期刊文献+
共找到230篇文章
< 1 2 12 >
每页显示 20 50 100
基于多级优化的真核生物基因结构预测 被引量:7
1
作者 周艳红 杨雷 +2 位作者 王卉 陆枫 万宏辉 《科学通报》 EI CAS CSCD 北大核心 2004年第2期140-145,共6页
基因结构预测对于发现新基因、了解基因组结构规律具有重要作用,是各类基因组计划的重要内容.但对于真核生物,现有基因预测方法的效果仍不理想.为探讨多级优化的真核生物基因结构预测方法,在将复杂的多基因结构预测问题划分为基因级(单... 基因结构预测对于发现新基因、了解基因组结构规律具有重要作用,是各类基因组计划的重要内容.但对于真核生物,现有基因预测方法的效果仍不理想.为探讨多级优化的真核生物基因结构预测方法,在将复杂的多基因结构预测问题划分为基因级(单外显子基因、多外显子基因)、元件级(外显子、内含子等)和特征级(功能位点信号、密码子使用偏好等)等多个层次上的一系列较简单子问题的基础上,通过从简单到复杂进行逐级优化的策略,建立了基因结构预测的多级模型,设计了基因结构寻优的动态规划算法,开发了真核生物基因结构预测系统GeneKey(1.0).用广泛采用的数据集对该系统进行测试的结果表明,GeneKey(1.0)的预测精度在核苷酸、外显子和基因水平上均高于著名系统GENSCAN.Gene-Key(1.0)已提供网上服务(http://infosci.hust.edu.cn). 展开更多
关键词 多级优化 真核生物 基因结构预测 DNA序列 蛋白质编码区
原文传递
真核生物中mRNA结构与基因表达调控
2
作者 于长春 王海峰 《松辽学刊(自然科学版)》 1996年第1期32-34,共3页
真核生物在翻译水平存在着多种调控机制.主要是通过控制mRNA的稳定性,对mRNA进行有选择地翻译等所实现.近年来.关于 mRNA结构在真核生物蛋白质合成过程中的调控作用屡见报道.除m^7G帽子结构.5'UTR的长度.AUG的位置和上下文的关系外,mRN... 真核生物在翻译水平存在着多种调控机制.主要是通过控制mRNA的稳定性,对mRNA进行有选择地翻译等所实现.近年来.关于 mRNA结构在真核生物蛋白质合成过程中的调控作用屡见报道.除m^7G帽子结构.5'UTR的长度.AUG的位置和上下文的关系外,mRNA的高级结构也是翻译调控的一个严格的参量.mRNA的结构当然也影响翻译的延伸和终止,但更重要的是影响其起始.本文就此加以综述. 展开更多
关键词 mRNA结构 翻译 调控 真核生物 基因表达
下载PDF
山羊MyoG基因启动子区序列分析与结构预测 被引量:11
3
作者 刘铮铸 巩元芳 +4 位作者 张文香 付志新 张传生 宋瑜 马艳华 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第1期29-36,共8页
为探明山羊MyoG基因的启动子序列与结构及转录调控机制,本研究设计了1对引物,采用PCR扩增、测序以及序列比对分析,从波尔山羊基因组中扩增出一段长度为969bp的山羊MyoG基因的5′侧翼序列,其GC含量为50.6%。经过生物信息学分析,确定了其... 为探明山羊MyoG基因的启动子序列与结构及转录调控机制,本研究设计了1对引物,采用PCR扩增、测序以及序列比对分析,从波尔山羊基因组中扩增出一段长度为969bp的山羊MyoG基因的5′侧翼序列,其GC含量为50.6%。经过生物信息学分析,确定了其转录起始位点及活性区域;发现在转录起始位点上游-24bp处存在1个TATA-box,另外还发现了1个GC-box、2个CAAT-box、2个E-box和1个富含A-T碱基的模体结构;该序列还包含HSF、ADR1和cap等转录因子结合位点。通过比对分析,所得山羊MyoG基因5′侧翼序列与牛、马鹿、人、小鼠和鸡同源序列的相似性在37.22%~96.85%之间,说明不同物种间该序列具有一定的保守性。本研究为进一步探讨山羊MyoG基因的表达和调控机制奠定了理论基础。 展开更多
