聚合酶链反应-直接测序法在强直性脊柱炎患者HLA-B27检测中的应用

目的探讨聚合酶链反应-直接测序法(polymerase chain reaction sequence-based typing,PCR-SBT)检测人类白细胞抗原B27(human leukocyte antigen B27,HLA-B27)在强直性脊柱炎(ankylosing spondylitis,AS)临床诊断中的价值。方法应用PCR-SBT法和临床常用的IMS-ELISA法对120例疑似AS患者外周血进行HLA-B27检测。以SPSS17.0软件的配对χ2检验和受试者工作特征曲线下面积对两种方法检测HLA-B27在AS诊断中的价值进行评价。结果 120例疑似AS患者中,PCR-SBT和IMS-ELISA法HLA-B27检测阳性率分别为45.83%(55/120),37.50%(45/120)。两种方法检测HLA-B27有统计学差异(P=0.031)。PCR-SBT法敏感度和特异度分别为96.36%,96.92%;IMS-ELISA法的敏感度和特异度分别为69.09%,89.23%。两者的AUC分别为0.966和0.792。结论与传统的IMS-ELISA法相比,在AS的临床诊断中PCR-SBT法检测HLA-B27的敏感度和特异度更高,方法更优。

北京地区人群HLA-A、B、DRB1的聚合酶链反应-直接测序分型研究

目的调查北京人群人类白细胞抗原(humanleukocyte antigen,HLA)-A、B、DRB1的基因多态性,获得完整准确的遗传学数据。方法应用聚合酶链反应-直接测序分型(polymerase chain reaction se-quence-basedtyping,PCR-SBT)法对北京地区人群中618名健康无关个体进行HLA-A、B、DRB1基因座高分辨分型。结果检出HLA-A、B、DRB1的基因型数和等位基因数分别为199和84、366和143、286和122,这3个基因座分布均符合Hardy-Weinberg平衡定律(P>0.05)。结论从基因水平分析了北京地区HLA-A、B、DRB1基因座的群体分布特征,提供了一套比较完整准确的HLA-A、B、DRB1等位基因频率、基因型频率,为器官移植的供体选择、法医学个体认定、HLA与疾病相关性及人类学等研究提供了重要的参考数据。

湖南地区携带HLA-B*27꞉04等位基因人群与强直性脊柱炎的易感性具有强相关性

目的:人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)B27是强直性脊柱炎(ankylosing spondylitis,AS)的易感等位基因,HLA-B27抗原分型是临床诊断AS的重要指标,但目前的分型方法如序列特异引物聚合酶链反应技术(polymerase chain reaction-sequence specific primer,PCR-SSP)等仍存在一定的缺陷。因此,本研究旨在应用高分辨率聚合酶链反应直接测序分型法(polymerase chain reaction-sequence-based typing,PCR-SBT)分析B27亚型与湖南地区强直性脊柱炎易感性的相关性。方法:收集2020年1至12月在湘雅二医院门诊就医的116例疑似AS患者(疑似AS组)和121名健康志愿者(对照组)的外周血,采用PCR-SBT进行HLA-B基因分型。在疑似AS组患者中,23名患者最终被确诊为AS(AS确诊组),其余的93名未能确诊的患者为非AS确诊组。采用PCR-SBT和PCR-SSP检测116例疑似AS患者的HLA-B27分型,并比较2种方法的检测结果。结果:疑似AS组HLA-B27等位基因频率显著高于对照组[11.63%vs 2.48%;P<0.001,优势比(odds ratio,OR)=5.18,95%置信区间(confidence interval,CI)2.097~12.795]。疑似AS组和对照组均检出B*27:04、B*27:05、B*27:06、B*27:07。疑似AS组B*27:04等位基因频率明显高于对照组[9.48%vs 1.24%;P<0.001,OR=8.346,95%CI 2.463~28.282]。疑似AS组和AS确诊组B27阳性率(B27+/+和B27+/-)均显著高于对照组(分别χ^(2)=16.579,P<0.001;χ^(2)=94.582,P<0.001)。在AS确诊组中,21例为HLA-B27携带者,AS确诊组B27阳性率为91.3%。PCR-SBT方法可对HLA-B基因位点进行高分辨分型,其敏感度、特异度、阳性预测值、阴性预测值、准确度均高于PCR-SSP法。结论:应用PCR-SBT检测出HLA-B*27:04与湖南地区AS具有强相关性。PCR-SBT可作为临床AS辅助诊断的优选方案。

