甲基化CpG岛扩增联合代表性差异分析方法在筛查人非小细胞肺癌组织中高甲基化修饰序列的应用

目的探讨甲基化CpG岛扩增联合代表性差异分析(MCA/RDA)方法在筛查人非小细胞肺癌(NSCLC)组织中高甲基化修饰序列的应用。方法以92对NSCLC和癌旁对照组织DNA为研究对象,应用MCA/RDA方法筛查肺癌组织DNA中高甲基化修饰的CpG岛序列。应用反转录聚合酶链反应(RT-PCR)和甲基化特异性PCR(methylation-sensitive PCR,MSP)技术,分析胰岛素样生长因子结合蛋白(IGFBP-4)基因启动子区CpG岛的甲基化修饰与基因表达的相关性。结果获得5个经Slot Blot验证在肺癌组织中高甲基化修饰的CpG岛序列(IGFBP-4、KLK10、ADAM23、GADD45G和DUOX1)。甲基化抑制剂5-aza-2'-deoxycytidine处理NSCLC细胞可明显上调IGFBP-4基因的表达。在41例(44.6%)癌组织中检测到IGFBP-4表达水平显著低于癌旁对照组织。47例(51.1%)癌组织检测到IGFBP-4高甲基化显著高于癌旁组织的检出率(16.3%,15/92;P<0.001)。IGFBP-4高甲基化与基因表达呈负相关(r=-0.396,P<0.001)。IGFBP-4高甲基化与TNM分期(P=0.013)和淋巴结转移(P=0.022)相关。结论应用MCA/RDA方法筛查到5个在NSCLC组织中高甲基化修饰的CpG岛序列,并证实IGFBP-4启动子区CpG岛的高甲基化可能通过抑制基因的表达参与了NSCLC的发生。

小菜蛾对杀螟丹抗性相关序列的代表性差异分析

采用代表性差异分析方法 ,以小菜蛾的敏感品系作为驱赶扩增子 ,抗杀螟丹近等基因系作为检测扩增子 ,通过 3轮消减杂交得到大小为 15 0～ 30 0bp的差异片段 ,经亚克隆测序并与GenBank等数据库同源比较 ,发现其中一个亚克隆序列与P4 5 0基因有部分同源性 ,其余亚克隆与已知基因序列的同源性较低 ,判断这些序列可能是新基因的片段。

7种海洋微藻对UV-B辐射的敏感性差异分析

在实验室条件下研究了UV B辐射对 7种海洋微藻生长的影响 .结果表明 :7种微藻的相对增长率随着UV B辐射剂量的增强呈明显的下降趋势 (P <0 0 5 ) .实验微藻对UV B辐射的敏感性符合绿藻 >硅藻 >金藻的分类学规律 ,其中金藻 870 1是最敏感的一种 .叶绿素a和类胡萝卜素的 48h半数有效抑制浓度EC50 远远大于相对增长率的EC50 .分光光度法测定微藻在UV波段的吸收峰集中在UV C波段 .在UV B波段 ,每 10 4 个细胞的最大吸收度的顺序为 :绿藻 >硅藻 >金藻 .微藻对UV

寒冷地区办公建筑负荷敏感性差异分析及应用

为研究中国寒冷地区气候差异对办公建筑能耗表现的影响,采用Morris法分别对北京、兰州、喀什、拉萨地区的办公建筑室内环境营造负荷的影响因素展开敏感性分析,通过所得负荷分布反映各地的负荷差异,并采用敏感度和相关性描述参数对负荷影响的地域差异,进而根据相关性判定实施负荷优化.结果表明:拉萨地区负荷水平明显低于其他地区且受辐射相关参数影响显著,其中外墙及屋顶表皮太阳辐射吸收系数的敏感度可接近相应结构的平均导热系数.敏感度排名靠前的室内负荷参数、供暖制冷设定温度,及排名靠后且热活动以导热为主的围护结构参数的最优值在各地相同;而排名居中的SHGC和WWR的最优值多存在地域差异、朝向差异及不确定性,各朝向一致的最优值仅出现在拉萨(SHGC:0.52)和喀什(WWR:0.25).此外,相比于NSGA-Ⅱ算法(200代,10种群/代)的优化结果,基于Morris敏感性分析的负荷优化不仅在最优解上略优且总耗时可至少节省1/3.该研究显示寒冷地区局域气候差异对建筑负荷影响显著,而Morris法可在设计阶段对此差异进行解析并快速优化能耗表现.

