中国五省市甲型肝炎病毒基因分型的研究

为了解甲型肝炎 (甲肝 )病毒 (HAV)在中国几个城市的基因型分布 ,选择浙江杭州、江苏启东、安徽铜陵、云南昆明和上海市等的甲肝病人粪便标本或血清标本 ,以逆转录 -套式聚合酶链反应 (RT nPCR)扩增合成HAVVP1/2A交接区基因区 ,并进行直接核苷酸序列分析和差异比较。结果表明 ,从这些城市甲肝病人分离到的 17株HAV株均属基因Ⅰ型 ,为IA和IB亚型 ;所有HAV株间核苷酸差异均小于 15 % ,但约 5 0 %HAV株株间核苷酸差异大于 7 5 % ,说明中国流行或散发的HAV株可能有基因IA、IB亚型同时存在。该项研究结果将为HAV的分子流行病学追踪调查提供方法和依据。

中国丙型肝炎病毒基因型的进化树分析

目的了解丙型肝炎病毒的基因型在中国的分布,对各基因型做遗传进化树分析。方法分型方法按5′端非编码区(5′NCR)ABC程序酶切分型技术进行。应用BsrBⅠ、HaeⅡ、HinfⅠ、BstUⅠ、HaeⅢ等5种限制性内切酶,对HCV阳性血清进行分型研究。对1a、3b基因型进行HCVNS5bPCR,测序。对5′NCR和NS5b进行遗传进化树分析。结果测序结果证实中国存在HCV3b和1a型;进化树分析结果表明第86、98、123株样品与3bD49374相关,获美国NCBI的GenBank认证;第61株与HC J1D107491a型相关;5′NCR测序结果证实第16、62株与HC J82b型相关。结果表明中国存在着HCV1a、2b、3b型的感染。结论经过遗传进化树分析证实了ABC程序酶切分型技术可准确地检测1a～6aHCV基因型。

广西甘蔗黄叶病调查及3种病毒基因型在广西的分布

[目的]探明甘蔗黄叶病在广西蔗区的发生情况,明确甘蔗黄叶病毒（SCYLV）基因型类型和地理分布,为甘蔗抗病育种和健康种苗生产提供科学依据.[方法]从广西蔗区采集不同品种（品系）显症或不显症甘蔗样品,采用特异引物（P1/P2）进行RT-PCR检测.甘蔗黄叶病病毒基因型鉴定采用3对特异引物BRA-PER-F/BRA-PER-R、REU-F/B-REVd和CUB-F/CUB-R进行RT-PCR鉴定.[结果]SCYLV RT-PCR检测结果,124个样品中有57个样品可扩增出大小约630 bp的目的条带,扩增产物与GenBank中已报道的SCYLV CP基因序列同源性达95％～99％.甘蔗黄叶病调查结果,124个样品中57个样品检测出SCYLV,感染率为46.0％.广西北部蔗区黄叶病感染最严重,SCYLV检出率为76.0％;桂西、桂中、桂南蔗区分别有50.0％、40.0％和36.8％的品种检出SCYLV;桂东蔗区SCYLV阳性检测率最低,为16.6％.在所调查的甘蔗品种中以柳城03-182、桂糖21、粤糖55和粤糖93-159感染SCYLV比较严重,主栽品种ROC22在柳城、宜州、钦州和金光农场均检测出阳性.病毒基因型调查结果,广西甘蔗黄叶病病毒基因型存在巴西-秘鲁（BRA-PER）、留尼汪岛（REU）和古巴（CUB）基因型等3种.主要以CUB型为主,占63.2％,除东部和西部蔗区外其他蔗区均有分布;其次是BRA-PER基因型,占56.1％,每个生态蔗区均有分布;REU基因型占5.3％,分布于柳州、凭祥、南宁蔗区.[结论]甘蔗黄叶病SCYLV已在广西各主要蔗区发生且蔓延,其病毒基因型存在3种且有不同程度分布.

