甲基化特异性多重连接探针扩增及甲基化特异性PCR诊断Prader-Willi综合征方法比较

目的应用甲基化特异性PCR(methylation-specific PCR,MS-PCR)和甲基化特异性多重连接探针扩增(methylation-specific multiplex ligation-dependent probe amplification,MS-MLPA)方法对Prader-Willi综合征(Prader-Willi syndrome,PWS)进行诊断并比较两种方法的差异。方法回顾性研究2005年10月至2014年2月到北京协和医院就诊的患儿及正常对照共102例,男57例,女45例。其中正常对照16例;荧光原位杂交或高分辨染色体确诊PWS阳性对照2例;临床疑似PWS患儿84例。提取受试者外周血基因组DNA分别应用MS-PCR及MS-MLPA方法进行基因分析,对疑似患儿进行确诊和遗传类型分型,并计算两种方法的特异性、敏感性及准确度,应用卡方检验对两种方法进行比较。结果 MSPCR结果示正常对照及阳性对照与其表型全部相符,84例疑似患儿中有39例提示为PWS,45例提示正常。MS-MLPA结果示除正常对照外的86例受试者中,29例提示为父源缺失型PWS;9例提示为母源二体型PWS;47例提示为正常;1例因DNA过于陈旧未检出有效结果。对比两种方法检测结果,有2例MS-PCR结果显示为PWS,但MS-MLPA结果显示为正常,通过增加DNA用量重新进行MS-PCR检测后,除外PWS。结合临床表现,受试者中明确诊断PWS的患儿39例,非PWS者63例。MS-PCR方法共出现2例假阳性,假阳性率为3.17%(2/63)。MS-PCR方法敏感性100%,特异性96.83%,准确度98.03%;MS-MLPA方法敏感性97.43%,特异性100%,准确度99.02%。两种方法的敏感性、特异性及准确度差异无统计学意义(P均>0.05)。结论 MS-PCR及MS-MLPA敏感性、特异性及准确度皆佳,均可用于PWS诊断,MS-MLPA可区分父源缺失型及母源二体型。MS-PCR应保证DNA用量充足以避免假阳性出现。MS-MLPA应使用新鲜提取的DNA,且实验条件要求更为严格。建议同时使用两种方法检测以获得准确结果。

基于多重连接依赖探针扩增(MLPA)技术检测加工食品中过敏原成分

该研究基于多重连接探针扩增技术(Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification,MLPA)同时检测开心果、巴西坚果、芹菜、麸质、夏威夷果、芝麻、榛子、大豆、花生、葵花籽、核桃、腰果、杏仁、芥末等14种植物源性的过敏原成分,针对ITS序列设计特异性杂交探针,样本核酸经95℃变性后,与探针进行特异性结合,经连接和PCR扩增反应得到不同大小的目标片段,通过毛细管电泳分析目标片段的有无来判断是否含有待测过敏原成分。利用混合探针体系检测单一模板只能扩增出单一扩增峰,表明探针具有高特异性,检测限结果表明,MLPA扩增最低可检出的DNA质量浓度为1ng/μL。通过20份实际样本的检测,证明该研究基于MLPA建立的加工食品中过敏原成分的检测方法,具有特异性强,灵敏度高的特点,可以应用于食品安全监管工作。

多重连接探针扩增技术的研究进展及其应用

多重连接探针扩增技术（multiplex ligation-dependentprobe amplification,MLPA）是一种高通量、针对待测核酸中靶序列进行定性和定量分析的新技术。该技术仅需20ng/μlDNA,即可通过简单的杂合、连接、PCR扩增及电泳步骤,在同一反应管中对四十多个不同的靶基因进行检测和定量分析。这一技术最先于2002年由荷兰的Schouten等[1]报道。如今短短几年中,该技术已被欧洲、亚洲等几十个实验室采用。迄今为止,已有150多篇不同领域采用该技术方法的报道在重要刊物上发表。