绿色棉纤维发育过程中DNA表观遗传变化的甲基化敏感扩增多态性分析

【目的】分析绿色棉纤维发育过程中DNA甲基化状态差异。【方法】利用2组限制性内切酶Eco RⅠ/HpaⅡ和Eco RⅠ/MspⅠ对绿絮棉1号纤维基因组甲基化位点进行识别和切割,并采用甲基化敏感扩增多态性引物对切割产物进行扩增,分析基因组内5'-CCGG-3'位点的甲基化状态;同时对扩增的差异片段进行测序,分析其生物学功能。【结果】66对甲基化敏感扩增多态性引物共扩增出4112个条带;平均每个样品共扩增出822.4个带型,平均每对引物扩增出12.46个片段。随着绿色棉纤维的发育,甲基化条带总数、甲基化条带比率、全甲基化条带百分比均逐渐升高;其中,开花后10、15、20和25 d时甲基化条带总数分别比开花后5 d时增加11.45%,13.86%,20.10%和33.13%。与开花后5 d相比,开花后10、15、20和25 d时纤维DNA发生甲基化变化位点的比例分别为3.15%,3.43%,3.65%和2.52%;而去甲基化位点的比例分别为12.87%,14.72%,13.31%和48.81%。通过测序和Blast分析表明,17个片段与已知的功能基因同源性较高,包括棉花线粒体基因组、丝氨酸蛋白酶基因和酯酶基因,且这些基因均在开花后25 d发生去甲基化。【结论】绿色棉纤维发育过程中DNA发生了甲基化与去甲基化现象。

甲基化敏感性高分辨率熔解曲线分析筛查大肠癌的性能评价

目的评价通过甲基化敏感性高分辨率熔解曲线分析(MS-HRM)检测粪便中人DNA甲基化筛查大肠癌(CRC)的性能。方法收集合格的新鲜粪便标本82例,其中CRC患者27例(CRC组)、进展期腺瘤(AA)患者25例(AA组)和结肠镜阴性的正常人30例(对照组),在LightCycler 480设备上应用MS-HRM技术检测上述粪便中vimentin基因的甲基化状态,并与粪便潜血试验(FOBT)的诊断性能相比较。结果 MS-HRM在CRC组、AA组和对照组中检测vimentin基因甲基化的阳性率分别为81.5%(22/27),80.0%(20/25)和6.7%(2/30)。FOBT在CRC组、AA组和对照组中的阳性率分别为37.0%(10/27),12.0%(3/25)和3.3%(1/30)。在病例组中,MS-HRM和FOBT的诊断敏感性分别为80.8%(42/52)和25.0%(13/52),前者显著高于后者(P<0.05);在对照组中两者的诊断特异性分别为93.3%(28/30)和96.7%(29/30),两者差异无统计学意义(P>0.05)。结论在CRC筛查中,MS-HRM技术检测粪便中vimentin基因甲基化状态的诊断性能明显优于FOBT,具有潜在的应用价值。

路基拓宽中模型参数的敏感性及差异沉降分析

高速公路扩建中,新老路基变形协调设计是路基拓宽的关键问题。结合武黄高速公路路基拓宽工程,利用ANSYS有限元程序,选取两种计算工况,对路基拓宽中模型参数进行敏感性分析,得出了路基拓宽工程差异沉降的若干特征,可供相关工程参考。

典型绿色办公建筑能耗差异校验与敏感性分析

建筑实际运行时常表现出与设计阶段预测值间的巨大能耗差异,非建筑设计工况下的运行也存在着极大的节能空间,在此情况下,借助建筑模拟工具探究能耗差异产生的原因及优化手段的节能潜力是现有研究的常用方法。借助EnergyPlus对4栋不同气候区的办公建筑进行了基于实际测试的建筑模型校准,分析能耗差异产生的原因,并对围护结构传热系数、室内温度、室内设备功率密度、建筑渗漏量这些输入变量进行了局部敏感性分析。研究结果表明,室内温度对建筑能耗具有最强的敏感性。

