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题名基于打分矩阵的多类蛋白质折叠子的预测
被引量:3
- 1
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作者
王春连
张晓东
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机构
乌兰察布职业学院
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出处
《生物信息学》
2011年第1期42-45,49,共5页
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文摘
依据蛋白质折叠子中氨基酸保守性,以氨基酸、氨基酸的极性、氨基酸的电性以及氨基酸的亲—疏水性为参数,从蛋白质的氨基酸序列出发,采用"一对多"的分类策略,通过构建打分矩阵和选取氨基酸序列模式片断,利用5种相似性打分函数对27类折叠子进行识别,最好的预测精度达到83.46%。结果表明,打分矩阵是预测多类蛋白质折叠子有效的方法。
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关键词
打分矩阵
相似性打分函数
蛋白质折叠子
氨基酸的保守指数
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Keywords
Scoring matrix
Similarity scoring function
Protein fold pattern
Amino acid sequence conservation
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分类号
Q518.2
[生物学—生物化学]
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题名蛋白质β-发夹模体片断的识别
被引量:3
- 2
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作者
姜雪
胡秀珍
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机构
内蒙古工业大学理学院
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出处
《内蒙古工业大学学报(自然科学版)》
2008年第2期88-94,共7页
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基金
内蒙古自然科学基金资助项目200508010509
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文摘
依据β-发夹氨基酸序列中的保守性特征,分别以氨基酸(20种氨基酸和一个空位)和氨基酸紧邻关联为参数,通过构建位置权重矩阵和选取氨基酸最佳序列模式片断,利用相似性打分函数,对蛋白质超二级结构β-发夹模体片断进行识别,获得了较好的预测效果.
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关键词
Β-发夹模体
位置权重矩阵
相似性打分函数
域值
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Keywords
β-hairpin motif
position weight matrix
similarity scoring function
cut-off
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分类号
Q61
[生物学—生物物理学]
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