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基于基因功能相似性评价的乌头汤治疗类风湿关节炎作用机制研究
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作者 翟玉萱 柳婧雯 +3 位作者 肖珅 王开聪 于净 翟菲 《中国药理学与毒理学杂志》 CAS 北大核心 2023年第S01期35-36,共2页
目的基于系统药理学和基因功能相似性评价对乌头汤治疗类风湿关节炎(RA)的药材配伍关系及作用机制进行探究,并利用分子对接对核心成分与靶点进行验证。方法采用系统药理学方法收集组方药材活性成分和潜在治疗靶点,构建蛋白质相互作用网... 目的基于系统药理学和基因功能相似性评价对乌头汤治疗类风湿关节炎(RA)的药材配伍关系及作用机制进行探究,并利用分子对接对核心成分与靶点进行验证。方法采用系统药理学方法收集组方药材活性成分和潜在治疗靶点,构建蛋白质相互作用网络并通过模块分析筛选核心靶点;利用R语言对各药材治疗RA的靶点集进行基因功能相似性评价,预测药材配伍的减毒增效关系,并对核心靶点和核心成分进行分子对接。结果筛选得到107种活性成分和29个核心靶点,推测乌头汤中各药材主要通过Medicarpin、Kanzonol W、Lico⁃agroisoflavone等活性成分作用于STAT3、AKT1、TNF等靶点,综合调节PI3K-Akt、Ras、AGE-RAGE等信号通路,通过抑制成纤维细胞对生长因子的有丝分裂反应、调控免疫因子和控制炎症细胞因子等发挥治疗作用;麻黄,白芍和黄芪三味药材具有较强的基因功能协同性,川乌在生物过程和分子功能上发挥着独特的作用;分子对接证实了核心成分和靶点均具有很好的对接活性。结论预测得到了乌头汤治疗RA的核心成分和靶点,从基因功能层面探究了方剂减毒增效的配伍关系和作用机制,为进一步探究其分子机制提供了理论基础。 展开更多
关键词 乌头汤 类风湿关节炎 基因功能相似性 PI3K/AKT信号通路
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基于文本挖掘与功能相似性的疾病基因预测 被引量:2
2
作者 袁芳 王瑞春 +3 位作者 管明祥 万学元 何国荣 周艳红 《计算机工程》 CAS CSCD 北大核心 2011年第4期27-28,39,共3页
现有疾病基因预测方法大多利用致病基因的各类注释信息进行预测,但仍有很多疾病没有任何注释信息。针对该问题,提出一种基于文本挖掘与功能相似性的疾病基因预测方法,通过数据挖掘获取疾病的相关基因本体术语,利用功能相似性分析基因与... 现有疾病基因预测方法大多利用致病基因的各类注释信息进行预测,但仍有很多疾病没有任何注释信息。针对该问题,提出一种基于文本挖掘与功能相似性的疾病基因预测方法,通过数据挖掘获取疾病的相关基因本体术语,利用功能相似性分析基因与疾病之间的相关程度,并根据该相关程度对所有候选基因进行排序,从而识别出致病基因。测试结果显示,该方法能有效预测没有已知功能注释的致病基因。 展开更多
关键词 疾病基因预测 基因本体 文本挖掘 功能相似性
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基于GO体系的基因功能相似性度量方法 被引量:1
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作者 张树波 赖剑煌 《计算机应用与软件》 CSCD 2016年第1期31-37,共7页
比较基因或基因产物功能上的相似性是生命科学研究的一项重要内容,它在生物大分子功能预测、基因聚类、生物网络分析和疾病相关基因筛选等方面具有广泛的应用。计算基因之间的功能相似性已经成为生物信息学研究的基础性工作。基因本体GO... 比较基因或基因产物功能上的相似性是生命科学研究的一项重要内容,它在生物大分子功能预测、基因聚类、生物网络分析和疾病相关基因筛选等方面具有广泛的应用。计算基因之间的功能相似性已经成为生物信息学研究的基础性工作。基因本体GO(Gene Ontology)体系集成了多种异质数据库的信息,用结构化的自然语言术语对基因和基因产物的功能进行注释和分类,是研究基因功能相似性的有力工具。从GO术语之间相似性、基因之间功能相似性两个方面,总结和评述过去十几年里,人类利用生物信息学方法在语义水平上研究基因功能相似性的进展和取得的成果,分析基因功能相似性计算方法存在的问题和面临的挑战,指出基于GO体系的基因功能相似性度量方法今后的主要研究方向。 展开更多
关键词 基因本体 GO术语 语义相似性 功能相似性 最短路径 信息量
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基于基因功能相似性预测小分子药物与lncRNA的相关关系 被引量:1
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作者 吕莹丽 王世缘 +3 位作者 闫琰 宁尚伟 付强 杨磊 《哈尔滨医科大学学报》 CAS 2017年第5期404-408,共5页
