病毒基因组生物信息分析系统的构建及关键技术探析

在生物信息学蓬勃发展的背景之下,本文将针对病毒基因生物信息分析系统的构建及构建过程中所使用到的关键技术进行研究。

西藏藏猪戊型肝炎病毒全基因组生物信息学分析

为了解藏猪源戊型肝炎病毒(HEV)分子特性,选取1株西藏藏猪源HEV4d型(GenBank登录号OQ981960)进行全基因组克隆,并通过多种生物信息学工具对其非结构蛋白、衣壳蛋白和磷蛋白进行生物信息学分析。结果显示:非结构蛋白为不稳定、亲水性蛋白,无跨膜区和信号肽,分别有27和29个T、B细胞抗原表位,二级结构以α-螺旋和无规则卷曲为主,三级结构包含锌离子受体、多个甲基化位点及多种解旋酶;衣壳蛋白为不稳定、亲水性蛋白,有跨膜区和信号肽,分别有14和29个T、B细胞抗原表位,二级结构以无规则卷曲和延伸链为主,三级结构包含推定的糖基水解酶、镁离子位点、合成酶、连接酶、异构酶等;磷蛋白为稳定、亲水性蛋白,无跨膜区和信号肽,分别有7和15个T、B细胞抗原表位,二级结构以α-螺旋和无规则卷曲为主,三级结构包含多个转移酶、聚合酶、连接酶、分泌系统、甲基转移酶、金属离子结合蛋白等。本研究为进一步了解西藏藏猪源HEV基因组和蛋白功能奠定了基础。

病原宏基因组高通量测序生物信息学分析质量评价的研究现状与思考

病原宏基因组高通量测序(mNGS)技术已成为感染病原学诊断的新工具,由实验操作(湿实验)和生物信息学分析(干实验)两部分组成。干实验由算法和数据库构成,其功能是对湿实验产生的测序数据进行分析处理后输出检测结果。干实验的性能受到测序数据中复杂多变的干扰因素的影响,包括临床样本中大量的人源核酸、试剂与耗材携带的微生物核酸、采样与湿实验引入的环境微生物核酸、数据库中基因组质量不均一或不同物种基因组之间的相似性过高导致的错误比对与注释,以及算法与参数差异对分类鉴定的影响等。上述干扰因素可能来自mNGS检测各个环节,不仅可能导致干实验输出错误的物种鉴定和微生物检测结果,也给干实验的质量控制与评价带来较大挑战。本文综述了mNGS干实验质量控制的关键问题以及关于质量评价方法的思考。

黄牛源产气荚膜梭菌分离株基因组的生物信息学分析

本研究自猝死海南黄牛的组织器官中分离到2株A型产气荚膜梭菌,命名为ZWCP209和ZWCP210。基因组拼接结果显示其基因组大小处于3.4~3.5 Mb之间,tRNA和CDS数量稳定。多位点序列分析(MLST)显示,测序菌株属于同种新ST型。从NCBI数据库中获取27株牛源产气荚膜梭菌的基因组,与测序分离株共同进行生物信息学分析:共检测到13种耐药基因,其中四环素类耐药基因tetA(P)和tetB(P)的携带率最高(79.4%),值得关注的是,本研究中2株海南黄牛分离株均携带了7种以上的耐药基因,其中包括非兽用抗生素噁唑烷酮的耐药基因optrA。泛基因组分析结果显示以上菌株的基因组中共含有7 345个基因,核心基因数量占比22.94%;在核心基因组和plc基因的系统进化分析中,两海南黄牛分离株处于同一分支,并具有相同的毒力因子,具有极高的同源性。本研究为国内首次对海南黄牛产气荚膜梭菌进行全基因组序列测定与生物信息学分析,对牛产气荚膜梭菌病的防治与基因组研究具有参考价值。