甲基化特异性多重连接依赖探针扩增技术在胎盘甲基化研究中的应用

目的探讨甲基化特异性多重连接依赖探针扩增技术（methylation—specific multiplex ligation-dependent probe amplification，MS-MLPA）在胎盘甲基化研究中的可行性。方法应用MS-MI。PA及亚硫酸氢盐测序两种方法对9个正常整倍体胎盘样本及13名非孕妇女外周血进行甲基化检测，并计算候选的CG1149、HLCS、CG1113、ACTB4个基因的甲基化率。结果在13名非孕妇女的外周血标本中，当消化内参完全消化时，ACTB基因的甲基化率波动于0～0．1之间，0．1为MS-MLPA检测甲基化率的截断值；在9个胎盘组织样本中，MS-MLPA与亚硫酸氢盐测序方法所测得的HLCS、CGH13、CG1149和ACTB4个基因的甲基化率结果一致。结论MS-MLPA检测甲基化率结果可靠，可代替亚硫酸氢盐测序用于胎盘的甲基化研究。

应用甲基化特异性多重连接依赖性探针扩增和甲基化特异性PCR检测Prader-Willi综合征

目的比较甲基化特异性多重连接依赖性探针扩增和甲基化特异性PCR两种方法检测Prader–Willi综合征。方法应用细胞遗传学、甲基化特异性多重连接依赖性探针扩增和甲基化特异性PCR方法检测1个Prader–Willi综合征家系。结果甲基化特异性多重连接依赖性探针扩增和甲基化特异性PCR方法均能对患者进行检测,为缺失型致病,而其父母未见异常。结论甲基化特异性多重连接依赖性探针扩增方法检测Prader–Willi综合征比甲基化特异性PCR方法提供更多的致病信息。

1个脆性X综合征家系的FMR1基因CGG重复及甲基化状态分析

目的应用PCR微流控芯片毛细管电泳联合MS-MLPA技术对1个脆性X综合征家系进行CGG重复序列和甲基化状态分析,探讨FMR1基因甲基化程度和临床表型的关系。方法应用PCR微流控芯片毛细管电泳法对该家系22个成员进行FMR1基因CGG重复数检测,采用甲基化特异性多重连接依赖探针扩增(MS-MLPA)技术检测FMR1基因启动子区域CpG岛的甲基化情况,并用Southern印迹杂交技术对全突变患者进行验证。结果22个家系成员中检出前突变携带者8例,全突变女性携带者1例,脆性X综合征男性患者4例。MS-MLPA分析发现女性正常型和前突变携带者的甲基化比值分别为0.25~0.48(中位数0.33)和0.33~0.46(中位数0.38),两组间差异无统计学意义(t=0.095,P>0.05),1例女性全突变携带者甲基化比值为0.52,高于正常型和前突变携带者,4例男性全突变患者甲基化比值均>0.64,中度智力障碍组和重度智力障碍组之间甲基化比值差异无统计学意义(t=0.58,P>0.05)。结论CGG重复数检测和甲基化分析可为脆性X综合征家系成员提供准确全面的分子诊断;男性患者临床表型和甲基化程度相关。

等位基因特异性PCR及MLPA检测CMT患者PMP22突变基因的结果比较

目的联合应用等位基因特异性PCR与多重连接探针扩增技术(MLPA)对腓骨肌萎缩症(CMT)患者进行PMP22基因重复突变的检测,并初步验证两种方法所得结果是否一致。方法分别应用等位基因特异性PCR及MLPA技术对6例散发CMT患者及6例正常对照进行PMP22基因重复突变检测。结果 6例CMT患者及6例对照经等位基因特异性PCR均未检测出PMP22基因的特异性连接片段,且所有病例及对照经MLPA技术检测结果亦均为阴性,两种方法检测结果一致。结论利用等位基因特异性PCR和MLPA两种方法检测PMP22基因重复突变所得的结果基本一致。