目的开发靶向表达失调的非编码RNA的小分子药物,以提供一种全新的癌症治疗策略。方法通过整合小分子与lncRNA的靶基因数据,基于基因功能相似性,构建小分子与lncRNA关联关系模型,预测小分子潜在相关的lncRNAs,对显著相关的小分子-lncRNA... 目的开发靶向表达失调的非编码RNA的小分子药物,以提供一种全新的癌症治疗策略。方法通过整合小分子与lncRNA的靶基因数据,基于基因功能相似性,构建小分子与lncRNA关联关系模型,预测小分子潜在相关的lncRNAs,对显著相关的小分子-lncRNA关联网络进行拓扑性和功能性分析,依据数据库和文本挖掘评价预测的小分子-lncRNA关系。结果得到280个小分子与79个lncRNA之间805对显著相关关系;网络中小分子节点呈现幂律分布;同一小分子靶向的lncRNA对共享疾病(5.0995×10-6),同一lncRNA关联的小分子对共享疾病(3.1577×10-28)和副作用(2.1668×10-67),并具有相似的化学结构(2.053×10-62);在慢性骨髓白血病、恶性胃肠道间质瘤中,MEG3、H19、HOTAIR与伊马替尼存在潜在关联;FENDRR与Glisoxepide在糖尿病肾病治疗中存在潜在关联。结论基于基因功能相关性为预测小分子相关lncRNAs提供了一条新途径,促进了癌症靶向治疗的发展。 展开更多
关键词 小分子 lncRNA 关联关系 功能相似性
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基于网络表示学习的miRNA功能相似性研究 被引量:2
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作者 阮璐 熊赟 《计算机工程》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期154-159,共6页
miRNA是一类重要的非编码小RNA分子,与癌症等疾病有密切的关系。目前研究者已经识别大量miRNA,但是多数miRNA的功能仍然未知。为此,提出一种网络表示学习的miRNA功能相似性计算方法。通过miRNA的相关数据集如目标基因和关联疾病可以有... miRNA是一类重要的非编码小RNA分子,与癌症等疾病有密切的关系。目前研究者已经识别大量miRNA,但是多数miRNA的功能仍然未知。为此,提出一种网络表示学习的miRNA功能相似性计算方法。通过miRNA的相关数据集如目标基因和关联疾病可以有效地计算miRNA的功能相似性,从而预测疾病相关的候选miRNA。利用不同类型生物数据集构建miRNA相关多源网络,采用网络表示学习的方式为网络中的每一个miRNA节点学习一个特征向量,进而使用特征向量来衡量miRNA的相似性。实验结果表明,与DeepWalk方法相比,该方法在同一家族的miRNA中能够取得较高的得分,并且可以在已有的数据库中找到疾病候选miRNA验证记录。 展开更多
关键词 功能相似性 网络表示学习 网络嵌入 多源网络 特征向量
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大数据层面的microRNA功能相似性分析
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作者 王莹莹 蔡云鹏 《集成技术》 2014年第3期42-48,共7页
随着大数据时代的来临,microRNA与基因的序列数据不断增加,如何从大量的数据中挖掘有生物学意义的信息成为新的热点问题。研究表明microRNA间以协作的方式在疾病中发挥作用,并呈现出网络的结构化趋势。因此,系统分析不同microRNA间的相... 随着大数据时代的来临,microRNA与基因的序列数据不断增加,如何从大量的数据中挖掘有生物学意义的信息成为新的热点问题。研究表明microRNA间以协作的方式在疾病中发挥作用,并呈现出网络的结构化趋势。因此,系统分析不同microRNA间的相似性将在疾病生物学标记挖掘等研究领域起到关键的桥梁作用。而microRNA通过调节其靶基因发挥作用,所以本研究将充分利用现有靶基因数据,从功能角度分析microRNA间的相似性。研究选取前期工作所得的靶基因优化列表,利用富集分析将基因集合转化为功能节点集合,并在此基础上利用集合相似性测度计算microRNA对在不同层面的功能一致性。结果表明,相同家族的microRNA倾向于调控相同或相似的靶基因;类比于非靶基因,microRNA靶基因倾向于共享较多相似的细胞组分,而在生物学通路及生物学过程中则具有相对较低的相似性。 展开更多
关键词 MICRORNA 功能相似性 靶基因
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microRNAs功能相似性计算方法研究进展
