目的推算全球各地近年来分离的甲型H1N1流行性感冒（简称流感）病毒株血凝素（HA）蛋白片段的进化速率和进化分歧时间，从而初步探索流感病毒的起源和传播关系。方法搜集GenBank数据库中2008年以来登录的全球流感病毒H1序列共344条（人...目的推算全球各地近年来分离的甲型H1N1流行性感冒（简称流感）病毒株血凝素（HA）蛋白片段的进化速率和进化分歧时间，从而初步探索流感病毒的起源和传播关系。方法搜集GenBank数据库中2008年以来登录的全球流感病毒H1序列共344条（人源性248条，猪源性84条，禽源性11条，其他1条）及本课题组分离的7条人源性H1序列，按照“分子钟”进化理论和基于markov chain monte carlo（MCMC）算法的Bayesian推断方法估算进化速率和进化分歧时间，并利用后验概率方法构建系统进化树。结果系统进化树显示，美国人源性、猪源性与禽源性H1序列与部分亚洲猪源性H1序列构成一个主要分支（美国分支）；全球其他地区的人源性H1序列构成另一个主要分支（欧亚人分支）；而部分中国猪源性、禽源性H1序列与意大利分离的禽源性序列也构成一个分支（欧亚动物分支）。全球H1N1和H1N2流感病毒株H1序列930bp核苷酸序列的年平均进化速率约为2．57×10^-3／位点（95％最高后验概率区间：1．96×10^-3～3．03×10^-3／位点）。其中，欧洲人源性H1序列和中国大陆猪H1序列的起源时间最早，年进化速率分别为6．46×10^-3／位点、0．97×10^-3／位点；而美国的人源性与猪源性H1序列的起源时间相近，年进化速率则分别为5．86×10^-3／位点、5．02×10^-3／位点。结论本次甲型H1N1流感暴发是北美地区H1N1病毒株长期人畜共患性积累的基因变异所致。中国大陆地区并非本次流感疫情病毒株的发源地，尚无证据能够表明北美暴发株属于一个全新的流感病毒变种。展开更多
文摘目的推算全球各地近年来分离的甲型H1N1流行性感冒（简称流感）病毒株血凝素（HA）蛋白片段的进化速率和进化分歧时间，从而初步探索流感病毒的起源和传播关系。方法搜集GenBank数据库中2008年以来登录的全球流感病毒H1序列共344条（人源性248条，猪源性84条，禽源性11条，其他1条）及本课题组分离的7条人源性H1序列，按照“分子钟”进化理论和基于markov chain monte carlo（MCMC）算法的Bayesian推断方法估算进化速率和进化分歧时间，并利用后验概率方法构建系统进化树。结果系统进化树显示，美国人源性、猪源性与禽源性H1序列与部分亚洲猪源性H1序列构成一个主要分支（美国分支）；全球其他地区的人源性H1序列构成另一个主要分支（欧亚人分支）；而部分中国猪源性、禽源性H1序列与意大利分离的禽源性序列也构成一个分支（欧亚动物分支）。全球H1N1和H1N2流感病毒株H1序列930bp核苷酸序列的年平均进化速率约为2．57×10^-3／位点（95％最高后验概率区间：1．96×10^-3～3．03×10^-3／位点）。其中，欧洲人源性H1序列和中国大陆猪H1序列的起源时间最早，年进化速率分别为6．46×10^-3／位点、0．97×10^-3／位点；而美国的人源性与猪源性H1序列的起源时间相近，年进化速率则分别为5．86×10^-3／位点、5．02×10^-3／位点。结论本次甲型H1N1流感暴发是北美地区H1N1病毒株长期人畜共患性积累的基因变异所致。中国大陆地区并非本次流感疫情病毒株的发源地，尚无证据能够表明北美暴发株属于一个全新的流感病毒变种。
基金浙江省科技厅公益技术研究社会发展项目(2014C33276)Fund program Public Technology Research and Social Development Project of Science Technology Department of Zhejiang Province
文摘目的：预测并鉴定人感染H7N9禽流感病毒血凝素（HA）蛋白的线性B淋巴细胞抗原表位及H7亚型的特异性。方法选取绍兴市人民医院提供的人感染H7 N9患者不同时间的三份血清样本和一份健康对照血清样本，采用TMHMM Sever v．2．0预测蛋白质胞外区，采用DNAStar Lasergene’ s Protean、BcePred和ABCpred预测其优势B淋巴细胞抗原表位，并用间接酶联免疫吸附试验（ ELISA）验证预测的B淋巴细胞抗原表位的免疫原性。使用Clustal X2．1软件将预测抗原表位与GenBank上H7N9和H1～H16亚型流感病毒HA蛋白的氨基酸序列进行多重序列比对以分析预测抗原表位的H7亚型特异性，采用Cn3D 4．3．1软件分析预测的线性B淋巴细胞抗原表位在H7N9禽流感病毒HA蛋白中的分布情况。结果 HA蛋白可能的B淋巴细胞表位位于胞外区N端的第172～183、363～380、452～472和第491～506四个区段。 ELISA结果表明，四个预测的B淋巴细胞表位均与已确诊患者血清发生阳性反应。多重序列比对结果发现第172～183和452～472区段与其他亚型氨基酸序列差异最大，可能具有更好的H7亚型特异性。 HA蛋白的三维结构进一步证明预测的四个B淋巴细胞抗原表位均位于HA蛋白表面。结论鉴定出了四个 HA蛋白线性B淋巴细胞抗原表位，其中第172～183和452～472区段具有更好的H7亚型特异性，可作为新型疫苗表位设计和H7抗原和抗体的特异性检测的依据。
