转录因子D位点结合蛋白对原代大鼠系膜细胞中免疫炎症因子的调控作用

目的通过基因表达谱分析,探讨并验证转录因子D位点结合蛋白(DBP)对原代大鼠系膜细胞(RMCs)中免疫炎症因子的调控作用。方法从8周龄SD大鼠中分离、培养并鉴定原代RMCs,利用小干扰RNA技术敲低其DBP表达,进而行RNA-seq测序分析;筛选差异表达基因(DEGs),并对DEGs行Gene Ontology(GO)注释及KEGG信号通路分析;采用qPCR验证DBP低表达的RMCs中免疫炎症因子m RNA表达水平;利用质粒转染技术获得DBP过表达RMCs并采用q PCR检测DBP过表达对免疫炎症因子m RNA表达的影响。结果成功分离、培养原代RMCs,并获得DBP低表达的原代RMCs。RNA-seq测序结果显示,与野生原代RMCs相比,DBP低表达的原代RMCs中共有267个DEGs(上调84个,下调183个)。GO注释及KEGG信号通路分析表明,DEGs主要富集在免疫炎症相关的生物学过程及信号通路。原代RMCs中,DBP敲低可明显下调免疫炎症因子C-C模体趋化因子配体2(CCL2)、C-X-C模体趋化因子(CXCL)10、CXCL1、肿瘤坏死因子(TNF)-α、白细胞介素(IL)-1、IL-6 mRNA表达,DBP过表达则可明显上调上述免疫炎症因子m RNA表达。结论原代RMCs中,DBP可通过调控免疫炎症因子表达参与免疫炎症反应。

热诱导卵白蛋白-白藜芦醇共价复合物的结构、功能及潜在致敏性

目的研究热诱导卵白蛋白(heat stressed ovalbumin,HOVA)-白藜芦醇(resveratrol,RES)共价复合物的结构、功能及潜在致敏性。方法首先将卵白蛋白(ovalbumin,OVA)在323 K条件下加热15 min,然后在碱性条件下与RES反应制备HOVA-RES共价复合物,利用十二烷基硫酸钠聚丙烯酰胺凝胶电泳测定HOVA-RES共价复合物的分子量,通过液相色谱-串联质谱法鉴定RES的结合位点,采用内源性荧光光谱、圆二色光谱、紫外吸收光谱解析RES引起的蛋白质构象变化,最后检测HOVA-RES共价复合物的抗氧化性、乳化性、热稳定性及潜在致敏性。结果碱性条件下HOVA与RES可以共价形式交联,结合位点为Lys187和Lys264。低比例RES复合时,HOVA螺旋结构增加,无规则卷曲减少,而高比例RES复合时,蛋白结构逐渐往无序方向发展。RES的共价修饰会影响蛋白质的功能特性,其中1,1-二苯基-2-三硝基苯肼(1,1-diphenyl-2-picrylhydrazyl,DPPH)自由基和2,2’-联氮-二(3-乙基-苯并噻唑啉-6-磺酸)二铵盐[2,2’-azino-bis(3-ethylbenzothiazoline-6-sulfonic acid)ammonium salt,ABTS]阳离子自由基清除率提升了约2倍,乳化活性由45.14 m^(2)/g增加到107.88 m^(2)/g,变性峰值温度上升了9.66℃。此外,随着RES复合比例的增加,HOVA-RES共价复合物的免疫球蛋白E(immunoglobulin E,IgE)结合能力呈现先下降后上升再下降的趋势,适量RES的共价复合能够显著降低OVA的潜在致敏性。结论HOVA-RES共价复合可以改变OVA的构象,改善其功能特性,并影响其潜在致敏性,这为OVA的开发利用提供了理论依据。

