利福平耐药与敏感肺结核患者痰液样本微生物菌群多样性对比分析

通过精准测序技术,对利福平耐药与敏感肺结核患者痰液样本微生物菌群多样性进行分析。方法 选取我院2023.1-2024.12我院征集到的500份确诊为肺结核患者的痰液样本进行检测,对痰液微生物16SV4区域进行高通量测序分析。结果 RFP-R组和RFP-S组的痰液菌群α多样性指数(如Chao1、Observed、Shannon、Simpson和Evenness)差异均不具有统计学意义(P值均大于0.05)。讨论 这项研究的结果有助于我们更好地理解结核病及其耐药形式对患者微生物群落的影响,以及这些变化如何影响疾病的进展和治疗效果。

基于16S rDNA技术探讨痰热清注射液对COPD模型大鼠肺部菌群的影响

目的:本文通过痰热清注射液治疗慢性阻塞性肺疾病(COPD)模型大鼠,初步探讨痰热清注射液对COPD模型大鼠肺部菌群的影响。方法:Wistar大鼠随机分为正常组、模型组和痰热清组(TRQ),除正常组外,其余各组采用烟熏联合气管滴注脂多糖(LPS)制备COPD模型,TRQ组腹腔注射痰热清(2 g·kg^(-1))。实验终点,大鼠腹主动脉取血后采集肺组织进行苏木素-伊红(HE)及苦味酸-天狼猩红(PSR)染色,观察大鼠肺部病理状态;采集肺灌洗液,通过16S rDNA扩增子测序分析探讨肺部菌群在不同组别的多样性和相对丰度。结果:病理染色结果表明,正常组的肺脏正常,模型组肺脏出现中性粒细胞浸润和毛细血管扩张,个别动物还可见肺脏出血,肺气肿等改变,气管的胶原纤维明显增厚,TRQ组的肺脏有明显好转,胶原纤维有所改善。平均线性截距(MLI)分析显示,与正常组比较,模型组肺泡间的间隙增大(P<0.01);与模型组比较,TRQ组的肺泡间隙明显缩小(P<0.05);Wall thickness测量分析显示,与正常组比较,模型组Wall thickness显著升高(P<0.01);与模型组比较,TRQ组的Wall thickness显著降低(P<0.01)。菌群多样性分析结果表明,痰热清注射液升高simpson指数值,改变α多样性,主坐标分析结果显示痰热清注射液改变肺部菌群β多样性,降低β多样性指数。菌群丰富度分析表明,在属水平上,模型组芽孢杆菌属g_Bacillus、短波单胞菌属g_Brevundimonas相对丰度升高,假单胞菌属g_Pseudomonas相对丰度降低;经痰热清注射液治疗后,寡养单胞菌属g_Stenotrophomonas相对丰度大幅度升高,芽孢杆菌属g_Bacillus相对丰度降低。进一步通过LEfSe分析不同组别差异显著的菌群,结果表明,在属水平,模型组毛螺菌属g_Lachnospiraceae_NK4A136_group相对丰度升高,痰热清注射液治疗后红球菌属g_Rhodococcus、寡氧单胞菌属g_Stenotrophomonas相对丰度升高。结论:痰热清注射液调节COPD模型大鼠肺部菌群的多样性和相关菌属丰富度平衡可能是其防治COPD的作用机制之一。

不同保存液和保存期限下肠道微生物组的变化

肠道菌群与人体健康的关系密切,通过检测肠道菌群可以获得有关健康的信息。新鲜粪便不易获得,很难做到快速低温冷冻,在进行标准化和大规模人群采样时,可用于常温条件下采集和保存样本的保存液可以弥补采集样本数量多、地域分布广、现场采样条件多样、工作量大、运输条件差等条件不足。本研究招募了5名健康志愿者,采集他们的粪便样本后,通过对比不同市售微生物样本采集常温保存液对新鲜粪便样本的影响,评估了各类保存液的保存效果。在室温下把粪便放置于5种保存液,在第0、1、3、7、15、30天提取元基因组DNA,进行16S rRNA V3–V4区高通量测序,来分析不同保存液,在不同时间段对肠道菌群组成的影响。结果显示,不同保存液对肠道菌群的影响存在差异,与对照组相比,不同保存液对样本中的OUT数量影响不大;保存液A、B和C在菌群构成上更接近对照组,保存液D会明显改变肠道菌群组成,使放线菌门(Actinobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes)增加;随着时间延长,各类保存液都有降低菌群多样性趋势,保存液E降低菌群多样性更明显;第30天时,5种保存液都会改变肠道菌群构成;肠道菌群组成存在个体差异,是影响各样本相似性的主要因素,来自不同志愿者的粪便样本,无论何种保存液和保存时间,彼此之间更接近。不同保存液对革兰氏阳性杆菌、革兰氏阳性球菌和革兰氏阴性菌的含量存在不同影响,保存液C、E会降低双歧杆菌(Bifidobacterium)丰度,而保存液D则相对升高;除保存液E相对降低乳酸杆菌(Lactobacillus)丰度之外,保存液A、B、C、D与对照都相当。各类保存液对链球菌(Streptococcus)的影响,除保存液D差异较大之外,保存液C与对照组最接近;保存液D比对照组降低瘤胃球菌科UCG 003(Ruminococcaceae UCG 003),其他各类保存液与对照组差异不大;不同保存液都比对照组增加大肠-志贺氏杆菌(Escherichia-Shigella)丰度,保存液A、B会增加克雷伯氏菌(Klebsiella)丰度,而保存液C、D和E与对照组相当。整体来看,保存液C在稳定肠道菌群的组成上表现较好。文中通过对比国内外常用保存液在不同时间点对肠道菌群的影响,为进行大规模微生物样本采集、保存提供了参考,也为标准化的微生物组项目提供了可参考的数据。后续的研究可在此基础上选择针对性的保存液和保存时间。