猪流行性腹泻病毒贵州流行株N基因的克隆、测序与生物信息学分析

为了了解贵州省猪流行性腹泻(porcine epidemic diarrhea,PED)的流行情况,试验对猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)贵州流行株(GZ2022)N基因序列进行克隆、测序,并利用DNAStar、ProtParam、ProtScale等生物信息学分析软件对PEDV-GZ2022株N基因的同源性和遗传进化地位,以及N蛋白的分子特征和潜在功能进行分析预测。结果表明:PEDV-GZ2022株N基因大小约为1364 bp,编码441个氨基酸;PEDV-GZ2022株N基因核苷酸序列与GenBank中的PEDV参考毒株N基因的相似性为95.5%~99.8%,与PEDV经典毒株CV777 N基因核苷酸序列的相似性为95.6%,与SDLY2020毒株N基因核苷酸序列的相似性高达99.8%,PEDV-GZ2022毒株与经典毒株CV777关系相隔较远,与PEDV变异株GⅡ-b位于同一分支;PEDV-GZ2022株N蛋白中含有较多的疏水性氨基酸,为疏水性蛋白;该蛋白质存在4个N糖基化位点和37个O糖基化位点,有31个丝氨酸、14个苏氨酸及3个酪氨酸可能被磷酸化,并且抗原指数较好。说明PEDV-GZ2022株为GⅡ-b变异株,PEDV-GZ2022 N蛋白可能具有良好的抗原性,可以作为潜在的诊断抗原。

山羊地方性鼻内肿瘤病毒Shaanxi株前病毒全基因组克隆及生物信息学分析

为研究山羊地方性鼻内肿瘤病毒(ENTV)Shaanxi株前病毒全基因组序列,本研究根据Gen Bank中收录的ENTV前病毒基因组序列设计5对引物,通过PCR方法从肿瘤组织中分段扩增获得了ENTV前病毒全基因组的5个片段,测序并分析。结果显示该病毒基因组全长7 275 bp,包含相互重叠的gag-pro-pol-env编码区及5'端非编码区;ENTV Shaanxi株基因组全序列与NC004994.2、AY197548.2、ENTV-SC株(HM104174.1)核苷酸同源性分别为89%、89%、99%。本研究为ENTV的分子生物学特性研究提供资料,为进一步研究其检测方法与致病机理奠定了基础。

山羊内源性鼻内肿瘤病毒enENTV-FJ1株全基因组测序及生物信息学分析

为了丰富山羊内源性鼻内肿瘤病毒(enENTV)全基因组序列资源,本研究从1份患羊地方性鼻内肿瘤(ENT)病羊的肾脏中经PCR扩增了1株enENTV全基因组序列,命名为enENTV-FJ1,分别对其全基因组、5’端长末端重复序列(5’LTR)基因、gag基因、env基因及其编码的氨基酸序列进行同源性分析并构建系统进化树,对enENTV的5’LTR进行酶切位点分析,并分析该株病毒的gag、env序列与enENTV、山羊地方性鼻内肿瘤病毒(ENTV-2)、绵羊鼻内肿瘤病毒1型(ENTV-1)等相关病毒参考株相应序列的差异性。结果显示,enENTV-FJ1基因组结构为LTR-gag-pro-pol-env-LTR,长度为7923 bp;全基因组同源性分析结果显示,enENTV-FJ1株与enENTVCHN1~enENTV-CHN66个参考株的同源性为95.7%~97.3%,同源性最近;与ENTV-2参考株的同源性为87.0%~93.2%;enENTV-FJ1的5’LTR基因序列、gag基因及其编码的氨基酸序列与enENTV参考株相应序列的同源性分别为92.8%~99.1%、92.6%~97.5%、92.2%~97.7%;enENTV-FJ1 env基因及其编码的氨基酸序列与内源性绵羊肺腺瘤病毒(enJSRV)参考株相应序列的同源性分别为93.3%~93.8%、94.3%~94.8%。全基因组进化树结果显示,enENTV-FJ1与enENTV-CHN1~enENTV-CHN6处于同一个进化分支;5’LTR进化树结果显示,enENTV-FJ1株与enENTV-CHN2处于同一进化分支;gag基因进化树结果显示enENTV-FJ1与ENTV-CHN9处于一个小的进化分支,与enENTV-CHN6同处于一个较大的进化分支;env基因进化树结果显示,enENTV-FJ1株与ENTV-2/Spain株处于同一进化分支;所有enENTV的5’LTR区均无ENTV-2参考株所含有的Hpy188Ⅰ、NlaⅣ、MowⅠ这3个酶切位点。gag基因序列分析结果显示,与enJSRV、外源ENTV-2、ENTV-1及绵羊肺腺瘤病毒(JSRV)的gag基因相比,enENTV-FJ1株在697 bp^705 bp有9个核苷酸的插入,该基因编码的氨基酸在aa229~aa232处插入3个脯氨酸。env基因编码的氨基酸结果显示,enENTV-FJ1株与ENTV-2株在aa1~aa7处插入了7个氨基酸(MFVFFRR)。与外源性病毒相比,enENTV-FJ1株在跨膜蛋白(TM)胞质尾区无YXXM基序。上述结果表明,enENTV-FJ1与enENTV属于同种病毒,其5’LTR、gag基因、env基因与来自山羊的ENTV-2病毒株亲缘关系更近;其全基因组序列与外源性ENTV和JSRV的差别主要在5’LTR区、gag基因和env基因。本研究明确了enENTV-FJ1株全基因组序列,为鉴定内外源鼻内肿瘤病毒(ENTV)以及研究ENTV-2的致瘤机制奠定了基础。

