高通量测序技术在呼吸道病原检测中的应用

呼吸道感染是一种常见的感染性疾病,快速、准确的诊断是疫情防控以及疾病预后判断的重要依据。呼吸道感染病原体常规检测方法有分离培养鉴定、免疫学方法如ELISA、分子生物学方法如荧光定量PCR等。近年来,高通量测序技术(next-generation sequencing,NGS)快速发展,已经广泛应用于微生物检测领域,本文将对高通量测序技术在呼吸道病原检测中的研究现状和应用进展进行综述。

临床病原体面板检测技术在肺炎病原检测中的应用价值

目的:探究临床病原体面板(CPP)检测技术在肺炎病原检测中的应用价值。方法:选取2019年3月—2023年12月中国贵航集团三〇二医院呼吸与危重症医学科收治的肺炎患者600例作为研究对象,均进行常规病原体检测和CPP检测,以痰培养结果作为“金标准”,比较常规病原体检测和CPP检测的细菌、真菌检出情况。结果:CPP检测对肺炎克雷伯肺炎亚种、大肠埃希菌、白假丝酵母菌、鲍曼不动杆菌、肺炎链球菌、黄曲霉菌、酵母菌、金黄色葡萄球菌、流感嗜血杆菌、铜绿假单胞菌的检出率均高于常规病原体检测,差异有统计学意义(P<0.05);CPP检测对霉菌、念珠菌、隐球菌、组织胞浆菌的检出率均高于常规病原体检测,差异有统计学意义(P<0.05)。结论:CPP检测技术在肺炎病原检测中具有较高的检出率,可为临床检测呼吸道感染提供科学依据。

1例蛋鸡混合感染的病原检测与分析

为明确盐城某规模化养殖场蛋鸡死亡原因,针对2022年冬季送检的17只患病蛋鸡进行了病理剖检、细菌分离鉴定和常规PCR检测。细菌分离鉴定结果表明分离到1株致病性大肠杆菌;PCR检测结果包括H9亚型AIV 1份、CAV 4份、MDV和CAV混感1份、FAdV和CAV混感1份、H9和CAV混感6份。结合临床症状、病理变化和实验室检测结果,该次疫情诊断为CAV、H9亚型AIV、FAdV、MDV和EC混合感染。

CRISPR-Cas12a在病原检测中的应用进展

发病早期对病原体的快速诊断对疾病的预防和控制具有重要意义。成簇规则间隔短回文重复序列(CRISPRs)和相关蛋白(CRISPR-associated protein,Cas)组成的CRISPR-Cas系统是强大的基因编辑工具,其中的CRISPR-Cas12a系统在病原体的快速诊断方面展现出了巨大的潜力,其与核酸扩增、荧光标记等技术结合建立的检测方法具有特异性强、灵敏度高、检测方便等特点,适合现场即时检测。本文回顾了CRISPR-Cas系统的作用机制,总结了近年来CRISPR-Cas12a在病原菌检测中的研究进展,提出了面临的挑战和展望,以期为病原体检测技术的开发和疫病防控提供参考。

2022年我国部分地区白羽肉鸡病原检测数据简报

2022年1~12月份青岛润达生物动物疫病检测中心共收到来自山东、河北、东北、西北等规模化养殖场送检的白羽肉鸡病料样品,共计3 592份。现将病原检测结果进行统计分析,以便为临床规模化养殖提供数据参考,做好疫病预防与控制。1不同月份送检样品的检测数量2022年全年送检白羽肉鸡病料样品数量分布情况见图1。

定安母猪流产病原检测

为了解引起定安母猪流产和死胎的主要病毒病原情况,笔者采用荧光定量PCR方法对2021年11月至2022年10月采自海南定安县32个定安母猪养殖场及养殖户267份流产胎儿及组织排泄物样品进行了猪繁殖呼吸综合征病毒(PRRSV)、猪圆环病毒2型(PCV2)、猪伪狂犬病病毒(PRV)、猪细小病毒(PPV)及猪乙型脑炎病毒(JEV)5种病原的检测。结果显示,267份病例样品大部分来源于海南气温相对较低的月份(占比63%)及母猪妊娠后期(占比77%)。5种病原阳性检出率为36.70%(98/267),从高到低依次为PRRSV(17.98%)、PCV2(11.61%)、JEV(9.74%)、PRV(6.37%)、PPV(4.49%)。病原以单一感染为主,混合感染以双重感染为主,多种病原感染少见。为相关养殖场及养殖户做好定安母猪繁殖障碍性疫病的防控措施提供参考依据。

