白术根茎的总RNA提取方法的比较

探讨提取白术根茎总RNA的最优方案。以新鲜白术的根茎为实验材料,采用三种方法提取其根茎总RNA。用紫外分光光度法和琼脂糖凝胶电泳检测RNA样品完整性,用RT-PCR方法验证RNA质量。用多糖多酚植物总RNA提取试剂盒的方法,获得了完整性最好、质量最高的总RNA样品。提取白术根茎总RNA的三种方法中,多糖多酚植物总RNA提取试剂盒的方法最理想。

白术根茎响应连作胁迫的转录组变化分析

利用Illumina Nova-Seq高通量测序平台,对新植、连作1年及连作2年的健康白术根茎进行转录组测序,评估白术根茎响应连作胁迫的基因表达变化。测序共获得58.77 G的Clean base,组装得到110288条的Unigene,平均长度为956 bp。在连作1年与新植样本中差异表达基因(DEGs)为20756个,连作2年与新植样本中的DEGs有20629个,连作2年与连作1年样本之间DEGs有19143个,连作与新植样本之间DEGs明显高于连作不同年限之间的样本。大量DEGs在连作样本中的上调及下调表达,说明白术根茎在响应连作胁迫时发生了复杂的变化。KEGG分析表明,DEGs显著富集在DNA复制、淀粉和蔗糖代谢、植物激素信号转导、苯丙素生物合成、半乳糖代谢、倍半萜和三萜类生物合成和亚油酸代谢途径。WGCNA结果与DEGs注释结果表明,连作主要通过影响与倍半萜和三萜合成相关的酶基因的变化来影响白术根茎中(-)-大根香叶烯D和顺式金合欢醇两种倍半萜的合成及其他三萜类物质的合成。