龙眼体胚发生过程中RNA甲基化相关基因全基因组鉴定及表达分析

为了解龙眼RNA甲基化相关基因的生物学功能,本研究基于基因组和转录组数据,采用生物信息学分析方法,进行龙眼基因组RNA甲基化相关基因成员鉴定,蛋白结构域及特性分析,分子进化树分析,体胚发生过程和组织器官基因表达水平分析以及ABA处理下的定量表达分析。结果显示:龙眼中有7个参与RNA甲基化过程中的关键基因,包括5个RNA甲基转移酶基因和2个去RNA甲基化酶基因;各成员内含子数量差别较大,为4~28个不等;进化树分析显示,龙眼RNA甲基转移酶和去甲基化酶蛋白与甜橙亲缘关系最近;蛋白结构域分析显示,RNA甲基化相关酶具有保守的蛋白结构域;龙眼RNA甲基化相关基因启动子区域中主要含有光响应功能元件、激素响应功能元件、胁迫响应功能元件和分生组织表达响应元件,推测RNA甲基化相关基因可能对植物的生长发育和适应不良环境有一定调节作用;RNA甲基化相关基因部分成员在龙眼体胚不同发生阶段和不同组织器官中的表达有明显区别,推测龙眼RNA甲基化相关基因可能参与不同体胚发育阶段和组织器官形态建成;不同浓度ABA处理下,龙眼EC中RNA甲基化相关基因的表达情况各异,其中DlVIR、DlALKBH10B和DlMTB的相对表达量受到一定的抑制作用,而DlFIP37则呈现上调表达,暗示龙眼RNA甲基化相关基因参与激素响应途径。本研究表明,龙眼RNA甲基化相关基因除了可能在叶的形成、花的发育和植株的形态建成等方面发挥重要的作用外,还可能参与调控胚胎发育和响应非生物胁迫,推测龙眼RNA甲基化相关基因成员在功能上具有差异性和多样性。

预扩增qPCR方法检测少量小鼠早期胚胎细胞中DNA甲基化相关基因的表达

目的:比较3种实时定量PCR(qPCR)方法对少量小鼠早期胚胎细胞中甲基化相关基因表达水平的检测效果,以期获得适合日常检测的方法。方法:分别应用常规qPCR方法、基于等温预扩增的qPCR方法、基于PCR预扩增的qPCR方法3种方案对少量小鼠早期胚胎细胞样本中甲基化相关基因TET1、TET2、TET3、DNMT3A的mRNA表达进行检测。结果:3种方法的灵敏度由高到低依次为基于等温预扩增的qPCR方法、基于PCR预扩增qPCR方法、常规qPCR方法。前两种方法均能在合适的循环数下对少量小鼠胚胎细胞中的多个甲基化相关基因表达进行定量。而基于PCR预扩增的qPCR方法比基于等温预扩增的qPCR方法更经济,适合日常检测。因此,我们选择应用基于PCR预扩增的qPCR方法,检测了小鼠卵细胞以及卵细胞受精后22 h甲基化相关基因表达的变化,结果发现该过程中TET1表达量很低,不易检测到;TET2表达呈降低趋势;TET3和DNMT3A表达显著升高(P<0.01),与文献报遁基本一致。结论:基于等温预扩增的qPCR方法检测少量细胞样品中甲基化相关基因的表达的灵敏度在3种qPCR方法中最高。而基于PCR预扩增的qPCR方法操作简单、灵敏度较高、成本相对低,适合少量细胞样本中多个相关基因表达的实时定量日常检测。

RASSF1A基因甲基化及血浆MYC抗体在宫颈癌诊断中的价值

目的:探讨RA相关区域家族1A(RASSF1A)基因甲基化及血浆骨髓细胞瘤病病毒致癌基因同源物(MYC)抗体在宫颈癌诊断中的价值。方法:选取2017年1月~2018年6月本院收治的64例宫颈癌患者为研究对象,同期健康体检女性45例为对照组。采用巢式甲基化特异性PCR(nMSP)法检测两组妇女RASSF1A基因甲基化状态,采用酶联免疫吸附实验法检测血浆MYC抗体水平,分析二者检测诊断宫颈癌价值。结果:64例宫颈癌患者血浆检测出RASSF1A基因启动子甲基化31例(48.4%),45例对照组女性均未检测出RASSF1A基因启动子甲基化,两组存在差异(P<0.05);宫颈癌组患者血浆MYC抗体水平高于对照组(P<0.05);宫颈癌患者RASSF1A基因甲基化与患者临床分期及淋巴结转移有关,血浆MYC抗体水平与临床分期及肿瘤直径有关(均P<0.05);血浆MYC抗体水平诊断宫颈癌的曲线下面积为0.611,敏感度为35.9%,特异度为84.4%。结论:检测RASSF1A基因甲基化及血浆MYC抗体在宫颈癌诊断中有一定临床价值。