关键词 山羊 MYOG基因 启动子区 序列分析 结构预测
下载PDF
大麦Dhn6基因的克隆、蛋白质结构预测与干旱胁迫表达模式 被引量:9
4
作者 钱刚 平军娇 +4 位作者 张珍 罗素元 李学英 杨明镇 张达 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2011年第3期270-277,共8页
脱水素(Dehydrins,DHNs)是高等植物胚胎发育晚期产生的一类特异多肽,其表达累积程度与植物的发育阶段、低温、ABA和脱水信号调节等因素密切相关。为了解脱水素的结构与干旱胁迫表达累积反应,文章从六棱大麦分离到序列全长为1 767 bp的... 脱水素(Dehydrins,DHNs)是高等植物胚胎发育晚期产生的一类特异多肽,其表达累积程度与植物的发育阶段、低温、ABA和脱水信号调节等因素密切相关。为了解脱水素的结构与干旱胁迫表达累积反应,文章从六棱大麦分离到序列全长为1 767 bp的Dhn6基因,序列分析结果表明,该基因含一个92 bp内含子,90~1 759 bp为一个开放阅读框,与裸大麦Dhn6基因(GenBank登录号:AF043091)的同源性最高,达93.18%,编码523个氨基酸残基的多肽,预测蛋白质的分子量为49.68 kDa,理论等电点为8.04。结构分析发现,蛋白质具有3个螺旋区,无规则卷曲构成二级结构的主要组分,亲水氨基酸比例超过83%;三维结构预测发现,多肽链自身反向平行排列成松散的亲水索链,K-片段参与兼性?-螺旋结构域的形成,意味着该脱水素具有束缚自由水、稳定细胞膜相结构的功能。实时定量RT-PCR检测结果表明,Dhn6基因的相对表达水平在干旱处理8 h快速累积,推测DHN6在大麦对干旱胁迫的早期响应中发挥重要功能。 展开更多
关键词 大麦 Dhn6基因 结构预测 兼性?-螺旋结构 干旱胁迫
下载PDF
猪CD58分子基因克隆、表达及其结构功能预测 被引量:5
5
作者 窦永喜 景志忠 +5 位作者 侯俊玲 骆学农 张强 刘齐 左志林 才学鹏 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第4期388-394,共7页
CD58在机体免疫系统中具有重要作用,本研究通过对人、绵羊CD58 mRNA序列比对,设计兼并引物,应用反转录PCR技术克隆猪CD58基因,并在大肠杆菌中进行原核表达,同时运用生物信息学方法对其核苷酸序列、编码的氨基酸序列以及蛋白结构进行预... CD58在机体免疫系统中具有重要作用,本研究通过对人、绵羊CD58 mRNA序列比对,设计兼并引物,应用反转录PCR技术克隆猪CD58基因,并在大肠杆菌中进行原核表达,同时运用生物信息学方法对其核苷酸序列、编码的氨基酸序列以及蛋白结构进行预测。结果表明:克隆的猪CD58 cDNA全长800 bp,ORF为735 bp;将其在大肠杆菌中进行表达,产物可被CD58抗血清识别;序列比对结果显示猪、羊和人的CD58核苷酸序列及氨基酸序列同源性并不高,但蛋白结构预测表明三者蛋白结构非常相似,尤其是V区三维结构,这是异种动物淋巴细胞和红细胞发生黏附的分子基础。该研究为CD58作为疫苗佐剂或免疫调节药物在临床中的应用、进一步研究CD58分子结构及CD2-CD58复合物激活免疫系统的机理奠定了基础。 展开更多
关键词 猪CD58 基因克隆 表达 结构预测
下载PDF
猪白介素家族重要基因的克隆、表达及其结构与功能预测分析 被引量:7
6
