DNA甲基化PCR方法的优化

【目的】优化DNA甲基化PCR的反应体系及扩增参数,为基因甲基化的研究建立一个最佳的PCR方法。【方法】以MHCC-97H肝癌细胞株AFP基因启动子区为模板,分析DNA甲基化反应体系中Mg2+、TaqDNA聚合酶用量、加入时间、退火温度及循环方式对甲基化PCR扩增的影响。【结果】反应体系20μl:模板DNA(MoDNA),2μl;正向引物,1μl;反向引物,1μl;10×PCR Buffer,2.5lμ;2 mmol/L dNTPs,2.5μl;Taq酶,0.4μl;MgCl2,2lμ;H2O,8.6μl。PCR程序采用Touch Down PCR。【结论】优化了适用于AFP基因甲基化PCR的反应体系,为利用甲基化PCR分析方法研究肝癌等肿瘤发生机制奠定基础。

基于甲基化特异性PCR的外周血循环游离DNA甲基化检测对乳腺癌诊断价值的荟萃分析

目的通过Meta分析系统评估基于甲基化特异性PCR(MSP)的外周血循环游离DNA(cfDNA)甲基化检测对乳腺癌的诊断价值。方法检索PubMed、Embase、Cochrane数据库,检索时间为2011年1月至2021年12月,以“Breast neoplasms”“Breast cancer”“Methylation”“Cell-free DNA”等为检索词,检索有关血液循环cfDNA甲基化用于乳腺癌诊断的文献,根据纳入及排除标准筛选文献。使用QUADAS-2对纳入文献进行质量评价,提取研究数据并使用Stata 16.0对各效应量进行合并,分析异质性及来源,以Deek’s法检验发表偏倚。结果共检索318篇文献,最终纳入12篇文献的27项研究进行Meta分析,患者2195例,纳入研究存在高度异质性(I^(2)>50.00%)。采用随机效应模型合并灵敏度为0.43[95%CI(0.31~0.56)],合并特异度为0.97[95%CI(0.94~0.99)],合并阳性似然比(LR+)为16.30[95%CI(7.00~37.80)],合并阴性似然比(LR-)为0.59[95%CI(0.47~0.73)],合并诊断比值比(DOR)为28.00[95%CI(11.00~70.00)],合并AUC为0.85[95%CI(0.82~0.88)]。结论基于MSP的外周血cfDNA甲基化检测对乳腺癌有较高的辅助诊断价值。

急性白血病细胞中ID4基因甲基化的PCR定量检测系统的建立及其特异性和敏感性

ID4基因启动子区甲基化发生率在急性白血病中极高,甲基化程度与急性白血病关系密切。因缺少合适的研究方法,其具体的甲基化量化水平与疾病的关系,人们一直缺乏认识。本研究旨在建立ID4甲基化定量PCR体系,同时验证该方法的特异性及敏感性,并初步尝试在初治急性白血病骨髓样本中评估ID4的甲基化水平。首先构建质粒并建立体系标准曲线,分别使用MSP和定量MSP对细胞系样本进行检测,以传统MSP的结果为对照,验证新方法的特异性;按不同比例将甲基化阴性和阳性细胞混合,用甲基化定量PCR扩增验证新方法敏感性。结果表明,本研究成功建立了符合绝对定量要求的标准曲线;通过细胞系验证,MSP结果与定量MSP结果完全一致;同时在甲基化阴性细胞背景下,定量MSP可以稳定的检测到1∶10-5水平的ID4甲基化阳性细胞。在急性白血病骨髓样本检测中,定量MSP甲基化阳性检出率高于MSP。结论:本研究成功建立了完整的ID4基因甲基化定量PCR体系,该方法特异性好、敏感性高。