肺炎支原体抗体滴度与RNA病原检测在儿童肺炎支原体肺炎诊断和治疗中的应用价值

目的探究肺炎支原体(MP)抗体滴度与RNA病原检测在儿童肺炎支原体肺炎(MPP)诊断和治疗中的应用价值。方法选取2020年6月至2021年6月本院收治的86例MPP患儿作为研究对象,所有患儿均采用颗粒凝集法检测MP抗体滴度,RNA实时荧光恒温扩增技术(SAT)测定MP-RNA。比较两种指标检测的阳性检出率,并分析阳性检出率的影响因素。结果MP抗体滴度的阳性检出率为88.37%,MP-RNA的阳性检出率为86.05%,组间比较差异无统计学意义。两种指标检测方法病程>1周阳性检出率分别为92.50%、97.83%均明显高于<1周的65.22%、70.00%,差异有统计学意义(P<0.05)。两种指标检测方法使用大环内酯类药物阳性检出率分别为96.88%、88.88%,均明显高于未使用的68.52%、65.63%,差异有统计学意义(P<0.05)。结论MP-RNA与肺MP抗体滴度检测各有优劣,病程和大环内酯类药物用药史是影响阳性检出率的因素,单独检测时应注意避免检测的影响因素,以提高检测准确率及临床应用价值。

我国部分地区樱桃病毒病害初步调查和病原检测

对山东泰安、辽宁大连和北京的樱桃病毒病发生情况进行调查,发现8个果园/栽培区均有病毒病发生,主要症状为叶片皱缩、畸形、卷叶、花叶、植株矮缩等。采集20份样品,利用12种病毒的引物进行RT-PCR检测。结果表明,在样品中扩增出与樱桃病毒A(Cherry virus A,CVA)、李属坏死环斑病毒(Prunus necrotic ringspot virus,PNRSV),李矮缩病毒(Prune dwarf virus,PDV)、李树皮坏死与茎痘伴随病毒(Plum bark necrosis stem pitting-associated virus,PBNSPaV)、樱桃绿环斑驳病毒(Cherry green ring mottle virus,CGRMV)、樱桃小果病毒-1(Little cherry virus-1,LChV-1)预期大小一致的目的片段;序列分析表明,与GenBank中注册所测的病毒核苷酸序列均具有较高的一致性。其中,大连、泰安和北京样品均检测到CVA;大连和北京样品中检测到PNRSV和PDV;北京样品中检测到PBNSPaV;大连苗木样品枝条中检测到CGRMV和LChV-1。这是在我国樱桃上首次检测到LChV-1。

金银花褐斑病病原检测和ITS鉴定

为了提高金银花褐斑病防治的靶向性,加强对银花褐斑病病原的检测。依据科赫氏法则,采用‘巨花一号’金银花褐斑病病叶为试材,经过平板分离、菌种纯化、叶片接种试验和ITS鉴定。通过3次病原菌分离、检测,共分离真菌71株,从金银花叶片上首次筛查出番茄匍柄霉(Stemphylium solaini)、旋丝毛壳(Chaetomium bostrychodes)两种潜在致病菌;另外,还有2株具有生防价值的球毛壳菌(Chaetomium globosum)和黑附球菌(Epicoccum nigrum);试验证实拟茎点霉(Phomopsis sp.)为金银花褐斑病病原微生物。

重症监护病房抗菌药物使用和病原检测调查分析

目的分析重症监护病房(ICU)患者抗菌药物临床应用和病原检测情况,为促进合理用药和管理决策提供依据。方法回顾性调查2013年7-12月从浙江大学医学院附属第二医院ICU直接出院的所有病例,对患者入住ICU后感染情况、入住3 d内及整个住院期间抗菌药物使用以及病原学检查结果等进行分析。结果出院患者466例,整个住院期间有424例使用抗菌药物(91.0%),每例平均使用抗菌药物(2.95±2.02)种,平均使用时间为18.3 d;联合用药率53.3%,70.3%患者使用了特殊使用级广谱抗菌药物,94.3%使用了超广谱抗革兰阴性杆菌抗菌药物,酶抑制剂复合物、碳青霉烯类和专性抗革兰阳性球菌药物的使用率分别为66.5%、58.5%和54.7%。250例患者在入住ICU时有明确感染证据,初始抗菌药物联合使用率、超广谱抗革兰阴性杆菌药和特殊使用级广谱抗菌药物的使用率分别为36.0%、86.0%和55.6%;入住ICU时仅7.6%已有病原微生物检测结果,203例入住ICU3 d内作病原微生物检测,但仅59例(29.1%)是在首剂抗菌药物使用前采样。首次送检标本临床分离菌株以多重耐药革兰阴性杆菌和口咽部污染菌为主。结论入住ICU患者使用抗菌药物前后病原学证据缺少,随意使用超广谱抗革兰阴性杆菌药、特殊使用级抗菌药物以及联合用药现象很普遍,亟待临床医师转变用药理念,加强抗菌药物合理使用的管理。