H19差异甲基化位点MSRE-qPCR分析识别精子DNA新方法的可行性探究

目的:研究位于H19转录起始点-3390 bp的HhaI位点是否为差异甲基化位点,为精子DNA识别提供新依据。方法:从51份血样和20份精子样本提取基因组DNA,每个样本分别在同一反应体系中进行甲基化敏感酶HhaI消化和荧光定量PCR反应(MSRE-qPCR),扩增包含上述HhaI位点的114 bp片段。得到每个样本酶切前后的Ct值,用2^(-△△Ct)计算各样本酶切前后模板DNA相对表达量,将其作为DNA甲基化水平。结果:51份血样中该HhaI位点甲基化水平为(44.4±23.8)%,20份精子DNA甲基化水平为(120.5±52.5)%,差异有统计学意义(P<0.001)。结论:甲基化水平高于94%可识别精子DNA,H19差异甲基化区114 bp序列的MSRE-qPCR分析为精子DNA的识别提供了一种新方法。

二倍体和同源四倍体甜叶菊的DNA甲基化差异分析

以甜叶菊(Stevia rebaudiana Bertoni)二倍体和同源四倍体为材料,应用甲基化敏感扩增多态性(Methylation sensitive amplified polymorphism,MSAP)技术研究不同倍性植株基因组之间的DNA甲基化水平及其模式变化。四倍体和二倍体甜叶菊甲基化敏感扩增多态性分别为46.10%、46.53%,与二倍体相比较,四倍体基因组DNA的总甲基化率和全甲基化率均有所降低,而半甲基化率则有所升高;四倍体基因组DNA甲基化模式有29.72%(过甲基化为12.8%,去甲基化为11.81%,次甲基化为5.12%)发生了改变。

体外视网膜母细胞瘤细胞对不同化疗药物的敏感性分析

【目的】研究视网膜母细胞瘤(retinoblastma,RB)细胞对化疗药物的体外敏感性,以制定合理的RB临床个体化化疗方案。【方法】应用3-(4,5)-双甲基-2噻唑-(2,5)-二甲基溴化四氮唑蓝(MTT)体外药敏法,测定35例RB患儿瘤细胞对常用的阿霉素、长春新碱、鬼臼乙叉苷、卡铂、甲氨喋呤、放线菌素D和噻替哌共7种化疗药物的敏感性。【结果】RB的药敏可评价率是86.7%。同一种药物对不同的肿瘤细胞有不同的抑制率,7种药物的最高抑制率是卡铂(91.8%)、噻替哌(90.7%)、放线菌素D(89.7%)、鬼臼乙叉苷(88.4%)、阿霉素(86.61%)、甲氨喋呤(58.66%)、长春新碱(54.95%);最低的直接抑制率均是0。【结论】不同RB个体的瘤细胞对不同的化疗药物有不同的敏感性,体外药敏试验筛选敏感化疗药物对临床RB个体化治疗有应用价值。

黄芪甲基化敏感扩增多态性(MSAP)扩增引物筛选及初步应用

[目的]建立并优化黄芪甲基化敏感扩增多态性(MSAP)技术扩增反应体系,对中药材黄芪甲基化水平进行研究。[方法]磁珠法提取黄芪DNA后,采用Hpa II/Msp I 2种内切酶进行酶切,将酶切产物加上连接接头序列,经预扩增和选择性扩增反应,最终从黄芪MSAP的256对引物中筛选出最佳分辨引物4对。应用筛选到的4对引物,分析12种不同产地黄芪的甲基化模式,并对甲基化水平聚类分析。[结果]经MSAP检测12个黄芪样本半甲基化率在12.5%~26.7%,全甲基化率在25.6%~51.1%,总甲基化率在48.7%~73.5%,总体上黄芪样本的全甲基化率大于半甲基化率。采用NTSYSpc软件对黄芪样品Hpa II和Msp I多态性数据进行分析,获得UPGMA聚类图和主成分分析PCA图。[结论]MSAP技术能够很好地用于黄芪的甲基化分析,结合NTSYSpc软件能对不同产地黄芪之间甲基化水平进行聚类分析,且初步分析结果表明从UPGMA和PCA图上来看,地区相近的单株聚类分析表现出了一定的地域性。

