荧光定量PCR技术在产前诊断中的应用效果

目的探讨荧光定量PCR(QF-PCR)技术联合染色体核型分析在产前诊断中的应用效果。方法选取2022年9月至2023年5月于惠州市第二妇幼保健院产前诊断中心行羊水穿刺检查的388例孕中期孕妇为研究对象,所有入选者均进行染色体核型分析、QF-PCR技术检查。以染色体核型分析为标准,分析QF-PCR技术在产前诊断中的应用价值。结果388例受检羊水中,QF-PCR检测出其中1例母血污染。388例受检者中QF-PCR共检出17例染色体非整倍体异常,包括21三体异常10例,18三体异常2例,13三体异常1例,性染色体异常4例。与染色体核型分析结果相符,染色体核型分析结构异常13例,QF-PCR技术均未检出。结论QF-PCR技术能鉴别母血污染以及检查快速,可弥补染色体核型分析时间长的不足;而染色体核型分析可补充QF-PCR技术对其他染色体异常检测的不足,两种方法联合使用可起互补作用,利于减少出生缺陷。

基于荧光PCR法的RASSF1A基因甲基化定性检测方法开发

目的:使用高通量测序法辅助开发RAS相关区域家族1A(Ras-Association Domain Family 1A,RASSF1A)基因甲基化定性检测试剂盒(荧光PCR法)。方法:提取37例肺癌血浆样本DNA进行亚硫酸氢盐修饰转化,使用高通量测序方法检测样本的亚硫酸氢盐转化效率和RASSF1A基因CpG位点的甲基化水平,之后使用荧光PCR法检测样本RASSF1A基因的甲基化状态。结果:高通量测序显示样本DNA的平均转化效率为99.47%;根据CpG位点甲基化水平的双向聚类分析结果,筛选出第26~30号CpG位点作为荧光PCR法的检测位点,以甲基化水平5%作为阈值线,ΔCt Cut-off值为9,得出两种检测方法对37例样本的测定结果一致。结论:本研究借助高通量测序技术成功构建基于荧光PCR法的RASSF1A基因甲基化定性检测方法,操作简便、成本低、效率高,适用于临床RASSF1A基因甲基化状态常规化检测。

甲基化荧光PCR检测母血中游离胎儿maspin基因的研究

目的:探讨Taqman探针与甲基化特异性PCR(MSP)技术结合测定孕妇血浆中甲基化maspin(M-maspin)基因和非甲基化maspin(U-maspin)基因的可行性,并分析微量U-maspin的临床意义。方法:选择正常早、中、晚期妊娠妇女各30例为研究对象,健康未妊娠女性30例为对照,提取其血浆游离DNA。通过含目的基因质粒标准品绘制标准曲线,并应用甲基化荧光PCR方法检测各组血浆标本亚硫酸氢盐修饰后M-maspin基因和U-maspin基因的含量,分别代表母源性游离DNA和胎源性游离DNA水平。结果:除3例早期妊娠孕妇外,其余孕妇血浆中均检出了U-maspin基因,平均浓度在早期妊娠组为57拷贝/ml,中期妊娠组为121拷贝/ml,晚期妊娠组为561拷贝/ml;占母源性M-maspin基因的比例分别为1.88%、3.21%、9.58%。结论:母血中U-maspin基因具有游离胎儿DNA的动力学特点,可能成为一种通用胎儿标记物,应用甲基化荧光PCR技术检测孕妇血浆中微量U-maspin基因方法准确、可行。

