土壤重要动物白符虫兆(Folsomia candida)基因组的重新组装与注释

[目的]本文利用公开可用的PacBio测序数据进行白符虫兆(Folsomia candida)基因组的重新组装和注释,以提升该物种基因组组装的连续性和注释基因的完整性。[方法]使用Flye和Falcon进行组装,使用quickmerge合并组装结果。基因注释由MAKER完成,整合了从头(de novo)预测、转录本和蛋白质同源证据。其中转录组基于StringTie组装结果。[结果]新组装的基因组大小为221.09 Mb,共113条序列(scaffolds),其中最长scaffold为30.07 Mb,N50长度为13.5 Mb。新组装的基因组组装结果基于通用单拷贝直系同源基因(BUSCO)的完整性评估为96.5%。MAKER注释流程预测了20080个蛋白质编码基因,其中80.56%和96%的基因获得转录组和UniProt蛋白质数据支持,蛋白质编码基因BUSCO完整性评估为92.4%。此外,结构注释鉴定了253665条(22.3%)重复序列和661个非编码RNA。基因家族进化分析鉴定了8876个基因家族,其中48个家族发生了快速进化(扩张或收缩)事件。[结论]白符虫兆基因组的重新组装与注释的版本与原版本相比有显著提高,scaffold N50由6.5 Mb提高到13.5 Mb,蛋白质编码基因的完整性由84%提高到92.4%。基因家族进化分析为六足动物的进化及土壤生态毒理学提供重要的基础资料和新视角。

常绿阔叶林土壤动物群落对白符虫兆(Folsomia candida)添加的响应

以湖南会同地区杉木人工林采伐迹地自然恢复后形成的14年生次生常绿阔叶林为研究对象,调查了常绿阔叶林土壤跳虫的种类组成,并探讨了常绿阔叶林添加白符虫兆后土壤动物的变化特征。结果表明:调查过程中共捕获跳虫391只,分别隶属20属,优势类群为符虫兆属、裸长角虫兆属和鳞虫兆属,3属共占跳虫总多度的47.8%;添加白符虫兆(Folsomia candida)处理促进了土壤动物群落多度的迅速增加,这些增加主要归因于除白符虫兆以外的跳虫和蜱螨目多度的增加,分别贡献了增加量的43.3%和34.9%,其中跳虫群落多度的增加主要表现在等节虫兆属、裸长角虫兆属和棘虫兆属的增加,分别贡献了增加量的34.0%、23.7%和16.1%;从垂直分布来看,土壤动物多度的增加主要体现在凋落层的增加;土壤动物群落Simpson优势度指数及跳虫群落Simpson优势度指数和丰富度均有显著提高,表明添加白符虫兆对提高土壤动物群落及土壤跳虫群落多样性具有积极的作用;此外,土壤动物群落多度及Simpson优势度指数与凋落物损失率和土壤微生物生物量碳均存在显著的正相关性。由于跳虫添加后土壤动物群落多度和多样性出现增加趋势,因此可将跳虫添加处理作为土壤生态系统恢复与重建的一种控制手段。

白符胚胎发育的形态观察(弹尾纲:等节科)

对白符(Folsomiacandida)胚胎发育全过程进行显微观察,记述了白符从卵裂、囊胚期、原肠期、组织分化期、孵化前期等不同发育阶段的形态变化和发育过程。其结果表明,白符卵为聚产,形成大小不等的卵块,卵初产时为乳白色,卵壳表面覆盖有细密的颗粒状突起,直径为110—126μm。随着白符发育的进行,胚膜直径增大到180—185μm,其卵裂方式为完全均等卵裂,整个胚胎发育历期7—10d。