河南甜樱桃病毒病害调查及病原检测

在河南省郑州市、巩义市、荥阳市、新郑市选择具有代表性的甜樱桃生产园对病毒病发生情况进行调查,采集表现为疑似病毒病症状的样本65份,利用7种病毒引物进行RT-PCR检测。5种病毒检测结果呈阳性,分别是李属坏死环斑病毒(Prunus necrotic ringspot virus,PNRSV)、李矮缩病毒(Prune dwarf virus,PDV)、樱桃绿环斑驳病毒(Cherry green ring mottle virus,CGRMV)、樱桃坏死锈斑病毒(Cherry necrotic rusty mottle virus,CNRMV)及樱桃病毒A(Cherry virus A,CVA);序列分析结果表明,5种病毒扩增片段与GenBank中注册的相应病毒核苷酸序列均具有较高的一致性;样本病毒检出率为100%,其中13份样本为单独侵染,其余52份样本均为多病毒复合侵染,占比高达80%,复合侵染比例随着侵染病毒种类的增多逐渐降低;病毒侵染组合与叶片表型症状无明显对应关系。

环介导等温扩增技术及其在病原检测中的应用

近年来，环介导等温扩增技术已经被开发利用。它采用能特异识别靶序列上6个位点的4条引物及一种具有链置换活性的DNA聚合酶，在恒温条件（60℃～65℃）下，不到1h的时间里进行核酸扩增，其扩增效率可达到10^9～10^10个数量级，具有特异性强、等温灵敏、操作简单、产物易检测等优点。环介导等温扩增法已经被用来快速检测动物病原（病毒、细菌、寄生虫）。论文就环介导等温扩增法的原理、特点及其在动物病原快速检测中的应用等做了简要的综述。

云南柑橘黄龙病病原检测及其16S rDNA序列分析

利用柑橘黄龙病菌的特异引物,对采自云南红河州建水县和个旧市、玉溪市华宁县、大理州宾川县、昭通市盐津县、德宏州瑞丽市以及保山市隆阳区等地共151个疑似柑橘黄龙病样品进行了黄龙病菌的检测,其中建水县有5个样品检测结果为阳性,检出率为33.3%;个旧市、华宁县和宾川县各有1个样品为阳性,检出率分别为8.3%,5.5%,6.7%;而昭通、德宏和保山的样品均为阴性。表明黄龙病在云南的主要柑橘产区建水、个旧、华宁和宾川均有不同程度的发生,其中建水县发生率较高,生产上应尽快引起重视。对所获得的黄龙病菌16S rDNA进行了克隆和序列测定,发现8个云南柑橘黄龙病菌16S rDNA的序列一致性均为100%,与柑橘黄龙病菌亚洲种(Candidatus Liberibacter asiaticus)相应序列的一致性为98.7%～100%,与柑橘黄龙病菌非洲种(Candidatus Liberibacter africanus)的一致性为97.5%～98.7%,而与柑橘黄龙病菌美洲种(Candidatus Liberibacter americanus)的一致性均为96.5%。表明云南主要柑橘产区发生的黄龙病菌均属于柑橘黄龙病菌亚洲种。

由肠炎沙门菌引起的食物中毒的病原检测与同源性分析

据统计,国内报道的细菌性食物中毒事件中,沙门菌引起的占70%-80%[1-2],其中引起沙门氏菌食物中毒的食品中,超过90%是肉类等动物性产品。2014年8月,广州市发生一起因为食用蛋糕店被污染的蛋糕而引发的食物中毒事件,经流行病学调查、实验室检测,并结合临床症状,确认这是由肠炎沙门菌引起的食物中毒,现对有关标本的病原检测与同源性分析结果报道如下。1资料与方法1.1一般资料2014年8月下午10点广州市疾控中心接到报告,市某小区数人出现腹痛、