乙型肝炎病毒基因型在无症状感染者、慢性乙肝和肝硬化患者中分布研究

目的探讨乙型肝炎病毒基因型与HBV感染结局之间存在关联。方法采用病例-对照研究方法,征集300例无症状感染者、668例慢性乙肝患者和108例肝硬化患者作为研究对象,应用聚合酶链反应(PCR)方法对乙型肝炎病毒基因型进行测定。结果在无症状携带组、慢性肝炎组和肝硬化组中,HBVDNA阳性率分别为42·7%、91·0%和50·0%。无症状携带组HBV基因分布分别为B型28·1%、C型68·8%和混合型3·1%。慢性乙型肝炎为B型20·9%、C型72·0%和BC混合型7·1%。肝硬化组为B型11·1%、C型83·3%和混合型5·6%。不同组别的HBV病毒基因型构成比不同(χ2=9·981,P=0·041)。结论HBV病毒基因型可能是影响HBV感染结局的重要因素。

慢性乙型肝炎病毒基因型与BCP区变异的临床研究

为了研究乙型肝炎病毒 (HBV)基因型与C基因启动子 (BCP)基因变异的关系 ,对 6 9例慢性乙型肝炎患者分别用聚合酶链反应 (PCR)—限制性片段长度多态性 (RFLP)技术和PCR微板核酸分子杂交技术 ,进行基因分型及HBVBCP基因变异检测。在 6 9例慢性乙型肝炎患者中 ,各基因型发生的BCP区A176 2T/G176 4A双突变分别为C型 18例 (4 3 9% )B型 3例 (16 7% )D型 2例 (2 0 % )。C型的BCP双突变率明显高于B型 ,两者相比有显著性差异(P <0 0 5 )。故可以认为乙型肝炎病毒基因型与BCP区双突变存在有一定的相关性。推测A176 2T/G176

乙型肝炎病毒基因型与血清HBV DNA水平的关系

目的 探讨乙型肝炎病毒 (HBV)基因型与血清HBVDNA水平的关系。方法 采用PCR、核酸杂交和酶联显色技术以及荧光定量PCR技术 ,分别对 12 3例慢性乙型肝炎 (CHB)患者进行HBVDNA基因分型和血清HBVDNA水平的测定。结果 泉州地区CHB患者的HBV基因型以B型为主 ,其次为C型 ,部分以D型和混合型存在 ,分别占 74 80 %、17 0 7%、3 2 5 %和 5 69% ,无A、E、F型。C基因型的HBVDNA水平 (log值 )为 7 0 5± 1 3 5 ,显著高于B基因型的 6 3 2± 1 0 6,P <0 0 1;而C基因型的HBeAg含量为5 3 62± 2 5 3 2 ,亦显著高于B基因型的 40 1l± 15 17,P <0 0 1。C基因型患者的TBIL、ALT、AST均显著高于B基因型 ,而白蛋白水平则显著低于B基因型 ,P <0 0 1。结论 泉州地区CHB患者以B基因型为主 ,部分以C型、D型和混合型存在。C基因型的血清HBVDNA水平显著高于B型 。

乙型肝炎病毒基因型与干扰素α1b疗效关系的研究

目的 探讨乙型肝炎病毒 (HBV)基因型与干扰素α1b治疗慢性乙型肝炎疗效的关系。方法 采用PCR、核酸杂交和酶联显色技术对慢性乙型肝炎患者进行HBV基因分型 ,随机观察 10 5例 (B型 5 3例和C型 5 2例 )慢性乙型肝炎患者干扰素α1b治疗 6个月和随访半年后肝功能和病毒学指标的变化。结果 干扰素α1b治疗 6个月和随访半年后 ,B基因型患者的HBeAg阴转率、HBVDNA阴转率和HBeAg/抗 HBe的血清转换率均显著高于C基因型 (P <0 . 0 1) ,B基因型患者的有效应答率为 5 2 . 83 %,显著高于C基因型的 2 5 . 0 0 %(P <0 . 0 1)。B基因型的持续应答率高于C型 ,复发率低于C型 ,但两组差异无显著性 (P >0 . 0 5 )。结论 B基因型对干扰素α1b的抗病毒疗效显著高于C型 ,HBV基因型是影响干扰素α1b疗效的重要因素之一。