人SLC15A3基因及蛋白质的生物信息学分析

目的:研究SLC15A3调控和功能的完整机制。方法:通过生物信息学软件对人SLC15A3基因启动子元件和蛋白结构、理化和定位特性及其进化关系进行表征。结果:人SLC15A3基因受多种转录因子(YY1、AP-1、c-Fos、c-Jun、Sp1、NF-κB)调控。SLC15A3蛋白是由581个氨基酸残基组成的疏水不稳定蛋白,在哺乳动物中氨基酸序列有高保守性,与CD6、TYROBP、CD5、NOD2等蛋白相互作用。结论:本研究生物信息学分析结果有助于深入研究SLC15A3在炎症反应发生发展中的作用机制。

表达元件优化促进重组胶原蛋白在谷氨酸棒杆菌中的表达

重组胶原蛋白是一种具有广泛应用潜力的生物材料,近年来引起了生物医学、组织工程等众多领域的关注。胶原蛋白的3股螺旋结构赋予其独特的生物学功能和生物相容性,但也增加了其在微生物系统中表达的复杂性。该研究以细菌胶原蛋白V-B作为模式蛋白,通过对表达元件的优化,促进重组胶原蛋白在谷氨酸棒杆菌中的表达。首先通过启动子筛选和发酵时长优化,获得介导V-B表达的最优启动子tac-R0。接着利用RBS calculator设计核糖体结合位点(ribosomal binding site,RBS)和间隔序列(aligned spacing,AS)的突变文库,得到与tac-R0启动子搭配组合的最优RBS和AS,使V-B的产量提高至514 mg/L。此外,通过多基因表达盒的串联组合策略,将多个目的基因串联,最终V-B的产量较初始水平提高了8.4倍,达697 mg/L,该研究为重组胶原蛋白的工业化生产提供了基础。

pH荧光分子探针与人血清白蛋白之间相互作用的研究

在模拟生理条件下,用光谱法研究了pH荧光探针WZK-33与人血清白蛋白(HSA)的相互作用机制。由光谱谱图结果可以得出,此探针可以猝灭HSA的荧光,探针与HSA之间的猝灭机制主要是静态猝灭方式。由热力学数据确定了二者之间的作用力类型为范德华力和氢键,结合位点为一个。二者之间的结合距离为4.77 nm。同步荧光、三维荧光光谱以及CD光谱表明探针改变了HSA的构象。

维生素D、血清前白蛋白和视黄醇结合蛋白在新生儿营养评估中的意义

目的探讨维生素D(vitamin D,VD)、血清前白蛋白(PA)和视黄醇结合蛋白(retinol-binding protein,RBP)在新生儿营养评估中的意义。方法选取2015年7月至2016年7月本院收治120例新生儿,其中正常新生儿40例为对照组,低营养不良新生儿40例为观察一组,高营养不良新生儿40例为观察二组。收集各组新生儿血液并检测体内VD、PA和RBP的水平。结果观察一组和观察二组新生儿患者体重、头围、胸围明显小于对照组;观察一组和观察二组新生儿STAMP评分明显高于对照组,差异具有统计学意义(P<0.05)。观察一组和观察二组患者血清内VD、PA和RBP明显低于对照组,且随着新生儿营养不良的情况加重,患者血清内VD、PA和RBP下降更为明显,差异具有统计学意义(P<0.05)。观察一组和观察二组新生儿患者营养状况与血清VD、PA和RBP蛋白存在显著的负相关关系,Person相关系数为负值,P<0.01。结论维生素D、血清前白蛋白和视黄醇结合蛋白在营养不良新生儿体内呈异常表达状态;新生儿体内VD、PA和RBP指标变化在新生儿营养评估中具有重要的临床意义。

人血白蛋白结合位点II的分子结合模式研究

人血白蛋白是血浆中含量最高的蛋白,是一种重要的载体蛋白,能与多种内源性和外源性物质结合。人血白蛋白主要有两个药物结合位点,位点I和位点II,其中位点II的柔性较大,对药物分子的亲和性较高。本文采用分子模拟方法,基于12种结合于位点II的小分子-人血白蛋白晶体结构,分析了相互作用能,发现12种分子的结合以疏水作用为主,静电作用为辅。进一步采用丙氨酸扫描和结合能评价,分析结合部位的关键氨基酸残基,探究结合模式的规律性,发现从位点入口到空腔内部存在静电、疏水和杂合的三层相互作用分布,共同形成了稳定的分子结合。最后采用分子对接和分子动力学模拟,预测了L-色氨酸的结合模式。研究结果有助于深入了解人血白蛋白药物位点II的小分子结合模式,为基于位点II的药物和分离配基的优化设计提供指导。