黄瓜绿斑驳花叶病毒湖南邵阳株系基因组MP片段的测定及生物信息学分析

本文运用RT-PCR方法克隆了黄瓜绿斑驳花叶病毒(cucumber green mottle mosaic virus,CGMMV)湖南邵阳株系的基因组MP(CGMMV-HuNSY movement protein)片段,测序并进行了分析。结果显示,片段全长共有803bp(KC684977),编码由264个氨基酸组成的蛋白质,推测分子量约28.87kD,理论等电点pI为9.06,ProtParam预测显示为不稳定蛋白,与已报道的辽宁分离物病毒的MP作比较,核苷酸相似性为99.6%,氨基酸相似性为98.9%;湖南邵阳株系CGMMVMP蛋白无高度卷曲螺旋部位,有跨膜结构区域,该部位表现为疏水性,可能为蛋白互作位点;磷酸化位点均匀分布于整个多肽链中,存在5个主要的B细胞抗原表位预测位点;对烟草花叶病毒属病毒MP氨基酸序列进行了motif查找,发现了该属病毒氨基酸序列的3个保守区段,还进行了密码子偏向性分析。此外,发现了1个酰胺化位点和1个依赖于cAMP和cGMP的蛋白激酶磷酸化位点,可能与病毒的侵染机制有关。

玉米GRAS基因家族的全基因组鉴定及生物信息学分析

GRAS基因家族是植物中广泛存在的一类转录因子,在植物生长发育、生物和非生物逆境胁迫、光信号和激素信号应答等多个过程中发挥重要作用。对玉米GRAS基因家族成员的理化性质、染色体定位、系统发育、顺式作用元件等特征进行了分析。结果表明,在玉米全基因组中共鉴定出49个ZmGRAS基因,不均匀地分布于1~10号染色体上,编码蛋白质理化性质差异较大,可能在不同的微环境下发挥作用。系统进化分析将GRAS蛋白分为8个亚家族,可能在调节自身生长发育、逆境应答等过程中具有重要作用。玉米GRAS基因家族的启动子区含有激素应答、光响应、胁迫应答等多种顺式作用元件,推测其可能响应激素、胁迫等多种信号。共线性分析显示,具有共线性关系的基因可能是染色体片段复制的结果,且属于同一亚家族,具有相似的结构和功能。研究结果为进一步研究玉米GRAS基因的功能和逆境胁迫响应机制提供了依据。

病原体宏基因组测序试剂生物信息学分析及阳性判断值确定的评价方法介绍

随着病原体宏基因组测序试剂在临床的广泛使用,对该类产品性能以及质量控制的要求相应引起重视。本文从质量评价的角度,简述病原体宏基因组测序试剂的生物信息学分析以及阳性判断值确定等研究及质量控制的方法。以期提高产品研发效率,推动行业发展,规范临床应用。

酒精性肝炎自噬关键基因的筛选及生物信息学分析

目的筛选酒精性肝炎(AH)的自噬关键基因,探讨AH潜在的生物标志物和治疗靶点。方法采用基因表达综合数据库(GEO)中的2个AH基因芯片和从MSigDB、GeneCards数据库中获得的自噬相关数据集,通过加权基因共表达网络分析(WGCNA)获取关键基因。对筛选的关键基因进行基因本体(GO)、京都基因和基因组百科全书(KEGG)功能富集分析,蛋白质相互作用(PPI)分析,免疫浸润分析,构建信使RNA(mRNA)-微小RNA(miRNA)网络,进行酒精性肝病不同分期的自噬相关关键基因的表达差异分析,并进一步通过实时荧光定量逆转录聚合酶链反应(RT-qPCR)在AH患者和小鼠肝脏组织中验证。结果本研究筛选得到了11个与AH自噬相关的基因(EEF1A2、CFTR、SOX4、TREM2、CTHRC1、HSPB8、TUBB3、PRKAA2、RNASE1、MTCL1、HGF),均为上调基因。在AH患者和小鼠肝脏组织中,SOX4、TREM2、HSPB8、PRKAA2在AH组中的相对表达量均高于对照组。结论SOX4、TREM2、HSPB8、PRKAA2可能是AH潜在的生物标志物和治疗靶点。