甲基化特异性PCR方法诊断Prader-Willi综合征

目的Prader-Willi综合征(PWS)是多系统异常的复杂临床综合征,仅根据临床症状很难诊断,国外已建立快速、高效、特异性、敏感性均佳的甲基化特异性PCR(MS-PCR)方法用于临床诊断,但我国还未有系统的对照研究。该研究目的便是建立PWS的MS-PCR诊断方法,并对临床疑似患者进行筛查。方法将44例受试者,分为正常对照组(16例)、临床确诊患者组(7例)及临床疑似患者组(21例)。采用盐析法提取基因组DNA;应用CpGemoneTMFast Modification试剂盒行亚硫酸盐修饰;以正常人为阴性对照,未修饰的基因组DNA为系统对照,以M(母源)、P(父源)两对引物同时对修饰产物行PCR;扩增产物以琼脂糖凝胶电泳分离。结果①16例正常对照的PCR结果同时显示M,P两条带,7例临床确诊的PWS患者均只显示一条M带;②经MS-PCR筛查的21例临床疑似患者,2例确诊为PWS,其他19例排除PWS。结论该研究成功建立MS-PCR,并对疑似患者进行了筛查确诊。MS-PCR为特异高效的PWS确诊方法且方便易行。

实时荧光定量PCR和甲基化特异性PCR检测结直肠癌APC、MLH1基因甲基化状态

背景:启动子区甲基化致肿瘤抑制基因失活在结直肠癌的发生、发展中起重要作用,检测肿瘤相关基因的甲基化状态,可能为寻找新的结直肠癌诊断、预后相关标记物提供依据。目的:比较实时荧光定量PCR(FQ-PCR)与甲基化特异性PCR(MSP)检测基因甲基化状态的差异。方法:以FQ-PCR检测66例结直肠癌组织和20例癌旁组织中与结直肠癌的发生、发展相关的抑癌基因APC和错配修复基因MLH1的甲基化状态,同时以MSP检测结直肠癌组织中APC基因的甲基化状态。结果:根据FQ-PCR结果,结直肠癌组织中APC、MLH1基因甲基化阳性率显著高于癌旁组织(48.5%和54.5%对0%和0%,P=0.000)。FQ-PCR和MSP可检出的甲基化阳性对照DNA最低浓度分别为0.015 ng/μl和1.5 ng/μl,两者对APC基因甲基化状态的检测结果差异有统计学意义(P<0.05)。结论:在DNA甲基化的检测手段中,FQ-PCR的敏感度优于MSP。

多重定量荧光PCR快速产前诊断常见染色体非整倍体疾病

目的建立适合中国人群特点的常见染色体非整倍体疾病快速产前诊断技术。方法收集89例妊娠16～21周,羊水穿刺进行胎儿细胞培养染色体核型分析孕妇的羊水,采用定量荧光PCR(quantitative fluorescence PCR,QF-PCR)技术对21、18、13、X/Y染色体上杂合度较高的短串联重复序列(short tandom repeat,STR)位标进行扩增检测,与染色体核型分析的结果进行对照分析;并分析正常核型胎儿21、18、13、X/Y染色体上的STR的多态信息含量(PIC)。结果89例未培养羊水标本经过QF-PCR检测,发现4例21三体,2例18三体,1例13三体,1例性染色体三体,与细胞培养染色体核型分析结果一致。1例21三体结果难以判定,染色体核型分析证实为嵌合体,嵌合比例为32%。其余80例正常,与染色体核型分析结果一致。中国人21、18、13、X/Y染色体上STR:D21S11、D21S1435、D21S1270、D21S1411、D18S391、D18S978、D18S386、D18S499、D13S742、D13S634、D13S628、D13S305、XHPRT和X22的PIC分别为0.761、0.845、0.952、0.893、0.721、0.848、0.926、0.904、0.912、0.787、0.918、0.946、0.890、0.826。结论本研究所选STR位标在中国人群中呈现较高的遗传多态性,符合Hardy-Weinberg平衡定律;多重定量荧光PCR技术适用于快速产前诊断常见染色体非整倍体疾病。