作者 景志忠 窦永喜 +5 位作者 罗启慧 陈国华 蒙学莲 郑亚东 骆学农 才学鹏 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2006年第3期612-619,共8页
【目的】克隆、表达和预测分析猪白介素家族重要成员的结构与功能。【方法】以猪白介素基因家族为对象,通过对猪PBMC刺激诱导,提取RNA,采用RT-PCR技术克隆IL-4、IL-6、IL-18等重要功能基因,并进行原核表达和结构与功能分析。【结果】成... 【目的】克隆、表达和预测分析猪白介素家族重要成员的结构与功能。【方法】以猪白介素基因家族为对象,通过对猪PBMC刺激诱导,提取RNA,采用RT-PCR技术克隆IL-4、IL-6、IL-18等重要功能基因,并进行原核表达和结构与功能分析。【结果】成功地克隆和表达了IL-4、IL-6和IL-18基因,序列分析发现,克隆的基因与NCBI/GenBank上登载的参考序列的同源性分别为99.25%、99.21%和100%,与其它各物种的基因及其编码蛋白间具有较大的种属差异性;在大肠杆菌中表达的IL-4和IL-6重组蛋白具有较高的生物活性;结构预测表明,这些蛋白分子均含有较多的磷酸化修饰、糖基化修饰(除IL-6)、蛋白激酶以及信号传导结合位点,其中IL-4、IL-6蛋白分子的螺旋化程度较高,均在60%左右,水溶性较低,但这3种蛋白的立体空间结构均为致密的球状,说明该结构特征是其多种生物学功能发挥的基础。【结论】本研究成功地克隆、表达和分析了猪白介素家族的IL-4、IL-6和IL-18等重要分子的结构与功能,为其进一步的生物学功能研究及其应用奠定了基础。 展开更多
关键词 猪白介素 基因家族 同源性分析 结构预测
下载PDF
猪IFN-α_1基因的原核表达及其蛋白质结构的预测 被引量:5
7
作者 陈国华 景志忠 +3 位作者 房永祥 蒙学莲 窦永喜 罗启慧 《中国兽医科学》 CAS CSCD 北大核心 2008年第8期707-711,共5页
利用RT-PCR技术,从被诱导的猪外周血单核细胞中克隆出了猪α1干扰素(IFN-α1)基因。序列分析表明,克隆的猪IFN-α1基因序列与GenBank上登录的猪IFN-α1基因的同源性为97.8%。用克隆的猪IFN-α1基因构建了重组表达质粒pGEX-4T-1-IFN-α1... 利用RT-PCR技术,从被诱导的猪外周血单核细胞中克隆出了猪α1干扰素(IFN-α1)基因。序列分析表明,克隆的猪IFN-α1基因序列与GenBank上登录的猪IFN-α1基因的同源性为97.8%。用克隆的猪IFN-α1基因构建了重组表达质粒pGEX-4T-1-IFN-α1。探讨了猪IFN-α1基因表达的最佳条件,并在大肠杆菌中对此基因进行了表达。结果表明,IPTG的最佳诱导浓度为0.5 mmol/L,最适诱导温度为42℃,诱导9h表达量最大,表达产物约占菌体总蛋白的30%。SDS-PAGE分析表明,表达产物的分子质量为45 ku,且目的蛋白主要以包涵体的形式存在。经预测,猪IFN-α蛋白为一结构松散的球状蛋白。 展开更多
关键词 猪IFN-α1基因 克隆 原核表达 结构预测
下载PDF
内源性绵羊肺腺瘤病毒NM株gag基因的克隆、序列分析及蛋白结构预测 被引量:8
8
作者 王宇 刘淑英 +1 位作者 韩敏 李建云 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第4期272-276,共5页