痰标本中金黄色葡萄球菌的分离鉴定方法研究

目的探索一种基于16SrRNA基因的细菌快速鉴定方法,为临床标本中未知病原菌的诊断提供新的方法思路。方法对1份临床发热伴呼吸道症候群患者的痰标本进行分离培养,获得3种不同的菌落。直接以纯菌落为模板,以通用引物扩增未知菌的16SrRNA基因片段,产物直接测序后进行基于局部比对算法的搜索工具比对,根据序列同源性鉴定病原细菌。结果 3种菌落分别为不易致病的表皮葡萄球菌、龋齿罗特放线菌及致病性的金黄色葡萄球菌,后者继续用特异性引物扩增检测鉴定,确认为金黄色葡萄球菌。结论本研究建立了一种利用16SrRNA基因扩增快速鉴定临床标本中未知病原菌的简便方法。

国人非综合征型遗传性聋患者GJB3基因突变分析

目的 研究GJB3基因[编码缝隙连接蛋白31(Cx31) ]突变在国人耳聋患者中的特征。方法 应用聚合酶链反应(PCR)产物直接测序方法对各种感音神经性聋患者及家属14 1名、对照组15 0名进行GJB3基因编码区突变检测及鉴定。结果 在14 1名患者中发现GJB3基因的三种单核苷酸改变,其中有两种碱基变化导致了氨基酸的改变,为错义突变方式。其中一个突变( 5 4 7G→A)与夏家辉等报道相同;另一个突变形式( 2 5 0G→A)为本研究首次发现,且进一步的各物种多种连接蛋白氨基酸序列进化分析证实该突变位点位于Cx31高度保守的第二跨膜区。15 0名正常对照组中未发现同样突变。结论 国人非综合征型遗传性聋者GJB3基因突变筛查研究发现了一个GJB3基因新的突变形式( 2 5 0G→A) ,为进一步开展耳聋相关基因的筛查研究打下了基础。

PCR-SBT 与 IMS-ELISA 法在强直性脊柱炎患者 HLA-B27检测中的比较

目的：比较聚合酶链反应-直接测序法（polymerase chain reaction sequence-based typing，PCR-SBT）和磁珠酶联免疫法（immunomagnetic separation and enzyme-linked immunosorbent assay，IMS-ELISA）检测人类白细胞抗原 B27（human leukocyte antigen B27，HLA-B27）在强直性脊柱炎（ankylosing spondylitis，AS）临床诊断中的价值。方法应用 PCR-SBT法和 IMS-ELISA 法对120例疑似 AS 患者外周血进行 HLA-B27检测。以 SPSS17.0软件的配对χ^2检验和受试者工作特征曲线下面积对两种方法检测 HLA-B27在 AS 诊断中的价值进行评价。结果120例疑似 AS 患者中，PCR-SBT 和 IMS-ELISA 法 HLA-B27检测阳性率分别为45.83％（55／120）和37.50％（45／120）。两种方法检测 HLA-B27差异有统计学意义（χ2＝59.455，P ＝0.000）。PCR-SBT 法敏感度和特异度分别为96.36％和96.92％；IMS-ELISA 法的敏感度和特异度分别为69.09％和89.23％。两者的 AUC 分别为0.966和0.792。结论与 IMS-ELISA 法相比，在 AS 的临床诊断中PCR-SBT 法检测 HLA-B27的敏感度和特异度更高，方法更优。

GJB3基因在新疆维汉两民族遗传性非综合征耳聋患者的突变分析

目的耳聋具有高度的遗传异质性,分析GJB3基因在新疆地区维汉两族中的突变,了解其分子病因学机制。方法调查对象来自新疆地区非综合征耳聋患者(耳聋组)93例,其中维吾尔族43例。对照组为听力正常者110例,其中维吾尔族56例。所有受检者均采集外周血并提取DNA,应用聚合酶链反应(PCR)产物直接测序方法对各种感音神经性耳聋患者93名、对照组110名进行GJB3基因编码区突变检测及鉴定。结果在93名患者中发现GJB3基因的3种单核苷酸改变,其中有两种碱基变化导致了氨基酸的改变,为错义突变方式。其中1个突变(256G→A),另1个突变形式(33C→T)为本研究首次发现。110名正常对照组中未发现同样突变。结论国人非综合征型遗传性聋者GJB3基因突变筛查研究发现了一个GJB3基因新的突变形式(256G→A),为进一步开展耳聋相关基因的筛查研究打下了基础。