检测维生素D结合蛋白在重型肝炎中的意义

维生素D结合蛋白（VitD binding protein，又称Gc蛋白），是一种α球蛋白，是一组包括白蛋白（ALB）、前白蛋白（PA）、甲胎蛋白（AFP）在内的多基因超家族，大多数是由肝脏实质细胞分泌的相对分子质量约55000的蛋白质，在血清中含量丰富，具有多项生理功能，它不仅结合维生素D和清除肌动蛋白，还增强C5对中性粒细胞等炎症细胞的趋化活性，并且激活巨噬细胞，

布洛芬与人血白蛋白位点Ⅱ动态结合过程的分子模拟：一种结合途径分析

人血白蛋白(HSA)主要有两个药物结合位点,位点I和位点II,许多小分子优先结合在位点II上,包括抗炎类药物布洛芬。本文采用分子模拟方法研究了布洛芬小分子与HSA位点II结合的动态过程,探讨了二者的结合机制。首先构建了50个随机分布的布洛芬与HSA复合物体系,经50 ns分子动力学模拟,其中一个布洛芬分子稳定结合于位点II。基于该分子的运动轨迹分析,发现布洛芬的结合可分为四个阶段,即远程吸引、表面结合调整、进入位点II空腔和稳定结合。比较范德华和静电相互作用能,发现初期以静电吸引为主,中期在HSA表面的两个极性区域间调整,逐步转移至位点II附近;然后在位点II入口处的极性残基和附近疏水残基的共同作用下,布洛芬进入位点II空腔;进入空腔后,静电和疏水共同作用形成稳定结合。在结合过程中,位点II附近的蛋白表面发生明显改变,体现出一定的"诱导契合"作用,同时分子模拟得到的结合模式和布洛芬-HSA结合的晶体结构类似。结果表明,分子模拟可以辅助研究小分子和蛋白结合的动态过程,从分子水平阐述相关结合机制。

光谱法结合分子模拟技术研究维生素D_3与人血清蛋白的相互作用

在人体生理(pH 7.4)环境下,通过紫外-可见吸收光谱法、荧光光谱分析法、圆二色光谱分析法(CD)和分子模拟技术探究了维生素D_3(VD_3)与人血清蛋白(HSA)的相互作用。结果表明,VD_3与HSA通过形成基态复合物导致HSA内源荧光发生静态猝灭。结合常数为10~5 L·mol^(-1)数量级,结合位点数约等于1,表明VD_3与HSA有较强的结合作用且有一个结合位点。计算的热力学焓变(ΔH°)和熵变(ΔS°)分别为46.54kJ·mol^(-1)和59.26J·mol^(-1)·K^(-1),显示疏水作用是维持HSA-VD_3复合物稳定的主要驱动力。位点竞争实验显示,VD_3主要结合在HSA的Site Ⅰ位。分子模拟进一步证明了VD_3在HSA上的结合位点并展示了二者的结合模式。紫外、同步荧光和圆二色光谱结果显示,VD_3结合HSA导致HSA酪氨酸残基所在的微环境极性增强,疏水性降低,并且使HSA的α-螺旋含量降低,β-折叠含量升高,HSA的多肽链产生了局部伸展,二级结构发生了变化。

有关序列特异性DNA结合蛋白的一些最新研究进展

本文对有关序列特异性DNA结合蛋白的最新研究情况作了叙述。在其结构研究中 ,介绍了同源结构域的拓扑学结构 ,同源结构域上的氨基酸基序 ,共价和非共价二聚结构域。在其作用研究中 ,介绍了非放射标记的凝胶阻滞分析法 ,C/EBP调节启动子活性的机制 ,雌激素受体在前转录起始复合物形成中的作用以及一种新的人SPI激活转录必需的共激活因子———CRSP复合物。在编码基因与其DNA序列上的结合位点研究中 ,介绍了荧光原位杂交技术进行染色体定位 ,C/EBP家族在小鼠的乳腺泌乳期和回复期的表达 ,HNF— 1结合位点对SI基因启动子上葡萄糖阻遏作用的操纵 。