江苏葫芦科作物上瓜类褪绿黄化病毒的发生及其分离物全基因组序列分析

为了分析瓜类褪绿黄化病毒(cucurbit chlorotic yellow virus,CCYV)在江苏省葫芦科作物上的分布情况、发生趋势以及变异情况,本研究对疑似感染CCYV的葫芦科样本进行采集,覆盖了江苏省8个地区的7种常见葫芦科作物,通过RT-PCR方法对病样进行了分子鉴定,并对在泰州采集的黄瓜分离物CCYV-JSXH进行分段克隆与测序,拼接获得CCYV的全基因组序列后对其进行了序列比对和进化分析。检测结果显示,在建湖采集的西葫芦样本、泰州兴化和南京江宁地区采集的黄瓜样本均有CCYV感染。序列拼接与比对结果显示,分离物CCYV-JSXH的RNA1序列与目前已经公布的各个分离物基因组序列相似度在99.58%以上,在进化树上与山东西葫芦分离物聚为一支;其RNA2序列与各分离株的相似性为99.47%以上,在进化上与广东分离物聚为一支。本研究结果表明,CCYV可能由多个途径传入江苏,并已经扩大蔓延到江苏省多个地区和多种寄主上,对该病毒的监测防控已逐渐扩大为葫芦科作物生产中亟待解决的突出问题之一。

WLL-1株博卡病毒(Bocavirus)基因组测序及生物信息学分析

目的对分离的人博卡病毒WLL-1株进行全基因组测序和生物信息学分析。方法运用NCBI提供的blastp分析各编码蛋白质的同源性;用SIB提供的ProtParam和ScanProsite推测计算蛋白质的各种物理特性参数。蛋白进行结构域分析采用SIB提供的ScanProsite。对具有同源序列和无同源序列的蛋白分别采用SwissProt和Scratch Protein Predictor预测其三级结构。蛋白质功能分析采用CBS Prediction Servers提供的ProtFun软件。结果WLL-1病毒株与其它微小病毒不存在亲缘关系,与目前报道的其他几株人博卡病毒有高度同源的基因组序列。WLL-1病毒株与其它已报道的病毒株有一定的进化距离,具有一些独特的突变位点。在NS1蛋白中发现调节DNA复制的超家族3结构域,在衣壳蛋白VP1、VP2中发现了在病毒的自组装中起重要作用的"β桶"拓扑基序。发现NP1蛋白具有多个N-糖基化及磷酸化修饰位点。结论经基因顺序分离病毒为人博卡病毒,这些位点参与病毒基因的翻译调控。

桃拉病毒基因组的生物信息学分析

[目的]对桃拉病毒(Taura syndrome virus,TSV)的完整基因组进行生物信息学分析。[方法]通过生物信息学方法对基因序列组成、开放阅读框、蛋白质理化性质、二级结构预测分析、蛋白跨膜结构的存在与否、蛋白信号肽存在与否以及蛋白质三级结构进行了预测分析。[结果]登录NCBI网站下载TSV(JX094350.1)10 128 bp的基因片段,经生物信息学分析,编码氨基酸3 286个,理论等电点(pI)为5.14,相对分子质量为366 443.00 Da,不稳定系数(Ⅱ)为37.76,属于稳定蛋白质;完整基因序列中包含2个开放阅读框(open reading frame,ORF);蛋白中存在跨膜结构;没有蛋白信号肽。[结论]对TSV的生物信息学分析有助于在分子水平上了解桃拉病毒的基因结构以及预测其感染机制,可为预防和治疗虾类的桃拉综合征提供有用的信息。