ID4基因甲基化定量PCR检测在急性白血病中的临床意义

尽管治疗的进步极大地改善了急性白血病患者的预后和生存,但时至今日多数类型的急性白血病没有特异性的生物标记,因此对于多数白血病患者,影响生存的复发这一重要因素缺少有效的预警机制。ID4基因启动子区甲基化广泛发生于各类型急性白血病。本研究在前期建立的甲基化定量PCR体系的基础上,用该方法检测患者骨髓样本,探讨ID4甲基化定量指标(percentage of methylated reference,PMR)的临床意义。采集我院门诊及住院确诊的初治、完全缓解、复发3个阶段的急性白血病患者骨髓样本及正常对照者骨髓样本。应用ID4甲基化定量PCR体系对样本进行检测。按初治、完全缓解、复发分组比较PMR值。比较相同病例不同疾病状态的PMR的动态变化。结果表明,初治组PMR最高,其次为复发组,而完全缓解组最低。初治组PMR与完全缓解组比较存在统计学差异。4例随访病例的PMR值波动与病情变化一致。在1例复发病例中,PMR升高早于骨髓细胞学检查确认复发1.7个月。结论:本研究通过ID4基因启动子区甲基定量检测的方法初步验证:甲基化水平的量化指标PMR值与急性白血病患者肿瘤细胞负荷关系密切。PMR动态监测波动与疾病变化一致,可能具有预测复发的作用,但ID4甲基化定量指标的临床价值还有待进一步研究证据的支持。

甲基化特异性PCR方法诊断Prader-Willi综合征

目的Prader-Willi综合征(PWS)是多系统异常的复杂临床综合征,仅根据临床症状很难诊断,国外已建立快速、高效、特异性、敏感性均佳的甲基化特异性PCR(MS-PCR)方法用于临床诊断,但我国还未有系统的对照研究。该研究目的便是建立PWS的MS-PCR诊断方法,并对临床疑似患者进行筛查。方法将44例受试者,分为正常对照组(16例)、临床确诊患者组(7例)及临床疑似患者组(21例)。采用盐析法提取基因组DNA;应用CpGemoneTMFast Modification试剂盒行亚硫酸盐修饰;以正常人为阴性对照,未修饰的基因组DNA为系统对照,以M(母源)、P(父源)两对引物同时对修饰产物行PCR;扩增产物以琼脂糖凝胶电泳分离。结果①16例正常对照的PCR结果同时显示M,P两条带,7例临床确诊的PWS患者均只显示一条M带;②经MS-PCR筛查的21例临床疑似患者,2例确诊为PWS,其他19例排除PWS。结论该研究成功建立MS-PCR,并对疑似患者进行了筛查确诊。MS-PCR为特异高效的PWS确诊方法且方便易行。

改良的甲基化特异PCR法在人宫颈癌Hela细胞检测中的应用

目的介绍一种CpG岛甲基化分析方法,即甲基化特异PCR法(methylation-specific PCR,MSP)以及对该方法的改良。方法用亚硫酸氢盐修饰被测DNA后,进行甲基化与非甲基化特异PCR的扩增,并对MSP法进行改良。应用该法分析人宫颈癌Hela细胞中RASSF1A、p16基因5'CpG岛甲基化状态。结果发现人宫颈癌Hela细胞中有RASSF1A、p16基因的甲基化,改良后的MSP更容易获得较好的效果。结论MSP法是一种较为简便、灵敏和具特异性的甲基化检测方法,改良后该方法更加简便可行。

巢式PCR法在燃煤型砷中毒患者p16基因启动区的异常甲基化检测中的应用

目的检测燃煤型砷中毒(地砷病)患者p16基因启动区的异常甲基化情况,探讨p16基因启动区的异常甲基化在地砷病癌变中的作用。方法采用巢式甲基化特异性PCR法(nMSP)对117例地砷病患者(参考地方性砷中毒诊断标准将其分为轻度中毒组、中度中毒组、重度中毒组)、63例内对照人群和70例外对照人群p16基因启动区的甲基化情况进行了检测。结果砷中毒病例组甲基化阳性率为39.32%,内对照组阳性率为12.70%,外对照组阳性率为4.29%;其中病例组中轻度、中度和重度组阳性率分别为24.00%,48.89%和54.55%。病例组与外对照组和内对照组比较,差异有统计学意义(P<0.01)。外对照组、内对照组、轻度、中度和重度砷中毒组甲基化阳性率经趋势χ2检验,差异有统计学意义(P<0.01)。结论p16基因启动区的异常甲基化在地砷病人的癌变过程可能起重要作用。