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作者 李建伟 杜燕波 +2 位作者 张山 宋子健 郑希强 《生理科学进展》 CAS 北大核心 2020年第3期206-210,共5页
microRNAs(mi RNAs)是一类非编码小RNA分子,在生命过程中发挥着广泛而又重要的调控功能。迄今只有极少数mi RNAs具有明确功能,通过计算mi RNAs功能相似性推测mi RNAs调控功能已成为mi RNAs研究中的一个热点,在mi RNAs功能识别研究中发... microRNAs(mi RNAs)是一类非编码小RNA分子,在生命过程中发挥着广泛而又重要的调控功能。迄今只有极少数mi RNAs具有明确功能,通过计算mi RNAs功能相似性推测mi RNAs调控功能已成为mi RNAs研究中的一个热点,在mi RNAs功能识别研究中发挥着重要作用。本文综述了计算mi RNAs功能相似性方法的研究进展,总结了各种主流计算方法的算法思想和优缺点,探讨了该领域的进一步发展方向。 展开更多
关键词 microRNAs(miRNAs) 功能相似性 生物信息 计算方法
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基于功能性状的外来植物入侵预测模型框架构建
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作者 王世雄 何跃军 王文颖 《广西植物》 CAS CSCD 北大核心 2022年第11期1929-1938,共10页
预测外来植物的潜在入侵性已成为生物多样性保护研究的重要内容,外来植物与乡土物种间的亲缘关系是预测外来植物能否成功入侵的一个重要途径。然而,达尔文归化难题却预测了两种截然不同的结果(即达尔文归化假说和预适应假说)。该研究解... 预测外来植物的潜在入侵性已成为生物多样性保护研究的重要内容,外来植物与乡土物种间的亲缘关系是预测外来植物能否成功入侵的一个重要途径。然而,达尔文归化难题却预测了两种截然不同的结果(即达尔文归化假说和预适应假说)。该研究解析了达尔文归化难题的内涵,提出了基于功能性状的外来植物与乡土群落间的相似性关系应该是进行外来植物入侵预测的重要切入点,而功能性状的种间分化与种内变异可能是外来植物成功入侵的两种不同生态策略。在此基础上,该研究还通过物种功能性状的多维超体积构建了外来植物与乡土群落间的相似性,提出了基于这种相似性的外来植物入侵预测的研究框架和基本流程。该模型框架的建立有助于理解外来植物的入侵机制,对外来植物的潜在入侵性预测提供了理论依据。当然,要实现外来植物能否成功入侵的准确预测,不仅依赖于功能性状的选择,还要考虑入侵的生境依赖性、空间尺度的重要性以及乡土群落的可入侵性等,未来的研究重点是通过控制实验对该模型进行验证和进一步完善。 展开更多
关键词 生物拮抗 达尔文归化难题 功能相似性 亲缘关系 性状可塑性
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一种新的加权功能相似性算法在蛋白质相互作用研究中的应用
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作者 王东 须涛 +1 位作者 李令锦 杜林方 《应用与环境生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第3期420-423,共4页
基于GO术语衡量基因产物之间的相似性主要是通过语义相似性进行,此类方法主要是先计算GO术语之间的相似性,然后再通过与GO术语相关的基因产物的相似性两步来实现的.第一步GO术语之间的相似性已经有了大量的研究,但是关于第二步的功能相... 基于GO术语衡量基因产物之间的相似性主要是通过语义相似性进行,此类方法主要是先计算GO术语之间的相似性,然后再通过与GO术语相关的基因产物的相似性两步来实现的.第一步GO术语之间的相似性已经有了大量的研究,但是关于第二步的功能相似性研究却很少,针对平均化计算功能相似性的一些缺陷,提出了一种新的加权的功能相似性计算方法——wfcSim方法.应用DIP数据库中人类和线虫的蛋白质相互作用数据,通过ROC曲线对基于平均化、基于最大化、Wang和wfcSim等4种功能相似性研究方法进行了评估,结果表明,与前人通常使用的基于平均的方法相比,wfcSim方法在功能相似性分析方面具有较高的优越性. 展开更多
关键词 语义相似性 功能相似性 蛋白质相互作用 GO术语 wfcSim方法
原文传递
Toppgene筛选肺腺癌候选疾病基因 被引量:1
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作者 王桂平 叶云 +1 位作者 郑文岭 马文丽 《中国肺癌杂志》 CAS 2010年第4期282-286,共5页