荧光定量PCR检测膀胱癌患者尿沉淀细胞TWIST1基因启动子甲基化状态的临床价值

目的:评估尿沉淀细胞TWIST1基因启动子甲基化状态在膀胱癌诊断中的价值。方法 :用实时荧光定量PCR的方法,对50例临床确诊的膀胱癌患者、13例非肿瘤性尿路疾病患者、7例健康志愿者检测了尿沉淀细胞TWIST1基因启动子的甲基化状态;同时行尿脱落细胞学检查。结果:50例膀胱癌患者中尿脱落细胞TWIST1基因启动子甲基化阳性率为64.0%(32/50),对照组均未发现甲基化改变,两者比较差异有统计学意义(P<0.01)。TWIST1基因启动子甲基化率有随组织分期升高的趋势,但在不同分级、分期膀胱癌中的差异无显著性。实时荧光定量PCR法检测尿液中TWIST1基因启动子甲基化的敏感性和特异性分别为64.0%、100.0%。而尿脱落细胞学检查阳性率为48.0%(24/50),其敏感性和特异性分别为48.0%和100.0%。结论:尿脱落细胞TWIST1基因启动子的甲基化检测诊断膀胱癌敏感性和特异性均较高,且无创、无痛苦,可作为早期诊断膀胱癌的敏感指标。

甲基化DNA免疫沉淀-荧光实时定量PCR检测人精浆游离DNA睾丸和附睾特异性甲基化启动子

目的:建立检测精浆游离DNA(cfsDNA)启动子甲基化水平的甲基化DNA免疫沉淀-荧光实时定量PCR(MeDIP-qPCR)方法。方法:提取精液参数正常(6例)和输精管结扎(6例)男性的cfsDNA,将两组不同个体的cfsDNA分别进行混合,超声处理后形成DNA片段,通过MeDIP分离甲基化DNA片段,然后用qPCR方法检测启动子甲基化水平。结果:精液参数正常组的PRAME、PEG10、MORC1、GML、HOXA5、DNMT3L、SNURF、MSH4、DAZ1和CLPB启动子甲基化水平分别为14.93%、2.64%、0.69%、2.66%、17.50%、21.10%、5.98%、2.28%、13.50%和3.86%,明显低于输精管结扎组的121.25%、73.62%、16.25%、42.90%、76.74%、112.40%、59.79%、25.85%、91.90%和64.53%。其中,PRAME、MORC1、GML、HOXA5、DNMT3L、SNURF、MSH4和DAZ1等8个启动子MeDIP-qPCR的检测结果与启动子甲基化芯片结果一致。结论:通过MeDIP-qPCR方法可以定量检测到cfsDNA中的特异性启动子甲基化,为确定cfsDNA中睾丸和附睾特异性甲基化启动子提供了有效途径。

无创性产前诊断研究进展及甲基化技术的应用

出生缺陷可导致婴儿死亡、儿童患病或长期残疾,是当今世界各国引以重视的问题。出生缺陷干预的关键是预防,在很大程度上依赖于产前筛查和产前诊断。建立无创伤性、早期、快速、准确的产前诊断方法,降低产前诊断风险是近年来实验诊断学研究热点。1无创性产前诊断的研究进展1.1胎儿有核红细胞的分离自20世纪50年代学者们从孕妇外周血中发现胎儿细胞后人们开始利用这类细胞进行无创性产前诊断的应用研究,目前常用的胎儿有核红细胞分离技术主要有密度梯度离心法、流式细胞仪分选法、磁激活细胞分选法以及亲和素分离法、单细胞显微操作分离法和微流控技术等。