HPVE2/E6、CDCP1、RASSF2A甲基化水平与局部免疫、HR-HPV持续感染的关系

目的探讨人乳头瘤病毒(HPV)E2/E6、含CUB结构域蛋白1(CDCP1)、RAS相关结构域蛋白2A基因(RASSF2A)甲基化水平与宫颈病变级别、局部免疫的关联性。方法选取2018年1月至2020年6月海口市妇幼保健院诊治的158例高危型HPV(HR-HPV)感染患者作为研究对象。比较不同宫颈病变级别患者HPVE2/E6、CDCP1、RASSF2A甲基化水平,并给予重组人干扰素治疗,根据治疗效果分为转阴组(n=132)、持续感染组(n=26),比较两组HPVE2/E6、CDCP1mRNA、RASSF2AmRNA、局部免疫功能水平及其相关性,探讨HR-HPV持续感染影响因素,评估上述指标预测HR-HPV持续感染的效能。结果高级别宫颈上皮内病变(HSIL)患者CDCP1阳性率、RASSF2AmRNA、CDCP1mRNA高于无宫颈上皮内病变(NSIL)、低级别宫颈上皮内病变(LSIL)患者,HPVE2/E6、RASSF2AmRNA低于NSIL、LSIL患者(P<0.05)。HPVE2/E6、RASSF2AmRNA与CD4^(+)呈正相关,与CD8^(+)呈负相关;CDCP1mRNA与CD4^(+)呈负相关,与CD8^(+)呈正相关(P<0.05);HPVE2/E6、CDCP1mRNA、RASSF2AmRNA是HR-HPV持续感染的重要影响因素(P<0.05);HPVE2/E6+CDCP1mRNA+RASSF2AmRNA预测HR-HPV持续感染的AUC最大,为0.887。结论HPVE2/E6、CDCP1、RASSF2A甲基化水平与宫颈病变级别、局部免疫密切相关,联合应用对临床预测HR-HPV持续感染、评估宫颈病变级别、预防宫颈癌变发生具有较高的临床应用价值。

肺泡灌洗液RASSF1A及SHOX2甲基化联合径向超声特征对肺结节性质鉴别诊断的意义

目的分析检测肺泡灌洗液中大鼠肉瘤(rat sarcoma,Ras)相关区域家族1A基因(Ras association family 1 isoform A,RASSF1A)和矮小同源盒基因2(short stature homeobox 2,SHOX2)甲基化联合径向超声特征对肺结节性质鉴别诊断的意义。方法选择2022年9月至2024年3月我院收治的肺结节患者90例,经组织病理学确诊恶性肺结节54例为观察组,良性肺结节36例为对照组,收集肺泡灌洗液进行细胞学检查及RASSF1A、SHOX2基因甲基化检测,比较两组甲基化阳性率,分析肺泡灌洗液甲基化检测对肺结节性质的灵敏度和特异性,采用Logistic回归分析从临床特征、径向超声特征及甲基化指标中筛选预测因子,构建恶性肺结节预测模型。结果观察组RASSF1A阳性22例(40.74%)高于对照组1例(2.78%)(P<0.01)、SHOX2阳性25例(46.30%)高于对照组2例(5.56%)(P<0.01)、RASSF1A及SHOX2两者阳性14例(25.93%)高于对照组1例(2.78%)(P<0.05)、RASSF1A或SHOX2阳性33例(61.11%)高于对照组2例(5.56%)(P<0.01);RASSF1A或SHOX2阳性诊断恶性肺结节的灵敏度61.11%、特异性94.44%。RASSF1A或SHOX2阳性33例(61.11%)高于肺泡灌洗液细胞学阳性17例(31.48%)(P<0.05);RASSF1A或SHOX2阳性联合肺泡灌洗液细胞学阳性率72.22%;观察组径向超声特征中边缘连续比率81.40%、内部回声不均匀比率83.72%及低回声影比率72.09%高于对照组40.00%、40.00%、45.71%(P<0.05);多因素Logistic回归分析显示,两基因甲基化、径向超声特征边缘连续及内部回声不均匀为预测恶性肺结节的危险因素,绘制受试者工作特征曲线下面积(area under the curve,AUC)为0.886。结论RASSF1A联合SHOX2甲基化检测肺泡灌洗液用于恶性肺结节诊断具有价值,RASSF1A及SHOX2甲基化联合径向超声特征对肺结节性质鉴别诊断有临床意义。

Wnt拮抗物分泌型卷曲相关蛋白2与大肠癌的研究进展

Wnt蛋白对正常细胞增殖起调整促进作用,改变发生在大多数大肠癌的Wnt信号途径导致β-链蛋白的积聚,分泌型卷曲相关蛋白(SFRP)结合Wnt并通过这条途径抑制信号。当SFRP基因甲基化时,Wnt信号途径激活,蛋白质的机能随之出现异常,使癌细胞不断增殖,导致大肠癌发生。90％的大肠癌患者与SFRP基因甲基化有关,而甲基化SFRP2是最敏感的大肠癌诊断标志物之一。在人类粪便中检测SFRP2基因的甲基化为检测和研究大肠癌提供一种新的策略。