恶性脑胶质瘤MGMT基因启动子甲基化状态与患者临床预后的相关性

目的探讨恶性脑胶质瘤组织O6-甲基鸟嘌呤-DNA-甲基转移酶（MGMT）基因启动子甲基化状态及MGMT蛋白表达与患者生存预后的关系，评价MS-MLPA技术检测MGMT基因启动子甲基化状态对脑胶质瘤化疗的意义。方法选择自2006至2010年南方医科大学珠江医院神经外科手术治疗且病理证实为恶性脑胶质瘤（WHOII级、Ⅳ级）的39例患者为研究对象，应用免疫组化染色法检测肿瘤组织MGMT蛋白表达，应用MS-MLPA技术检测MGMT基因启动子甲基化状态，并观察患者化疗后总生存时间。结果肿瘤组织中MGMT蛋白表达阳性、弱阳性者与表达阴性者生存时间比较差异有统计学意义（P=-O．0031，MGMT蛋白表达阳性者比表达阴性者预后更差。肿瘤组织中MGMT基因启动子未甲基化者、低度过甲基化者、中度过甲基化者、高度过甲基化者生存时间两两比较差异均有统计学意义（P〈0．05），MGMT基因启动子过甲基化率越高者预后越好。MGMT蛋白表达与MGMT基因启动子甲基化状态存在统计学相关性（r==0．697，P=-0．000），基因甲基化程度越高者蛋白表达越低。结论MGMT蛋白表达与MGMT基因启动子甲基化状态均可以作为接受烷化剂化疗的恶性胶质瘤患者生存期的预测指标。MS-MLPA技术是一种可靠的检测MGMT基因启动子甲基化状态的方法。

Prader-Willi综合征的临床筛查和基因诊断

目的探讨临床疑似Prader-Willi综合征(PWS)患儿的临床筛查、基因诊断及确诊病例临床诊断评分结果的差异。方法选取2016年7月至2018年12月收治的临床疑似PWS患儿94例为研究对象,应用甲基化特异性多重连接依赖性探针扩增(MS-MLPA)技术进行检测,对确诊患儿采用临床诊断评分进行评估,并分析确诊患儿的围生期特征。结果MS-MLPA技术确诊PWS患儿11例,检出率为12%;其中男7例,女4例;中位确诊年龄3岁4个月(范围:25 d至6岁8个月)。11例PWS患儿中仅5例(45%)满足临床诊断标准。PWS患儿围生期主要特征有胎动减少9例(82%)、剖宫产11例(100%)、新生儿期肌张力低下11例(100%)、喂养困难11例(100%)及哭声低下11例(100%)。结论对临床疑似的PWS患儿应及早进行基因检测确诊,单纯依靠临床诊断评分可能导致PWS漏诊。

使用经固定细胞的DNA检测Prader-Willi综合征

目的探讨以外周血染色体检查或荧光原位杂交(FISH)检查剩余的固定细胞作为DNA来源,采用甲基化特异性(MS)聚合酶链反应(PCR)与甲基化特异性多重连接探针扩增(MS-MLPA)方法进行Prader-Willi综合征(PWS)分子检测的可行性,为采用少量全血液样本同时开展染色体、FISH和分子检测奠定基础。方法将13例受试样本分为正常对照组(3例)、确诊组(2例)和疑似组(8例)3个组。将所有的冻存固定细胞进行离心,弃固定液,采用基因组DNA提取试剂盒进行DNA提取,13例PWS样本同时采用MS-PCR与MS-MLPA进行检测。结果 13例DNA样本的A260/A280比值平均为1.94±0.1、浓度平均为(64.0±10)ng/μL、片段大小均在10 kb以上;MS-PCR检测发现正常对照组父源与母源条带均存在,确诊组仅存在母源条带、父源条带缺失,疑似组父源与母源条带均存在;MS-MLPA结果表明除确诊组2例提示为父源缺失型PWS外,其余2个组结果都提示为正常。结论来源于固定细胞的基因组DNA在纯度、浓度及完整性方面均可满足MS-PCR以及MS-MLPA检测的实验要求,可用于PWS临床分子检测及其相关实验。