应用荧光定量PCR产前诊断21三体综合征

目的 建立荧光定量PCR技术产前检测 2 1三体综合征。方法 采用PCR方法同时扩增位于 2 1号染色体上的人肝型磷酸果糖激酶基因 (humanliver typephosphofructokinasegene ,PFKL CH2 1 )和位于 1号染色体上的人肌型磷酸果糖激酶基因(humanmuscle typephosphofructkinasegene ,PFKM CH1 ) ,使用SYBRGreenⅠ荧光染料处理产物、琼脂糖电泳后在凝胶成像系统进行分析 ,得出扩增产物的荧光强度对比值。用此方法检测 2 0例 2 1三体综合征患儿和 2 1例正常人外周血及 1 1例孕妇绒毛或脐带血。结果 2 6例 2 1三体综合征患儿PFKL CH2 1 /PFKM CH1 扩增产物的荧光强度对比值为 1 5 98± 0 1 78,而正常人PFKL CH2 1 /PFKM CH1 扩增产物的荧光强度对比值为 1 0 0 0± 0 0 5 0 ,两者间差别有显著意义。 1 0例孕妇绒毛或脐带血细胞DNA的PFKL -CH2 1 /PFKM -CH1 扩增产物的荧光强度对比值均在 1 0 0± 0 1 0之间 (正常人 x± 2SD) ,1例为 1 5 8,与染色体核型分析结果相符合。结论 SYBRGreenⅠ荧光定量PCR技术产前检测 2 1三体综合征具有准确、快速、安全、实用等特点 ,有较高的临床使用价值。

双重TaqMan荧光定量PCR在β-地中海贫血产前诊断中的应用

目的建立基因点突变双重TaqMan荧光定量PCR方法,实现β-地中海贫血(β-地贫)高风险胎儿产前基因诊断快速、准确。方法以每反应管检测一个位点的突变和野生型基因序列,建立β-地贫基因点突变双重TaqMan荧光定量PCR体系,检测β-地贫高风险胎儿绒毛标本6例、羊水标本32例,根据荧光PCR阳性扩增结果结合两荧光通道的Ct值差异分析受检标本的基因型,同时以常规RDB检测为对照,分析与评价检测结果。结果 6例胎儿绒毛标本中,RDB检测无法判断结果 1例,经该方法检测为野合纯合子;RDB检测误诊为CD41-42合并CD26双重杂合子1例,经该方法检测为CD41-42杂合子。32例胎儿羊水标本中,RDB检测无法判断的标本1例,经该方法检测为CD41-42杂合子。该3例标本经重新采集胎儿羊水标本复查,验证了定量检测结果的准确性。结论β基因点突变双重TaqMan荧光PCR定量检测方法,可实现β-地贫高风险胎儿的快速准确产前基因诊断,操作简单快速,结果准确可靠,是较为理想的β-地贫产前诊断方法。

荧光定量PCR产前快速诊断唐氏综合征

目的探索荧光定量PCR方法在产前快速诊断唐氏综合征中的作用。方法收集65例妊娠20～24w,进行羊水穿刺胎儿细胞培养染色体核型分析的胎儿羊水,采用荧光定量PCR技术对标本D21S11位点进行PCR扩增、检测,并与染色体核型分析的结果进行对照分析。结果65例未培养羊水标本经过荧光定量PCR检测,发现2例唐氏综合征,显示1：1：1三条或2：1两条D21S11位点等位基因带,63例显示1：1两条带;与细胞培养染色体核型分析的结果基本一致。结论荧光定量PCR技术具有检测速度快、需要模板量少,检测结果准确等特点,可用于染色体异常的产前快速诊断。

实时荧光定量PCR检测膀胱癌TWIST1基因启动子的甲基化状态

目的建立针对TWIST1基因启动子甲基化状态的荧光定量检测方法,进而评估其在膀胱癌临床研究的应用前景。方法应用实时荧光定量PCR方法检测南通地区50例确诊膀胱癌患者和25例非膀胱癌的健康对照者的尿液标本中TWIST1基因启动子的甲基化和非甲基化含量,对其甲基化率进行对比。结果正常人的TWIST1启动子的甲基化率为8.1%～17.3%,平均值为12.3%,膀胱癌患者的甲基化率为25.2%～48.3%,平均值为38.2%,膀胱癌患者的TWIST1基因启动子甲基化率有明显的增高(P<0.05)。结论 TWIST1基因启动子区在膀胱癌中异常甲基化,能够作为有效检测膀胱癌的基因。