背景与目的肺腺癌是危害人类健康最主要的肺癌类型之一,其发生机制仍不清楚。本研究利用生物信息学方法,筛选新的肺腺癌候选基因,为揭示肺腺癌发病机制提供依据。方法从GEO数据库中获得GSE10072和GSE7670两个数据集,然后利用dchip软件... 背景与目的肺腺癌是危害人类健康最主要的肺癌类型之一,其发生机制仍不清楚。本研究利用生物信息学方法,筛选新的肺腺癌候选基因,为揭示肺腺癌发病机制提供依据。方法从GEO数据库中获得GSE10072和GSE7670两个数据集,然后利用dchip软件进行差异表达基因分析,将其获得的差异基因定义为"检测基因集"(testgeneset);采用genecard和Fable文献挖掘已知肺腺癌疾病基因,并将其定义为"训练基因集"(traingeneset);最后,利用Toppgene筛选肺腺癌候选基因,并通过荧光定量PCR对其获得的部分基因进行验证。结果获得一个含344个基因的"检测基因集"和含277个基因的"训练基因集"。采用Toppgene共获得36个候选疾病基因,其中21个基因则在肿瘤方面的研究几无报道。荧光定量PCR实验研究发现,CD36、PMAIP1及FABP4三个基因在A549细胞中均为下调表达,与芯片数据一致。结论Toppgene可发现新的肺腺癌候选疾病基因,为下一步发现特异性肺腺癌致病基因提供理论依据。 展开更多
关键词 Toppgene 基因功能相似性 肺腺癌 基因
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类比设计方法及其应用
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作者 刘桥 蒋梁中 谢存禧 《机床与液压》 北大核心 2003年第6期143-145,共3页
本文对类比设计方法的最新研究状况进行了介绍 ,通过类比设计和功能相似性分析的有机结合 ,特别是通过辨别不同产品中关键设计部分的相似性 ,拓展了传统类比设计方法的内涵 ,并成功地设计了某新型航天减振器。
关键词 类比设计方法 功能相似性分析 减振器 机械设计
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基于软件需求规范的项目级复用研究
12
作者 巴元秀 赵逢禹 刘亚 《计算机技术与发展》 2022年第2期94-100,共7页
目前的软件复用技术主要围绕软件代码的复用进行研究。而随着开源项目的增多,基于待开发项目的需求文档分析,实现项目级的复用就显得非常有价值。当开发人员获取项目的软件需求后,通常需要对其分析并构建解决方案,然后进行设计与实施。... 目前的软件复用技术主要围绕软件代码的复用进行研究。而随着开源项目的增多,基于待开发项目的需求文档分析,实现项目级的复用就显得非常有价值。当开发人员获取项目的软件需求后,通常需要对其分析并构建解决方案,然后进行设计与实施。如果能根据项目的软件需求找到相似的历史项目进行复用,可以大大节省项目设计与实施时间。因此,在现有的项目级复用研究基础上,该文提出一种基于需求分析的项目级复用技术PR-REQ。该方法首先分析历史开源项目,给出了开源项目的领域信息提取算法,代码的功能操作序列提取算法以及数据模型信息的提取算法;然后给出了针对待开发项目需求文档的领域信息提取算法,用例的功能操作序列提取算法以及数据模型信息的提取算法;最后构建需求文档与历史项目的相似性度量方法,从而找到最相似的项目进行项目级复用。为了验证该方法的有效性和准确性,从Github上下载了8个类别的开源项目进行实验,实验结果表明该方法对项目级复用具有较好的实用价值。 展开更多
关键词 项目级复用 需求分析 开源项目 领域相似分析 功能相似性分析 数据模型相似性分析
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Building a better recommender system in E-commerce
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作者 黎星星 《Journal of Chongqing University》 CAS 2003年第1期68-72,共5页
This paper presents an architecture of a hybrid recommender system in E-commerce environment. The goal of the system is to make special improvements in giving precisely personalized recommendation through some effecti... This paper presents an architecture of a hybrid recommender system in E-commerce environment. The goal of the system is to make special improvements in giving precisely personalized recommendation through some