Russel Silver综合征19例病例系列报告

目的总结分析经甲基化特异性多重链接探针扩增技术(MS-MLPA)确诊的Russel Silver综合征(RSS)患儿的临床特征、基因型(表观突变)以及表型和基因型的相关性,旨在提升对该病的认识。方法收集2015年1月1日至2019年6月30日复旦大学附属儿科医院(我院)分子医学中心经MS-MLPA确诊的RSS连续病例的临床资料。MS-MLPA行11p15区域甲基化和拷贝数变异(CNV)情况检测,应用Gene Marker软件对实验数据进行均一化处理及结果判读。结果19例RSS患儿,女8例,男11例,确诊年龄中位数3.3岁(3月龄至10岁)。小于胎龄儿18例,就诊时18例患儿身高均低于同龄儿童身高P3,体重均低于同龄儿童体重P10。特殊面容发生率较高的表型有前额突出9例,三角脸7例,肢体不对称和手指短或内侧弯曲6例,小下颌5例。其他表现包括眼距宽、低耳位、高腭弓、牙齿突出、胸廓畸形、脊柱侧凸和房间隔缺损等。19例RSS患儿有3例检测到携带11p15区域拷贝数重复,余16例均显示H19-DMR低甲基化且无CNV。结论有宫内和出生后生长发育迟缓、肢体不对称和特殊面容的儿童,应注意RSS的可能,首选MS-MLPA检测,以利于及早干预和遗传咨询。

1例Prader-Willi综合征患儿的临床及遗传学分析

Prader-Willi综合征(prader-willi syndrome,PWS),俗称小胖威利综合征,是由于染色体15q11-q13近着丝粒区域父源性印迹基因表达缺陷导致的一系列以认知、行为、神经和内分泌障碍为显著表现的罕见神经发育性疾病。临床表现于患儿的发育阶段明显[1],婴幼儿期表现为肌张力低、进食困难、智力及运动发育延迟,儿童期为食欲亢进、甚至严重肥胖[2-3],青春期可有性腺发育不良,各期均可有特殊面容(脸小、单眼皮、薄上唇、牙釉质发育差、无高腭弓、小下颌)等[4-5]。其染色体异常可分为:⑴父源缺失型(约占60%~80%,染色体15q11.2-15q13片段父源性缺失,母源性基因失活);⑵母源单亲二倍体(约20%~30%,2条15号染色体片段均来自于母亲).

1例15q11.2-q13.1父源重复胎儿的产前诊断及遗传学分析

目的 对1例扩展性无创产前检测提示染色体拷贝数变异(CNV)的孕妇实施介入性产前诊断及遗传分析。方法 应用染色体微阵列分析(CMA)对胎儿进行CNV检测,应用甲基化特异性的多重连接依赖的探针扩增(MS-MLPA)对胎儿及其父母的染色体15q11-q13区域进行拷贝数分析和甲基化状态分析。结果 CMA检测结果显示胎儿染色体15q11.2-q13.1区域存在5.21Mb的片段重复;MS-MLPA检测结果显示胎儿染色体15q11-13区域存在大片段重复,且重复片段为父源,胎儿父母该区域不存在大片段缺失/重复或甲基化异常。结论 扩展性无创产前检测技术可对部分微缺失/微重复综合征进行产前筛查,当检出的微缺失/微重复包含印迹区域时,进一步使用MS-MLPA对甲基化进行检测、明确印迹区域缺失/重复的亲本来源是预测受检胎儿表型和构建完整家系图的重要依据,对于提供完善的遗传咨询非常重要。

