气郁体质相关差异基因研究

目的探讨气郁体质者与非气郁体质者的相关差异基因,从而运用分子生物学的手段揭示气郁体质的遗传本质。方法应用mRNA差异显示技术逆转录-聚合酶链反应(differential display reverse tran-scription polymerase chain reaction,DD-RT-PCR),对通过气郁体质判定标准的气郁体质者3例和通过平和质体质类型论述并结合专家判别的非气郁体质者2例,进行两者之间初步的差异基因的研究。结果在气郁质组和非气郁质组的大部分基因表达是相同的,一部分基因表达在非气郁质组中不存在,而一部分在气郁质组中呈高表达,包括丛状蛋白A2与人染色体1q32有98%同源性,notch前蛋白原与人染色体1q11有98%同源性,核纤层蛋白A基因与人染色体17q25有100%同源性,T细胞受体δ链基因与人染色体1q24有99%同源性,神经细胞PAS域蛋白3与人染色体14q13有98%同源性,S-相位激酶相关蛋白2基因与人染色体5p12有99%同源性。结论气郁体质与非气郁体质之间基因可能存在差异性。

基于RNA-seq的黄肉猕猴桃类胡萝卜素合成相关基因的表达分析

【目的】探讨黄肉猕猴桃发育过程中果实类胡萝卜素合成途径中相关差异基因的功能。【方法】以黄肉型中华猕猴桃‘金丰’果实为试材,在前期RNA-seq测序的基础上,利用实时荧光定量PCR技术检测其类胡萝卜素合成过程中相关差异基因的表达水平。【结果】Unigene23885、CL10798、Unigene11266、CL1511四个基因相对表达量较高,其他基因表达量相对较低;相关性分析结果显示,类胡萝卜素含量与Unigene11266、Unigene23885、Unigene2673三个基因相对表达量显著相关,与基因Unigene23823、Unigene12775相对表达量呈极显著相关。聚类分析结果显示,基因Unigene23885和Unigene11266、基因CL1511和CL10798分别被聚为一类,其表达模式非常接近且与其他基因明显不同,并在类胡萝卜素合成中高水平表达,基因CL10467与其距离最近。【结论】综合相关性分析和聚类分析,基因Unigene11266、Unigene23885可能是类胡萝卜素合成的关键基因,且较其他基因而言,基因CL10467、Unigene12775、CL10798、CL1511、Unigene2673与其关系更密切。

食管癌坏死性凋亡关键基因的筛选与验证

目的:运用生物信息学分析以及验证坏死性凋亡基因在食管癌中的潜在作用机制。方法:利用生物信息学技术对数据集GSE38129行差异表达分析并与坏死性凋亡基因组交叉获取坏死性凋亡的差异基因(NRDEGs)。采用基因集富集分析评价食管癌的基因富集信号通路。利用STRING数据库和Cytoscape软件可视化蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,鉴定NRDEGs中的Hub基因。利用基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)对NRDEGs进行了富集分析。利用Network Analyst数据库预测坏死性凋亡相关转录因子-靶基因调控网络,CIBERSORT算法分析免疫浸润模式,探讨免疫细胞类型与Hub基因表达的相关性。为了确定组间相关性,进行了Spearman秩检验。结果:共筛选出29个NRDEGs。NRDEGs主要参与坏死性凋亡、甲型流感、NOD-样受体信号通路。预测了113个NRDEGs相关转录因子,并且发现食管癌中CD4+T细胞和树突状细胞活化明显失衡(Hub基因与CD4+T细胞和树突状细胞呈正相关)。结论:NRDEGs(29个基因)与食管癌的发生发展相关,其可能通过介导肿瘤的免疫机制参与食管癌的病理生理过程。

套袋促进茌梨果实色素的合成及上调PbcrtZ基因的表达

通过测定花后不同时期套袋茌梨果实的外观品质和贮藏期间果实的失重率,确定茌梨最佳套袋时期为花后60 d。以花后60 d套袋的茌梨果实为试材,分析了塑膜袋和无纺布袋处理的果实果皮中叶绿素含量、类黄酮含量和类胡萝卜素含量以及色泽相关差异基因PbcrtZ基因的表达模式。套塑膜袋和无纺布袋的茌梨果实发育阶段的叶绿素含量明显低于未套袋果实,而类黄酮含量以及类胡萝卜素含量在花后180 d明显高于未套袋果实。PbcrtZ基因在套塑膜袋和无纺布袋果实中的表达明显高于未套袋果实,花后180 d分别为对照的4.36倍和3.48倍,与类胡萝卜素含量和类黄酮含量差异一致。因此,塑膜袋和无纺布套袋果实色泽呈黄绿色,未套袋果实呈现绿色,其中无纺布袋处理的果实外观品质和贮藏性明显优于塑膜袋套袋果实。