提取内源性绵羊肺腺瘤病毒内蒙古分离株(NM)总DNA,参照GenBank中内源性绵羊肺腺瘤病毒enJS56A1株gag基因序列设计1对引物。应用PCR技术特异性地扩增出病毒的gag基因片段,将其克隆到pMD19-T载体中进行测序得到完整的gag基因序列,并用DNAS... 提取内源性绵羊肺腺瘤病毒内蒙古分离株(NM)总DNA,参照GenBank中内源性绵羊肺腺瘤病毒enJS56A1株gag基因序列设计1对引物。应用PCR技术特异性地扩增出病毒的gag基因片段,将其克隆到pMD19-T载体中进行测序得到完整的gag基因序列,并用DNAStar软件进行序列分析,分析结果表明,与内源性南非代表毒株enJS56A1(AF153615)的gag基因序列比较,核苷酸同源性为98.9%。推导出的氨基酸同源性为98.4%。与外源性美国代表株JSRV21(AF105220)的gag基因序列比较,核苷酸同源性为89.6%,氨基酸同源性为94.8%。利用生物信息学软件对其蛋白结构进行预测,结果表明gag-enJSRV-NM为一结构松散的蛋白分子,这也是我国首次报道的内源性绵羊肺腺瘤病毒的gag基因的全序列,为我国科研工作者进行更深入的研究奠定了基础。 展开更多
关键词 内源性绵羊肺腺瘤病毒 GAG基因 克隆 序列分析 结构预测
下载PDF
SARS病毒基因组所编码的E蛋白的二级结构和B细胞表位预测 被引量:48
9
作者 吕燕波 万瑛 吴玉章 《免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2003年第6期407-410,共4页
目的 预测SARS病毒E蛋白的B细胞表位和二级结构。方法 以SARS病毒基因组序列为基础 ,采用Gar nier Robson方法、Chou Fasman方法和Karplus Schultz方法预测E蛋白质的二级结构 ;用Kyte Doolittle方案预测蛋白质的亲水性 ;用Emini方案... 目的 预测SARS病毒E蛋白的B细胞表位和二级结构。方法 以SARS病毒基因组序列为基础 ,采用Gar nier Robson方法、Chou Fasman方法和Karplus Schultz方法预测E蛋白质的二级结构 ;用Kyte Doolittle方案预测蛋白质的亲水性 ;用Emini方案预测蛋白质的表面可能性 ;用Jameson Wolf方案预测氨基酸的抗原性指数。综合评判 ,预测SARS病毒E蛋白的B细胞表位。结果 在SARS病毒E蛋白N 端的第 1~ 6、13~ 19、39~ 4 3、4 7~ 6 4区段和第 73~ 76区段有 β 折叠中心 ;第 6~ 12区段和第 6 7~ 6 9区段可能形成转角或无规则卷曲 ,是柔性区域。E蛋白N端第 2~ 13区段和第 6 1~ 74区段为B细胞优势表位区域。结论 用多参数预测SARS病毒E蛋白的二级结构和B细胞表位 。 展开更多
关键词 SARS病毒 基因组编码 E蛋白 二级结构 B细胞表位 预测 严重急性呼吸综合征
下载PDF
中国水仙凝集素基因NTA的克隆、序列分析及蛋白结构预测 被引量:5
10
作者 刘文凤 侯成林 +1 位作者 高健 沈昕 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2009年第2期216-222,共7页
凝集素是一种糖专一性结合蛋白,它可以识别不同的糖类。植物凝集素是植物防御系统重要的组成部分。本研究采用RT-PCR的方法,从中国水仙花蕾中克隆了凝集素基因NTA,运用生物信息学方法对其核苷酸序列、编码的氨基酸序列进行分析以及对其... 凝集素是一种糖专一性结合蛋白,它可以识别不同的糖类。植物凝集素是植物防御系统重要的组成部分。本研究采用RT-PCR的方法,从中国水仙花蕾中克隆了凝集素基因NTA,运用生物信息学方法对其核苷酸序列、编码的氨基酸序列进行分析以及对其蛋白结构进行预测。结果表明,得到的NTA基因全长698bp,包含一个完整的开放阅读框516bp。该基因编码一个含有172个氨基酸的凝集素前体蛋白,该前体蛋白的等电点和分子量分别为5.84和18615.19Da。序列比对结果表明该基因编码的蛋白与其他单子叶植物如杂种水仙、雪花莲、君子兰、石蒜花和孤挺花的凝集素蛋白的同源性较高,分别为84%、80%、77%、78%以及82%。蛋白结构预测表明,中国水仙凝集素蛋白与洋水仙凝集素蛋白在结构上非常相似。对该基因编码的蛋白进行分析及蛋白结构模拟可知,该蛋白含有三个特殊的功能结构域和alpha-D-甘露糖结合表面(QXDXNXVXY)。 展开更多
