探讨营养不良的相关因素及代谢相关通路对结直肠癌患者预后的影响。选择我院146例结直肠癌患者,采用一般资料调查表、患者自评营养状况主观评估表(PG-SGA)对结直肠癌患者的营养状况进行现况调查,并对其影响因素进行分析。同时采用癌症...探讨营养不良的相关因素及代谢相关通路对结直肠癌患者预后的影响。选择我院146例结直肠癌患者,采用一般资料调查表、患者自评营养状况主观评估表(PG-SGA)对结直肠癌患者的营养状况进行现况调查,并对其影响因素进行分析。同时采用癌症和肿瘤基因图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)中包含完整mRNA和预后数据的367例结直肠癌患者,利用基因集变异分析(Gene Set Variation Analysis,GSVA)确定代谢相关通路的富集分数,并对代谢相关通路进行预后分析。单因素和多因素logistic回归显示,年龄、临床分期、既往史、BMI指数、低蛋白血症、总蛋白缺乏是结直肠癌患者营养不良的危险因素(OR>1,P<0.05),也是影响结直肠癌患者预后的危险因素;代谢相关通路的预后分析表明,糖代谢过程中的半乳糖代谢通路、脂肪代谢过程中的脂肪酸代谢通路以及蛋白质代谢过程中的色氨酸代谢通路的富集程度越高,结直肠癌患者的预后越好(P<0.05)。年龄、临床分期、既往史、BMI指数、低蛋白血症、总蛋白缺乏是造成结直肠癌患者营养不良及较差预后的重要危险因素;半乳糖代谢通路、脂肪酸代谢通路和色氨酸代谢通路的激活可以提高结直肠癌患者的生存率。展开更多
【目的】短星翅蝗Calliptamus abbreviatus隶属于直翅目、星翅蝗亚科,是草原及半农牧区的主要害虫之一,其相关分子生物学信息研究相对较少。本研究拟测序短星翅蝗的转录组数据,基于组装和注释结果,鉴定并挖掘该类群与免疫相关的信号通...【目的】短星翅蝗Calliptamus abbreviatus隶属于直翅目、星翅蝗亚科,是草原及半农牧区的主要害虫之一,其相关分子生物学信息研究相对较少。本研究拟测序短星翅蝗的转录组数据,基于组装和注释结果,鉴定并挖掘该类群与免疫相关的信号通路和基因。【方法】本研究采用Illumina高通量测序平台,对短星翅蝗雌雄成虫个体进行了转录组测序,对测序数据进行组装和注释等生物信息学分析,并鉴定与免疫相关的通路及基因。【结果】短星翅蝗转录组数据总计获得36804个unigenes,对unigenes进行Nr、Nt、GO、COG、KEGG、Swissprot和Interpro七大功能数据库注释,最终21137个unigenes被成功注释。在Toll通路、IMD通路和JAK-STAT信号通路中共鉴定了160个与天然免疫相关的unigenes;在MAPK、TLR等与免疫相关的通路中鉴定出166个unigenes,在解毒代谢相关的通路中鉴定出457个unigenes。短星翅蝗的雌雄分组中(C_abbreviatus_M VS C_abbreviatus_F),总计获得8125个差异表达基因,其中6326个为上调表达基因,而1799个为下调表达基因。差异表达基因KEGG注释中,有22个unigenes注释到JAK-STAT信号通路上,6个unigenes注释到MAPK通路中。另外,还检测到6227个SSR。【结论】本研究获得了短星翅蝗转录组数据,并对其与免疫相关的通路及基因进行了鉴定分析,为该类群基因功能注释、免疫基因筛选及分子标记开发等研究提供了分子基础。展开更多
文摘探讨营养不良的相关因素及代谢相关通路对结直肠癌患者预后的影响。选择我院146例结直肠癌患者,采用一般资料调查表、患者自评营养状况主观评估表(PG-SGA)对结直肠癌患者的营养状况进行现况调查,并对其影响因素进行分析。同时采用癌症和肿瘤基因图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)中包含完整mRNA和预后数据的367例结直肠癌患者,利用基因集变异分析(Gene Set Variation Analysis,GSVA)确定代谢相关通路的富集分数,并对代谢相关通路进行预后分析。单因素和多因素logistic回归显示,年龄、临床分期、既往史、BMI指数、低蛋白血症、总蛋白缺乏是结直肠癌患者营养不良的危险因素(OR>1,P<0.05),也是影响结直肠癌患者预后的危险因素;代谢相关通路的预后分析表明,糖代谢过程中的半乳糖代谢通路、脂肪代谢过程中的脂肪酸代谢通路以及蛋白质代谢过程中的色氨酸代谢通路的富集程度越高,结直肠癌患者的预后越好(P<0.05)。年龄、临床分期、既往史、BMI指数、低蛋白血症、总蛋白缺乏是造成结直肠癌患者营养不良及较差预后的重要危险因素;半乳糖代谢通路、脂肪酸代谢通路和色氨酸代谢通路的激活可以提高结直肠癌患者的生存率。
文摘【目的】短星翅蝗Calliptamus abbreviatus隶属于直翅目、星翅蝗亚科,是草原及半农牧区的主要害虫之一,其相关分子生物学信息研究相对较少。本研究拟测序短星翅蝗的转录组数据,基于组装和注释结果,鉴定并挖掘该类群与免疫相关的信号通路和基因。【方法】本研究采用Illumina高通量测序平台,对短星翅蝗雌雄成虫个体进行了转录组测序,对测序数据进行组装和注释等生物信息学分析,并鉴定与免疫相关的通路及基因。【结果】短星翅蝗转录组数据总计获得36804个unigenes,对unigenes进行Nr、Nt、GO、COG、KEGG、Swissprot和Interpro七大功能数据库注释,最终21137个unigenes被成功注释。在Toll通路、IMD通路和JAK-STAT信号通路中共鉴定了160个与天然免疫相关的unigenes;在MAPK、TLR等与免疫相关的通路中鉴定出166个unigenes,在解毒代谢相关的通路中鉴定出457个unigenes。短星翅蝗的雌雄分组中(C_abbreviatus_M VS C_abbreviatus_F),总计获得8125个差异表达基因,其中6326个为上调表达基因,而1799个为下调表达基因。差异表达基因KEGG注释中,有22个unigenes注释到JAK-STAT信号通路上,6个unigenes注释到MAPK通路中。另外,还检测到6227个SSR。【结论】本研究获得了短星翅蝗转录组数据,并对其与免疫相关的通路及基因进行了鉴定分析,为该类群基因功能注释、免疫基因筛选及分子标记开发等研究提供了分子基础。