甲基化特异PCR 方法对p16肿瘤抑制基因的研究

目的：研究肺癌、结肠癌组织中 p16 肿瘤抑制基因甲基化状态及其临床意义。方法：采用甲基化特异性聚合酶链反应（MSP）方法，特异扩增分析甲基化和非甲基化两种状态。结果：p16基因在人胚肺组织处于非甲基化状态；在人肺巨细胞癌细胞系（PLA801-D)呈甲基化状态；在检测的肿瘤标本中，60％ 肺癌组织及 70％ 结肠癌组织出现甲基化状态。结论：p16 基因的甲基化状态是肺癌、结肠癌组织中 p16 基因异常形式之一，有可能成为肿瘤分子诊断的重要标志，MSP 方法有临床普及应用前景。

肺癌组织、支气管肺泡灌洗液及痰标本中p16基因甲基化特异性PCR检测

目的 :探讨肺癌组织、支气管灌洗液及痰标本中p16基因甲基化特异性PCR检测的临床应用价值。方法 :选取 5 6例肺部疾病住院患者手术切除的病变肺组织和相应的支气管肺泡灌洗液 (BALF)及痰标本 ,其中 32例为肺癌 ,2 4例为良性肺部疾病。标本经一般处理 ,PCR扩增后 ,产物经电泳EB染色 ,紫外灯下观察。结果 :32例肺癌组织标本中 ,14例 (4 3.8% )在p16基因启动子区域呈现异常甲基化 ,其中 9例 (6 4 .3% )在相应的BALF中检出甲基化存在 ,5例 (35 .8% )在相应的痰标本中也检出甲基化存在。 2 4例良性肺部疾病 ,其中肺囊肿 10例 ,肺结核 14例 ,无论在手术切除标本还是BALF和痰标本中均未检出p16基因甲基化存在。结论 :MSP技术对肺癌患者BALF及痰标本中P16基因的异常甲基化检测具有高度特异性 ,是一项很有潜力的肺癌早期诊断新技术。

甲基化特异性PCR检测FMR1和XIST基因甲基化实验方法的建立

建立一种快速、灵敏的检测脆性X智障基因(fragile X mental retardation,FMR1)、X染色体失活基因(Xchromosome inactivation,XIST)甲基化的方法.用亚硫酸氢钠和对苯二酚对基因组DNA进行脱氨基修饰.以修饰后的DNA为模板,用两套不同的引物对:1对甲基化特异性引物和1对非甲基化特异性引物扩增FMR1基因(CGG)n重复序列区、FMR1和XIST基因的启动子区.PCR产物进一步克隆、测序.以亚硫酸氢钠和对苯二酚脱氨基修饰后的DNA为模板进行PCR扩增后的产物与预期基因目的基因片段大小相符合,无非特异性扩增产物.测序结果表明,FMR1、XIST基因中的非甲基化的C碱基转变为U碱基,而CpG岛被甲基化的C碱基不改变.成功地建立了检测FMR1、XIST甲基化的方法,为实验室诊断脆性X综合征提供了新的方法.

甲基化特异性PCR的评价与优化

目的探讨甲基化特异性PCR(MSP)在DNA甲基化检测中的应用价值。方法以SHH基因启动子区全甲基化克隆和全非甲基化克隆(质粒)为模板,评价MSP的敏感性和特异性。结果 MSP能检测出样本中低含量的甲基化DNA模板,提高MSP退火温度能克服假阳性或假阴性结果的产生。结论 MSP检测甲基化具有高灵敏度的优点,适当提高退火温度能保证MSP结果的特异性。

死亡相关蛋白激酶基因启动子甲基化特异性PCR法的建立与初步应用

目的:建立甲基化特异性PCR(MSP)技术检测死亡相关蛋白激酶(DAPK)基因启动子甲基化。方法:设计针对DAPK基因启动子的MSP引物,建立MSP检测体系对甲基化阳性模板进行检测,评价其特异性、重复性和灵敏性,并经测序鉴定。结果:所建立的甲基化MSP方法仅能扩增出甲基化阳性模板,不能扩增出未甲基化阳性模板和未硫化处理的DNA模板;对不同梯度稀释的甲基化阳性模板进行检测,其最大敏感性可达2%;在不同时间进行甲基化MSP检测的结果均一致。结论:成功建立的DAPK基因启动子甲基化MSP检测方法具有良好的特异性、灵敏性和重复性,可用于肿瘤标本的批量检测。