关键词 中国水仙 NTA 基因克隆 序列分析 蛋白结构预测
下载PDF
林蛙嗜水气单胞菌外膜蛋白基因的克隆、分析及蛋白结构预测 被引量:6
11
作者 周末 曹世诺 +4 位作者 李艳茹 李云华 于海茹 王开艳 李太元 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第2期158-160,195,共4页
根据GenBank上发表的嗜水气单胞菌外膜蛋白基因的核苷酸序列设计并合成1对特异性引物,采用PCR方法,扩增出与预期设计的740 bp大小相符的片段,将扩增产物连接到pMD18-T载体上,进行序列测定和分析。结果表明,所克隆的目的基因的核苷酸长为... 根据GenBank上发表的嗜水气单胞菌外膜蛋白基因的核苷酸序列设计并合成1对特异性引物,采用PCR方法,扩增出与预期设计的740 bp大小相符的片段,将扩增产物连接到pMD18-T载体上,进行序列测定和分析。结果表明,所克隆的目的基因的核苷酸长为740 bp,共编码246个氨基酸。该基因片段与已发表的嗜水气单胞菌外膜蛋白基因核苷酸序列同源性为98.78%,氨基酸同源性为98.78%。利用生物信息学和分子生物学软件,对嗜水气单胞菌外膜蛋白的结构进行预测,结果表明其为外膜孔蛋白。本试验为嗜水气单胞菌外膜蛋白的表达及基因工程疫苗的研制奠定了基础。 展开更多
关键词 嗜水气单胞菌外膜蛋白 基因克隆 蛋白结构预测
下载PDF
猪细小病毒非结构蛋白NS1基因的克隆、序列分析及蛋白质结构预测 被引量:8
12
作者 刘建 汤德元 +6 位作者 罗险峰 曾智勇 李春燕 甘振磊 王凤 郝飞 王洪光 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2013年第5期8-13,共6页
根据GenBank登录的猪细小病毒NADL-2株和China株序列,利用Oligo 6.0软件设计1对扩增NS1全基因的特异性引物,对从贵州省安顺地区检测到的PPV的NS1基因进行扩增、克隆、测序、序列分析和蛋白质结构预测分析。测序结果表明,扩增的目的基因... 根据GenBank登录的猪细小病毒NADL-2株和China株序列,利用Oligo 6.0软件设计1对扩增NS1全基因的特异性引物,对从贵州省安顺地区检测到的PPV的NS1基因进行扩增、克隆、测序、序列分析和蛋白质结构预测分析。测序结果表明,扩增的目的基因长度为1986bp,共编码659个氨基酸,其中NS1基因的1287、1288和1298位碱基发生了缺失,导致429、430和433位氨基酸发生缺失。系统发生树结果表明,本试验测序的NS1基因与NADL-2弱毒株处在同一进化分支;氨基酸同源性与NADL-2弱毒株和Kresse毒株最高,均为98.6%。蛋白质结构预测分析结果表明,非结构蛋白NS1的分子质量为75269.76u,理论等电点pI为7.25,不稳定系数为41.57,推测其为不稳定蛋白质;脂肪指数为73.58,总体平均亲水性为-0.565,推测该蛋白质是一种亲水性蛋白质;该蛋白质含有丰富的α-螺旋、β-折叠、β-转角和无规则卷曲,柔性区域较多,呈连续分布;非结构蛋白NS1无跨膜区和信号肽;预测非结构蛋白NS1含有3个N-糖基化位点、3个cAMP和cGMP依赖性蛋白激酶磷酸化位点、5个蛋白激酶C磷酸化位点、22个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点、1个酪氨酸激酶磷酸化位点、8个N-肉豆蔻酰化位点、1个酰胺化位点及1个ATP/GTP结合位点基序A(P-环);该蛋白质抗原表位较多,存在10个主要的抗原表位。 展开更多
