棉花耐盐相关序列扩增多态性(SRAP)分子标记筛选

利用相关序列扩增多态性(SRAP)和群体分离分析法(BSA)对棉花耐盐材料×敏盐材料组合的F2群体及26个耐、敏品种(系)进行分析和鉴定,筛选与棉花耐盐相关的分子标记。在88对正反引物组合中,筛选出在2个亲本间具有多态性的引物6对,经F2群体分析,发现1对引物能够在耐盐单株中扩增出350 bp的特异片段,而在敏盐单株中没有。品种鉴定显示,耐盐材料均能扩增出该片段,而敏盐材料没有该片段扩增。推测该片段是与棉花耐盐性紧密连锁的分子标记。

相关序列扩增多态性(SRAP)一种新的分子标记技术

SRAP是一种新的DNA分子标记,具有简便、稳定、中等产率和容易得到选择条带序列的特点。SRAP是一种基于PCR技术的新的分子标记技术,其利用独特的引物设计对ORFs进行扩增,上游引物长17bp,对外显子进行特异扩增,下游引物长18bp,对内含子区域、启动子区域进行特异扩增,因个体不同以及物种的内含子、启动子与间隔长度不等而产生多态性。扩增产物用变性的聚丙烯酰胺凝胶分离,然后用放射自显影检测。本文在阐述SRAP的原理和流程后,详细论述了SRAP标记目前在植物遗传图谱构建、遗传多样性、基因定位、比较基因组学、杂种优势预测等方面的研究进展及应用前景。

水稻相关序列扩增多态性反应体系的建立及其多态性位点在F_2群体中的分离分析

建立了一套完整、稳定、高效的水稻相关序列扩增多态性(SRAP)反应体系,同时利用110对SRAP引物对水稻品种沈农606和丽江新团黑谷进行比较扩增,其中35对引物可以检测到多态性,约占所用引物的31.82%。用该35对引物进一步对上述两个品种配制的杂交后代的F2进行检测,共扩增出1683条带,平均每对引物48条带,其中多态性条带143条,平均每对引物4.09条多态性条带。有24个多态性位点在F2群体中的分离显著或极显著地偏离了理论比值而表现异常分离,比率为16.78%。这些偏分离位点中偏向沈农606基因型的有11个;偏向丽江新团黑谷基因型的有12个;仅有1个偏杂合体类型。卡方检验说明,标记位点的偏分离是配子体和合子体选择共同作用的结果。

麻疯树遗传多样性的相关序列扩增多态性(SRAP)分析

采用相关序列扩增多态性(SRAP)分子标记对中国6省(区)及印度尼西亚共8个麻疯树Jatropha curcas种源样本进行研究,旨在阐明麻疯树种源间的遗传关系和遗传多样性。结果表明:麻疯树相关序列扩增多态性-聚合酶链式反应(SRAP-PCR)最佳反应体系为:10×PCR buffer2μL,DNA模板20ng,Taq酶16.67nkat,Mg2+2.50mmol·L-1,三磷酸脱氧核苷酸(dNTP)120.00μmol·L-1,引物0.15μmol·L-1,总体积为20μL;并从274对引物中选出具有多态性的45对引物,共检测出500条清晰的条带,其中多态性条带141条,占总条带数的28.20%。非加权成对算术平均法(UPGMA)聚类分析及主成分分析表明,各个种源间的亲缘关系均很近,其相似系数为0.791～0.940,8个种源被聚为3类,其中印度尼西亚种源单独聚为1类,来自不同地域的7个中国种源被混聚为另外2类。