神经纤维瘤病Ⅰ型患者HLA-DRB1位点等位基因的测序分型

目的 进行神经纤维瘤病Ⅰ型患者的HLA DRB1位点等位基因高分辨率测序分型 ,探讨HLA与神经纤维瘤病发病之间的关系。方法 应用聚合酶链反应 直接测序方法 (PCR SBT) ,对 3 0例神经纤维瘤病Ⅰ型患者及 10 8例正常人进行HLA DRB1位点等位基因分型。结果 神经纤维瘤病Ⅰ型患者HLA DRB1 0 40 6位点等位基因以较高频率出现 ,与对照组比较差异有显著性。结论 HLA DRB1位点等位基因频率在神经纤维瘤病Ⅰ型患者和正常人之间分布不同。

一例白血病患者及家系HLA-B基因全长序列及18个点突变分析

背景:人类白细胞抗原HLA经过长期进化形成丰富的多态性,近几年由于受检人数增加及HLA分型技术快速发展,HLA新基因不断被发现。目的:采用下一代测序技术对1例白血病患者及家系HLA-B基因的全长序列及18个点突变进行分析。方法:应用序列特异性寡核苷酸探针杂交(PCR-SSOP)及聚合酶链反应-直接测序法(PCR-SBT)发现患者的HLA-B结果异常。为了鉴定该基因,采用下一代测序技术对该基因全长进行测序,同时采集患者父亲、母亲及2位同胞姐妹的血样进行HLA基因的遗传学分析。结果与结论:应用序列特异性寡核苷酸探针杂交及聚合酶链反应-直接测序法均提示该样本HLA-B无完全匹配的基因型。应用下一代测序技术分析发现,与同源性最高的等位基因B*15:09:01相比,该基因在外显子、内含子和3′UTR共存在18个碱基突变。5个外显子碱基突变位于第3,4外显子,分别为:第486位G→C、第583位T→C、第636位T→C、第652位A→G和第756位C→T,导致5个相应密码子发生改变,其中2个碱基替换为错义突变,第171位酪氨酸(Tyr)→组氨酸(His)、第194位异亮氨酸(Ile)→缬氨酸(Val)。家系调查显示患者HLA-B新基因来源于父亲。新基因序列已递交给Genbank数据库(MG595995)。应用下一代测序技术鉴定了1个HLA-B新等位基因,该基因于2017年12月被WHOHLA因子命名委员会正式命名为HLA-B*15:435。

膀胱肿瘤基因多态性指导灌注药物选择分析

目的：检测谷胱甘肽S转移酶P1（Glutathione S－transferase P1，GSTP1）、多药耐药基因1（Multidrug－re-sistance Gene 1，MDR1）、醌氧化还原酶（NADPH quinone oxido－reductase，NQO1）基因多态性，评估非肌层浸润性膀胱癌（ non muscle－invasive bladder cancer ， NMIBC）患者对膀胱灌注化疗药物表阿霉素和丝裂霉素 C的敏感性。方法选取112例2011年10月-2013年10月行TUR－Bt术确诊的初发NMIBC患者，应用聚合酶链反应－直接碱基序列分析基因分型技术（sequence based genotyping ， PCR－SBT）法检测患者外周血中GSTP1、MDR1、NQO1基因多态性，预测患者对表阿霉素和丝裂霉素 C的敏感性，选择敏感性高的药物作为膀胱灌注药物，随访观察患者术后复发情况，分析GSTP1、MDR1、NQO1基因多态性检测对NMIBC患者膀胱灌注化疗药物选择的意义。结果12例MNIBC患者，随访时间6-24个月，平均随访20.5±2.7月，复发17例，复发率15.18％；表阿霉素膀胱灌注52例，丝裂霉素C灌注60例；以敏感性药物膀胱灌注的患者48例，表阿霉素和丝裂霉素C各24例，随访期间复发6例，复发率为12.5％；按经验选择中度敏感性药物进行膀胱灌注患者64例，表阿霉素及丝裂霉素C分别为28例、36例，随访期间出现11例复发，复发率为17.19％，两者差异有统计学意义（P＜0.05）。结论 NMIBC 患者膀胱灌注化疗前通过检测GSTP1、MDR1、NQO1基因多态性预测患者对表阿霉素和丝裂霉素 C的敏感性，选择敏感性药物化疗，能有效降低NMIBC复发率，此方法对NMIBC术后化疗药物的选择具有指导性意义。