关键词 猪细小病毒 NS1基因 克隆 序列分析 蛋白质结构预测
下载PDF
隆林山羊肌细胞生成素基因的序列分析与结构预测 被引量:4
13
作者 赵子贵 黄晨 +4 位作者 宋少锐 曹植植 郭亚芬 兰干球 杨膺白 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2012年第11期17-21,共5页
为了丰富优良地方品种隆林山羊的肌细胞生成素(myogenin,MyoG)基因遗传学基础信息,并探究其序列结构及其对山羊肌肉的发育分化调控机理。本研究设计1对特异性引物,采用PCR和克隆技术成功获得隆林山羊MyoG基因2419bp长的DNA序列。结果表... 为了丰富优良地方品种隆林山羊的肌细胞生成素(myogenin,MyoG)基因遗传学基础信息,并探究其序列结构及其对山羊肌肉的发育分化调控机理。本研究设计1对特异性引物,采用PCR和克隆技术成功获得隆林山羊MyoG基因2419bp长的DNA序列。结果表明,该基因包括3个外显子、2个内含子、部分5′UTR和3′UTR区,编码区DNA序列长675bp,共编码224个氨基酸,该氨基酸序列无信号肽序列和跨膜结构。经同源性分析可知,隆林山羊MyoG编码区核苷酸序列及其编码的氨基酸序列与其他物种比对结果和氨基酸系统进化树的聚类结果相符,均显示隆林山羊与哺乳动物中的绵羊、牛和野猪的亲缘关系最近,氨基酸同源性达到95%以上。因此隆林山羊MyoG基因在哺乳动物中具有较高的保守性,而MyoG基因的克隆、序列分析和结构预测将为今后该基因的表达与调控、肉质改良、山羊开发利用等研究提供了更充分的分子生物学基础信息和理论依据。 展开更多
关键词 隆林山羊 MYOG基因 序列分析 结构预测
下载PDF
草苷膦抗性新基因的克隆、序列分析及其蛋白高级结构预测 被引量:6
14
作者 刘光全 刘柱 +6 位作者 陆伟 徐玉泉 梁爱敏 平淑珍 张维 陈明 林敏 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第3期197-203,共7页
利用错误倾向PCR(error-prone PCR)突变技术,以可变盐单胞菌(Halomonas variabilis)HTG7的5-烯醇丙酮莽草酸-3-磷酸(EPSP)合酶基因为模板进行随机PCR扩增,得到目的基因片段(约1·35kb).将该基因片段与pACYC184载体连接后转化EPSP合... 利用错误倾向PCR(error-prone PCR)突变技术,以可变盐单胞菌(Halomonas variabilis)HTG7的5-烯醇丙酮莽草酸-3-磷酸(EPSP)合酶基因为模板进行随机PCR扩增,得到目的基因片段(约1·35kb).将该基因片段与pACYC184载体连接后转化EPSP合酶缺陷型菌株大肠杆菌ER2799.利用功能互补筛选法得到了2株不具有草苷膦抗性的EPSP合酶阳性克隆突变株,记为Pmu1和Pmu2.序列分析表明,突变体Pum1的EPSP合酶编码区与突变前基因相比,核苷酸有2处发生突变,导致氨基酸残基1处发生了改变;突变体Pmu2的EPSP合酶编码区与突变前基因相比,核苷酸有5处发生突变,导致氨基酸残基2处发生了改变.对突变前后EPSP合酶进行比较预测发现,其三级结构及蛋白中心骨架是大致相同的,但突变前后氨基酸位点肽平面和Cα相连的N键之间形成的扭转角度存在一定的差别.这些结果表明,酶的功能主要由蛋白的构象决定,二肽链形成后肽平面和N键之间角度的变化,造成高级结构构象细微的差别,致使草苷膦抗性功能丢失. 展开更多