三叶青相关序列扩增多态性-聚合酶链式反应体系的建立与优化

目的建立浙江和江西产的三叶青(Tetrastigma hemsleyanum)SRAP-PCR的反应体系和扩增程序。方法应用L9(34)正交设计方法,以三叶青基因组DNA为模板,研究了Mg2+、dNTP、引物和模板DNA 4种PCR反应组分浓度变化对扩增结果的影响,根据梯度PCR仪引物的条带数量及清晰度选择退火温度。结果优化后的25μL反应体系包含:10×PCR buffer2.5μL,2.5mmol/L MgCl2,0.15mmol/Ld NTP,0.15μmol/L引物,1.0U Taq DNA聚合酶,50ng DNA模板。扩增程序的最佳退火温度为51℃。并筛选出8对扩增产物丰富,多态性好的引物。结论正交设计优化的三叶青SRAP反应体系,经过10份样品检验,证明该体系稳定可靠,多态性好,可用于三叶青遗传多样性分析。

红花cDNA相关序列扩增多态性的扩增体系优化

目的:建立一种适合以红花cDNA为模板进行相关序列扩增多态性(SRAP)扩增的体系,筛选最佳的SRAP-PCR反应条件。方法:提取红花RNA并反转录成cDNA,以此为模板,使用正交设计表设计PCR反应中的3个重要因素Taq酶、三磷酸脱氧核苷(dNTPs)、引物的反应浓度。随后设计Mg2+的反应浓度以及模板含量,分别进行单因素试验。结果:本研究建立的红花cDNA-SRAP扩增条件为:25μL反应体系中含模板cDNA 20 ng,1×PCR缓冲液2.5 mmol/L,Mg2+2.0 mmol/L,Taq DNA聚合酶0.04 U/μL,dNTPs 0.2 mmol/L,引物0.2μmol/L。优化后扩增结果稳定性好,条带清晰,多态性好。结论:该体系为红花功能基因的研究奠定了基础。

相关序列扩增多态性分子标记及其在植物研究中的应用

在阐述相关序列扩增多态性(SRAP)的原理和流程后,详细论述了SRAP标记目前在植物遗传多样性分析、遗传图谱构建、绘制基因组转录图谱、重要性状基因标记、标记测序与基因克隆等方面的研究进展及应用前景。

正交设计优化半夏相关序列扩增多态性-聚合酶链式反应体系

目的采用正交设计优化半夏SRAP-PCR的反应体系。方法以半夏基因组DNA为模板,应用L_(16)(4~5)正交表,研究了Taq酶、Mg^(2+)、随机引物、dNTPs和模板DNA 5种SRAP反应组分浓度变化对扩增结果的影响。结果优化反应体系为:25μL反应体系中含有buffer2.5μL、Taq酶1.0U、Mg^(2+)2.5mmol/L、引物0.8μmol/L、dNTPs0.1 mmol/L、模板DNA 50 ng。结论正交设计能客观高效的优化半夏SRAP反应体系。

基于相关序列扩增多态性分子标记的桂花栽培品种演化分析

为了进一步揭示桂花栽培品种的演化历程,为桂花育种工作提供借鉴,采用相关序列扩增多态性分子标记技术和毛细管电泳技术,对45份桂花材料进行遗传多样性和群体结构分析,以木犀属中最为原始的牛矢果(Osmanthus matsumuranus)为外部群体,构建桂花栽培品种系统发生树,计算不同演化水平两性花品种的比例,分析桂花性别系统进化情况。结果显示:10对高多态性引物共检测到137个多态性位点,平均每对引物13.7个位点,多态性信息含量为0.202 8~0.302 7;Nei遗传多样性指数为0.220 3~0.350 2;Shannon多样性信息指数为0.348 3~0.519 3。45份桂花材料分为7个亚群和1个混合群体,亚群间遗传分化明显,基因交流较少。系统发生树表明,桂花栽培品种演化历程大致分为10个阶段,大部分银桂品种和四季桂品种最先形成,雄性丹桂品种最晚形成,其他品种处于演化的中间阶段。两性花品种比例随着演化水平的增高呈现逐渐降低的趋势,证明桂花的雄全异株性别系统是雌雄同花演化为雌雄异株的中间状态。此外,桂花花色连续变异可能受到多个CCDs家族同源基因突变的影响,而遗传漂变导致新等位基因丢失,这可能是野生桂花罕见橙红色个体的原因。