初步探讨中国广东人群的中性粒细胞CD177基因型和HNA-2a的表达

目的:探讨中国广东人群的中性粒细胞CD177基因型和HNA-2a的表达及分布情况。方法:采用PCR-SBT方法和流式细胞技术分别对83例广东籍无偿献血者的CD177基因型和HNA-2a的表型进行检测,并结合SNPs、年龄及性别这几个影响因素进行统计学分析,经T-检验和单因素方差分析,若P值<0.05,认为有统计学意义。结果:83例样本的CD177基因型以42C/C和42C/G为主,分别为40例(占48.19%)和37例(占44.58%);42G/G基因型较少,仅6例(占7.23%)。83例样本HNA-2a的表达量均大于5%(mean±SD为61.37%±17.87%)。经T-检验,HNA-2a的表达量在女性与男性之间无明显差异(P>0.05),且女性随着年龄的增加HNA-2a的表达量无明显变化(P>0.05)。对于CD177基因的G42C多态性对HNA-2a表达的影响,经单因素方差分析:42C/C与42G/G基因型之间,中性粒细胞HNA-2a表达的MFI存在明显差异(5.16±1.56vs.3.93±0.84,P<0.05)。结论:中国广东人群的CD177基因型有其自身特点,并且中性粒细胞HNA-2a的表达受多种因素的影响,表现为明显的个体差异,其中SNPs(G42C)是影响HNA-2a表达量的因素之一。

新疆维吾尔族妇女宫颈鳞癌与人类白细胞抗原DQB1基因多态性的相关性分析

目的 探讨新疆维吾尔族妇女宫颈鳞癌与人类白细胞抗原（HLA） DQB1基因多态性的相关性.方法 采用聚合酶链反应-直接测序分型法对80例于2009年8月至2010年4月在新疆维吾尔自治区人民医院就诊的新疆维吾尔族妇女宫颈鳞癌组织（观察组）及80例新疆维吾尔族妇女宫颈炎性组织（对照组）进行HLA-DQB1基因分型.比较2组HLA-DQB1等位基因及基因型频率,计算等位基因的比值比（OR）和95％置信区间（CI）,用以估计等位基因与疾病联系的程度.结果 检测的160个样本中共含296个等位基因,其中杂合的等位基因型136人份,纯合的等位基因型24人份.经过频率计算和统计学分析发现,观察组HLA-DQB1＊ 0325（OR：10.60,95％ CI：1.341～83.810）和HLA-DQB1＊ 0332（OR：12.59,95％ CI：2.909～ 54.526）等位基因频率明显高于对照组,而HLA-DQB1女0317（OR：0.49,95％ CI：0.304～0.798）和HLA-DQB1＊ 040302（OR：0.40,95％ CI：0.243 ～0.658）等位基因频率明显低于对照组,差异均有统计学意义（均P＜0.05）.结论 新疆维吾尔族妇女宫颈鳞癌中HLA-DQB1基因型与我国其他地区报道有差异,等位基因HLA-DQB1＊0325和HLA-DQB1＊ 0332可能是新疆维吾尔族妇女宫颈鳞癌的易感基因,而HLA-DQB1 ＊ 0317和HLA-DQB1＊040302可能是新疆维吾尔族妇女宫颈鳞癌的保护基因.

HLA-DQB1等位基因与云南汉族多形性日光疹易感性的相关性

目的探讨多形性日光疹(PLE)及其家族史与HLA-DQB1等位基因的相关性。方法应用聚合酶链反应-直接测序(polymerase chain reaction sequence-based typing,PCR-SBT)的方法对110例PLE患者和170例健康对照进行HLA-DQB1等位基因的检测。结果共检测出14种HLA-DQB1等位基因,其中HLA-DQB1*0302和DQB1*0601等位基因与PLE呈正相关(OR=7.485,Pc<10-3;OR=14.153,Pc<10-4),而DQB1*0201等位基因与PLE呈负相关(OR=0.354,Pc=0.0280)。HLA-DQB1*0302(OR=0.101,Pc<10-4)与无家族史的PLE呈正相关,而DQB1*0601(OR=0.069,Pc<10-3;OR=0.075,Pc=0.0084)与有和无家族史的PLE均呈正相关,但DQB1*0201(OR=5.500,Pc=0.0056)与无家族史的PLE呈负相关。结论 HLA-DQB1*0302和DQB1*0601可能是云南汉族PLE的易感基因或与实际的易感基因连锁,而HLA-DQB1*0201可能为云南汉族PLE的保护性基因;DQB1*0302可能为无家族史PLE患者的促进因素,而DQB1*0201可能为无家族史PLE患者的保护因素。