二倍体和同源四倍体西瓜的DNA甲基化差异分析

为了解植物不同倍性之间的表观遗传差异,对3个西瓜(Citrullus lanatus)品种克西、中金和枚选的纯合二倍体和同源四倍体进行甲基敏感扩增多态性(MSAP)分析,10对引物共扩增546条带,其中,二倍体较同源四倍体材料之间有3条特异性条带,这些特异性条带无品种差异,系倍性不同所致。带型变化表明,同源四倍体较二倍体有DNA甲基化减少和单链甲基化增加现象,但从DNA甲基敏感多态性差异上来看,品种内二倍体和同源四倍体间的DNA甲基敏感多态性差异不大,仅0.02%左右。

动力集中动车组动力车前后横向平稳性差异研究

针对动力集中动车组动力车现场运行前、后横向平稳性差异问题,基于动力学仿真分析方法研究其形成机理与影响因素,并提出减缓措施。采用Simpack软件建立某型动力车的动力学模型,对比抗蛇行减振器斜对称与开口向外两种布置方式,分析关键悬挂参数对车体前端和后端横向平稳性影响,并采用模态分析法研究抗蛇行减振器横向安装角对蛇行模态稳定性和车体横移摇头模态相位差的影响;以线性稳定性和车体前、后端横向平稳性指标为优化目标,对抗蛇行减振器阻尼、等效串联刚度以及横向安装角进行多目标优化,并根据计算结果对优化参数进行Sobol全局敏感性分析。结果表明:抗蛇行减振器采用斜对称布置方式时,车体前端与后端的横向平稳性差异受悬挂参数影响较小,横向安装角对动力车横向稳定性不敏感;采用开口向外布置方式时,抗蛇行减振器适当横向安装角度显著降低甚至消除车体前端和后端横向平稳性差异,且车体横向平稳性和线性稳定性对横向安装角均较为敏感,建议优化横向安装角2°~6°。

多介质环境模型New Equilibrium Criterion(New EQC)参数敏感性分析

多介质环境模型被广泛应用于化学品环境风险评估.模型参数敏感性分析是使用模型时必不可少的环节,也是了解模型结构的有效途径之一.模型参数敏感性分析可筛选出对模型预测结果具有显著影响的化学品物化参数和环境参数,有助于减少数据收集工作量,能侧重收集所要评估区域关键的环境参数和实际环境条件下的物化参数值,从而提高模型预测结果的可信度,为化学品管理决策提供准确数据.本研究以化学物质八甲基环四硅氧烷为例,采用局部敏感性分析法中的一次一个变量法和全局敏感性分析法中的回归分析法,分别对多介质环境模型New Equilibrium Criterion模型参数进行了敏感性分析.结果表明,亨利常数、LevelⅢ向空气排放率和沉积物沉积速率等参数值的变化对模型预测结果影响显著.

甲基肼-四氧化二氮气相燃烧反应机理构建及反应特性研究

基于层级结构思路构建了包含24组分和25步基元反应的自燃MMH-NTO简化燃烧反应机理Mech25.Mech25机理中MMH-NTO燃烧反应过程包括冷反应(积累热量和自由基)、着火反应(快速放热)、高温燃烧反应(反应平衡)3个阶段.反应机理包含了CH_(3)NHNH_(2)逐步脱氢反应、HONO分解反应、小分子及自由基反应与高温分解反应等.温度敏感性分析表明燃烧温度对CH_(3)NHNH_(2)与CH_(3)NNH脱氢反应最为敏感;热释放速率分析表明CH_(3)NNH与HCO的氧化反应对热释放贡献最大,而HONO分解反应吸热效应最显著,H_(2)O分解反应促使反应由快速放热转为平衡反应;着火延迟敏感性分析表明其对R2反应最为敏感,反应(R2)活化能值对能否发生自着火至关重要;氧燃比影响分析表明,终产物H_(2)O与N_(2)非同步达峰在近当量燃烧区域产生了温度对氧燃比变化不敏感的平台区.与已有简化机理相比,Mech25机理对MMH-NTO反应终态温度预测最为准确,其值与详细机理偏差仅为0.2%.

