橡胶树甲基化过滤文库的构建

为高通量富集橡胶树基因编码序列,文章首次利用大肠杆菌McrBC限制修饰系统构建了巴西橡胶树基因组甲基化过滤文库。该文库未扩增和扩增后的滴度分别为2.6×106pfu/mL和9×109pfu/mL,阳性克隆率为86.4%,插入片段大小为1～2.5kb,平均长度为1.2kb。随机挑选100个克隆进行测序,共拼接出81个非冗余序列,其中包括6个重叠群(Contigs)和75个单一序列(Singlets),冗余度为17.35%。Blast分析发现,39.5%非冗余序列与Nr库中功能基因同源,14.81%与EST数据库中序列同源,32.1%序列为未知序列,且部分序列为开花调控、抗虫和抗病等功能相关的同源基因。橡胶树甲基化文库的建立为橡胶树重要功能基因发现和克隆提供一条重要途径。

植物基因富集研究进展

高等植物的基因组大小差异十分巨大,在大基因组植物的基因组中,各种重复序列占据了基因组中相当大一部分,而低拷贝或单拷贝的基因序列仅占了很少一部分。对于大基因组物种而言,大量的重复序列给基因组的研究工作带来很大困难,使得大规模获得基因信息成为一项很有挑战性的工作。目前,在基因组范围内富集基因的方法有cDNA文库、甲基化过滤文库、高Cot值文库、转座子标签富集法等。文章综述了这几种方法的技术原理和特性,结合近年来国内外运用甲基化过滤技术的研究进展,探讨了根据不同研究材料和研究目标,如何高效选择适合的方法或者方法的组合。