Prader-Willi综合征2例的临床及遗传学分析

目的探讨Prader-Willi综合征(Prader-Willi Syndrome,PWS)的临床特征及遗传学特点。方法回顾性分析2例于河北省人民医院确诊为PWS患儿的临床资料及基因学特点,并对相关文献进行讨论复习。结果病例1,男,年龄6岁3个月,因身材矮小就诊,智力轻度低下,构音障碍,脊柱侧弯,隐睾,小阴茎,长颅、窄面、杏仁眼、小嘴,薄上唇、嘴角向下,皮肤白皙。婴儿期肌张力低下、喂养困难,后逐渐食欲亢进,1.5岁行双侧隐睾手术,但效果不佳。病例2,男,年龄4岁,主因肥胖就诊,食欲亢进,体质量增长过快,语言、认知功能落后,构音不清,脊柱侧弯。婴儿早期曾有喂养困难,2岁行双侧隐睾手术效果不佳。分别采用甲基化特异性聚合酶链反应及甲基化特异性多重链接探针扩增技术进行了基因检测:结果均检测到PWS关键区域(15q11-13)的父源片段丢失,确诊为PWS。结论PWS是一种较为罕见的遗传性疾病,临床表现复杂多样,各年龄段特点不同,对不明原因婴儿期肌张力低下、喂养困难;儿童期矮小、肥胖患儿,需警惕该病,可通过分子遗传学技术明确诊断。

MS-MLPA方法在Prader-Willi综合征及Angelman综合征基因诊断中的应用

目的检测甲基化特异性的多重连接依赖的探针扩增（MS-MLPA）方法的敏感性和可靠性，以寻求一种简单、重复性好、精确度高的用于Prader-Willi综合征（PWS）和Angelman综合征（AS）的基因诊断方法。方法DNA提取试剂盒提取基因组DNA，然后，用DNA纯化试剂盒进行纯化。用MS-MLPA试剂盒Me028对临床诊断的2例PWS和4例AS患儿进行基因检测分析。扩增的PCR产物用测序仪ABI310进行基因型分析，最终所得数据用GeneMarkeT软件进行分析。MS-MLPA的检测结果用甲基化特异性聚合酶链反应进行验证。结果4例As中3例源于母源染色体15q11-q13缺失，1例源于父源染色体15q11-q13单亲二倍体或印记中心缺陷；2例PWS中1例源于父源染色体15q11～q13缺失，1例尚不能明确原因。结论MS-MLPA是一种简单、高效、准确、可靠的基因检测方法。

90个脊髓性肌萎缩家系的遗传学分析

目的对90个脊髓性肌萎缩(spinal muscular atrophy,SMA)家系进行基因诊断与产前诊断,为SMA的遗传学分析方法提供参考,并初步探讨SMA缺陷基因携带者基因筛査的必要性。方法应用多重连接探针扩增(multiplex ligation dependent probe amplification,MLP A)技术对90个SMA家系进行基因诊断,联合MLPA及等位基因特异性PCR(allele specific PCR,A&PCR)技术对家系进行产前诊断并对产前诊断结果进行分析。结果在90个SMA家系中,84对夫妻无SMA家族史,占比93%;85对夫妻有SMA生育史,占比94%;85个家系夫妻双方及3个家系的孕妇SMN1基因杂合缺失,为SMA缺陷基因携带者;2个家系孕妇SMN1基因纯合缺失,为SMA患者;产前诊断结果显示48名胎儿为SMA缺陷基因携带者,23名胎儿为正常胎儿,19名胎儿为SMA患者,其中无家族史夫妻双方再孕SMA胎儿18例,占总SMA胎儿95%、占总胎儿20%。结论应用MLPA对夫妻双方进行SMA缺陷基因携带者筛查,并联合使用MLPA和AS-PCR对携带者夫妻进行SMA产前诊断十分必要,对预防SMA出生缺陷具有积极意义。

两例Beckwith-Wiedemann综合征的遗传学分析

目的对两例先天性脐膨出，疑为Beekwith—Wiedemann综合征患者进行临床和遗传学分析。方法对两例患儿进行临床检查，采集患儿及其家系成员的病史，抽取两例患儿的外周血，进行甲基化特异性多重连接探针扩增技术检测。结果基因检测结果显示两例患者染色体11p15．5印记区域均存在母源印记中心2（imprinting center，IC2）的甲基化缺失。结论两例患者均为Beckwith—Wiedemann综合征，IC2甲基化缺失是两例患儿的遗传学病因。