山东地区汉族人群MICA基因多态性分析

目的分析山东地区汉族人群MICA基因外显子2~6多态性,并与国内外其他地区人群进行比较。方法用聚合酶链反应-测序分型法（PCR-SBT）对100例山东地区汉族骨髓库捐献志愿者MICA基因外显子2~6进行多态性分析。结果共检出18个MICA等位基因,基因频率最高的前3位依次为MICA＊008：01（35%）,MICA＊002：01（14%）,MICA＊010：01（12%）。与南方多地区汉族人群比较,MICA＊004＊,＊019,＊008,＊010,＊027分布差异均有统计学意义（P均〈0.05）;与内蒙古地区汉族人群比较MICA＊008,＊012,＊004差异有统计学意义（P均〈0.05）;与韩国人群比较MICA＊008,＊010,＊019差异有统计学意义（P均〈0.05）;与美国高加索人种比较,只有MICA＊045差异有统计学意义（P〈0.05）;与非洲裔美国人比较差异有统计学意义的等位基因达10个。结论山东地区汉族人群MICA基因多态性有高加索人群特征,且与国内外其他地区人群存在较大差异。

HLA-DQA1等位基因与云南汉族多形性日光疹易感性的相关性

目的探讨多形性日光疹(PLE)及其严重度与HLA-DQA1等位基因的相关性。方法应用聚合酶链反应-直接测序(PCR-SBT)的方法对110例PLE患者和170例健康对照进行HLA-DQA1等位基因的检测。结果共检测出15种HLA-DQA1等位基因,其中HLA-DQA1*0102等位基因与PLE呈正相关(P=0.0003,P c=0.0045)。轻型PLE组(Mild)中HLA-DQA1*0102(P c<10-5)的频率升高,而DQA1*0601(P c=0.0045)频率降低;在重型PLE组(Severe)中,HLA-DQA1*0505(P c=0.0255)的频率升高。结论 HLA-DQA1*0102可能是云南汉族PLE的易感基因或与实际的易感基因连锁;DQA1*0102可能为轻型PLE患者的促进因素,而DQA1*0601可能为其保护因素;DQA1*0505可能为重型PLE患者的促进因素。

HLA-DRB1基因多态性与陕西汉族妇女患中重度EM风险的相关性

目的探讨HLA-DRB1基因多态性在陕西汉族中重度子宫内膜异位症(EM)人群中的分布及其与EM发病风险的关联性。方法采用聚合酶链反应-直接测序技术(PCR-SBT),检测50例中重度EM患者和52例正常对照人群中HLADRB1的基因多态性分型,分析其基因型分布及其与中重度EM发病风险的相关性。结果 HLA-DRB1基因在EM组和对照组人群中均呈高度多态性分布;EM组人群中检测到22种HLA-DRB1基因型,其中基因型频率大于5%分别为HLA-DRB1*07:01(18%),DRB1*15:01(12%),DRB1*09:01(11%),DRB1*12:01(7%),DRB1*12:02(7%),DRB1*14:54(6%),DRB1*15:02(6%)和DRB1*14:05(5%)。在对照组中人群中检测到24种HLA-DRB1基因型,其中基因型频率大于5%分别为HLADRB1*15:01(16.3%),DRB1*07:01(14.4%),DRB1*12:02(8.7%),DRB1*12:01(8.7%),DRB1*09:01(6.7%)和DRB1*04:05(5.8%)。HLA-DRB1各基因型在EM组与对照组中的分布未见明显统计学差异。结论 HLA-DRB1基因多态性与陕西汉族中重度EM发病风险无明显关联。

HLA-DQB1*03:90N碱基缺失的序列分析及确认

目的确认人类白细胞抗原罕见等位基因HLA-DQB1*03:90N的序列,探讨检测方法,以提高HLA分型的准确性。方法采用PCR-序列特异性寡核苷酸探针(sequence-specific oligonudeotide probe,SSOP)对2018年中国造血干细胞捐献者资料库深圳分库登记的2265例造血干细胞捐献者进行HLA分型检测,针对1例HLA-DQB1罕见等位基因进一步选择聚合酶链反应-直接测序分型(sequence-based tying,SBT)技术和基于Ion Torrent S5平台的二代测序(next generation sequencing,NGS)分析技术进行确认。结果HLA-DQB1位点SSOP分型结果显示为罕见等位基因,经SBT复核发现序列在第2外显子疑似插入或缺失,最后通过NGS确认结果为DQB1*03:90N,DQB1*06:01。结论经SSOP法检测得到的罕见等位基因不能轻易排除,应借助多种方法复核确认,保证HLA基因分型结果的准确性。罕见等位基因或新等位基因序列存在碱基缺失,采用二代测序技术可能得到更准确的结果。