关键词 EPSP合酶新基因 错误倾向PCR 草苷膦抗性 蛋白高级结构预测 扭转角 蛋白中心骨架 比较预测
下载PDF
大豆KCS基因的克隆及结构预测 被引量:2
15
作者 赵艳 翟莹 +2 位作者 邱增成 徐红红 国春晖 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2013年第1期72-76,共5页
以大豆叶片总RNA为模板,利用RT-PCR方法,克隆获得大豆KCS基因序列。采用生物信息学方法对其进行预测分析,结果表明:大豆KCS基因的CDS序列长度为1533bp,编码510个氨基酸;大豆KCS基因编码的蛋白质理论分子量为57.1kD,等电点为9.03;该基因... 以大豆叶片总RNA为模板,利用RT-PCR方法,克隆获得大豆KCS基因序列。采用生物信息学方法对其进行预测分析,结果表明:大豆KCS基因的CDS序列长度为1533bp,编码510个氨基酸;大豆KCS基因编码的蛋白质理论分子量为57.1kD,等电点为9.03;该基因编码的蛋白具有两个完全跨膜结构;没有信号肽;其蛋白质二级结构中α螺旋占47.65%,无规则卷曲占35.88%,β折叠占16.47%;在进化关系上,与油茶、菟葵、苜蓿的亲缘关系相对较近,该研究结果可为大豆KCS基因结构和功能的进一步研究提供理论参考。 展开更多
关键词 大豆 KCS 基因克隆 结构预测
下载PDF
广西巴马小型猪β-干扰素基因的克隆、序列分析和蛋白结构预测 被引量:5
16
作者 曾芸 李军 +1 位作者 赵武 陈凤莲 《河南农业科学》 CSCD 北大核心 2007年第5期105-108,共4页
从刀豆素A刺激12 h和15 h的巴马小型猪外周血淋巴细胞中提取总RNA,用RT-PCR方法扩增出β-干扰素(IFN-β)基因,将其克隆到PMD18-T载体上,进行序列分析和蛋白结构预测。结果表明,克隆的巴马猪IFN-β基因氨基酸序列与GenBank上登录的梅山... 从刀豆素A刺激12 h和15 h的巴马小型猪外周血淋巴细胞中提取总RNA,用RT-PCR方法扩增出β-干扰素(IFN-β)基因,将其克隆到PMD18-T载体上,进行序列分析和蛋白结构预测。结果表明,克隆的巴马猪IFN-β基因氨基酸序列与GenBank上登录的梅山猪和长白猪的IFN-β基因氨基酸同源性为98.4%和98.9%,与人、牛、马的IFN-β氨基酸同源性分别为65.1%,65.1%,66.1%。人和猪IFN-β基因在5个螺旋结构序列上同源性很高,而且在维持蛋白结构和生物学活性上的氨基酸位点也非常保守。 展开更多
关键词 巴马小型猪 β-干扰素基因 克隆 序列分析 结构预测
下载PDF
后基因组研究中蛋白结构与功能的预测 被引量:3
17
作者 石嵘 马文丽 郑文岭 《生物技术通报》 CAS CSCD 2002年第3期1-4,14,共5页
阐述蛋白质结构建模和功能预测的基本方法以及最新研究进展 ,展望了蛋白质预测技术的前景。
关键词 基因组研究 蛋白结构 功能 预测 建模 结构基因组学
下载PDF
猪粒细胞-巨噬细胞集落刺激因子基因的克隆、序列分析及蛋白结构预测 被引量:7
18
作者 窦永喜 才学鹏 景志忠 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第6期474-478,482,共6页