光谱法联合分子对接研究人血清白蛋白与新的抗肿瘤活性小分子的体外结合

前期研究中合成了全新的以4-苯氧基喹啉环为母核结构的,具有较好抗肿瘤活性的TypeⅡ型小分子c-Met激酶抑制剂:N-[3-氟-4-[6-甲氧基-7-[3-(4-甲基-1-哌嗪基)丙氧基]喹啉-4-氧基]苯基]-1-(2-氟苯基)-4-甲基-5-氧代-4,5-二氢-1H-1,2,4-三氮唑-3-甲酰胺(LJC-116)。该文进一步通过荧光、同步荧光、三维荧光、紫外-可见吸收等光谱方法联合分子对接技术研究了在模拟生理条件下,LJC-116与人血清白蛋白(HSA)的结合作用。研究表明LJC-116通过静态结合作用猝灭HSA的荧光,此静态作用方式同时被三维荧光以及紫外可见吸收光谱确证。在288、299、310 K温度下,计算LJC-116与HSA的表观结合常数的数量级均为104L·mol-1,说明两者的结合是中等强度。热力学常数ΔG°为负值,表明两者的结合是自发的。此外,ΔS°为正值,同时ΔH°为负值表明疏水作用和氢键是形成HSA-LJC-116(1∶11)复合物的主要驱动力。在实验条件下,通过F9rster偶极-偶极非辐射能量转移理论计算重叠积分J=7.169 7×10-15cm3·L·mol-1,R=1.28 nm,r=1.69 nm,E=15.6%。表明能量转移效率很高。位点探针试剂华法林和布洛芬的加入实验表明LJC-116与HSA结合部位处于HSA的疏水腔亚结构域ⅡA(siteⅠ)中。两者结合引起HSA的以下变化:内源性荧光猝灭、同步荧光红移0.4 nm,三维荧光光谱红移2 nm,HSA紫外吸收光谱改变以及HSA氨基酸残基微环境极性增加、疏水性下降。最后,利用分子对接对热力学计算得到的作用力和光谱方法中探讨的HSA构象变化进行了验证。该文全面阐述了两者在分子水平的作用机制,为TypeⅡ型小分子cMet激酶抑制剂的体内转运情况提供了有用的信息。

金属离子与血清白蛋白结合反应研究进展

综述了金属离子与血清白蛋白结合反应的研究进展,简要介绍了研究中常用的紫外一可见光谱法、荧光光谱法以及平衡透析法.根据已发表的研究结果,对某些金属离子与血清白蛋白结合的位点、络合物的空间构型、结合数和稳定常数进行了总结,对金属离子与血清白蛋白之间的强结合位点进行了分类.最后讨论了此类研究中存在的问题和研究方向.