牛乳头瘤病毒基因2型流行株全基因组的克隆及序列分析

为了解牛乳头瘤病毒(Bovine Papillomavirus,BPV)新疆流行株基因型及其基因组遗传变异情况,用乳头瘤病毒L1基因简并引物FAP59/FAP64对新疆沙湾县奶牛皮肤肿瘤组织样品进行PCR扩增,测序后确定,BPV基因型;设计6对BPV基因型特异性引物,经扩增、测序、拼接后获得BPV流行株全长基因组序列。L1基因序列分析表明,BPV2-SW01流行株为BPV-2基因型;该毒株基因组全长7 944bp,包括E6、E7、E1、E8、E2、E4、E3、E5、L2和L1 10个开放阅读框(ORF)。遗传进化树分析显示,BPV2-SW01归于Delta乳头瘤病毒属,与BPV-1和BPV-13进化关系最近。

江西乙型肝炎病毒基因型分布及其与临床的相关性

目的了解江西慢性乙型肝炎患者血清乙型肝炎病毒(HBV)基因型的分布情况及HBV基因型与临床的关系。方法选择HBV DNA阳性的慢性乙型肝炎患者血清150份,患者分别诊断为慢性HBV携带者、慢性肝炎轻度、中度、重度和慢性重型肝炎,每组30例,采用多对型特异性引物巢式PCR法检测HBV基因型。结果本组慢性乙型肝炎患者HBV基因分型结果为B型118例(78.7%),C型31例(20.7%),D型1例(0.6%);在上述5组患者中C型比例分别为0%,16.7%,26.7%,30.0%和30.0%,其中慢性HBV携带者与其他组比,差异有统计学意义(P<0.05);B、C两基因型患者HBeAg阳性率分别为83.9%(99/118)和90.3%(28/31),HBeAb阳性率分别为16.1%(19/118)和9.7%(3/31),差异均无统计学意义(P>0.05)。结论江西地区HBV优势基因型以B型为主,C型次之,有少量的D型感染者。

乙型肝炎病毒基因分型与临床病情的关系

目的探讨乙型肝炎病毒(HBV)基因型与乙型肝炎疾病谱及临床研究的相关性。方法用S基因PCR产物直接测序的基因型分型方法对南京地区94例HBV感染者中44例慢性乙型肝炎(CHB)患者、33例慢性重型乙型肝炎(CSH)和肝硬化(LC)患者、17例肝细胞癌患者(HCC)血清标本进行病毒基因分型,同时对不同基因型患者的ALT、TBIL、血清HBVDNA水平进行了比较。结果94份血清标本中,基因型以B型和C型为主,分别为44例(42.6%)和54例(57.4%),未发现其它型和混合型;CHB组和HCC组病毒基因型分布差异显著,CHB患者中B型多于C型,而HCC患者中C型多于B型;C型和B型患者性别和HBVDNA含量差异不显著,而年龄、ALT和TBIL的差异显著,C型患者都高于B型患者。结论南京地区流行的HBV主要基因型是B和C;C型感染引起较重的肝脏损伤,同时C型与较严重的肝病有关。HBV基因型是影响临床表现的重要因素之一。

乙型肝炎病毒基因型与YMDD变异的关系

目的:了解乙型肝炎病毒(HBV)基因型与YMDD变异之间的关系。方法:多对型特异性引物PCR扩增法对238例经拉米夫定治疗的慢性乙型肝炎患者进行HBV基因分型,直接序列分析;采用基因芯片检测YMDD及前C/BCP区变异。结果:238例患者中,检测出B基因型190例(79.8%),C基因型41例(17.2%),BC混合型7例(3.0%);发生YMDD变异44例,变异率为18.5%,其中B基因型33例,变异率为17.4%,C基因型8例,变异率为19.5%,BC混合型3例,变异率为42.4%,C基因型YMDD变异的发生率与B基因型相比,差异无显著性意义(P>0.05)。44例YMDD变异者中,30例同时存在L528M变异,7例联合前C区(nt1896)变异,13例联合BCP区(nt1762/1764)双重突变。结论:本地区慢性乙型肝炎患者中,优势基因型为B型和C型,经拉米夫定治疗后YMDD变异的发生率在B型和C型差异无显著性意义,同时伴有L528M及前C/BCP区多重变异。