胶质瘤MGMT基因甲基化荧光PCR定性检测方法的建立与评估

目的建立荧光聚合酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)快速定性检测胶质瘤MGMT基因启动子甲基化的方法,评价其在指导胶质瘤患者术后个体化化疗及预后判断中的临床应用价值。方法选取2014年3月1日至2015年12月31日于本院手术切除且经病理证实为胶质瘤的石蜡组织样本352例。每例样本均分别进行MGMT甲基化荧光PCR法和甲基化特异性PCR(MSP)方法检测,并设阴性对照、阳性对照与空白对照。比较两种检测方法的一致性和肿瘤组织甲基化检测率。结果 352例标本中有10例不符,最终共有342例检测数据参加统计分析。在342例临床样本中,两组检测结果完全一致的样本有321例,总符合率为93.9%,阳性符合率为95.2%,阴性符合率为91.9%,Kappa值为0.871,差异有显著性(χ2=259.663,P<0.0001)。荧光PCR法的MGMT阳性率为60.53%,MSP法为60.82%。按年龄组及病理类型分层分析,两种检测方法的结果一致。结论荧光PCR与MSP法检测胶质瘤MGMT基因甲基化的结果高度一致,可应用于临床胶质瘤MGMT基因启动子甲基化的定性检测,以指导个体化治疗,有很好的临床应用前景和潜在价值。

表观遗传学甲基化的方法在无创性产前诊断中的应用

表观遗传是指DNA序列不发生变化但基因表达却发生了可遗传的改变，即基因型未发生变化而表型却发生了改变，且这种改变在发育和细胞增殖过程中能稳定传递。DNA甲基化是最常见的表观遗传修饰方式，DNA甲基化是在DNA甲基化转移酶（DNMTs）的作用下使CpG二核昔酸5’端的胞嘧啶转变为5甲基胞嘧啶，它并不改变基因序列，而是通过甲基化或去甲基化控制相应基因的时间、空间特异性表达。近年来，DNA甲基化检测技术有了很大的发展和完善，将其应用领域扩大到非创伤性产前诊断中，本文就表观遗传学在无创性产前诊断中的应用进展加以综述。

应用实时荧光定量PCR检测母血浆胎儿DNA进行RhD基因型产前诊断

目的建立实时荧光定量PCR(real time PCR)技术检测RhD阴性孕妇血浆中游离胎儿DNA进行无创性产前诊断胎儿RhD基因型的方法。方法通过微量DNA抽提技术提取母血浆中胎儿游离DNA,利用Real time PCR检测22例妊娠15～40周的单胎RhD阴性孕妇血浆中胎儿游离DNA,进行男性性别决定基因(SRY)和RhD基因外显子7、10和内含子4的特异性扩增,基因型结果与血清学RhD定型结果对比,评价该技术方法的准确性。结果孕妇血浆中存在游离胎儿DNA。19例RhD真阴性孕妇血浆中,14例均检测到胎儿游离DNA的RhD基因外显子7、10和内含子4的特异性扩增,判断为RhD阳性,基因定型结果与血清学表型相符。3例未检测到胎儿游离DNA的RhD基因特异性扩增,结果与胎儿血清学表型相符。因此检测胎儿游离DNA的RhD基因型准确率达到89.5%。另外2例只检测到RhD基因外显子10扩增,通过新生儿脐血血清学吸收放散试验确定为RhDel型。3例RhDel型孕妇血浆中检测到RhD基因扩增,不适于胎儿RhD基因型的分型。结论实时荧光定量PCR方法检测RhD阴性孕妇血浆中游离胎儿DNA进行无创性诊断胎儿RhD基因型,是一种简便、准确、快速的产前基因诊断的可行性方法,值得临床推广应用。