相关序列扩增多态性标记技术(SRAP)及其在植物中的应用

相关序列扩增多态性(Sequence-Related Amplified Polymorphism,SRAP)是最近发展起来的新型分子标记,具有简便、可靠、易于测序等优点。主要介绍了相关序列扩增多态性标记技术的概念、原理、特点及该技术在植物中的应用。

基于内转录间隔区和β-微管蛋白部分基因及相关序列扩增多态性分子标记技术推断红曲霉系统发育关系

目的基于内转录间隔区(ITS)、β-微管蛋白(β-tubulin)部分基因和相关序列扩增多态性(SRAP)分子标记技术结合形态学鉴定方法 ,推断不同种红曲霉的系统发育关系,寻找快速、准确鉴定红曲霉的方法。方法以红曲霉基因组为模板,聚合酶链式反应(PCR)扩增红曲霉ITS、β-tubulin部分基因,利用Mega 7.0软件中最大似然树法构建进化树,扩增SRAP分子标记技术的特征结合序列,利用R软件phangorn包中的FigTree软件进行建树,使用除权配对(UPGMA)法进行聚类分析,通过分析不同种红曲霉系统发育关系,找寻快速、准确的鉴定方法。结果利用ITS和β-tubulin部分基因可将31株供试菌株分为两大类,而SRAP分子标记技术可将供试菌株分为四大类,结合表型分析和3种分子鉴定方法 ,参照15株红曲霉参考菌株将16株未鉴定到种的红曲霉分别鉴定为安卡红曲霉、橙色红曲霉和紫色红曲霉。结论 SRAP分子标记技术具有更多的分类依据,结合表型分析能够帮助更快、更精确的将红曲霉鉴定到种。

简单重复序列标记和序列相关扩增多态性标记在草莓遗传多样性分析中的比较

利用简单重复序列(simple sequence repeat, SSR)和序列相关扩增多态性(sequence related amplifiedpolymorphism,SRAP)标记分析了来自国内外43个草莓品种的遗传多样性,并比较了这2种分子标记的效果差异。结果表明:30对SSR引物平均多态性位点数为6.43个,每个位点的平均多态性信息含量(polymorphisminformationcontent,PIC)值为0.6284;20个SRAP引物组合平均多态性位点数为14.30个,PIC值高达0.9114。基于SSR标记的聚类结果与基于SRAP标记的聚类结果的相关系数为0.817,呈显著水平。而SSR标记、SRAP标记分别与SSR+SRAP联合标记的相关系数为0.938和0.966,都达到极显著水平。SSR和SRAP标记都能较好地分析草莓遗传多样性,其中SRAP标记的效果略优于SSR标记,而SSR+SRAP联合标记分析则能更好地评估种质的遗传多样性和亲缘关系。

何首乌及其混伪品序列相关扩增多态性反应体系的优化

目的建立何首乌及其混伪品序列相关扩增多态性(SRAP)分子鉴定技术体系。方法正交优化影响SRAP-PCR的Mg2+、dNTPs、引物浓度与Taq聚合酶量。结果20μl反应体系的优化组合为:Mg2+2.5 mmol/L,dNTPs 0.4 mmol/L,引物0.35μmol/L,Taq酶1U。结论Mg2+、dNTPs、引物浓度与Taq聚合酶量对不同物种SRAP-PCR结果有不同程度影响,利用SRAP分子鉴定前应对此4因素进行优化。

黄瓜白粉病抗性序列相关扩增多态性的分子标记研究

以高抗和高感白粉病的黄瓜亲本及其杂交后代F2分离群体为材料,应用序列相关扩增多态性(sequence-related amplified polymorphism,SRAP)技术开展与黄瓜白粉病抗性基因连锁的SRAP分子标记研究.结果表明:从437对SRAP引物组合中筛选出62对能够在2个亲本抗、感池间扩增出稳定多态性条带的引物组合,进一步用这些引物分析F2群体,发现有1对引物组合Me1/Em9扩增出的SRAP标记(Me1/Em9—284 bp)能与黄瓜抗白粉病基因连锁,遗传距离为9.8 c M.获得的分子标记对克隆抗病基因和利用分子标记辅助选择提高育种效率具有重要意义.

