16S rRNA及18S rRNA同时检测脑脊液中的病原菌

目的 提高脑脊液中病原菌的快速、准确鉴定率。方法 以细菌的保守序列 16SrRNA和真菌的 18SrRNA为通用引物 ,用多重PCR技术对标准菌株及 4 6例中枢神经系统感染患者的脑脊液进行扩增 ,同时与脑脊液的培养结果进行比较。结果 标准菌株金黄色葡萄球菌、大肠埃希菌、脑膜炎奈瑟菌、结核分枝杆菌、化脓性链球菌及白色念球菌均出现特异条带 ,人白细胞DNA为阴性。 4 6份脑脊液标本培养阳性 39例 ,另有 2例PCR阳性而培养阴性 ,后经诱导传代培养证实为L型金黄色葡萄球菌。PCR阳性 4 1例 ,与培养分离鉴定结果符合率为 10 0 %。结论 多重PCR可快速鉴定脑脊液中病原菌 。

利用小亚基核糖体RNA技术分析温室黄瓜近根土壤古菌和真菌多样性

土壤古菌和真菌在温室生态系统是仅次于细菌的微生物,具有类似于细菌的重要生态功能。通过构建古菌16S rRNA和真菌18S rRNA基因克隆文库,分析温室黄瓜近根土壤古菌和真菌群落结构组成,为开发利用温室这一特殊的生态环境中丰富的微生物资源以及理解微生物与植物间的互作提供参考依据。采用研磨-冻融-溶菌酶-蛋白酶K-SDS热处理以及CTAB处理等理化方法,提取和纯化微生物总DNA,构建古菌16S rRNA和真菌18S rRNA基因克隆文库。利用DOTUR软件将古菌和真菌序列按照相似性97%的标准分成若干个可操作分类单元(OTUs)。土壤古菌克隆文库主要包括泉古菌门和未分类的古菌两大类,并有少部分广域古菌类群,所有泉古菌均属于热变形菌纲,共45个OTUs;真菌克隆文库包括真菌门的大多数亚门真菌,共24个OTUs,未发现担子菌亚门真菌。古菌多样性比较丰富,且发现少量的广域古菌(甲烷菌),这一情况可能与温室长期高温高湿,高有机质含量,土壤处于缺氧环境有关;土壤真菌的优势种群为子囊菌,占到土壤真菌的80%以上,这可能与绝大多数植物真菌性病害属于土传病害,通过菌丝体、菌核或子囊壳在土壤病残体中越冬有一定的关系。