北京地区人群HLA-A、B、DRB1的聚合酶链反应-直接测序分型研究

目的调查北京人群人类白细胞抗原(humanleukocyte antigen,HLA)-A、B、DRB1的基因多态性,获得完整准确的遗传学数据。方法应用聚合酶链反应-直接测序分型(polymerase chain reaction se-quence-basedtyping,PCR-SBT)法对北京地区人群中618名健康无关个体进行HLA-A、B、DRB1基因座高分辨分型。结果检出HLA-A、B、DRB1的基因型数和等位基因数分别为199和84、366和143、286和122,这3个基因座分布均符合Hardy-Weinberg平衡定律(P>0.05)。结论从基因水平分析了北京地区HLA-A、B、DRB1基因座的群体分布特征,提供了一套比较完整准确的HLA-A、B、DRB1等位基因频率、基因型频率,为器官移植的供体选择、法医学个体认定、HLA与疾病相关性及人类学等研究提供了重要的参考数据。

运用二代测序技术确认PCR-SSOP法检出的HLA罕见等位基因

目的:确认PCR-序列特异性寡核苷酸探针(SSOP)法检出的4例磁珠探针HLA基因分型结果格局异常和3例模棱两可结果样本的HLA真实基因型。方法:对HLA高分辨组织配型血样采用PCR-SSOP法检出的4例磁珠探针HLA基因分型结果格局异常和3例模棱两可结果进一步采用PCR-直接测序分型(SBT)技术和二代测序(NGS)技术复检确认。结果:采用PCR-SSOP方法检出4例磁珠探针HLA基因分型结果格局异常的样本,加做SBT及NGS两种方法复检后结果显示,样本1的HLA-A分型结果与已知基因型不完全匹配,NGS分析显示,该等位基因与同源性最接近的等位基因A*31:01:02:01在第2外显子154位G>A变异,导致28位编码氨基酸由缬氨酸变为蛋氨酸(p.Val28Met),样本2的HLA-C结果为C*03:119, 06:02,样本3的HLA-C结果为C*03:03, 07:137,样本4的HLA-B结果为B*55:02,55:12。采用PCR-SSOP方法检出3例模棱两可结果样本,加做SBT及NGS两种方法复检后结果显示,样本5的HLA-B结果为B*15:58, 38:02,样本6的HLA-DRB1结果为DRB1*04:05, 14:101,样本7的HLA-DQB1结果为DQB1*03:34,05:02。其中等位基因C*03:119、C*07:137和DRB1*14:101均未收录于中国造血干细胞捐献者资料库的常见及确认等位基因(CWD)表2.4版本。结论:PCR-SSOP法磁珠探针HLA基因分型结果格局异常提示可能为HLA罕见等位基因或新等位基因,需要测序验证。