牦牛DJ-1基因克隆、生物信息学及组织表达分析

为了研究牦牛DJ-1基因的结构及功能,为后续深入研究牦牛DJ-1基因的生物学功能提供了重要的理论依据。以美仁牦牛脂肪组织cDNA为模板,利用RT-PCR克隆牦牛DJ-1基因的编码区序列(CDS),并且利用基因序列进行生物信息学分析,预测结构域及蛋白质理化性质等,再利用RT-qPCR技术进行组织表达分析。结果表明,美仁牦牛DJ-1基因的CDS区全长570 bp,共编码189个氨基酸;牦牛DJ-1结构域预测显示,在DJ-1氨基酸序列的29—168位中有1个含有Pfam的PfpI结构域;通过对DJ-1蛋白结构和功能进行预测,结果显示,无跨膜结构且无信号肽区域,分子质量20.03531 ku,原子总数2870,理论等电点6.84,不稳定系数28.37,表示为稳定的蛋白质;脂肪系数101.11,总平均亲水系数-0.004,为亲水蛋白,共有11个磷酸化位点;同时,亚细胞定位预测结果表明,美仁牦牛DJ-1蛋白主要分布于细胞质和线粒体中,系统进化树表明,美仁牦牛与野牦牛和欧洲牛亲缘关系最近,与北极狐和宽吻海牛亲缘关系最远;RT-qPCR结果表明,在成年美仁牦牛的心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肌肉、脂肪和睾丸组织中均有所表达,在心脏组织和肌肉组织中表达水平最高,在肝脏和睾丸组织中表达水平最低。

桑菊饮治疗呼吸道病毒感染作用机制的生物信息学探讨与免疫分析

通过生物信息学、网络药理学、免疫浸润分析及分子对接方法从分子层面探讨桑菊饮治疗呼吸道病毒感染的作用机制.通过TCMSP数据库获取桑菊饮所含化学成分及靶点.通过GEO数据库搜索并下载上呼吸道感染相关芯片并提取差异mRNA,整理矩阵后运用R语言CIBER⁃SORTx包进行免疫浸润分析;limma包分析得到关键差异mRNA作为疾病靶点,与药物靶点相互映射后得到治疗靶点;STRING 11.5数据库进行PPI分析,借助R语言clusterProfiler包进行GO和KEGG富集分析(p<0.05且qvalue<0.2);利用Cytoscape 3.8.1软件,构建相关网络图并通过cytoHubba筛选核心靶点;采用AutoDock Vina软件进行分子对接验证.筛选共得到桑菊饮中8味药共计169个活性成分及248个作用靶点,CIBERSORTx对22种免疫细胞进行了反卷积分析.PPI分析显示CXCL8、PPARγ、IL1β、MAPK14为关键靶点,GO分析及KEGG通路富集提示,桑菊饮的作用机制主要涉及对脂多糖的反应、巨噬细胞源性泡沫细胞分化、白细胞趋化性、MAPK活性的激活等生物过程,以及AGE-RAGE、Toll样受体、EB病毒感染、IL-17、HIF-1、甲型流感等信号通路.分子对接结果表明组方中主要活性成分与关键靶点具有较为稳定的结合活性.桑菊饮可能是通过柚皮素、木犀草素、槲皮素、花生四烯酸等活性成分作用于IL1β、MAPK14等靶点来改善细胞免疫状态、炎症反应及抗病毒感染等发挥作用,是多成分、多蛋白靶点、多通路过程.

大熊猫轮状病毒CH-1株外衣壳蛋白(VP7)基因的克隆和生物信息学分析

为研究大熊猫轮状病毒(Giant Panda Rotavirus,GPRV)CH-1株外衣壳蛋白VP7基因的结构及功能,用MA-104细胞(恒河猴胎猴肾细胞)增殖GPRV,提取总RNA,运用RT-PCR扩增VP7基因,并测序,用生物信息学软件预测其功能,并构建系统进化树。结果显示成功获得了长1042bp的GPRV VP7蛋白基因(GenBank登录号GU188284)。经生物信息学分析,此序列包含1个981bp的完整开放阅读框,编码326个氨基酸;预测GPRV VP7蛋白理论相对分子质量为37354.8u,等电点为4.76,半衰期为30h,不稳定系数为26.71,总平均亲水性为-0.015,疏水性介于-2.344～3.567;1—24位氨基酸可能是信号肽序列;跨膜结构分析表明VP7蛋白有2个跨膜区,其N端和C端都位于病毒膜外区;抗原表位预测显示VP7蛋白有12个抗原决定簇;结构预测显示其可能包含2个N-糖基化作用位点,5个蛋白激酶C磷酸化作用位点、4个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化作用位点、1个酪氨酸激酶磷酸化作用位点、4个N-豆蔻酰化位点、1个原核膜脂蛋白脂附着点和1个革兰氏阳性球菌表面蛋白‘锚’六肽。系统进化树分析显示GPRV VP7基因与人A组轮状病毒VP7基因的进化距离最近。本研究成功获得了GPRV VP7基因,为今后研究此基因的生物学功能以及建立该病毒的诊断方法奠定基础。