慢性丙型肝炎患者病毒基因型与IL-28B基因型分布

目的了解慢性丙型肝炎患者白细胞介素-28B(IL-28B)基因型多态性分布的特点及其临床意义。方法在27例慢性丙型肝炎患者,分离外周血细胞DNA,采用IPLEX Gold法检测宿主IL-28B基因多态性;分析患者IL-28B基因型与血清丙型肝炎病毒(HCV)基因型、HCV RNA载量和肝功能指标的相关性。结果在27例慢性丙型肝炎患者中,感染HCV基因1型1例(3.7%),1b基因型7例(25.9%),其它基因型19例(19/27,70.4%);在IL-28B基因型中,rs12979860 CC基因型、rs12980275 AA基因型及rs8099917 TT基因型共24例(88.9%),而IL28B rs12979860 CT基因型、rs12980275 GA基因型和rs8099917 GT基因型共3例(11.1%);在HCV基因1型或1b型感染者中,IL28B rs12979860 CC基因型、rs12980275 AA基因型和rs8099917 TT基因型占62.5%(5/8),而HCV其他基因型感染者IL28B rs12979860 CC基因型、rs12980275 AA基因型和rs8099917 TT基因型占100%(19/19);HCV基因1型或1b型感染者与HCV其他基因型感染者比,其IL28B rs12979860位点、rs12980275位点和rs8099917位点基因型分布有显著性差异(P<0.01);IL-28B基因多态性分布与患者血清HCV RNA载量或肝功能指标的变化无显著性相关。结论本组慢性丙型肝炎患者HCV基因型大多为非1型;大多数感染者IL-28B基因为rs12979860 CC、rs12980275 AA和rs8099917 TT基因型。

牛乳头瘤病毒基因1型贵州GZLZ流行株全基因组序列测定及分析

为了解牛乳头瘤病毒(BPV)GZLZ流行株全基因组序列、结构特征及遗传变异情况,本研究首先提取贵州六枝患病牛皮肤肿瘤样品DNA,以BPV L1基因的简并引物对其进行PCR扩增,测序并构建BPVL1基因进化树确定其为BPV1基因型。根据GenBank中BPV1参考株设计7对特异性引物,经扩增、测序、拼接后获得BPV流行株全基因组序列。序列分析显示,贵州六枝GZLZ流行株基因组全长为7 946 bp,具有BPV1基因型的结构特征。本研究为贵州地区的牛乳头状瘤的病原鉴定、流行规律以及科学的防控提供依据。

乙型肝炎病毒基因型及其临床意义的研究

目的 探讨乙型肝炎病毒基因型与临床表型及与HBeAg的关系。方法 研究病例为 138例 ,其中抽取 39例慢性无症状携带者、5 5例慢性乙型肝炎患者、31例重型肝炎或肝硬化患者和 13例肝细胞癌患者的外周血 ,用微板核酸杂交_ELISA法测定其基因型。结果 基因型B、C及混合型在重型肝炎、肝硬化及肝癌患者中的分布存在差异 (分别为 2 0 % ,30 %和 4 8% ) ,混合型只见于重型肝炎、肝硬化患者 ,基因型D仅见于重型肝炎、肝硬化患者。按炎症活动度所划分的轻、中、重度慢性肝炎中 ,基因型B检出率逐渐降低 ,基因型C检出率逐渐升高 ,但无统计学差异。在以年龄分组中 ,基因型C患者HBeAg阳性率显著高于基因型B患者 ,特别是 31～ 4 0岁组。在重型肝炎、肝硬化组中 ,基因型C组HBeAg阳性率高于基因型B组。结论 混合型及基因型C更易发生重型肝炎、肝硬化及肝癌 ,而基因型B则较少。基因型C组的HBeAg阳性率显著高于基因型B组 ,混合型和基因型C与较严重的肝脏疾病有关。

丙型、乙型肝炎混合感染者病毒基因型与临床特征分析

探讨丙型、乙型肝炎病毒混合感染的基因型特点及临床特征。采用ELISA法进行病毒血清标志物检测 ,采用PCR -微板核酸杂交 -ELISA法进行HBV -DNA定量及HCV -RNA基因分型检测。丙型、乙型肝炎病毒混合感染者HCV -RNA及HBV -DNA阳性率 (72 5 1%和 30 4 1% )分别低于丙型、乙型肝炎病毒单独感染者 (85 4 2 %和 6 0 72 % ) ,Ⅰ / 1a型和Ⅲ / 2a型HCV与HBV混合感染较同类基因型HCV单独感染明显增加 ,Ⅱ / 1b型丙型肝炎病毒合并乙型肝炎病毒感染者血清转氨酶及总胆红素水平最高 ,白蛋白和胆碱酯酶水平最低 ,尽管HCV、HBV混合感染的临床症状可能更为严重 。