湖南地区携带HLA-B*27꞉04等位基因人群与强直性脊柱炎的易感性具有强相关性

目的:人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)B27是强直性脊柱炎(ankylosing spondylitis,AS)的易感等位基因,HLA-B27抗原分型是临床诊断AS的重要指标,但目前的分型方法如序列特异引物聚合酶链反应技术(polymerase chain reaction-sequence specific primer,PCR-SSP)等仍存在一定的缺陷。因此,本研究旨在应用高分辨率聚合酶链反应直接测序分型法(polymerase chain reaction-sequence-based typing,PCR-SBT)分析B27亚型与湖南地区强直性脊柱炎易感性的相关性。方法:收集2020年1至12月在湘雅二医院门诊就医的116例疑似AS患者(疑似AS组)和121名健康志愿者(对照组)的外周血,采用PCR-SBT进行HLA-B基因分型。在疑似AS组患者中,23名患者最终被确诊为AS(AS确诊组),其余的93名未能确诊的患者为非AS确诊组。采用PCR-SBT和PCR-SSP检测116例疑似AS患者的HLA-B27分型,并比较2种方法的检测结果。结果:疑似AS组HLA-B27等位基因频率显著高于对照组[11.63%vs 2.48%;P<0.001,优势比(odds ratio,OR)=5.18,95%置信区间(confidence interval,CI)2.097~12.795]。疑似AS组和对照组均检出B*27:04、B*27:05、B*27:06、B*27:07。疑似AS组B*27:04等位基因频率明显高于对照组[9.48%vs 1.24%;P<0.001,OR=8.346,95%CI 2.463~28.282]。疑似AS组和AS确诊组B27阳性率(B27+/+和B27+/-)均显著高于对照组(分别χ^(2)=16.579,P<0.001;χ^(2)=94.582,P<0.001)。在AS确诊组中,21例为HLA-B27携带者,AS确诊组B27阳性率为91.3%。PCR-SBT方法可对HLA-B基因位点进行高分辨分型,其敏感度、特异度、阳性预测值、阴性预测值、准确度均高于PCR-SSP法。结论:应用PCR-SBT检测出HLA-B*27:04与湖南地区AS具有强相关性。PCR-SBT可作为临床AS辅助诊断的优选方案。

中国北方汉族人群PHN发病与HLA-A等位基因相关性研究

目的:探讨中国北方汉族人群中带状疱疹后神经痛(postherpetic neuralgia,PHN)的发病与人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)的相关性。方法:收集2013年12月至2015年1月就诊于中国医科大学附属第一医院疼痛科PHN患者42例,及该院体检中心100例健康人血样,采用直接测序分型(PCR-SBT)的方法对142例样本进行HLA-A等位基因检测,并比较其分布频率及差异与PHN发病的相关性。结果:本研究中健康人群组中共检出17种HLA-A等位基因型,符合Hardy-Weinberg遗传平衡定律。PHN患者中的HLA-A*2601、-A*3004、-A*3303的基因频率明显高于健康人组(P<0.05)。而PHN患者中HLA-A*0201的基因频率明显低于健康人组(P<0.05)。结论:HLA-A*2601、-A*3004、-A*3303、-A*0201与中国北方汉族人群PHN发病相关,其中HLAA*2601、-A*3004、-A*3303为PHN发病的易感基因,而HLA-A*0201为其保护性基因。

初步探讨中国广东人群的中性粒细胞CD177基因型和HNA-2a的表达

目的:探讨中国广东人群的中性粒细胞CD177基因型和HNA-2a的表达及分布情况。方法:采用PCR-SBT方法和流式细胞技术分别对83例广东籍无偿献血者的CD177基因型和HNA-2a的表型进行检测,并结合SNPs、年龄及性别这几个影响因素进行统计学分析,经T-检验和单因素方差分析,若P值<0.05,认为有统计学意义。结果:83例样本的CD177基因型以42C/C和42C/G为主,分别为40例(占48.19%)和37例(占44.58%);42G/G基因型较少,仅6例(占7.23%)。83例样本HNA-2a的表达量均大于5%(mean±SD为61.37%±17.87%)。经T-检验,HNA-2a的表达量在女性与男性之间无明显差异(P>0.05),且女性随着年龄的增加HNA-2a的表达量无明显变化(P>0.05)。对于CD177基因的G42C多态性对HNA-2a表达的影响,经单因素方差分析:42C/C与42G/G基因型之间,中性粒细胞HNA-2a表达的MFI存在明显差异(5.16±1.56vs.3.93±0.84,P<0.05)。结论:中国广东人群的CD177基因型有其自身特点,并且中性粒细胞HNA-2a的表达受多种因素的影响,表现为明显的个体差异,其中SNPs(G42C)是影响HNA-2a表达量的因素之一。

