水线计算。加速器性能为3.59 GCUPS,与CPU相比,可获得接近235倍的加速效果。与目前FPGA上同...
在FPGA平台实现细粒度并行的hmmsearch加速技术。采用数据预取、滑动窗口和数据传递等策略实现子处理单元的数据重用。在计算矩阵块内部实现流水线计算。加速器性能为3.59 GCUPS,与CPU相比,可获得接近235倍的加速效果。与目前FPGA上同性质最快的加速器相比,单PE可获得34%的性能提升。
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关键词
生物序列搜索
加速器
现场可编程门阵列
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职称材料
具有同时多种子检测与并行扩展能力的BLAST算法加速器研究
2
作者
夏飞
金国庆
张春雷
《计算生物学》
2015年第1期1-10,共10页
本文针对目前流行的BLAST算法存在的种子检测效率不高的问题,提出了一种不同于常规查询策略的并行多种子检测算法,并基于脉动阵列结构设计和实现了一种具备同时多种子检测与并行扩展能力的算法加速器,实现了对NCBI BLAST程序前两个阶段...
本文针对目前流行的BLAST算法存在的种子检测效率不高的问题,提出了一种不同于常规查询策略的并行多种子检测算法,并基于脉动阵列结构设计和实现了一种具备同时多种子检测与并行扩展能力的算法加速器,实现了对NCBI BLAST程序前两个阶段的加速。加速器阵列采用流水工作模式,能够动态计算所有单词的匹配点位置,避免了索引结构的存储开销;采用了阵列分组和并行种子收集策略减少了有效种子数量;采用组内种子合并策略避免了冗余扩展操作;采用多种子并行扩展策略实现了无阻塞的数据库搜索,显著提高了数据库搜索效率。实验结果表明,本设计在阵列规模和时钟频率上都优于相关研究工作,相对于目前主流的通用微处理器可获得20倍以上的加速效果。
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关键词
多种子并行检测
硬件加速
生物序列搜索
FPGA
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职称材料
题名
生物序列搜索算法hmmsearch的加速技术
被引量:
2
1
作者
李荣春
窦勇
夏飞
机构
国防科技大学计算机学院
出处
《计算机工程》
CAS
CSCD
北大核心
2010年第20期265-267,共3页
基金
国家"863"计划基金资助项目"面向生物信息学领域的动态可重构算法加速器体系结构研究"(2007AA01Z106)
文摘
在FPGA平台实现细粒度并行的hmmsearch加速技术。采用数据预取、滑动窗口和数据传递等策略实现子处理单元的数据重用。在计算矩阵块内部实现流水线计算。加速器性能为3.59 GCUPS,与CPU相比,可获得接近235倍的加速效果。与目前FPGA上同性质最快的加速器相比,单PE可获得34%的性能提升。
关键词
生物序列搜索
加速器
现场可编程门阵列
Keywords
biological sequences search
accelerator
FPGA
分类号
TP301.6 [自动化与计算机技术—计算机系统结构]
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职称材料
题名
具有同时多种子检测与并行扩展能力的BLAST算法加速器研究
2
作者
夏飞
金国庆
张春雷
机构
海军工程大学电子工程学院
出处
《计算生物学》
2015年第1期1-10,共10页
基金
国家自然科学基金,基于异构平台的高复杂度生物序列分析算法并行化研究(61202127)
湖南省2013年学位与研究生教育专项基金(YB2013B008)。
文摘
本文针对目前流行的BLAST算法存在的种子检测效率不高的问题,提出了一种不同于常规查询策略的并行多种子检测算法,并基于脉动阵列结构设计和实现了一种具备同时多种子检测与并行扩展能力的算法加速器,实现了对NCBI BLAST程序前两个阶段的加速。加速器阵列采用流水工作模式,能够动态计算所有单词的匹配点位置,避免了索引结构的存储开销;采用了阵列分组和并行种子收集策略减少了有效种子数量;采用组内种子合并策略避免了冗余扩展操作;采用多种子并行扩展策略实现了无阻塞的数据库搜索,显著提高了数据库搜索效率。实验结果表明,本设计在阵列规模和时钟频率上都优于相关研究工作,相对于目前主流的通用微处理器可获得20倍以上的加速效果。
关键词
多种子并行检测
硬件加速
生物序列搜索
FPGA
分类号
TP39 [自动化与计算机技术—计算机应用技术]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
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1
生物序列搜索算法hmmsearch的加速技术
李荣春
窦勇
夏飞
《计算机工程》
CAS
CSCD
北大核心
2010
2
下载PDF
职称材料
2
具有同时多种子检测与并行扩展能力的BLAST算法加速器研究
夏飞
金国庆
张春雷
《计算生物学》
2015
0
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职称材料
已选择
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参考文献
引证文献
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