锦鲤疱疹病毒-CJ株ORF81基因的克隆及生物信息学分析

为了解锦鲤疱疹病毒中国吉林株(KHV-CJ)ORF81蛋白的结构特征和进化关系,用框镜鲤尾鳍原代细胞增殖KHV-CJ,提取其DNA,经PCR扩增,获得ORF81基因,将其克隆到pMD18-T载体中,构建重组质粒。应用生物信息学方法初步分析KHV-CJ ORF81基因的结构和功能,并与GenBank上已公布的3株KHV构建系统进化树。结果显示,获得了长771 bp的ORF81基因,编码256个氨基酸;预测ORF81基因的理论分子量为28 246.50 u,等电点为8.404;疏水性大于亲水性;信号肽切割部位最可能位于29位的S(丝氨酸);有4个跨膜区;抗原表位预测显示抗原性良好;结构预测显示,不存在N-糖基化位点、存在6个O-糖基化位点和11个磷酸化位点;系统进化树分析显示,与锦鲤疱疹病毒以色列株属同一分支。

鸡传染性法氏囊病病毒超强毒上海株SH95基因组B片段的克隆与分子系统进化树分析

分离、纯化了鸡传染性法氏囊病病毒超强毒(vvIBDV)上海株(SH95)的病毒核酸dsRNA,应用随机引物将RNA反转录成cDNA,以此为模板一步扩增出全长基因组B片段,将其克隆入pGEM-T载体,并进行序列分析。克隆的B片段全长2827个核苷酸,其编码的氨基酸与超强毒株HK46的同源性达98 18%(863/879)。分子系统进化树分析表明,SH95超强毒株与美国变异株E的亲缘关系最近,但与基于基因组A片段的系统进化分析完全不同,表明该毒株在发生过程中基因重配比基因重组发挥了更重要的作用。通过对14株IBDV编码氨基酸序列的分析、比较,推测B片段上11个独特的氨基酸位点可能与毒力相关。

油棕SAUR基因家族的全基因组鉴定及生物信息学分析

【目的】挖掘并鉴定油棕生长素上调小RNA(SAUR)基因家族成员,并对其进行生物信息学分析,为油棕生长素信号转导机制的研究提供参考。【方法】根据拟南芥SAUR基因序列,在油棕全基因组数据库中同源序列搜索,并利用CDD和Pfam数据库进行SAUR蛋白结构域分析,剔除无保守结构域的序列,最后利用生物信息学软件对油棕SAUR基因家族成员进行可视化分析。【结果】从油棕全基因组中共鉴定出40个SAUR基因家族成员(EgSAUR1~EgSAUR40),有31个基因在油棕14条染色体上呈不均匀分布,其中4号染色体上分布的基因最多为7个;除EgSAUR14和EgSAUR24基因含有2个外显子外,其余38个基因均仅含1个外显子,无内含子。40个EgSAURs蛋白亚细胞定位于细胞核,其二级结构均由α-螺旋、β-转角、无规卷曲和延伸链组成,以无规卷曲和α-螺旋所占比例较高,其中有11个EgSAURs蛋白呈酸性,29个EgSAURs蛋白呈碱性。40个油棕SAUR蛋白被划分为四大类,其中第Ⅰ(除EgSAUR27蛋白外)、Ⅱ(除EgSAUR3和EgSAUR22外)、Ⅲ、Ⅳ类蛋白均有Auxin_inducible保守结构域。40个EgSAURs蛋白共含10种保守基序(Motif),其中Motif 2存在于所有基因成员中。在花中特异表达的EgSAURs基因(EgSAUR4、EgSAUR9、EgSAUR10、EgSAUR24、EgSAUR29、EgSAUR30、EgSAUR32和EgSAUR33)数量最多,其次为根、茎和叶,在中果皮中特异表达的基因数最少。【结论】基因重复和组织表达特异性是油棕SAUR家族基因的两大特点,推测该家族基因对油棕花的生长发育及授粉受精过程发挥调控作用。