靳三针通过调控钙结合蛋白PV、CB表达抑制脑卒中肢体痉挛大鼠肌张力增高的机制研究

目的研究靳三针对脑卒中肢体痉挛大鼠肌张力增高的抑制作用及对钙结合蛋白小白蛋白(PV)、钙结合蛋白D(CB)表达的影响。方法将32只SD大鼠随机分为假手术组、模型组和靳三针组,采用线栓法制备脑卒中肢体痉挛大鼠模型,靳三针组于造模成功后第3日取穴治疗6 d,分别于术后1 d、3 d(治疗前)、9 d(治疗后)测定各组大鼠Bederson神经功能缺损评分及Feeney平衡木评分,采用电生理描记法测定术后3 d(治疗前)、9 d(治疗后)各组大鼠肌张力,采用免疫印迹(Western blotting)检测术后3 d(治疗前)、9 d(治疗后)各组大鼠脑干组织中PV、CB蛋白表达水平。结果与假手术组比较,模型组、靳三针组大鼠各时间点神经功能缺损评分、Feeney平衡木行走评分显著升高(P<0.05),间接肌张力及脑干组织PV、CB蛋白水平显著降低(P<0.05);术后9 d(治疗后),与模型组比较,靳三针组大鼠神经功能缺损评分、Feeney平衡木行走评分显著降低(P<0.05),间接肌张力及脑干组织中PV、CB表达水平显著升高(P<0.05);与术后3 d(治疗前)比较,术后9 d(治疗后)靳三针组大鼠神经功能缺损评分、Feeney平衡木行走评分显著降低(P<0.05),间接肌张力、脑干组织PV、CB蛋白水平显著升高(P<0.05)。结论靳三针可能通过上调钙结合蛋白PV、CB表达抑制脑卒中肢体痉挛大鼠肌张力增高,缓解其痉挛状态。

斑马鱼MIB1启动子及互作基因的功能富集分析

目的分析斑马鱼E3泛素蛋白连接酶1(MIB1)基因启动子区转录因子结合位点(TFBS),MIB1互作基因和互作蛋白的种类及其在信号通路中的作用,探讨MIB1基因的调控方式及潜在功能。方法利用国家基因组科学数据中心(NGDC)预测非编码RNA(ncRNA),利用Alggen与AnimalTFDB在线网站预测MIB1基因TFBS种类,使用GeneMANIA与STRING分析MIB1的互作基因与互作蛋白;通过DAVID网站获取相关数据,进行基因本体(GO)可视化分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)代谢通路分析。结果MIB1基因启动子区及5′非翻译区可转录出ncRNA;通过预测得到121种TFBS,并发现P53转录因子既可以结合到MIB1基因的启动子区又可与MIB1蛋白相互作用;在线预测出6种MIB1的共表达基因,筛选出20种互作基因;通过GO可视化分析发现,MIB1及其互作基因在生物过程方面具有调控细胞、组织、器官生长分化及调节NOTCH信号通路等功能,且主要在细胞质核周区、细胞膜和突触后密集区等部位被富集,具有结合NOTCH蛋白、PDZ结构域蛋白等分子功能;KEGG代谢通路分析发现,MIB1及其互作基因涉及4条代谢途径。结论MIB1包含多种TFBS,并通过与特定转录因子的相互作用,影响细胞癌变、免疫调节等多种生物学过程。MIB1还可能通过其互作基因和互作蛋白的介导,在细胞生长调控、造血干细胞分化、胚胎发育及神经元信息的传递等方面发挥重要作用。

咖啡因与人血清白蛋白相互作用的分子光谱研究

目的研究咖啡因(CAF)与人血清白蛋白(HSA)间非共价结合特征,探讨CAF在血液中的存在方式。方法在模拟人体生理条件下,应用分子光谱技术,确定CAF与HSA相互作用方式、主要作用力类型及热力学参数。结果 CAF通过动态猝灭机制导致HSA荧光猝灭。当作用温度为298K和310K时,CAF与HSA表观结合常数(Kb)分别为3.35×105和9.53×104L·mol-1,结合位点数分别为1.23和1.09;二者结合距离为4.76 nm;主要作用力为氢键或范德华力;同步荧光图谱表明色氨酸、苯丙氨酸残基所处微环境极性增强。结论 CAF与HSA相互作用并形成超分子化合物,该结合作用是一自发过程。

多光谱技术研究隐丹参酮与人血清白蛋白的相互作用

在模拟生理条件下,研究了隐丹参酮与人血清白蛋白(HSA)的相互作用。荧光光谱分析结果说明,隐丹参酮对HSA的荧光猝灭过程为静态猝灭,并计算得到隐丹参酮与HSA在291,301,311K下的结合常数和结合位点数。热力学参数研究发现,隐丹参酮与HSA的主要结合力为静电作用力。位点竞争试验结果表明,隐丹参酮结合在HSA的siteⅠ位。圆二色谱表明,隐丹参酮使HSA的构象发生变化。根据Frster理论,计算得隐丹参酮与HSA之间的结合距离r0为2.86nm,说明两者在静态结合过程中同时发生了非辐射能量转移。