定量荧光PCR在唐氏综合征快速产前诊断中的应用研究

目的 :了解中国人 D2 1 S1 1、D2 1 S1 2 70、D2 1 S2 2 6、D2 1 S1 41 1四个短串联重复序列 ( STR)位点的多态性信息含量 ( PIC) ,建立定量荧光 PCR快速产前诊断唐氏综合征的方法。方法 :以染色体2 1 q2 1～ q2 2 .3区段内四个短串联重复序列作为遗传标记 ,采用定量荧光 PCR对 5 0例正常人外周血 DNA进行分析 ,计算中国人该四对 STR位标的多态性信息含量 ( PIC) ,并用该方法对 1 1例正常孕妇羊水 DNA进行分析 ,及对唐氏综合征血清生化指标筛查阳性孕妇羊水标本进行产前诊断。结果 :D2 1 S1 1、D2 1 S1 2 70、D2 1 S2 2 6、D2 1 S1 41 1的多态性信息含量分别是 0 .90 2、0 .889、0 .5 2 1、0 .775 ,建立了定量荧光 PCR产前诊断唐氏综合征的方法。应用该技术产前诊断出 3例唐氏综合征患儿 ,并经染色体核型分析所证实。结论 :以上四对 STR在中国人中均具有较高多态性信息含量 ,可应用于唐氏综合征的定量荧光

多重定量荧光PCR在常见染色体非整倍体疾病快速产前诊断中的应用研究

目的:建立适合于中国人群特点的常见染色体非整倍体疾病快速产前诊断技术。方法:随机抽取50例正常无关个体的外周静脉血和9例羊水标本以及3例血清学筛查为阳性的胎儿羊水,应用定量荧光PCR技术分析13、18、21、X/Y染色体上的短串联重复序列(STR)的多态信息含量(PIC)。结果:中国人13、18、21、X/Y染色体上STR:D13S631、D13S634、D13S742、D18S386、D18S391、D18S535、D21S11、D21S1270、IFNAR、X22、XHPRT的PIC分别为0.800、0.749、0.821、0.914、0.623、0.760、0.876、0.848、0.848和0.807。应用以上STR对血清学筛查阳性的胎儿羊水DNA标本进行诊断,证实了18-三体综合征、21-三体综合征和Klinefelter综合征胎儿各1例,与染色体核型分析结果相一致。结论:本文研究所选STR位标在中国人群中呈现较高的遗传多态性,符合Hardy-Weinberg平衡定律,建立了快速产前诊断常见染色体非整倍体疾病的多重定量荧光PCR技术。

甲基化荧光定量PCR快速检测自闭症男童中脆性X综合征的临床应用

目的建立一种经济、快速的检测男性脆性X综合征检测方法。方法应用甲基化实时荧光定量PCR法(qMSP)检测已知脆性X综合征男性患者和正常男性的脆性X智力低下基因1(FMR1)启动子区甲基化状态,测试该方法的灵敏度和特异性。应用该方法对特殊学校54例自闭症男童进行病因学检查,并对阳性样本用侧翼PCR(F⁃PCR)进行复核。结果在特殊学校的54例自闭症男童样本中发现1例FMR1甲基化阳性,F⁃PCR方法复核为CGG重复数为全突变,其母亲为前突变携带者。结合临床症状,该自闭症男童可以确诊为脆性X综合征,检出率为1.85%(1/54)。结论本文所建立的qMSP方法可以对FMR1基因的CpG甲基化状态进行快速分析,可作为男性疑似脆性X综合征检测的可靠方法。

甲基化荧光定量PCR在消化系肿瘤中的应用

甲基化荧光定量PCR(MethyLight)是一种新的甲基化定量检测技术,该技术使用荧光标记探针(Taqman)对基因甲基化水平进行定量测定,具有实时监测、灵敏性高的特点,并可以对大规模的样本进行测定,在消化系肿瘤的诊断和治疗等方面有着广阔的应用前景。