不同地理种源无患子的分子多态性分析

利用筛选出的18对相关序列扩增多态性(SRAP)引物对12个来自印度和中国不同种源的无患子进行SRAP扩增,计算Dice遗传相似系数后用非加权组平均法(UPGMA)法进行聚类,分析其亲缘关系,以便为今后无患子Sapindus mukorossi优质种质资源的保存、选育和后续研究提供参考。试验结果表明:12个样本共扩增出253个带型,其中191条为多态性条带,多态性百分率为75.16%,样本的平均遗传相似系数为0.739,显示出无患子种内的相似度较高,遗传分化不明显。聚类分析表明:印度南的种源与其他种源产生较大的遗传分异,而印度北的种源由于地理纬度与中国国内种源较为相近,因此,和中国国内种源的遗传距离没有印度南种源相差那么大,各种源间的遗传距离与地理距离基本服从正相关的关系。

基于RAPD和SRAP分子标记的柑桔大实蝇种群多态性及其亲缘关系研究

目的：利用RAPD（Random Amplified polymorphic DNA）和SRAP（Sequence-Related Amplified Polymorphism）分子标记技术,研究来自重庆、湖北、四川和陕西4省市10个地理种群柑桔大实蝇的亲缘关系.方法：利用10条RAPD引物和5对SRAP引物对10个不同地理种群柑桔大实蝇的基因组DNA进行扩增,统计多态性谱带,然后运用DPS统计分析软件进行遗传多态性及聚类分析.结果：10条RAPD引物扩增产生152条清晰稳定的谱带,其中多态性谱带132条,多态性谱带的比例为86.84%;不同地理种群间的遗传距离在0.250 0~0.625 0之间,10个地理种群的柑桔大实蝇被划分为4个大类群.5对SRAP引物扩增共获得66条重复性好的清晰谱带,其中多态性谱带60条,多态性谱带比例为90.91%,不同地理种群间的遗传距离在0.200 0~0.789 5之间,10个地理种群的柑桔大实蝇被分为5个大的类群.将RAPD和SRAP两种标记的数据整合,聚类结果显示,10个地理种群的柑桔大实蝇被划分为6个大类群.结论：柑桔大实蝇不同地理种群间具有丰富的遗传多样性,两种方法结合分析更能准确地反映不同地理种群间的亲缘关系.

陕西杨凌地区苹果树腐烂病菌(Valsa mali)基因多态性的SRAP分析

利用SRAP标记对陕西省杨凌地区36株苹果树腐烂病菌（Valsa mali）基因多态性进行分析。从150对SRAP引物中筛选得到8对多态性高、稳定性好的引物组合对供试菌株进行扩增,共得到多态性条带56条,占总带数的75.68%,36株菌株的相似系数为0.339 6-0.962 2。其中,菌株167和165ZJG之间相似系数最大,亲缘关系最近。菌株SXYL24与SXYL135之间的相似系数最小。UPGMA聚类分析显示,在相似系数为0.846处36株供试菌株被划分为4个类群,与菌株采集来源及致病力不存在相关性。