实时荧光定量PCR和甲基化特异性PCR检测结直肠癌APC、MLH1基因甲基化状态

背景:启动子区甲基化致肿瘤抑制基因失活在结直肠癌的发生、发展中起重要作用,检测肿瘤相关基因的甲基化状态,可能为寻找新的结直肠癌诊断、预后相关标记物提供依据。目的:比较实时荧光定量PCR(FQ-PCR)与甲基化特异性PCR(MSP)检测基因甲基化状态的差异。方法:以FQ-PCR检测66例结直肠癌组织和20例癌旁组织中与结直肠癌的发生、发展相关的抑癌基因APC和错配修复基因MLH1的甲基化状态,同时以MSP检测结直肠癌组织中APC基因的甲基化状态。结果:根据FQ-PCR结果,结直肠癌组织中APC、MLH1基因甲基化阳性率显著高于癌旁组织(48.5%和54.5%对0%和0%,P=0.000)。FQ-PCR和MSP可检出的甲基化阳性对照DNA最低浓度分别为0.015 ng/μl和1.5 ng/μl,两者对APC基因甲基化状态的检测结果差异有统计学意义(P<0.05)。结论:在DNA甲基化的检测手段中,FQ-PCR的敏感度优于MSP。

石蜡包埋组织中DNA甲基化特异性PCR技术

目的以石蜡包埋组织提取的DNA为模板进行DNA甲基化特异性PCR(MSP)检测,研究其可行性。方法35例石蜡包埋肺癌组织DNA样品制备和亚硫酸氢盐修饰后进行MSP扩增检测。结果石蜡包埋组织MSP检出率与文献采用新鲜组织标本报道一致。结论MSP通过选择合适的实验条件,可适用于石蜡包埋组织DNA甲基化分析。

甲基化特异性多重连接探针扩增及甲基化特异性PCR诊断Prader-Willi综合征方法比较

目的应用甲基化特异性PCR(methylation-specific PCR,MS-PCR)和甲基化特异性多重连接探针扩增(methylation-specific multiplex ligation-dependent probe amplification,MS-MLPA)方法对Prader-Willi综合征(Prader-Willi syndrome,PWS)进行诊断并比较两种方法的差异。方法回顾性研究2005年10月至2014年2月到北京协和医院就诊的患儿及正常对照共102例,男57例,女45例。其中正常对照16例;荧光原位杂交或高分辨染色体确诊PWS阳性对照2例;临床疑似PWS患儿84例。提取受试者外周血基因组DNA分别应用MS-PCR及MS-MLPA方法进行基因分析,对疑似患儿进行确诊和遗传类型分型,并计算两种方法的特异性、敏感性及准确度,应用卡方检验对两种方法进行比较。结果 MSPCR结果示正常对照及阳性对照与其表型全部相符,84例疑似患儿中有39例提示为PWS,45例提示正常。MS-MLPA结果示除正常对照外的86例受试者中,29例提示为父源缺失型PWS;9例提示为母源二体型PWS;47例提示为正常;1例因DNA过于陈旧未检出有效结果。对比两种方法检测结果,有2例MS-PCR结果显示为PWS,但MS-MLPA结果显示为正常,通过增加DNA用量重新进行MS-PCR检测后,除外PWS。结合临床表现,受试者中明确诊断PWS的患儿39例,非PWS者63例。MS-PCR方法共出现2例假阳性,假阳性率为3.17%(2/63)。MS-PCR方法敏感性100%,特异性96.83%,准确度98.03%;MS-MLPA方法敏感性97.43%,特异性100%,准确度99.02%。两种方法的敏感性、特异性及准确度差异无统计学意义(P均>0.05)。结论 MS-PCR及MS-MLPA敏感性、特异性及准确度皆佳,均可用于PWS诊断,MS-MLPA可区分父源缺失型及母源二体型。MS-PCR应保证DNA用量充足以避免假阳性出现。MS-MLPA应使用新鲜提取的DNA,且实验条件要求更为严格。建议同时使用两种方法检测以获得准确结果。