基于人血清白蛋白占位的内标型比率荧光探针检测抗癫痫药物盐酸噻加宾

本文提出了一种检测抗癫痫药物盐酸噻加宾(TGB)的内标型比率荧光探针(PDI-HSA-AC)。该探针以人血清白蛋白(HSA)为竞争结合反应载体,染料苝二酰亚胺衍生物(PDI)为荧光基团,茜素络合指示剂(AC)为内标物。通过对PDI、HSA、AC和TGB相互作用的研究,我们发现PDI的荧光能够被HSA猝灭,并且PDI结合在HSA的位点Ⅱ处,当存在TGB时,TGB竞争结合在HSA的位点Ⅱ,PDI被置换下来,从而实现了荧光恢复。此外,TGB的存在基本不影响结合在HSA位点Ⅰ处的AC的荧光信号,因此实现了对TGB的比率荧光法的检测。构建的荧光探针具有灵敏度高、选择性好以及检测方法简单、实验条件温和、检测迅速等优点,并且能够应用于实际尿液中TGB的检测。

甜叶菊浸膏对抑郁小鼠脾脏组织中DBP和SP蛋白表达的影响

目的探讨甜叶菊浸膏的抗抑郁活性及其对脾脏和大脑皮层组织中白蛋白启动子D位点结合蛋白(DBP)与P物质(SP)蛋白表达的影响。方法将60只BALB/c♂小鼠随机均分为对照组、模型组、阳性对照组、甜叶菊浸膏低剂量组(SEL,1.5 g·kg^(-1))和高剂量组(SEH,3 g·kg^(-1))。用皮质酮悬液按20 mg·kg^(-1)剂量连续于腹腔注射21 d,复制小鼠抑郁模型,每天给药1次。待造模成功后,通过ig途径给予药物治疗。正常对照组和模型组继续给予生理盐水,阳性对照组给予氟西汀(30 mg·kg^(-1)),甜叶菊浸膏各组给予相应剂量的药物,连续给药7 d,每天给药1次。用旷场法测定各组小鼠的平行移动格数和直立次数等行为学指标;用Western Blot技术测定小鼠脾脏与大脑皮质中DBP和SP蛋白的表达。结果模型组小鼠的平行移动格数和直立次数明显减少,与对照组的比较有显著性差异(P<0.01),提示模型建立成功。给予甜叶菊浸膏后,可剂量依赖性地增加抑郁小鼠的平行移动格数(SEL:54.17±13.33,SEH:73.17±13.90)和直立次数(SEL:35.42±5.12,SEH:54.83±11.60),与模型组的比较有显著性差异(移动格数:20.08±3.53,直立次数:9.33±1.83);甜叶菊浸膏显著地增加了脾脏和脑组织中SP蛋白的表达水平,与模型组的比较有显著性差异(P<0.05,P<0.01);甜叶菊浸膏减少了脾脏组织中DBP蛋白的表达,却增加了脑组织中DBP蛋白的水平,与模型组的比较有显著性差异(P<0.01)。结论甜叶菊浸膏可有效改善小鼠的抑郁症状,其抗抑郁机制可能与调控大脑皮层和脾脏组织中DBP及SP蛋白的表达水平有关。

微透析取样法研究金属离子与蛋白质的竞争结合作用

采用微透析结合高效液相色谱法建立了一种研究金属离子与蛋白质竞争结合作用的方法.采用Cu2+,Ni2+,Cd2+,Zn2+与人血清蛋白（human serum albumin,HSA）为模型化合物,通过各种离子之间的竞争结合的研究表明:在HSA上Cu2+和Ni2+有共同的第一结合位点,Cd2+和Zn2+有共同的第一结合位点,它们在HSA上有一多离子的共同结合位点.本方法具有通用、快速、方便等特点,可用于无理想谱学探针的蛋白质-金属离子相互作用体系的研究.