【目的】探讨利用基于蔗糖代谢酶基因多态性的目标区域扩增多态性(target region amplification polymorphism,TRAP)标记进行甘蔗遗传多样性、遗传距离及遗传距离与糖分表型值关联性分析的可行性。【方法】利用4个根据参与蔗糖代谢酶基...【目的】探讨利用基于蔗糖代谢酶基因多态性的目标区域扩增多态性(target region amplification polymorphism,TRAP)标记进行甘蔗遗传多样性、遗传距离及遗传距离与糖分表型值关联性分析的可行性。【方法】利用4个根据参与蔗糖代谢酶基因SuSy、SPS、SAI和PPDK设计的锚定引物和9个随机引物,筛选具有多态性的17对引物组合,对28个糖分性状表型不同的甘蔗基因型进行TRAP标记,通过分子标记数据,估算不同基因型蔗糖代谢基因的遗传变异和遗传距离,并进行聚类分析。【结果】共扩增出170个条带,其中109个为多态性条带,多态性比率为64.1%,平均每个引物组合产生10个条带,6.4个多态性条带。在所测试的28个甘蔗基因型中,基于蔗糖代谢酶基因多态性所估计的遗传相异系数(genetic dissimilarity,GD)为0.12—0.80。基于GD的UPGMA聚类结果显示,在GD=0.49处,供试基因型可被划分为4类,但就所采集的特定时期的锤度数据而言,类间和类内的锤度表型值没有明显的规律。【结论】甘蔗不同基因型间4个蔗糖代谢酶基因遗传变异较高,多态性丰富,暗示TRAP技术在评价甘蔗蔗糖分性状方面具有应用潜力,但与锤度表型值数据的关联性还有待进一步研究。展开更多
【目的】开发厚朴新型分子标记,分析广东乐昌龙山林场厚朴资源的亲缘关系,以方便后续进行厚朴优株选择和优良品种选育等研究工作。【方法】以14个由广东乐昌龙山林场种植的、种源来自江西省各地的药用植物厚朴为材料,根据GenBank中厚朴c...【目的】开发厚朴新型分子标记,分析广东乐昌龙山林场厚朴资源的亲缘关系,以方便后续进行厚朴优株选择和优良品种选育等研究工作。【方法】以14个由广东乐昌龙山林场种植的、种源来自江西省各地的药用植物厚朴为材料,根据GenBank中厚朴cDNA序列信息,利用NCBI(https://www.ncbi.nlm.nih.gov)上Primer BLAST工具设计厚朴靶区域扩增多态性(Target Region Amplified Polymorphism,TRAP)标记固定引物,与SRAP(Sequence Related Amplified Polymorphism)随机引物配对,扩增厚朴基因组DNA,开发厚朴TRAP标记。统计TRAP标记与厚朴SSR(Simple Sequence Repeat)标记扩增产物的电泳带型图谱,用NTSYSpc2.10e软件进行聚类分析,分析14个厚朴资源的遗传多样性及其亲缘关系。【结果】从14条固定引物与5条随机引物配组形成的70对引物中共开发出7个扩增产物电泳条带清晰、带型丰富、多态性好的厚朴TRAP标记;构建了厚朴资源的亲缘关系树状图,结果表明龙山林场厚朴资源遗传相似系数在0.75~0.88之间,母株与对应子代之间遗传相似系数并不是最高。【结论】厚朴群体内基因交流频繁,遗传多样性丰富,新开发的TRAP标记将为厚朴优株鉴别、优良品种选育、分子标记辅助选择等后续研究工作提供便利。展开更多
文摘【目的】探讨利用基于蔗糖代谢酶基因多态性的目标区域扩增多态性(target region amplification polymorphism,TRAP)标记进行甘蔗遗传多样性、遗传距离及遗传距离与糖分表型值关联性分析的可行性。【方法】利用4个根据参与蔗糖代谢酶基因SuSy、SPS、SAI和PPDK设计的锚定引物和9个随机引物,筛选具有多态性的17对引物组合,对28个糖分性状表型不同的甘蔗基因型进行TRAP标记,通过分子标记数据,估算不同基因型蔗糖代谢基因的遗传变异和遗传距离,并进行聚类分析。【结果】共扩增出170个条带,其中109个为多态性条带,多态性比率为64.1%,平均每个引物组合产生10个条带,6.4个多态性条带。在所测试的28个甘蔗基因型中,基于蔗糖代谢酶基因多态性所估计的遗传相异系数(genetic dissimilarity,GD)为0.12—0.80。基于GD的UPGMA聚类结果显示,在GD=0.49处,供试基因型可被划分为4类,但就所采集的特定时期的锤度数据而言,类间和类内的锤度表型值没有明显的规律。【结论】甘蔗不同基因型间4个蔗糖代谢酶基因遗传变异较高,多态性丰富,暗示TRAP技术在评价甘蔗蔗糖分性状方面具有应用潜力,但与锤度表型值数据的关联性还有待进一步研究。
文摘【目的】开发厚朴新型分子标记,分析广东乐昌龙山林场厚朴资源的亲缘关系,以方便后续进行厚朴优株选择和优良品种选育等研究工作。【方法】以14个由广东乐昌龙山林场种植的、种源来自江西省各地的药用植物厚朴为材料,根据GenBank中厚朴cDNA序列信息,利用NCBI(https://www.ncbi.nlm.nih.gov)上Primer BLAST工具设计厚朴靶区域扩增多态性(Target Region Amplified Polymorphism,TRAP)标记固定引物,与SRAP(Sequence Related Amplified Polymorphism)随机引物配对,扩增厚朴基因组DNA,开发厚朴TRAP标记。统计TRAP标记与厚朴SSR(Simple Sequence Repeat)标记扩增产物的电泳带型图谱,用NTSYSpc2.10e软件进行聚类分析,分析14个厚朴资源的遗传多样性及其亲缘关系。【结果】从14条固定引物与5条随机引物配组形成的70对引物中共开发出7个扩增产物电泳条带清晰、带型丰富、多态性好的厚朴TRAP标记;构建了厚朴资源的亲缘关系树状图,结果表明龙山林场厚朴资源遗传相似系数在0.75~0.88之间,母株与对应子代之间遗传相似系数并不是最高。【结论】厚朴群体内基因交流频繁,遗传多样性丰富,新开发的TRAP标记将为厚朴优株鉴别、优良品种选育、分子标记辅助选择等后续研究工作提供便利。