甲状腺癌甲基化差异片断的筛选

目的筛选甲状腺癌与甲状腺癌旁组织的甲基化差异片段。方法采用甲基敏感性代表性差异分析（MS-RDA）方法,用甲基化敏感性内切酶消化甲状腺癌及癌旁组织基因组DNA,连上接头制备扩增子后,进行两轮消减杂交,筛选甲状腺癌与癌旁组织的甲基化差异片段。结果经过两轮消减杂交后,筛选出3个低甲基化差异片段,2个高甲基化差异片断。筛选出的低甲基化差异片段C913位于BC029276基因上,该基因编码一种rRNA结合蛋白,可能与肿瘤有关。另外2个低甲基化差异片段C915与C917尚未见相关结构和功能的报道。两个高甲基化差异片断与已知基因同源性在20%-35%之间。5个片断均为新的甲基化差异片断。结论在甲状腺癌组织中存在异常甲基化,筛选出的甲基化差异片断有助于进一步了解异常甲基化在甲状腺癌发生发展中的作用。

中国主要河口海湾富营养化特征及差异分析

针对我国65个沿海河口海湾,基于自然地理数据及2007~2012年水质监测数据,采用箱须图法、聚类分析、相关性分析和主成分分析等方法,探讨河口海湾间富营养化特征、差异性及主要原因.结果表明,大型河口海湾的富营养化状态指标值相对较高,但河口海湾间富营养化响应指标值存在一定差异,DIN、PO-4^(3-)-P和COD是河口海湾富营养化特征的第1主成分,DO和Chl-a是第2主成分,盐度、水深、潮差和面积等是第3主成分,河口海湾水体Chl-a浓度与TN入海量(P<0.01)、DIN(P<0.01)、PO_4^(3-)-P(P<0.05)、流量(P<0.01)、温度(P<0.05)呈显著性正相关,同时与潮差(P<0.05)和盐度(P<0.01)和DO(P<0.01)呈显著性负相关.表明营养盐入海量增多是引起河口海湾一系列富营养化症状的主要因素,但河口海湾自然属性会调节其富营养化状态,造成系统间响应特征的差异.潮差小于2.5m的河口海湾,其营养盐转化效率明显高于潮差大于2.5m的河口海湾.说明河口海湾潮差可通过改变水体滞留时间、垂直混合和光照条件等,调节浮游植物生物量对营养盐的敏感性.此外,与外海的水体交换,海洋生物的捕食,及其他形态营养盐的供给等作用,也会影响河口海湾水体Chl-a的水平,人类活动带来的营养盐输入,以及河口海湾特有的自然属性,共同决定了其富营养化特征的差异和程度.

基于均匀试验的半填半挖路基边坡稳定性灰色关联分析法

首先对山区半填半挖路基边坡稳定性影响因素进行了分析,在总体上将其归纳为填料物理力学参数和填方区的几何参数;其次在深入研究边坡稳定影响因素敏感性分析方法的基础上,提出灰色关联分析特别适合于山区路基边坡稳定性这种复杂而且具有不确定性问题的分析和评价,并对传统灰色关联分析中的不足之处加以改进;然后结合均匀试验设计能使试验次数和计算工作量大大减少的优点,建立起基于改进灰色关联的山区路基边坡稳定性均匀试验分析方法;最后用该方法对某山区公路半填半挖路基边坡变形稳定性及强度稳定性影响因素进行了分析。结果表明,填方区填料的物理力学参数和几何参数对半填半挖路基变形均比较敏感,而对于强度稳定性填方区填料物理力学参数比其几何参数敏感,这可为预防和控制该类路基因强度不足失稳及填、挖结合面的差异沉降提供重要指导,为设计、施工及加固提供重要参考。

不同辣椒品种果实发育过程中DNA甲基化的MSAP分析

【目的】分析辣椒GB14和GB38果实发育过程中酶切位点的甲基化,为在分子水平上研究辣椒红素调控规律、在辣椒遗传育种中奠定理论基础。【方法】对辣椒果实发育成熟过程中的DNA甲基化修饰进行分析。【结果】DNA半甲基化条带比率与全甲基化条带比率均随着籽粒的生长发育而逐渐升高,两种辣椒果实绿熟期和红熟期基因组总体甲基化比例分别为36. 51%、36. 38%、35. 57%和35. 45%。对甲基化表现呈多态性变化的8个片段回收、测序分析表明,DNA甲基化发生的位点既存在于基因组的编码区,也存在于非编码区。【结论】在辣椒果实发育过程中,DNA甲基化修饰发生了巨大的变化; CCGG位点的半甲基化水平与辣椒红素积累呈正比。