白及种质资源遗传多样性分析

【目的】采用简单重复序列间扩增(ISSR)和相关序列扩增多态性(SRAP)等2种标记技术分析不同种源白及Bletilla striata样本的遗传多样性水平和遗传关系,为白及种质的鉴定、分类、保护和开发提供理论依据。【方法】从100个ISSR引物和238对SRAP引物组合中筛选出多态性高、扩增条带清晰、重复性好的引物进行聚合酶链式反应(PCR)扩增,用Popgene 32.0计算来自浙江、云南、贵州和四川等省32个不同种源白及的遗传多样性参数和遗传距离,用NTSYS-pc 2.10e进行聚类分析。【结果】从100个ISSR引物中筛选出11个多态性较好的引物,共扩增出188个条带,平均每个引物扩增出17.09个条带,其中多态性位点174个,占总扩增片段的92.20%;从238对SRAP引物组合中筛选出11对多态性较好的引物组合,共扩增出216个条带,平均每个引物扩增出19.64个条带,其中多态性位点202个,占总扩增片段的93.52%。综合ISSR和SRAP的标记结果发现:四川白及种源的遗传多样性水平最高,贵州最低;非加权组平均法(UPGMA聚类)和主坐标分析(PCoA分析)结果显示:聚为一类的白及种源大多来自同一省份,云南省与四川省白及种源的遗传距离较近,浙江省和贵州省白及种源的遗传距离较近,说明遗传距离与地理距离存在一定的重合,但并不呈正相关。【结论】本研究所选白及种源间具有较高的遗传多样性,ISSR和SRAP标记技术均可有效揭示白及的遗传多样性和亲缘关系。

黄颡鱼遗传图谱构建及生长相关性状的QTL定位

以野生(♂)和人工养殖(♀)黄颡鱼杂交的100个F1个体为作图群体,用SSR、SRAP和TRAP3种DNA分子标记技术构建黄颡鱼的遗传连锁图谱。图谱整合了13个SSR标记,89个SRAP标记,26个TRAP标记。其中雌性框架图谱包括16个连锁群,图谱的长度为585.5cM;雄性框架图谱包括15个连锁群,图谱的长度为752.3cM;共享框架图谱包括5个连锁群,图谱的长度为231.3cM。用该连锁图谱对黄颡鱼的5个生长相关性状进行QTL扫描,在雌性图谱上检测到1个头宽的QTL,定位于第七连锁群上,LOD值为3.2,可解释的表型变异为13%。在雄性图谱上分别检测到1个体高和体长的QTL,均定位于第一连锁群上。体高QTL的LOD值为2.4,可解释的表型变异为12%。全长QTL的LOD值为2.1,可解释的表型变异为11%。3个QTL均可用于黄颡鱼的生长性状的标记辅助育种。

基于SRAP标记的不同产区黄精的遗传多样性

【目的】研究不同产区黄精Polygonatum spp.的遗传多样性,为其资源保护及品种选育提供更多理论依据。【方法】使用相关序列扩增多态性(SRAP)分子标记技术,分析来自华东(浙江、福建、安徽、江西)、西北(河北、陕西)、华中(湖南)、西南(四川、贵州、云南)等4个居群的47份黄精种质资源的遗传多样性。【结果】对88对SRAP引物进行筛选,有7对可用于黄精种质资源的SRAP-PCR分析,共得到159条扩增条带,其中多态性条带140条。物种水平上,多态性比率为88.05%,有效等位基因数(Ne)为1.600 6,Nei’s基因多样性指数(H)为0.204 1,Shannon信息指数(I)为0.308 0;居群水平上,多态性比率为42.14%~86.16%,H和I分别为0.188 1~0.259 1和0.238 2~0.399 4;4个居群的基因分化系数(G_(st))为0.194 1,表明有80.59%的遗传变异在种群内进行,基因流(N_(m))为2.075 4,表明居群间存在一定的基因流动;从非加权组平均法(UPGMA)聚类结果可知:当相似系数为0.66时,47份样品分成4组,Ⅰ、Ⅲ、Ⅳ类的均为华东地区浙江种质资源,当相似系数为0.68时,Ⅱ类分成2支。西南与西北聚为一类,浙江庆元黄精聚类结果复杂,表明地理位置差异与亲缘关系远近没有特定关系。整体上华东居群遗传多样性丰富,而庆元黄精种质遗传多样性最丰富。【结论】黄精遗传多样性水平较高,居群间存在一定的基因交流,可为黄精新品种选育工作提供参考。图3表4参22。