effective measures. Based on the study on the existing recommendation methods of both the conventional similarity function and the conventional feedback function, several improvement algorithms are developed to enhance the precision of recommendation, which include three improved similarity functions, four improved feedback functions, and adoption of both explicit and implicit preferences in individual user profile. Among them, issues and countermeasures of a new user, prominent preferences and long-term preferences are nicely addressed to gain better recommendation. The users preferences is so designed to be precisely captured by a user-side agent, and can make self-adjustment with explicit or implicit feedback. 展开更多
关键词 recommender system users preference similarity function feedback function
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Design of similarity measure for discrete data and application to multi-dimension 被引量:1
14
作者 LEE Myeong-ho 魏荷 +2 位作者 LEE Sang-hyuk LEE Sang-min SHIN Seung-soo 《Journal of Central South University》 SCIE EI CAS 2013年第4期982-987,共6页
Similarity measure design for discrete data group was proposed. Similarity measure design for continuous membership function was also carried out. Proposed similarity measures were designed based on fuzzy number and d... Similarity measure design for discrete data group was proposed. Similarity measure design for continuous membership function was also carried out. Proposed similarity measures were designed based on fuzzy number and distance measure, and were proved. To calculate the degree of similarity of discrete data, relative degree between data and total distribution was obtained. Discrete data similarity measure was completed with combination of mentioned relative degrees. Power interconnected system with multi characteristics was considered to apply discrete similarity measure. Naturally, similarity measure was extended to multi-dimensional similarity measure case, and applied to bus clustering problem. 展开更多
关键词 similarity measure MULTI-DIMENSION discrete data relative degree power interconnected system
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