雏鸡关节炎的病原检测

肉鸡的多发性关节炎是一种重要的传染病，主要有以下2种类型：由呼肠孤病毒（avian reovirus，ARV）引起的肉鸡病毒性关节炎，由沙门菌（Salmonella）、大肠杆菌（E．coli）、金黄色葡萄球菌（Staphylcoccus aureus）、多杀巴氏杆菌（Pasteurella muhocida）等引起的细菌性关节炎。

2017—2021年广西腹泻猪群主要病毒性腹泻病原检测

为掌握广西地区导致猪群腹泻的主要病毒性病原的流行态势,为养殖场猪病毒性腹泻的综合防控提供依据,用实时荧光RT-PCR检测方法,对2017年1月—2021年6月广西14个地市489个猪场1206份临床腹泻样品进行猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪轮状病毒(PoRV)、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)、猪丁型冠状病毒(PDCoV)等病原检测,并分析其阳性检出率在不同年份、季节、地区、年龄段猪群之间的差异以及病原混合感染情况。结果显示,2017—2021年,PEDV、PDCoV、PoRV、TGEV样品阳性检出率分别为49.67%、7.63%、4.56%和0.33%,场阳性检出率分别为53.37%、8.18%、8.18%和0.61%;病毒性腹泻病原有一定的季节性流行特征,多表现为冬、春季流行加重;PEDV、PDCoV普遍流行,PoRV局部流行,TGEV散发流行;4种病原对不同年龄段腹泻猪群的感染率存在差异,其中对哺乳仔猪危害最为严重;猪群以单一感染为主,主要为PEDV单一感染,阳性检出率为47.93%,混合感染均为二重感染且感染率较低。结果表明,导致广西地区猪群腹泻的主要病毒性病原主要为PEDV、PDCoV和PoRV,其中PEDV为最主要病原,其他病原也呈流行加重趋势,需进一步加强病原监测和疫病综合防控。

呼吸道综合症病猪群病原检测与分析

应用PCR技术和免疫荧光试验对福建省某猪场以呼吸道症状为主的发病猪群进行多重病原检测和人工感染病猪肺脏淋巴结等器官的病理组织学观察。结果显示:病猪肺脏和淋巴结等病料匀浆的RT-PCR检测为PRRSV变异株阳性,但PRV、CSFV、PCV2及SIV均为阴性;免疫荧光试验结果与RT-PCR一致;将阳性病料接种Marc-145分离到1株病毒,人工感染断奶仔猪能复制出与临床自然病猪相同的临床症状和病理变化,并能回收到病毒;病理组织学观察显示人工感染濒死猪肺脏呈间质性肺炎病变。综合分析上述结果初步表明该猪群暴发的呼吸道疾病主要是由高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)变异型引起。

我国蜜蜂主要病原检测技术

蜜蜂是重要的经济昆虫。蜜蜂病害威胁蜜蜂产业的发展。蜜蜂病害检测及病原鉴定是病害防治的基础。文章详细介绍我国蜜蜂常见6种主要病害(美洲幼虫腐臭病,欧洲幼虫腐臭病,囊状幼虫病,慢性麻痹病,微孢子虫病,白垩病)的病原快速准确的检测方法。

云南甘蔗宿根矮化病发生危害调查与病原检测

为了明确云南蔗区甘蔗宿根矮化病（Ratoon stunting disease,RSD）的发生危害情况,为推广应用甘蔗温水脱毒健康种苗和有效防控甘蔗宿根矮化病提供科学依据。于2012—2014年,对云南省18个蔗区的甘蔗宿根矮化病发生危害情况进行了全面系统调查,并采用PCR技术对田间采集的1091个蔗茎样品进行RSD检测。结果表明,825个样品为阳性,阳性检出率75.6%;18个蔗区都检测出RSD,阳性检出率56.4%～88%;28个主栽品种均感染RSD,阳性检出率51.2%～100%,其中‘粤糖82-882’、‘粤糖93-159’、‘粤糖00-236’、‘粤糖60’、‘桂糖11’、‘桂糖17’、‘桂糖94-119’、‘赣蔗18’、‘云引58’、‘德蔗93-94’等10个品种感病严重,RSD检出率在90%以上;不论是新植、宿根,还是水田、旱地甘蔗均感染RSD;可见RSD已在云南各蔗区普遍发生且危害严重,是导致甘蔗减产、宿根年限缩短及严重威胁云南蔗糖产业稳定可持续发展的一种重要病害。