甲基化特异性PCR检测PRAME基因启动子低甲基化30例及其临床应用

目的建立实时定量甲基化特异性PCR（RQ-MSP）法检测急性髓系白血病（AML）患者黑色素瘤优先表达的抗原（PRAME）基因低甲基化水平,初步评价其临床意义。方法用亚硫酸氢盐修饰后的基因组DNA为模板,建立EvaGreen染料法RQ-MSP检测PRAME基因低甲基化水平方法 ,检测18例（对照组）和30例（AML组）患者的骨髓单个核细胞中PRAME基因启动子低甲基化水平。结果 RQ-MSP融解曲线呈单一峰,标准品5×10^7-5×10^2copy/μL重复性良好;AML患者PRAME基因低甲基化水平（0.96-4 508.96,中位772.42）明显高于对照组（0-100.00,中位25.29）,差异有统计学意义（P=0.002）。结论建立的PRAME基因低甲基化RQ-MSP法特异性、重复性和灵敏性良好,可用于AML初诊和病情监测。

黏着斑激酶相关性鸟苷三磷酸酶调节因子基因启动子甲基化特异性PCR法的建立与初步应用

目的建立甲基化特异性PCR(MSP)技术检测黏着斑激酶相关性鸟苷三磷酸酶调节因子(GRAF)基因启动子甲基化。方法设计针对GRAF基因启动子的MSP引物,建立MSP检测体系,对不同DNA模板进行检测,评价方法的特异性、重复性和灵敏度;对10例急性髓系白血病(AML)标本进行检测。结果建立的MSP方法仅能扩增出甲基化阳性模板,不能扩增出未甲基化阳性模板和未硫化处理的DNA模板;检测不同稀释度的甲基化阳性模板,其最大灵敏度可达2%;在不同时间进行MSP检测的结果均一致;对10例AML患者的初步检测发现7例存在着GRAF基因启动子甲基化。结论成功建立了检测GRAF基因启动子甲基化的MSP方法,有良好的特异性、灵敏度和重复性,可用于临床AML标本的批量检测。

甲基化荧光PCR检测母血中游离胎儿maspin基因的研究

目的:探讨Taqman探针与甲基化特异性PCR(MSP)技术结合测定孕妇血浆中甲基化maspin(M-maspin)基因和非甲基化maspin(U-maspin)基因的可行性,并分析微量U-maspin的临床意义。方法:选择正常早、中、晚期妊娠妇女各30例为研究对象,健康未妊娠女性30例为对照,提取其血浆游离DNA。通过含目的基因质粒标准品绘制标准曲线,并应用甲基化荧光PCR方法检测各组血浆标本亚硫酸氢盐修饰后M-maspin基因和U-maspin基因的含量,分别代表母源性游离DNA和胎源性游离DNA水平。结果:除3例早期妊娠孕妇外,其余孕妇血浆中均检出了U-maspin基因,平均浓度在早期妊娠组为57拷贝/ml,中期妊娠组为121拷贝/ml,晚期妊娠组为561拷贝/ml;占母源性M-maspin基因的比例分别为1.88%、3.21%、9.58%。结论:母血中U-maspin基因具有游离胎儿DNA的动力学特点,可能成为一种通用胎儿标记物,应用甲基化荧光PCR技术检测孕妇血浆中微量U-maspin基因方法准确、可行。

四种基因甲基化特异性PCR引物设计探讨

目的:对甲基化特异性PCR(methylation-specific PCR,MSP)引物设计进行探讨。方法:使用Methyl PrimerExpress Software Version 1.0软件、"methprimer"和"MSPprimer"的网上在线软件设计的引物以及参照国外文献的MSP引物对CCAAT/增强子结合蛋白ζ(CEBPζ),CCAAT/增强子结合蛋白δ(CEBPδ)、脆性组氨酸三联体(FHIT)和死亡相关蛋白激酶(DAPK)基因启动子进行MSP扩增,然后对其MSP产物进行测序验证以比较MSP引物设计的可靠性。结果:对于CEBPζ,CEBPδ,FHIT和DAPK启动子基因所设计的MSP引物经MSP后均获得了所需要的目的条带,但经测序鉴定Methyl Primer Express和methprimer设计的CEBPδ,CEBPζ-1的MSP扩增产物为假阳性产物,而MSPprimer设计的CEBPζ-2的MSP产物为正确序列。结论:MSP引物设计的质量是保证MSP扩增成功的关键因素。