基于循证医学的慢性丙型肝炎患者病毒基因分型与中医证候之间的关系探讨

目的:探讨慢性丙型肝炎(CHC)中医证候与病毒基因型的关系。方法:采用问卷调查与实验室检测相结合的形式,统计患者的中医症候体征规律,丙型肝炎病毒(HCV)基因分型采用基因测序法检测,采用Logistic回归进行相关性分析。结果:我国CHC患者病毒基因型以1型为主,中医证型以正虚邪恋型为主,病毒基因型和中医证型间不存在相关性,临床症状胁肋隐痛与HCV基因型存在相关性,且症状越重,病毒基因1、6型出现的机率越大。结论:HCV患者临床宏观症状与微观指标之间可能存在某些联系,该结果将为进一步研究CHC的宏观与微观之间的联系提供流行病学依据。

复发尖锐湿疣患者感染人乳头瘤病毒基因型的荧光偏振检测

目的 检测复发尖锐湿疣患者的人乳头瘤病毒 (HPV)基因型 ,以探讨尖锐湿疣复发的机理 ,并指导治疗。方法 以蛋白酶K消化法提取 81例复发尖锐湿疣组织临床样本DNA ,以各型HPVDNA通用引物行PCR扩增 ,将荧光偏振检测技术与模板指导的末端延伸反应 (TDI FP)结合 ,应用HPV 6B ,11,16 ,18各型特异探针杂交延伸反应对扩增产物进行HPV分型 ,并分别以含HPV 6B ,11,16 ,18L1质粒的阳性及不含待测靶基因的同源质粒的阴性标准品为参照。结果 81例尖锐湿疣组织块中HPV检出率 10 0 % ,其中两型混合感染 2 9例 ,占 36 .6 % ,三型混合感染 7例 ,占 8.6 %。结论 本组 81例复发尖锐湿疣患者的HPV的多重感染率高达 4 5 % ,可能与该病的反复复发有一定相关性。

牛病毒性腹泻病毒基因分型双重RT-PCR方法的建立

根据GenBank已发表的牛病毒性腹泻病毒(BVDV)基因Ⅰ型和Ⅱ型5’端非编码区(5’-UTR)保守序列,设计两对针对基因Ⅰ型和Ⅱ型的特异性引物,经反应条件的优化,建立了在同一反应体系中同时检测BVDV基因Ⅰ型和Ⅱ型的RT-PCR方法。该方法对两个基因型的病毒检测灵敏度均为2TCID50,只比单重PCR的灵敏度低了10倍。且具有较好的特异性和可重复性。经临床应用验证,该方法可用来对两个基因型的BVDV进行同步分型检测。

人乳头瘤病毒基因型检测对重度宫颈上皮内瘤变高频电波环切术疗效及预后评估的意义

目的探讨人乳头瘤病毒（HPV）感染及多重感染在重度宫颈上皮内瘤变（CINⅡ-Ⅲ）患者高频电波环切术（LEEP）治疗后残留或复发的预测作用。方法对诊断为CINⅡ-Ⅲ的患者236例，进行LEEP宫颈环切治疗，并于术前及术后6、12、24个月分别取宫颈分泌物进行HPV基因型检测，同时行阴道镜及液基细胞学随访2年。结果阴道镜下活检病理证实62例患者复发，占26．3％。20—29岁、30—39岁、40～49岁、50岁及以上的患者CIN病变残留或复发例数分别为2、27、20、13例。LEEP治疗前215例患者（91．1％）HPV感染检测呈阳性，其中HPV16型62例（28．9％），HPV52型43例（20．0％），HPV33型41例（19．1％），HPV18型39例（18．1％），HPV58型28例（13．0％），而58例患者（27．0％）为HPV多重感染。随访过程有62例（26．3％）患者残留或复发，均为同一类型HPV感染，其中11例为HPV多重感染。多重HPV感染者较单一或无HPV感染者更易残留或复发。结论HPV16、HPV18、HPV33、HPV45感染及HPV多重感染患者行宫颈LEEP手术治疗后复发率高。HPV基因型检测可作为宫颈上皮内瘤样病变LEEP治疗效果的预测指标。