GM-CSF在机体免疫系统中发挥重要的免疫调节作用。用PHA与LPS体外联合刺激猪外周血单个核细胞,采用RT-PCR技术成功克隆了猪GM-CSF基因。序列分析表明,该序列与NCBI/GenBank上登载的序列有两个碱基不同;将猪与人、牛、羊、狗、猫、鼠等... GM-CSF在机体免疫系统中发挥重要的免疫调节作用。用PHA与LPS体外联合刺激猪外周血单个核细胞,采用RT-PCR技术成功克隆了猪GM-CSF基因。序列分析表明,该序列与NCBI/GenBank上登载的序列有两个碱基不同;将猪与人、牛、羊、狗、猫、鼠等动物的GM-CSF基因序列相比较,其一致性分别为82.1%8、5%、88.1%、82.8%、83.7%、70.5%,在氨基酸水平上一致性为70.3%7、0.9%7、8.1%、70.3%7、1.9%、54.4%。然后利用生物信息学和分子生物学软件,对猪GM-CSF的结构进行预测,结果表明,猪GM-CSF为一结构松散的球状蛋白分子。猪GM-CSF基因的成功克隆及其编码蛋白结构的预测为开发高效、低毒且性质稳定的猪GM-CSF产品奠定了基础。 展开更多
关键词 粒细胞-巨噬细胞集落刺激因子 基因克隆 序列分析 结构预测
下载PDF
柔嫩艾美耳球虫杨凌株3-1E基因的克隆、表达与蛋白结构预测 被引量:2
19
作者 翟军军 于三科 +5 位作者 才学鹏 林青 窦永喜 景志忠 闫鸿斌 田广孚 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第6期845-849,共5页
应用PCR技术,从柔嫩艾美耳球虫(Eimeria tenella)孢子化卵囊子孢子cDNA表达文库中扩增得到鸡E.tenella杨凌株(YL)子孢子表面抗原3-1E基因。序列分析表明,E.tenella YL 3-1E基因的开放阅读框(ORF)为513个碱基,编码170个氨基酸,与报道的E.... 应用PCR技术,从柔嫩艾美耳球虫(Eimeria tenella)孢子化卵囊子孢子cDNA表达文库中扩增得到鸡E.tenella杨凌株(YL)子孢子表面抗原3-1E基因。序列分析表明,E.tenella YL 3-1E基因的开放阅读框(ORF)为513个碱基,编码170个氨基酸,与报道的E.tenella甘肃株(GS)3-1E基因相似性为99.8%,两者推导的氨基酸序列相似性为99.4%;而与文献报道的堆型艾美耳球虫(E.acervulina)美国株(US)3-1E基因序列的相似性为98.8%,推导的氨基酸序列相似性为98.8%。利用生物信息学和分子生物学软件对3-1E基因编码的蛋白进行结构预测,结果表明,该蛋白为结构松散的球状蛋白。将3-1E基因亚克隆到表达载体pGEX-4T-1,构建pGEX-3-1E重组质粒并在大肠杆菌BL21中进行表达,表达产物经SDS-PAGE分析,表明成功地表达出了分子量为44.7 ku的融合蛋白。该研究为球虫基因工程疫苗的研制奠定了基础。 展开更多
关键词 3-1E基因 柔嫩艾美耳球虫 克隆 表达 蛋白结构预测
下载PDF
应用RNA-seq技术优化鸭基因结构及预测新转录本 被引量:3
20
作者 叶保国 徐铁山 《中国家禽》 北大核心 2015年第13期5-8,共4页
鸭基因组草图虽然已经释放,但其基因注释很不完善。基于此,本文应用前期得到的RNA-seq数据开展了鸭基因结构优化和新转录本预测等工作。基因结构优化结果显示,5′和3′端得到延长的基因数目分别为3 878个和3 895个,其平均延伸长度分别为... 鸭基因组草图虽然已经释放,但其基因注释很不完善。基于此,本文应用前期得到的RNA-seq数据开展了鸭基因结构优化和新转录本预测等工作。基因结构优化结果显示,5′和3′端得到延长的基因数目分别为3 878个和3 895个,其平均延伸长度分别为198 bps和246 bps。新转录本预测共得到8 141个新转录本,大部分新转录本平均长度大于3 000 bps,单个新转录本平均由9个以上的片段组成。同时,70%左右的新转录本具有编码能力。本研究优化了大量鸭基因结构信息并挖掘了许多潜在的新基因,为鸭基因组的进一步完善提供基础数据。 展开更多
关键词 RNA-SEQ 基因结构优化 基因预测
下载PDF
上一页 1 2 12 下一页 到第
使用帮助 返回顶部