新疆维吾尔族妇女宫颈鳞癌与人类白细胞抗原DQB1基因多态性的相关性分析

目的 探讨新疆维吾尔族妇女宫颈鳞癌与人类白细胞抗原（HLA） DQB1基因多态性的相关性.方法 采用聚合酶链反应-直接测序分型法对80例于2009年8月至2010年4月在新疆维吾尔自治区人民医院就诊的新疆维吾尔族妇女宫颈鳞癌组织（观察组）及80例新疆维吾尔族妇女宫颈炎性组织（对照组）进行HLA-DQB1基因分型.比较2组HLA-DQB1等位基因及基因型频率,计算等位基因的比值比（OR）和95％置信区间（CI）,用以估计等位基因与疾病联系的程度.结果 检测的160个样本中共含296个等位基因,其中杂合的等位基因型136人份,纯合的等位基因型24人份.经过频率计算和统计学分析发现,观察组HLA-DQB1＊ 0325（OR：10.60,95％ CI：1.341～83.810）和HLA-DQB1＊ 0332（OR：12.59,95％ CI：2.909～ 54.526）等位基因频率明显高于对照组,而HLA-DQB1女0317（OR：0.49,95％ CI：0.304～0.798）和HLA-DQB1＊ 040302（OR：0.40,95％ CI：0.243 ～0.658）等位基因频率明显低于对照组,差异均有统计学意义（均P＜0.05）.结论 新疆维吾尔族妇女宫颈鳞癌中HLA-DQB1基因型与我国其他地区报道有差异,等位基因HLA-DQB1＊0325和HLA-DQB1＊ 0332可能是新疆维吾尔族妇女宫颈鳞癌的易感基因,而HLA-DQB1 ＊ 0317和HLA-DQB1＊040302可能是新疆维吾尔族妇女宫颈鳞癌的保护基因.

HLA-DQB1*03:90N碱基缺失的序列分析及确认

目的确认人类白细胞抗原罕见等位基因HLA-DQB1*03:90N的序列,探讨检测方法,以提高HLA分型的准确性。方法采用PCR-序列特异性寡核苷酸探针(sequence-specific oligonudeotide probe,SSOP)对2018年中国造血干细胞捐献者资料库深圳分库登记的2265例造血干细胞捐献者进行HLA分型检测,针对1例HLA-DQB1罕见等位基因进一步选择聚合酶链反应-直接测序分型(sequence-based tying,SBT)技术和基于Ion Torrent S5平台的二代测序(next generation sequencing,NGS)分析技术进行确认。结果HLA-DQB1位点SSOP分型结果显示为罕见等位基因,经SBT复核发现序列在第2外显子疑似插入或缺失,最后通过NGS确认结果为DQB1*03:90N,DQB1*06:01。结论经SSOP法检测得到的罕见等位基因不能轻易排除,应借助多种方法复核确认,保证HLA基因分型结果的准确性。罕见等位基因或新等位基因序列存在碱基缺失,采用二代测序技术可能得到更准确的结果。

单个碱基变异致HLA-DQB1*03新等位基因的鉴定

目的确认1例HLA-DQB1新等位基因的序列,分析新等位基因的遗传学特征。方法应用PCR-序列特异性寡核苷酸探针分型技术(sequence-specific oligonucleotide probe,SSOP)及PCR-直接测序分型法(sequence-based typing,SBT)对1个白血病家系进行HLA常规检测,发现患者母亲及哥哥HLA-DQB1序列组合无完全匹配的基因型。应用二代测序(next generation sequencing,NGS)技术对该基因进行确认。结果PCR-SBT提示患者母亲及哥哥HLA-DQB1序列组合与已知基因型不完全匹配。NGS分析显示,与同源性最高的等位基因DQB1*03:02相比,该等位基因在第2外显子c.233T>G变异,导致46位编码氨基酸由缬氨酸变为甘氨酸(p.Val46Gly)。家系调查显示患者哥哥HLA-DQB1新等位基因来源于母亲。新等位基因序列已递交给GenBank数据库(MK729743)。结论应用NGS鉴定了1个HLA-DQB1新等位基因,该等位基因被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-DQB1*03:362。